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2023年新冠核酸檢測(cè)要點(diǎn)總結(jié)()(完整文檔)下面是我為大家整理的新冠核酸檢測(cè)要點(diǎn)總結(jié)(2023)(完整文檔),供大家參考。
XXXX醫(yī)院新冠核酸檢測(cè)要點(diǎn)總結(jié)(2023)
一、SARS-CoV-2核酸檢測(cè)的原理二、核酸檢測(cè)對(duì)于SARS-CoV-2檢測(cè)的意義三、實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行SARS-CoV-2核酸檢測(cè)的條件和要求四、SARS-CoV-2核酸測(cè)定(實(shí)時(shí)熒光RT-PCR)關(guān)鍵環(huán)節(jié)五、SARS-CoV-2核酸測(cè)定(實(shí)時(shí)熒光RT-PCR)結(jié)果判讀六、SARS-CoV-2檢測(cè)出現(xiàn)假陰性的原因七、如何降低SARS-CoV-2核酸檢測(cè)假陰性八、康復(fù)出院患者SARS-CoV-2核酸檢測(cè)復(fù)檢陽性原因九、總結(jié)
嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒2(SARS-CoV-2)可引起新型冠狀病毒肺炎(COVID-19),目前已在全球范圍內(nèi)廣泛流行。
疫情暴發(fā)初期,因發(fā)展迅速,對(duì)疑似患者進(jìn)行快速確診是防治COVID-19的關(guān)鍵,部分獲批的核酸檢測(cè)試劑研發(fā)時(shí)間短,存在性能確認(rèn)倉促、試劑優(yōu)化不充分以及批間差異大等問題;各臨床實(shí)驗(yàn)室在開展核酸檢測(cè)過程的各個(gè)環(huán)節(jié)中存在的問題也可能影響核酸檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性。本文將圍繞目前SARS-CoV-2核酸檢測(cè)中的關(guān)鍵環(huán)節(jié)及要點(diǎn)進(jìn)行評(píng)述,并對(duì)實(shí)驗(yàn)室核酸檢測(cè)與臨床不符假陰性和復(fù)檢陽性的問題進(jìn)行分析。
一、SARS--CoV--22核酸檢測(cè)的原理
SARS-CoV-2是一種RNA病毒,基因組序列約29kb,擁有10個(gè)基因,可有效編碼10個(gè)蛋白。病毒由RNA和蛋白構(gòu)成,最外層是由脂質(zhì)和糖蛋白組成的包膜外衣,里面蛋白衣殼將RNA包裹在其中,從而使容易降解的RNA得到保護(hù)。
病毒通過特定細(xì)胞表面受體入侵細(xì)胞造成感染,并利用宿主細(xì)胞進(jìn)行復(fù)制。
病毒核酸檢測(cè)的原理就是通過細(xì)胞裂解液,讓病毒的RNA裸露出來,然后用實(shí)時(shí)熒光逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)進(jìn)行檢測(cè)。
檢測(cè)原理最關(guān)鍵的是利用引物和探針來實(shí)現(xiàn)核酸序列的靶向匹配,即尋找SARS-CoV-2約3萬個(gè)堿基中區(qū)別于其他病毒的核酸序列(與其他病毒核酸相似度低的區(qū)域),設(shè)計(jì)引物和探針。
引物和探針與SARS-CoV-2核酸特定區(qū)域高度匹配,即特異性很強(qiáng),一但待檢樣本實(shí)時(shí)熒光RT-PCR擴(kuò)增結(jié)果為陽性,則證明該樣本中存在SARS-CoV-2。
二、核酸檢測(cè)對(duì)于SARS--CoV--22檢測(cè)的意義
依據(jù)《新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第七版)》要求:
疑似病例同時(shí)具備以下病原學(xué)或血清學(xué)證據(jù)之一者:
1.實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)新型冠狀病毒核酸陽性;2.病毒基因測(cè)序,與已知的新型冠狀病毒高度同源;3.新型冠狀病毒特異性IgM抗體和IgG抗體陽性;4.新型冠狀病毒特異性IgG抗體由陰性轉(zhuǎn)為陽性或恢復(fù)期IgG抗體滴度較急性期呈4倍及以上升高。
因此,SARS-CoV-2核酸檢測(cè)(實(shí)時(shí)熒光RT-PCR)結(jié)果陽性是確診感染的重要證據(jù)之一;但如果檢測(cè)結(jié)果為陰性,不能作為判斷患者未被感染的標(biāo)準(zhǔn)。
有研究結(jié)果顯示,1100例COVID-19患者在入院時(shí)接受電子計(jì)算機(jī)
斷層掃描(CT)檢查時(shí),有76.4%的患者呈現(xiàn)出肺炎表現(xiàn),主要為毛玻璃樣陰影(50.0%)和雙肺斑片狀陰影(46.4%),絕大多數(shù)重癥患者都能以此確診。而根據(jù)此前專家表述的確診患者中,核酸檢測(cè)的陽性率僅為30%~50%來看,COVID-19患者核酸檢測(cè)假陰性的比例并不低。因此核酸檢測(cè)不能作為確診感染的唯一方法。
三、實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行SARS--CoV--22核酸檢測(cè)的條件和要求
臨床實(shí)驗(yàn)室需要符合國家衛(wèi)生健康委辦公廳頒布的《關(guān)于醫(yī)療機(jī)構(gòu)開展新型冠狀病毒核酸檢測(cè)有關(guān)要求的通知》的要求:
達(dá)到二級(jí)以上實(shí)驗(yàn)室生物安全防護(hù)及三級(jí)個(gè)人生物安全防護(hù)規(guī)范并經(jīng)衛(wèi)生行政相關(guān)部門批準(zhǔn),方可開展SARS-CoV-2核酸檢測(cè)。
核酸檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室為負(fù)壓環(huán)境最為理想,應(yīng)注意壓力監(jiān)測(cè),保持空氣流動(dòng),排除氣溶膠。核酸檢測(cè)人員必須具備相應(yīng)資質(zhì),接受聚合酶鏈反應(yīng)相關(guān)培訓(xùn)并考核合格。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)嚴(yán)格管理,分區(qū)到位,嚴(yán)格禁止無關(guān)人員進(jìn)入。清潔區(qū)應(yīng)保持通風(fēng),消毒到位。相關(guān)物品分區(qū)放置,潔污分離,按時(shí)更換,洗消到位。常規(guī)消毒:較大面積以含氯消毒液為主,小面積可以用75%酒精。處理氣溶膠的良好方式是開窗通風(fēng),也可通過紫外線、過濾、空氣消毒機(jī)等方式進(jìn)行空氣消毒。
四、SARS--CoV--22核酸測(cè)定(實(shí)時(shí)熒光RT--PCR)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)和參數(shù)
盡管實(shí)驗(yàn)室一般會(huì)很關(guān)注核酸檢測(cè)環(huán)節(jié),但實(shí)際上核酸提取也是檢測(cè)成功的關(guān)鍵環(huán)節(jié)之一,其與病毒樣本的采集和保存密切相關(guān)。
在《新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第六版)》中,所提到的樣本類型包含呼吸道樣本、血液樣本、糞便樣本等。對(duì)于高風(fēng)險(xiǎn)的樣本,在
