PubMed-醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索課件

1、PubMed 醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索 PubMed是美國家醫(yī)學(xué)圖書館(National Library of Medicine NLM)下屬的國家生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information NCBI)開發(fā)的、基于WWW的查詢系統(tǒng)。數(shù)據(jù)更新快，檢索系統(tǒng)比較完善，深受廣大醫(yī)務(wù)工作者和圖書情報人員的歡迎。網(wǎng)址：/pubmed或者 /entrez 背景知識美國國家健康研究所(院） (National Institutes of Health,NIH)美國的國家生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology I

2、nformation, 簡稱NCBI) 是是美國國家健康研究院(NIH)所轄美國國家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)的一部分. NCBI位于馬里蘭州的貝塞斯達(dá), 建立于1988年。NIH-NLMNCBI PubMed系統(tǒng)是用于檢索MEDLINE、PreMED-LINE數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)上檢索系統(tǒng)。MEDLINE是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館最重要的書目文摘數(shù)據(jù)庫，內(nèi)容涉及醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、牙科學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生保健和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)。收錄了全世界70多個國家和地區(qū)的4500余種生物醫(yī)學(xué)期刊，現(xiàn)有書目文摘條目1700萬余條，時間起自1950s。 PubMed 網(wǎng)上更新速度是每周一次。PubMed數(shù)據(jù)庫收錄的文獻(xiàn)大多數(shù)原始語種也是英語，或有

3、英文摘要，但1975年以前的文獻(xiàn)無英文摘要。一、輔助檢索功能 輔助檢索功能包括條件限定【Limits】、預(yù)覽/索引【Preview/Index】、檢索史【History】和粘貼板【Clipboard】4種功能設(shè)置。 （2）修改檢索策略：在“All Fields”，下拉菜單中選擇一個檢索字段，然后在提問框內(nèi)增加檢索詞，點(diǎn)擊【Preview】按鈕，系統(tǒng)顯示新一次檢索結(jié)果的記錄數(shù)。這樣反復(fù)進(jìn)行，直到檢索結(jié)果記錄數(shù)量令人滿意為止。從索引表中選詞檢索：在“All Fields”下拉菜單（Pull Down Menu）中選擇一個檢索字段，然后在提問框內(nèi)鍵入與選定字段相對應(yīng)的檢索詞語，點(diǎn)擊【Index】按鈕

4、，系統(tǒng)顯示相應(yīng)字段的索引詞表（見上圖）。用鼠標(biāo)點(diǎn)亮其中一個檢索詞，然后，點(diǎn)擊合適的邏輯運(yùn)算符（AND、OR或NOT），被點(diǎn)亮的詞會自動加進(jìn)檢索提問框中。然后再點(diǎn)擊Preview鍵，系統(tǒng)顯示新檢索結(jié)果數(shù)。3 檢索史【History】【History】按鈕主要用于查看檢索策略，也可用于查看檢索結(jié)果記錄數(shù)量。點(diǎn)擊【History】，顯示檢索歷史：檢索序號、檢索式、檢索時間和檢索記錄數(shù)。要查看檢索到的記錄，直接點(diǎn)擊檢索結(jié)果數(shù)（Result）按鈕即可。在【History】狀態(tài)下，可以將檢索式用邏輯運(yùn)算符連接起來后再檢索。如在提問框中鍵入#1 AND #2，然后點(diǎn)擊【GO】。要清除檢索史，請點(diǎn)擊Clear

5、 History鍵。注意事項(xiàng)： PuMed最多可保留100個檢索式，超過100個時自動刪除最早的檢索式；進(jìn)行布爾邏輯運(yùn)算“AND”、“OR”、“NOT”運(yùn)算。4、粘貼板【Clipboard】的用法【Clipboard】是在檢索過程中存放檢索結(jié)果的地方，以便于集中存盤、打印或訂購原文時使用。粘貼板最多能存放500條記錄。只要粘貼板中有記錄，就可點(diǎn)擊【Clipboard】查看其中的記錄（記錄為Summary格式）。粘貼板按記錄存放的先后順序顯示記錄題錄。要把檢索全部結(jié)果存入粘貼板，只需直接點(diǎn)擊Send to Clipboard鍵。如果把部分檢索結(jié)果存放在粘貼板，需要點(diǎn)擊該記錄左上角的選擇框作標(biāo)記后

6、，再點(diǎn)擊Send to Clipboard鍵。粘貼板上的記錄序號顏色均變綠。二、單篇文獻(xiàn)匹配三、批量文獻(xiàn)匹配四、詞匯自動轉(zhuǎn)換功能（Automatic Term Mapping）在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入檢索詞，系統(tǒng)將按順序使用如下4種表或索引，對檢索詞進(jìn)行轉(zhuǎn)換后再檢索。（1）MeSH轉(zhuǎn)換表（MeSH Translation Table），包括MeSH詞、參見詞、副主題詞等。如果系統(tǒng)在該表中發(fā)現(xiàn)了與檢索詞相匹配的詞，就會自動將其轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的MeSH詞和Text Word詞（題名詞和文摘詞）進(jìn)行檢索。例如：鍵入“Pancreatic cancer”，系統(tǒng)將其轉(zhuǎn)換成“Panreatic N

7、eoplasmsMeSH Terms OR Pancreatic cancerText word”后進(jìn)行檢索。（2）刊名轉(zhuǎn)換表（Journal Tanslation Table）包括刊名全稱、MEDLINE形式的縮寫和ISSN號。該轉(zhuǎn)換表能把鍵入的刊名全稱轉(zhuǎn)換為“MEDLINE縮寫Journal Name”后進(jìn)行檢索。如：在檢索提問框中鍵入：“new England journal of medicine”, PubMed將其轉(zhuǎn)換為“N Engl J Med Journal Name”后進(jìn)行檢索。（3）短語表（4）作者索引五、強(qiáng)制檢索功能 在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入一個短語后點(diǎn)擊“G

