白血病突變組分析基因突變篩查陸道培血液腫瘤中心劉紅星

白血病突變組分析基因突變篩查陸道培血液腫瘤中心劉紅星第1頁/共23頁白血病突變組分析（mutaome）暨基因突變篩查項(xiàng)目介紹第2頁/共23頁腫瘤突變組（mutaome）于2012年8月陸道培血液?腫瘤中心主辦的血液病診斷和治療研討會(huì)上首次提出“突變組”的概念每一個(gè)腫瘤細(xì)胞都是多種基因突變積累的結(jié)果在特定的患者、特定時(shí)間，其腫瘤細(xì)胞攜帶的突變組合不同不同的突變組合決定了每個(gè)患者獨(dú)特的發(fā)病過程、病理生理學(xué)表現(xiàn)、治療反應(yīng)和病情發(fā)展有明確意義的基因突變越來越多被鑒定全面了解腫瘤基因突變情況更精細(xì)地診斷分型、評估預(yù)后、制定個(gè)體化治療方案基因突變篩查是經(jīng)濟(jì)有效的方法第3頁/共23頁常見的腫瘤基因異常類型融合基因：

染色體宏觀結(jié)構(gòu)異常基因突變：

單個(gè)或多個(gè)堿基異常G>TJAK2V617F基因表達(dá)異常：

原癌基因活化或抑癌基因失活，WT1等第4頁/共23頁白血病分子診斷應(yīng)用現(xiàn)狀和展望融合基因歷史：發(fā)現(xiàn)染色體易位—鑒定融合基因轉(zhuǎn)錄組測序—將發(fā)現(xiàn)更多隱匿性易位或微缺失形成的融合基因基因突變傳統(tǒng)方法不易發(fā)現(xiàn)，目前鑒定較少腫瘤外顯子組測序大大促進(jìn)了腫瘤基因突變的鑒定原癌基因正常組織器官也可能表達(dá)，特異性和靈敏性的問題Translocation第5頁/共23頁腫瘤的N次打擊和克隆演變MichaelR.Strattonet.al,NATURE,Vol458,9April2009第6頁/共23頁每個(gè)腫瘤都是基因變異的團(tuán)伙在犯罪主犯JAK2、MPL、CEBPA、NPM1等突變幫兇KIT、FLT3、DNMT3A、TET2、P53等突變從犯原癌基因活化：WT1、HOX11不明真相的參與者PIGA等突變過客突變無功能的突變。我只是來打醬油的。。。第7頁/共23頁不同突變在腫瘤發(fā)生中的作用不同信號(hào)傳導(dǎo)NRAS、KRAS、PTPN11、CBL、JAK2、MPL。。。轉(zhuǎn)錄因子RUNX1、ETV6。。。表觀遺傳學(xué)TET2、DNMT3A、IDH1、IDH2、ASXL、EZH2。。。轉(zhuǎn)錄剪接SF3B1、SRSF2、U2AF1。。。抑癌基因失活、基因修復(fù)缺陷TP53、FA相關(guān)基因突變。。。免疫監(jiān)視缺陷HLA缺失、PRF1突變。。。第8頁/共23頁腫瘤突變組分析臨床應(yīng)用的范例97.3%的AML患者攜帶其中一種或以上的基因突變預(yù)后差：FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6預(yù)后好：CEBPA、IDH2、NPM1伴IDH1/IDH2突變伴DNMT3A、NPM1突變、MLL易位患者，采用大劑量的柔紅霉素治療可提高生存率PrognosticRelevanceofIntegratedGeneticProfilinginAcuteMyeloidLeukemiaJayP.Patel,etal.,NEnglJMed2012;366:1079-89第9頁/共23頁MPN中常見的基因突變第10頁/共23頁MDS中常見的基因突變第11頁/共23頁不同類型白血病間的分子克隆演變第12頁/共23頁腫瘤突變組分析臨床應(yīng)用的意義只根據(jù)一種融合基因分類的患者仍有異質(zhì)性AML1-ETO