核酸提取和擴(kuò)增前需要對(duì)樣本先行病毒滅活,包括(60~65)℃孵育(20~30)min,或者用試劑盒自帶的采樣液滅活和保存病毒。
目前應(yīng)用最廣泛的呼吸道樣本,如鼻咽拭子等均采用第2種方式,即以核酸提取裂解液為基礎(chǔ)配制的滅活(保存)液。這種病毒保存液一方面可讓病毒的蛋白變性,失去活性,不再有傳染性,提高運(yùn)輸和檢測(cè)階段的安全性;另一方面又可直接裂解病毒釋放核酸,消除核酸分解酶,防止病毒的RNA降解。
以核酸提取裂解液為基礎(chǔ)配制的病毒采樣液,主要成分為平衡鹽類、乙二胺四乙酸螯合劑、胍鹽(異硫氰酸胍、鹽酸胍等)、陰離子表面活性劑(十二烷基硫酸鈉)、陽離子表面活性劑(十四烷基三甲基草酸銨)、苯酚、8-羥基喹啉、二硫蘇糖醇、蛋白酶K等幾種或多種組分。目前,核酸提取的試劑盒種類繁多,采用的核酸提取純化試劑各不相同,即使是采用相同的核酸提取純化試劑,各試劑盒的提取程序也有所不同。
目前國家藥品監(jiān)督管理局批準(zhǔn)的核酸檢測(cè)試劑盒產(chǎn)品均基于SARS-CoV-2基因組中ORF1ab、E和N基因進(jìn)行選擇。不同產(chǎn)品的檢測(cè)原理基本一致,但是其引物、探針設(shè)計(jì)不同,有單靶區(qū)段(ORF1ab)、雙靶區(qū)段(ORF1ab、N或E)、三靶區(qū)段(ORF1ab、N和E)的檢測(cè)和判讀差別,核酸提取和實(shí)時(shí)熒光RT-PCR反應(yīng)體系應(yīng)參考相關(guān)試劑盒說明書,并建議使用者嚴(yán)格按照試劑盒說明書規(guī)定的判讀方式進(jìn)行判讀。
五、SARS--CoV--22核酸測(cè)定(實(shí)時(shí)熒光RT--PCR)
結(jié)果判讀
《新型冠狀病毒感染的肺炎防控方案(第二版)》[7]首次明確了單個(gè)基因擴(kuò)增結(jié)果的判斷標(biāo)準(zhǔn):
1、無Ct或Ct40為陰性;2、Ctlt;37為陽性;3、Ct值37~40為灰度區(qū),建議重復(fù)實(shí)驗(yàn),若重做結(jié)果Ctlt;40,擴(kuò)增曲線有明顯起峰,該樣本判斷為陽性,否則為陰性。
之后的第三版指南、第四版指南[9]延續(xù)了上述標(biāo)準(zhǔn),但是由于商品化試劑盒選用的靶標(biāo)有所不同,上述3版指南并未給出靶標(biāo)的組合判斷標(biāo)準(zhǔn),強(qiáng)調(diào)以廠家提供的說明書為準(zhǔn)。從第五版指南開始,明確了2個(gè)靶標(biāo),尤其是比較難判斷的單靶標(biāo)陽性的判斷標(biāo)準(zhǔn),即實(shí)驗(yàn)室要確認(rèn)某個(gè)病例為SARS-CoV-2核酸檢測(cè)陽性,需滿足以下2個(gè)條件中的1個(gè):
(1)同一份樣本中SARS-CoV-22個(gè)靶標(biāo)(ORF1ab、N)實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)結(jié)果均為陽性,如果出現(xiàn)單個(gè)靶標(biāo)陽性的檢測(cè)結(jié)果則需要重新采樣并重新檢測(cè),如果檢測(cè)結(jié)果仍然為單靶標(biāo)陽性,則判定為陽性;(2)2種樣本實(shí)時(shí)熒光RT-PCR同時(shí)出現(xiàn)單靶標(biāo)陽性或同種類型樣本2次采樣檢測(cè)均出現(xiàn)單個(gè)靶標(biāo)陽性的檢測(cè)結(jié)果,可判定為陽性。但是,指南同時(shí)強(qiáng)調(diào)核酸檢測(cè)的陰性結(jié)果不能排除SARS-CoV-2感染,需要排除可能產(chǎn)生假陰性的因素,包括樣本質(zhì)量差(口咽等部位的呼吸道樣本)、樣本收集過早或過晚、沒有正確保存、運(yùn)輸和處理樣本、技術(shù)本身存在問題(病毒變異、PCR抑制)等。
