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文檔簡介

1、setwd( )設(shè)定r軟件當(dāng)前工作目錄。getwd( )查看r軟件當(dāng)前工作目錄。list.files( ): 查看當(dāng)前目錄下文件。file.show( ): 顯示文件。file.access( ): 查看文件是否可讀可寫。file.create( ): 創(chuàng)建一個文件。例如file.create(“d:/lesong.xls”). dir.create( ): 創(chuàng)建一個目錄。例如dir.create(d:/lesong).file.remove( ):刪除一個文件。file.choose( ):選擇一個文件。讀數(shù)據(jù)函數(shù)read.table( )主要參數(shù)解釋read.table(file, hea

2、der=false, sep=, quote=,dec=., as.is=!stringsasfactors,na.strings=na, colclasses=na, nrows=-1,skip=, fill=!blank.lines.skip, strip.white=false, blank.lines.skip=true,comment.char=#,allowescapes=false, flush=false,stringsasfactors=default.stringsasfactors(), fileencoding=, encoding=unknown) header:邏輯

3、參數(shù)。指定是否文件第一行為變量名。na.strings:指定缺失文字。skip:指定讀數(shù)據(jù)跳過的行數(shù)。nrows:指定數(shù)據(jù)讀入最大的行數(shù)。dec指定小數(shù)點記號。sep指定數(shù)據(jù)分割字符。與賦予數(shù)據(jù)行名和列名。讀入數(shù)據(jù)其他相關(guān)函數(shù)readlines():按行讀入數(shù)據(jù)文件。類似perl讀數(shù)據(jù)方式。scan( ):將數(shù)據(jù)讀作一行向量形式。read.delim(educ_scores.txt):讀入文本文件(制表符分隔)。read.csv(educ_scorescsv)讀入csv(逗號分割)。readbin( ):讀入二進(jìn)制數(shù)據(jù)。readchar( ):讀入字符型數(shù)據(jù)。attach( ): 把數(shù)據(jù)框的變

4、量鏈接到內(nèi)存中.一般作圖函數(shù)plot()主要參數(shù)解釋plot(x, y=null, type=p, xlim=null, ylim=null,log=, main=null, sub=null, xlab=null, ylab=null, ann=par(ann), axes=true, frame.plot=axes,panel.first=null, asp=na, .)type:設(shè)置圖形類型。具體為type=“p“點圖type=“l(fā)“線圖type=“b“點和線type=“c“去掉點只有線段type=“o“線穿過點type=“h“從各點到x軸的垂線段type=“s“基于左側(cè)值的階段圖typ

5、e=“s“基于右側(cè)值的階段圖type=“n“只有軸,沒有具體圖形xlim和ylim:設(shè)置圖形x軸與y軸的范圍。比如xlim(,3).log數(shù)據(jù)取對數(shù)。main:設(shè)置圖形的上標(biāo)題。比如說main=”genomics analysis”sub: 設(shè)置圖形的小標(biāo)題。比如說sub=”another title”.ann: 邏輯參數(shù)。設(shè)置是否將系統(tǒng)默認(rèn)的圖形標(biāo)簽顯示出來。比如ann=f. lty: 設(shè)置線的類型。比如lty=xlab和ylab設(shè)置x軸與y軸的lable。比如xlab=”sample one”. frame.plot:邏輯參數(shù)。設(shè)置圖形是否輸出外框。比如frame.plot=f. axes

6、:邏輯參數(shù)。設(shè)置圖形是否顯示x軸和y軸。比如axes=f.asp:設(shè)置圖形屏幕高寬比(y/x).lwd:設(shè)置線條的粗細(xì)。比如lwd=bg:設(shè)置數(shù)據(jù)點的填充顏色。比如bg=”pink”.col:設(shè)置數(shù)據(jù)點的外圈顏色。比如col=”blue”.cex:設(shè)置數(shù)據(jù)點的大小。比如cex=7。pch:設(shè)置數(shù)據(jù)點的形狀。具體為pch=19: solid circle,pch=2: bullet (smaller solid circle, 2/3 the size of 19), pch=21: filled circle,pch=22: filled square,pch=23: filled diamo