VS.AML1-ETO+KIT突變只檢測一種突變也是不夠的NPM1VS.FLT3

VS.NPM1+FLT3新的突變出現(xiàn)可預(yù)示臨床進(jìn)展急變、耐藥等對腫瘤突變組的全面了解有助于指導(dǎo)個(gè)體化治療第13頁/共23頁分子診斷的發(fā)展趨勢及挑戰(zhàn)LucyA.Godley,DOI:0.1056/NEJMe1200409第14頁/共23頁分子診斷臨床應(yīng)用遇到的問題臨床醫(yī)師如何認(rèn)識(shí)新發(fā)現(xiàn)的基因突變的意義？實(shí)驗(yàn)室如果向臨床醫(yī)師推薦新的項(xiàng)目？如何提高突變的檢測靈敏度？如何降低檢測費(fèi)用？提高發(fā)現(xiàn)分子標(biāo)記的速度？第15頁/共23頁我們的解決方案--基因突變篩查AML基因突變篩查（11種）CEBPA；DNMT3A；FLT3-ITD/TKD；IDH1；IDH2；KIT；KRAS；NPM1；NRAS；TET2；WT1ALL基因突變篩查（11種）FBXW7；FLT3；KRAS；IKZF1；JAK1；JAK2；NOTCH1；NRAS；PAX5；PHF6；MLL-PTDMPN基因突變篩查（7種）IDH1；IDH2；JAK2；KIT；MPL；SH2B3(LNK)；TET2MDS基因突變篩查（8種）DNMT3A；IDH1；IDH2；JAK2；MPL；SF3B1；SRSF2；TET2第16頁/共23頁不遠(yuǎn)的將來：高通量基因測序的應(yīng)用降低單位檢測成本加入更多的檢測內(nèi)容外顯子組突變分析，真正的腫瘤“全突變組”分析成為可能深度測序–突變MRD監(jiān)測IG、TCR免疫組庫分析第17頁/共23頁基因突變篩查的特點(diǎn)和意義同一患者可能同時(shí)存在多種基因突變可與融合基因或其它基因突變同時(shí)存在同一患者的同一基因可能存在不同的突變克隆性判斷；診斷分型；預(yù)后判斷；個(gè)體化用藥基因突變在疾病發(fā)展過程中可能會(huì)變化FLT3、IKZF1等，與疾病進(jìn)展有關(guān)目前大多數(shù)基因突變作為MRD監(jiān)測指標(biāo)有困難用高通量測序進(jìn)行深度測序分析可幫助實(shí)現(xiàn)可以用初診時(shí)的石蠟、涂片標(biāo)本回顧性分析幫助選擇合適的治療方案、評估預(yù)后等第18頁/共23頁病例男，30歲，形態(tài)學(xué)為M1型，柔紅霉素+阿糖胞苷化療一療程后NPM1突變陽性定量42.15%FLT3突變陽性31種融合基因陰性，HOX11表達(dá)陽性形態(tài)學(xué)證明未緩解，從當(dāng)?shù)蒯t(yī)院轉(zhuǎn)某大醫(yī)院治療第19頁/共23頁白血病分子診斷的建議初診患者骨髓或外周血標(biāo)本，融合基因篩查、基因突變篩查后續(xù)根據(jù)融合基因、基因突變結(jié)果定點(diǎn)監(jiān)測外地治療后來診患者腫瘤細(xì)胞>30%：骨髓或外周血標(biāo)本，融合基因篩查、基因突變篩查腫瘤細(xì)胞<30%：骨髓或外周血標(biāo)本，融合基因篩查；初診時(shí)骨髓片、病理組織、DNA標(biāo)本，基因突變篩查后續(xù)根據(jù)融合基因、基因突變結(jié)果定點(diǎn)監(jiān)測出現(xiàn)全面復(fù)發(fā)或疾病類型轉(zhuǎn)化時(shí)基因突變篩查，需要時(shí)做融合基因篩查第20頁/共23頁基因突變篩查方案的關(guān)鍵技術(shù)操作便利性、效率、成本控制高性能的基因工程改造的聚合酶同一的反應(yīng)條件、多重PCR、巢式PCR提高效率、防污染控制、節(jié)省標(biāo)本、保證成功率通用測序引物的使用減少測序的工作量、簡化操作片段長度控制兼容二代測序，特別設(shè)計(jì)的測序引物測序