六、SARS--CoV--22檢測(cè)出現(xiàn)假陰性的原因
目前被關(guān)注的核酸檢測(cè)假陰性概念,往往是指核酸檢測(cè)結(jié)果與臨床表現(xiàn)不符的假陰性,即臨床癥狀及影像學(xué)結(jié)果高度疑似COVID-19,但核酸檢測(cè)多次始終為陰性。國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心對(duì)
SARS-CoV-2檢測(cè)假陰性進(jìn)行了解釋。
(1)被感染者的細(xì)胞中有一定量的病毒?,F(xiàn)有數(shù)據(jù)顯示機(jī)體被病毒感染后,病毒通過鼻腔和口腔進(jìn)入到咽喉部,再到氣管和支氣管,進(jìn)而到達(dá)肺泡,感染者會(huì)經(jīng)歷潛伏期、輕度癥狀、再到嚴(yán)重癥狀的過程,不同病程階段以及機(jī)體不同部位存在的病毒量有所不同。
從細(xì)胞種類的病毒載量看,肺泡上皮細(xì)胞(下呼吸道)gt;氣道上皮細(xì)胞(上呼吸道)gt;成纖維細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞和巨噬細(xì)胞等;從樣本類型來看,肺泡灌洗液(最優(yōu))gt;深咳痰gt;鼻咽拭子gt;口咽拭子gt;血液。此外,糞便中也能檢出病毒。但是考慮操作的方便性和患者的接受程度,目前臨床常用的樣本順序是口咽部拭子gt;鼻咽部拭子gt;支氣管灌洗液(操作復(fù)雜)和深痰(常為干咳,難得到)。
因此,某些患者口咽部或鼻咽部細(xì)胞中病毒量較少或極低,如果只取口咽部或鼻咽部樣本檢測(cè),病毒核酸就檢測(cè)不到。
(2)樣本采集時(shí)未采集到含有病毒的細(xì)胞,或未有效保存病毒核酸。
①采集部位不當(dāng),如采集口咽拭子時(shí),采集深度不夠,采集鼻咽拭子沒有采到鼻腔深處等,可能采集到的細(xì)胞絕大部分都是不含病毒的細(xì)胞;②采樣拭子使用錯(cuò)誤,如拭子頭的材料推薦使用PE纖維、聚酯纖維、聚丙烯纖維等合成纖維,實(shí)際操作中使用了棉花等天然纖維(對(duì)蛋白質(zhì)的吸附較強(qiáng),不易洗脫)和尼龍類的纖維(吸水性不佳,導(dǎo)致采樣量不足);③病毒保存管使用錯(cuò)誤,如誤用了易吸附核酸(DNA/RNA)的聚丙烯
或聚乙烯塑料保存管,導(dǎo)致保存液中核酸濃度下降。實(shí)際操作中推薦使用聚乙烯-丙烯聚合物塑膠與某些特殊處理的聚丙烯塑膠容器儲(chǔ)存病毒核酸。
(3)體外診斷試劑性能不佳。部分品牌的試劑由于研發(fā)時(shí)間短,也沒有使用已知臨床樣本進(jìn)行必要的性能確認(rèn),可能存在對(duì)試劑優(yōu)化不充分以及試劑批間差異大等問題。此外,國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心2023年3月1624日開展的SARS-CoV-2核酸檢測(cè)室間質(zhì)量評(píng)價(jià)發(fā)現(xiàn),各檢測(cè)試劑均存在與多個(gè)核酸提取試劑搭配使用的情況,這也是導(dǎo)致假陰性結(jié)果的主要原因。即使采用同一核酸檢測(cè)試劑,由于核酸提取試劑的不同,分析敏感性也必然會(huì)存在差異。
(4)臨床實(shí)驗(yàn)室操作不規(guī)范。樣本運(yùn)輸保存條件、臨床實(shí)驗(yàn)室的規(guī)范操作、結(jié)果判讀和質(zhì)量控制等是保證檢測(cè)結(jié)果準(zhǔn)確、可靠的關(guān)鍵因素。國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心2023年3月1624日開展的室間質(zhì)量評(píng)價(jià)結(jié)果顯示,收到有效結(jié)果的844家實(shí)驗(yàn)室中,701家(83.1%)合格,143家(16.9%)不合格,實(shí)驗(yàn)室總體檢測(cè)情況良好,但不同實(shí)驗(yàn)室在人員操作能力、單靶標(biāo)陽性樣本解讀能力以及質(zhì)量控制方面仍存在差異。
