利用多發(fā)病例家族之單倍體進行遺傳相關(guān)性研究課件

1、條件與迴圈等程式技巧Data FramesData frames: it is a rectangular table with rows and columns; data within each column has the same type (e.g. number, text, logical), but different columns may have different types.資料篩選資料轉(zhuǎn)換（變更coding）將資料按照性別分成兩群，令新變數(shù)為sex_c男生（原始資料記為1）： sex_c=“male”女生（原始資料記為0）： sex_c=“female”將資料按照年

2、紀分成四群，另外令一個變數(shù)為agegroup第一群：40歲以下，則agegroup=1第二群：4049歲，則agegroup=2第三群：5059歲，則agegroup=3第四群：60歲以上，則agegroup=4條件執(zhí)行指令條件控制：ifelse函數(shù)；if, else if 與 else指令1：ifelse(condition, yes, no) 用於最簡單的二分類判斷狀況通常用於簡單的變數(shù)計算。指令2： if ( condition_1 ) expression_1 else if ( condition_2 ) expression_2 else if ( condition_3 ) ex

3、pression_3 else expression_4判斷式中的運算子指令說明例子 , =, 相當於判斷x=3判斷式中的運算子if() 或 while() 括弧內(nèi)當使用&與|跟與| 是有差別的。&與 | 代表and 與or：適用於單一真假值的判斷。與 | 也代表and 與or：適用於向量式的真假值運算。如果運算對象為數(shù)字或是數(shù)字變數(shù)，則兩種運算子沒有差異；但若運算對象是向量或多維度的陣列、data frame，就有明顯的區(qū)別判斷式中的運算子ifelse 用法指令1：ifelse(condition, yes, no)若x10 則 y=1, 若x=10 則 y=2x=c(1,2,3,4,5)，

4、若x中的元素小於3，則z=x*y，否則 z=x*log(y)if 用法只有if ： if ( condition ) expression 如果判斷條件為真，則執(zhí)行括弧後面的運算式 多於一個執(zhí)行狀況時，使用：if else 用法指令2： if ( condition_1 ) expression_1 else if ( condition_2 ) expression_2 else if ( condition_3 ) expression_3 else expression_4Note：if() 小括弧內(nèi)的邏輯判斷式為一個 TRUE/FALSE的值，雖然也可以是一個由TRUE/FALSE組合

5、而成的邏輯向量。但只要這個邏輯向量的第一個元素值為TRUE，則邏輯判斷式就算為真如：if else 容易產(chǎn)生的錯誤不會產(chǎn)生錯誤的寫法：if else寫在同一列if else 容易產(chǎn)生的錯誤會產(chǎn)生誤判的寫法：(1) R誤認為第一列已經(jīng)是一個完整且結(jié)束的單獨if運算式，所以 第二列的else會被認為缺乏if，故產(chǎn)生錯誤。(2) R認為第二列已結(jié)束完整的if 運算式，所以第三列錯誤。if else 容易產(chǎn)生的錯誤建議寫法：在if, else if, 以及else之後都加上，並依照下列 格式撰寫正確寫法： if ( condition_1 ) expression_1 else if ( condit

6、ion_2 ) expression_2else if ( condition_3 ) expression_3 else expression_4如：迴圈(Loop)迴圈：主要由 for 、 while 與 repeat 所構(gòu)成迴圈範圍中可以使用break跳出迴圈，或是使用next跳過剩下的敘述句，直接進入下一個迴圈。R裡面可用向量或是矩陣運算函數(shù)取代迴圈的運算，執(zhí)行速度會更快。for 迴圈指令1： for (迴圈變數(shù)in 範圍) 單一完整運算式指令2： for (迴圈變數(shù)in 範圍) 一個或多個運算式迴圈變數(shù)：通常使用i, j, k, l, m等英文字母範圍：通常是一個數(shù)值向量，如：for

7、 (i in 1:10)利用for 迴圈計算1+2+9+10while 迴圈指令： while (可繼續(xù)留在迴圈內(nèi)的邏輯判斷式) 一個或多個運算式 利用while迴圈計算1+2+3+100repeat 迴圈指令： repeat 一個或多個運算式 if (離開迴圈的條件) break 其他可能的完整運算式 利用repeat迴圈計算1+2+3+100break 與 next: 改變迴圈狀態(tài)R迴圈內(nèi)無論是使用for, while或是repeat，都可以藉由break與next來改變迴圈的狀態(tài)。break：終止並跳離迴圈，通常是接在某個條件執(zhí)行式之後。範例：列印s內(nèi)的會員姓名，但

