RDP軟件分析指南

RDP軟件分析指南Introduction

RDP4(RecombinationDetectionProgramversion4)

是一個檢測和分析重組信號的軟件，包括7種基本檢測程序（RDPmethod,GENECONV,Bootscanning,MaxChi,Cimaera,3SEQandSiScan）和4種附加檢測程序（LARD,PHYLPRO,distanceplotsandTOPAL）。操作基本步驟打開一個.meg格式的文件：左擊鼠標(biāo)open按鈕。點(diǎn)擊頁面頂端options按鈕，進(jìn)入General頁面選擇一系列參數(shù)：左擊主界面上的X-over按鈕開始進(jìn)行重組分析。分析完畢后出現(xiàn)四個界面，順時針方向依次為：SequencedisplayTherecombinationinformationdisplaySchematicsequencedisplay

PlotdisplayFigure1.ThemaincomponentsoftheRDPinterface.

Commandbuttons命令按鈕Treedisplay進(jìn)化樹顯示Matrixdisplay矩陣顯示Recombinationinfo.Display重組信息顯示Sequencedisplay序列顯示Plotdisplay繪圖顯示Schematic

sequencedisplay圖解序列顯示Identitydisplay同源性顯示RDP4界面的主要組成部分分析進(jìn)度條Positionindicator位點(diǎn)指示Identitydisplay同源性顯示Sequencedisplay序列顯示SequencenamesTogglesequencedisplayIdentityindicatorToggleidentitydisplaysequencedisplay.左擊序列中的部位可以顯示不同顏色代表的含義鼠標(biāo)懸空在某個核苷酸上會顯示出該核苷酸處于何序列的具體位置右擊鼠標(biāo)可以保存不同形式你想要的序列Warningsandadditionalmethodspecificinfo.P-ValuesProbablerecombinant(recombinant)andparentalsequencesBreakpointpositions:Insequence(inalignment)MethodusedtodetectrecombinantregionTherecombinationinformationdisplay現(xiàn)以下情況，該界面還會出現(xiàn)warning標(biāo)示（紅色）：（1）在比對序列中只有一個可能為父母代毒株的序列（2）有可能(約30%或更大的可能)誤認(rèn)為重組序列(即實(shí)際上父母代的序列中的某個才是真正的重組毒株)如果是這樣會在后面顯示出實(shí)際上可能為重組毒株的父母代毒株的名字。（3）無法識別出一個或全部兩個突變位點(diǎn)。（4）一個或兩個突變位點(diǎn)是錯位的。（5）重組信號微弱（6）如果復(fù)合信號可能是一個分析錯誤的人工制品?！癱onfirmationtable”部分表明了用不同方法檢測出發(fā)生該重組事件的毒株數(shù)和關(guān)于目前檢測到的重組事件的符合程度Confirmationtable下面是一個總結(jié)性的柱狀圖，對于99%的用戶來說前三條柱狀圖代表的是有用的信息。柱狀圖下面的分?jǐn)?shù)大于60%代表這該毒株幾乎確定為重組毒株。大于40%小于60%的分?jǐn)?shù)代表軟件可能犯了錯誤，但也可能沒有。小于40%表示該毒株很可能不是重組毒株。TheschematicsequencedisplayCurrentviewCyclethrough

displayoptions

改變視圖顏色Recombinant

region

重組區(qū)域Background

sequence背景序列主要親本與重組序列的同源性潛在的重組區(qū)域P-value次要親本與重組序列的同源性主要親本與次要親本的同源性ThePlotDisplay“Recombinant”sequence“Parental”sequencesPortionofalignmentusedtodrawtreeCyclethroughtreesViewalltreesSimultaneouslySwitchtorecombinationinformationdisplaySwitchtocompatibilitymatrixdisplayFigure6.Thedendrogramdisplay.KeyScalebarTreeDisplay點(diǎn)擊右上角的“cyclethroughtrees”按鈕即可以用該序列的不同部分進(jìn)行做樹分析。包括：（1）根據(jù)重組序列的不同部分分別作樹（2）只有已確認(rèn)的重組區(qū)域做樹（即用minorparent部分）（3）只用已確認(rèn)的非重組區(qū)域做樹（即majorparent部分）（4）忽略重組的所有區(qū)域做樹。你還可以選擇不同方法做樹，包括：neighbourjoining,leastsquares,maximumlikelihood,andBayesiantrees.

“Mark[sequencename]asalsohavingevidenceofthisevent”和“Mark[sequencename]asnothavingevidenceofthisevent.”選項(xiàng)可以使你在樹上手動修改你認(rèn)為RDP所犯的錯誤.“Goto[sequencename]”選項(xiàng)可以指引你在schematics