七、如何降低SARS--CoV--22核酸檢測(cè)假陰性
降低核酸檢測(cè)假陰性應(yīng)相對(duì)應(yīng)地從產(chǎn)生假陰性的4個(gè)方面進(jìn)行優(yōu)化。
(1)被感染者的細(xì)胞中有一定量的病毒。疑似感染者不同時(shí)期,在身體不同部位,病毒濃度會(huì)有差異,如咽部沒有,可能支氣管灌洗液或糞便中有,若能同時(shí)或在疾病進(jìn)展的不同階段采集多種類型樣本進(jìn)行檢測(cè),會(huì)有助于避免假陰性的出現(xiàn)。
(2)樣本采集時(shí)要采集到含有病毒的細(xì)胞。通過加強(qiáng)對(duì)樣本采集人員的培訓(xùn),可以在很大程度上解決該問題。
(3)可靠的體外診斷試劑。通過從國家層面開展試劑的檢測(cè)性能評(píng)價(jià)研究,探討存在的問題,可以進(jìn)一步改進(jìn)試劑檢測(cè)效能,提高分析敏感性。
(4)臨床實(shí)驗(yàn)室規(guī)范操作。通過加強(qiáng)對(duì)實(shí)驗(yàn)室人員的培訓(xùn),不斷完善實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理體系、保證合理的分區(qū)、提高人員檢測(cè)的能力,可以減少因?qū)嶒?yàn)室操作不當(dāng)出現(xiàn)的假陰性。
八、康復(fù)出院患者SARS--CoV--22核酸檢測(cè)復(fù)檢陽性的原因
《新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第七版)》中明確規(guī)定,COVID-19患者治愈出院的標(biāo)準(zhǔn)之一就是連續(xù)兩次呼吸道標(biāo)本核酸檢測(cè)陰性(采樣時(shí)間至少間隔24小時(shí)),但有極少數(shù)出院患者再次出現(xiàn)SARS-CoV-2核酸檢測(cè)陽性,其原因是多樣的。
(1)SARS-CoV-2是一個(gè)新病毒,對(duì)其致病機(jī)制、引發(fā)的疾病全貌和病程特點(diǎn)還需要進(jìn)一步了解,所以一方面要加強(qiáng)對(duì)出院患者的管理,進(jìn)行14d的醫(yī)學(xué)觀察,并進(jìn)行跟蹤隨訪、健康監(jiān)測(cè)和健康指導(dǎo),以對(duì)疾病的發(fā)生、發(fā)展、轉(zhuǎn)歸的全過程加深認(rèn)識(shí)。
(2)患者有再次感染病毒的可能。鐘南山院士說:由于治愈的患者體內(nèi)有抗體,因此SARS-CoV-2再次入侵時(shí)可被抗體消滅,再次感染的幾率不大,但不大并不代表不會(huì)感染,再次感染有多方面的原因,可能是康復(fù)患者自身的原因,也可能與病毒的變異有關(guān),甚至可能是實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)的原因。如果是病毒自身的原因,SARS-CoV-2變異可能導(dǎo)致康
復(fù)患者自身產(chǎn)生的抗體對(duì)變異病毒無效,若患者再次感染變異病毒,則核酸檢測(cè)可能再次陽性。
(3)就實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)方法而言,每種檢測(cè)方法都有其局限性。SARS-CoV-2核酸檢測(cè)
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