7、nd,pch=24: filled triangle point-up,pch=25: filled triangle point down.add邏輯參數(shù)。設(shè)置圖形是否重合。font.main與font.sub設(shè)置上標(biāo)題和小標(biāo)題的字體格式。col.main與col.sub :設(shè)置上標(biāo)題和小標(biāo)題的字體顏色。實例演習(xí)使用給定數(shù)據(jù)(testfile.txt)用r軟件作出以下圖形并保存為pdf格式和jpg格式。參考程序setwd(e:/)file=read.table(testfile.txt)attach(file)jpeg(file=plot one.jpg)plot(v1,v2,type=l,

8、xlim=c(3,75),frame.plot=f,lwd=2,xlab=橫坐標(biāo) ,ylab=縱坐標(biāo) ,main=plot one,sub=21/3/12, col=pink,font.main=9,col.main=4,font.sub=9,col.sub=red)dev.off()pdf(file=plot one.pdf)plot(v1,v2,type=l,xlim=c(3,75),frame.plot=f,lwd=2,xlab=橫坐標(biāo) ,ylab=縱坐標(biāo) ,main=plot one,sub=21/3/12, col=pink,font.main=9,col.main=4,font.s

9、ub=9,col.sub=red) dev.off()餅圖函數(shù)pie( )主要參數(shù)解釋pie(x, labels=names(x), edges=2, radius=.8,clockwise=false, init.angle=if(clockwise) 9 else ,density=null, angle=45, col=null, border=null,lty=null, main=null, .)x: 指定作餅圖的數(shù)據(jù)。labels:設(shè)置各個分割區(qū)的標(biāo)簽。edges:設(shè)置多邊形的邊數(shù)(圓的輪廓是具有很多邊的多邊形近似)。radius:設(shè)置餅圖的半徑。特別是在字符標(biāo)簽過長的情況。clo

10、ckwise:邏輯參數(shù)。設(shè)置餅圖是否順時針作出分割區(qū)。init.angle:設(shè)置開始畫分割區(qū)的角度。即對餅圖進(jìn)行旋轉(zhuǎn)。density:底紋的密度。默認(rèn)值為null。angle設(shè)置底紋的斜率。col:設(shè)置各個分割區(qū)的填充顏色。main設(shè)置餅圖的總標(biāo)題。實例演習(xí)本年度某商品在中國的銷售額占其總銷售額的12%,在美國為3%,在日本為16%,在歐洲為26%,在臺灣為4%,在其他地區(qū)為16%。用餅圖描述以上數(shù)據(jù),作出以下餅圖參考程序pie.sales - c(.12, .3, .26, .16, .4, .12)names(pie.sales) - c(china, usa,japanese, euro

11、pe, taiwan, others)pdf(file=plot two.pdf)pie(pie.sales,col=c(purple, violetred1, green3, cornsilk, cyan, white),main=plot two, sub=21/3/12,col.main=4,col.sub=red) dev.off()直方圖函數(shù)hist()主要參數(shù)解釋hist(x, breaks=sturges,freq=null, probability=!freq,include.lowest=true, right=true,density=null, angle=45, col

12、=null, border=null,main=paste(histogram of , xname),xlim=range(breaks), ylim=null,xlab=xname, ylab,axes=true, plot=true, labels=false,nclass=null, .)x作直方圖所需的數(shù)據(jù)。breaks:用一個向量指定各個單元格的斷點;用單個值指定單元格個數(shù);用字符串命名的算法來計算單元格的數(shù)量;用函數(shù)計算單元格的數(shù)量。density:底紋的密度。默認(rèn)值為null。angle設(shè)置底紋的斜率。col:設(shè)置各個條形的填充顏色。border設(shè)置條形的輪廓顏色。axes:邏

13、輯參數(shù)。設(shè)置圖形是否顯示x軸與y軸。比如axes=fmain設(shè)置直方圖的主標(biāo)題。xlim和ylim:設(shè)置圖形x軸與y軸的范圍。labels:在各個條形上面添加標(biāo)簽。plot:邏輯參數(shù)。設(shè)置是否畫出直方圖或者只輸出各項作圖參數(shù)。xlab和ylab設(shè)置x軸與y軸的lable。實例演習(xí)使用r軟件自帶數(shù)據(jù)文件islands,作出以下直方圖參考程序hist(sqrt(islands), breaks=12, col=lightblue, border=pink) 條圖函數(shù)barplot()主要參數(shù)解釋barplot(height, width=1, space=null,names.arg=null,