8、o”，系統(tǒng)會高速用自動轉(zhuǎn)換功能查找到相應(yīng)的匹配詞后再進(jìn)行檢索； 但是，當(dāng)鍵入的詞語無匹配詞時，PubMed就會將鍵入的詞語斷開后再重復(fù)上述自動詞匯轉(zhuǎn)換過程，若仍然沒有匹配詞，系統(tǒng)就將短語分解成單詞，再用AND聯(lián)在一起在全部字段中檢索。很明顯，這樣檢索的結(jié)果是不符合用戶要求的。因此，PubMed允許使用雙引號（“”）來強(qiáng)制系統(tǒng)進(jìn)行短語檢索。例如，在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入“Single cell”，并用雙引號引起來，然后點(diǎn)擊“Go”，系統(tǒng)會將其作為一個不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫的全部字段中進(jìn)行檢索。使用雙引號檢索，會自動關(guān)閉詞匯轉(zhuǎn)換功能。六、鏈接功能1 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接 PubMed系統(tǒng)中的每

9、一條文獻(xiàn)記錄均有一個相關(guān)文獻(xiàn)鏈接，在檢索結(jié)果的顯示狀態(tài)下，每條記錄的右邊均有【Related Articles，Links】鏈接，比較整個數(shù)據(jù)庫中所有記錄與指定記錄的相似性，并將超過某一閥值的記錄按與指定記錄相似性高低程度排序輸出。點(diǎn)擊該鏈接按鈕，系統(tǒng)按文獻(xiàn)的相關(guān)度從高到低顯示。利用此超鏈可擴(kuò)大檢索范圍，獲得與所選記錄相關(guān)的文獻(xiàn)。2 全文鏈接 PubMed系統(tǒng)在以“Abstract”格式顯示檢索結(jié)果時，為每條能聯(lián)機(jī)獲取全文的記錄都設(shè)置了【Full Text Article】的相關(guān)超級鏈接(多數(shù)為期刊名稱鏈接)。 PubMed數(shù)據(jù)庫可使用的運(yùn)算符號1 截詞符 * PubMed允許使用“*”號作為

10、截詞符進(jìn)行截詞檢索。如：鍵入“physi*”，系統(tǒng)會找到那些前一部分是physi的單詞（如phsics，physical，physiology等），并對其分別進(jìn)行檢索。如果這種詞少于150個，PuMed會逐個詞檢索，若超過150個（如 ：med*），pubMed將顯示如下警告信息：“Wildcard search for term* used only the first 150 variations. Lengthen the root word to search for all endings.”。截詞功能只限于單詞，對詞組無效。 使用截詞檢索功能時，PubMed系統(tǒng)會自動關(guān)閉詞匯轉(zhuǎn)換功

11、能。 2、強(qiáng)制檢索符“ ”.3、布爾邏輯運(yùn)算符 PuMed檢索系統(tǒng)允許使用布爾邏輯檢索，但要在提問框中鍵入布爾邏輯運(yùn)算符（AND，OR或NOT）。如：#1 AND #2。而且運(yùn)算符號AND 、OR、 NOTPubMed檢索途徑和方法 1、詞語（主題）檢索 2 著者檢索3 刊名檢索 八、檢索結(jié)果輸出功能 1 顯示檢索結(jié)果（Displaying）其默認(rèn)Summary格式。命中記錄按該記錄被輸入pubMed時間排序輸出,最新的排在最前面。每頁顯示記錄數(shù)默認(rèn)值為20,“Show”功能鍵所帶的下拉菜單可以更改每頁顯示記錄數(shù),可選項(xiàng)從5條到500條不等。2、保存檢索結(jié)果（Saving） PuMed系統(tǒng)允許

12、最多可保存5000條記錄。存盤時PubMed默認(rèn)文件名為“query . fcgi”。該文件名可以修改，文件格式也可在“. Fcgi”和“.txt”中選擇。選擇.txt格式，便于用文字處理軟件和文本編輯器打開所存文件。如果想存為超文本格式，則需要使用Web瀏覽器的“另存為.”功能，并選擇“.html”格式后再存盤。 3、打印檢索結(jié)果（printing） 4 、訂閱文獻(xiàn)全文（Ordering） 點(diǎn)擊【Order】按鈕，即可訂閱全部檢索記錄的文獻(xiàn)全文；要訂閱部分記錄的文獻(xiàn)全文時，對選定的記錄予以標(biāo)記后，再點(diǎn)擊【Order】按鈕。如果檢索過程中已進(jìn)行過多次檢索，可將每次檢索結(jié)果添加到粘貼板后，再從粘貼板中集中訂取文獻(xiàn)全文。該項(xiàng)服務(wù)為收費(fèi)項(xiàng)目。九、其它功能 臨床咨詢（Clinical queries） 臨床咨詢（Clinical queries）是pubMed設(shè)立的一個專供臨床醫(yī)生查找與臨床有關(guān)的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)。PubMed采用過濾器（filters）技術(shù)，當(dāng)輸入一個檢索提問詞時，系統(tǒng)只檢索與有關(guān)該提問詞的治療（Therapy）、診斷（Diagnosis）、病因（etiology）、預(yù)后（Prognosis）和clinical prediction guides（臨床預(yù)測指南）等5個方面與臨床密