8、若遇到姓名為John的人跳離迴圈break 與 next: 改變迴圈狀態(tài)next：不終止整個迴圈結(jié)構(gòu)的執(zhí)行，但是next會忽略跳過目前這一次迴圈，剩下的其他運算式，直接跳到下一次迴圈。範例：只加總1100中的單數(shù)資料轉(zhuǎn)換（變更coding）將資料按照性別分成兩群，令新變數(shù)為sex_c男生（原始資料記為1）： sex_c=“male”女生（原始資料記為0）： sex_c=“female”將資料按照年紀分成四群，另外令一個變數(shù)為agegroup第一群：40歲以下，則agegroup=1第二群：4049歲，則agegroup=2第三群：5059歲，則agegroup=3第四群：60歲以上，則ageg

9、roup=4迴圈與控制指令agegroup = rep(0,15)for (i in 1:15) if (agei=40)&(agei=50)&(agei60) agegroupi= 3 else agegroupi= 4datanew = cbind(data,agegroup) # 將新變項agegroup與data結(jié)合datanew練習計算BMI值：BMI體重（公斤）身高2（公尺2）最健康的BMI值為22，若身體質(zhì)量指數(shù)超過23為過重，超過27為肥胖，若超過35則為極度肥胖。 加一欄身高資料，將資料做combine，資料為：(170,176,154,144,160,140,150,161

10、,166,155,141,143,150,172,150)cm令一新的變數(shù)為BMI，計算每個人的BMI值。若BMI=22，令BMIindex=1若22BMI=27，令BMIindex=2若27BMI35，令BMIindex=4練習利用while迴圈做1/x在x=1的泰勒展式： 若x=0.3，試求泰勒展式要加總到第幾項，才會跟實際值1/0.33.3333 差距在0.00001以內(nèi)。使用(-1)(i%2)來控制每一項的正負交錯；%是在求餘數(shù)。練習利用repeat迴圈做1/(1-x)的泰勒展式： 若x=0.3，試求泰勒展式要加總到第幾項，才會跟實際值1/(1-0.3)1.428571 差距在0.00

11、001以內(nèi)。自訂函數(shù)語法自訂函數(shù)名稱function(變數(shù)1, 變數(shù)2, 變數(shù)3,)expressionR軟體預設(shè)將函數(shù)內(nèi)最後一個運算式當作回傳值。若要更改預設(shè)，可使用return() 將計算值回傳。return() 函數(shù)傳回的值可包含R軟體的各種變數(shù)種類，如：向量、矩陣、但大多都採用list變數(shù)當作回傳值。因為list變數(shù)可包含不同長度、不同變數(shù)種類的元素，可回傳多個不同屬性的函數(shù)計算結(jié)果。自訂函數(shù)自訂函數(shù)Ex1：自訂函數(shù)Ex2:Ex3:自訂函數(shù)眾數(shù)自訂函數(shù)-練習利用迴圈，寫出將任一向量加總的函數(shù)特殊的函數(shù)用法參數(shù)：將自訂函數(shù)裡面用到的其他function需要的參數(shù)傳入常用函數(shù)統(tǒng)計相關(guān)函數(shù)s

12、um(x) 向量x所有元素的總和prod(x) 向量x所有元素相乘max(x) 向量x所有元素最大的元素值min(x) 向量x所有元素最小的元素值range(x) 傳回x的全距l(xiāng)ength(x) 計算向量x的元素個數(shù)mean(x) 計算x所有元素的平均數(shù)median(x) 計算x所有元素的中位數(shù)var(x), cov(x) 計算x所有元素的樣本變異數(shù)cor(x) 當x為data frame時，傳回x的相關(guān)矩陣var(x, y) 與 cov(x,y) 計算x與y的共變異數(shù)(covariance)矩陣cor(x,y) 計算x與y的相關(guān)係數(shù)或相關(guān)係數(shù)矩陣常用函數(shù)統(tǒng)計相關(guān)函數(shù)rev(x) 將x所有元素

13、反向呈現(xiàn)（未排序）sort(x) 將x內(nèi)的元素從小到大排序rev(sort(x) 將x內(nèi)的元素從大到小排序rank(x) 傳回x中各元素的排序順序值choose(n,k) 計算二項式組合數(shù) n!/(n-k)!k!factorial(x) 階乘函數(shù)，相當於prod(1:x)常用工具函數(shù)處理NA (missing data)的函數(shù)na.fail(x)：若x包含missing values則傳回錯誤訊息，否則傳回x。na.pass(x)：保留x的NA值。na.omit(x)與na.exclude(x)：去除NA元素。最大概似估計量(MLE)MLE: 利用package(stats4) 中的mle函數(shù)Usage: mle(minuslogl, start, method)minuslogl：計算 -