14、legend.text=null, beside=false,horiz=false, density=null, angle=45,col=null, border=par(fg),main=null, sub=null, xlab=null, ylab=null,xlim=null, ylim=null, xpd=true, log=,axes=true, axisnames=true,cex.axis=par(cex.axis), cex.axis),inside=true, plot=true, axis.lty=, offset=,add=false, args.legend=nul

15、l, .)density:底紋的密度。默認(rèn)值為null。angle設(shè)置底紋的斜率。xlim和ylim:設(shè)置圖形x軸與y軸的范圍。xlab和ylab設(shè)置x軸與y軸的lable。axes:邏輯參數(shù)。設(shè)置圖形是否顯示x軸或y軸。plot:邏輯參數(shù)。設(shè)置是否顯示條形圖。beside:邏輯參數(shù)。如果false,那么將繪畫堆疊式的條形;如果是true,將繪畫并列式條形。cex.axis:設(shè)置坐標(biāo)軸數(shù)值的膨脹率。比如cex.axis=5。設(shè)置條形標(biāo)簽(bar labels)的膨脹率。比如cex.axis=col:設(shè)置條形底紋或者填充顏色。border設(shè)置條形邊緣顏色。如果設(shè)置為na,則消除了邊緣。width

16、設(shè)置條形的寬度。axis.lty:設(shè)置x軸的類型(類似lty)。默認(rèn)axis.lty=. names.arg:設(shè)置條形標(biāo)簽(bar labels)。horiz邏輯參數(shù)。設(shè)置圖形是水平或是垂直。space設(shè)置各個條形間的寬度。相當(dāng)于各個條形寬度的一部分。axisnames邏輯參數(shù)。設(shè)置是否顯示條形標(biāo)簽。實例演習(xí)使用r軟件自帶數(shù)據(jù)vadeaths,作出以下圖形參考程序barplot(vadeaths, beside=true,col=c(lightblue, mistyrose, lightcyan,lavender, cornsilk),legend=rownames(vadeaths), yl

17、im=c(, 1) title(main=death rates in virginia, font.main=4)圖例函數(shù)legend()主要參數(shù)解釋legend(x, y=null, legend, fill=null, col=par(col),border=black, lty, lwd, pch,angle=45, density=null, bty=o, bg=par(bg),box.lwd=par(lwd), box.lty=par(lty), box.col=par(fg),pt.bg=na, cex=1, pt.cex=cex, pt.lwd=lwd,xjust=, yjus

18、t=1, ersp=1, ersp=1,adj=c(, .5), text.width=null, text.col=par(col), merge=do.lines & has.pch, trace=false,plot=true, ncol=1, horiz=false, title=null,inset=, xpd, title.col=text.col)x和y:設(shè)置圖例在圖片上的位置。title設(shè)置圖例標(biāo)題。(在圖例盒子里)。title.col設(shè)置圖例標(biāo)題的顏色。text.col: 設(shè)置圖例中文本文字的顏色。比如說text.col=red。text.width: 設(shè)

19、置圖例文本文字的寬度。寬度比例與x軸相關(guān)。trace邏輯參數(shù)。如果設(shè)置為true,那么顯示出函數(shù)計算過程。fill: 設(shè)置一個填充了指定顏色的盒子放在文本旁邊。border指定該盒子的邊緣顏色。lty與lwd設(shè)置圖例中線條的類型以及粗細(xì)。density與angle:設(shè)置圖例中小盒子的底紋密度和角度。bty:設(shè)置圖例盒子的類型。只能選擇o或者n。bg設(shè)置圖例盒子的背景顏色。box.lty/box.lwd/box.col設(shè)置圖例盒子邊緣線類型,粗細(xì),顏色。pt.bg設(shè)置圖例中點的背景顏色。pt.cex設(shè)置點的膨脹率。pt.lwd設(shè)置點的邊緣線的粗細(xì)。xjust與yjust:上下調(diào)整圖例的位置。ersp與ersp設(shè)置圖例盒子空間大小。ncol:設(shè)置圖例顯示的列數(shù)。horiz:設(shè)置水平方式顯示圖例。默認(rèn)為垂直方式顯示。實例演習(xí)使用r程序可以作出以下圖形(自己嘗試調(diào)整參數(shù)改變圖形)參考程序x - :64/64y - sin(3*pi*x)pl

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