啟動子生物信息學(xué)分析軟件

1、1.PromoterPrediction/seq_tools/promoter.htmlPlantCARE(plantcis-actingregulatoryelements),adatabaseofplantcis-actingregulatoryelements HYPERLINK http:/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/p http:/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/3.promoter2.0predictionserver HYPERLINK http:/www.cbs

2、.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/4.啟動子分析網(wǎng)址: HYPERLINK /seq_tools/promoter.html /seq_tools/promoter.html HYPERLINK http:/alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html http:/alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ htt

3、p:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ HYPERLINK /molb470/ /molb470/.s/solorz/index.html HYPERLINK /molbio/proscan/http:/bip.weizmann.ac.il/toolbo /molbio/proscan/http:/bip.weizmann.ac.il/toolbo.ters.html#databases HYPERLINK /seq_tools/promoter.html.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm /seq_tools/promoter

4、.html.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm HYPERLINK /pub/programs.html%23pmatch.hk/b400559/arraysoft_pathway.html%23Promoter /pub/programs.html#pmatch.hk/b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter HYPERLINK http:/www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.htmlhttp:/intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http:/www.dna

5、.affrc.go.jp/PLACE/signalup.htmlhttp:/intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ HYPERLINK /molbio/proscan/ /molbio/proscan/ HYPERLINK /molbio/signal/ /molbio/signal/ HYPERLINK /thread-41571-1-1.htm /thread-41571-1-1.h

6、tm常用啟動子分析網(wǎng)址： HYPERLINK http:/bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html%23databas http:/bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databases HYPERLINK /seq_tools/promoter.html /seq_tools/promoter.html HYPERLINK .sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htmhttp:/www.gene-regulation.eom/pu

7、b/programs.html%23pmatch .sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htmhttp:/www.gene-regulation.eom/pub/programs.html#pmatch HYPERLINK .hk/b400559/arraysoft_pathway.html%23Promoterhttp:/www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html .hk/b400559/arraysoft_pathway.html#Promoterhttp:/www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.ht

8、ml HYPERLINK http:/intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ HYPERLINK /molbio/proscan/ /molbio/proscan/ HYPERLINK /molbio/signal/ /molbio/signal/首先就是想直接查找有沒有人做過這條基因的啟動子，在pubmed中輸入genename

9、+promoter接著就想看看有沒有數(shù)據(jù)庫可以直接給出啟動子序列的，很幸運竟然發(fā)現(xiàn)一個極好的啟動子搜索講義網(wǎng)站，如下， HYPERLINK .il/workshops/bgu/promoterworkshop.html .il/workshops/bgu/promoterworkshop.html第一步就是要找到基因確定基因所在基因組區(qū)域，其中列出很多網(wǎng)站，不過偶還是習慣genbank，在gene欄中search某個基因，不要搞錯基因種屬！進入后即可看到該基因的詳細條目，別眼花，就點擊右側(cè)link欄的Mapviewer鏈接，進入即可看到該基因在染色體上的形象定位，鼠標懸停在基因的起始位點時，即

10、可在瀏覽器下方的狀態(tài)欄中顯示該位點在染色體上的明確定位，比如110997788，結(jié)合給出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概確定該啟動子在基因組中的大概定位，即110778899-110997788;第二步搞清楚基因組狀態(tài)，我沒搞太清楚，不過其中給的一個鏈接來查出啟動子所在克?。ú槌隹寺√柨梢再徺I） HYPERLINK /genome/guide/mouse/ /genome/guide/mouse/該鏈接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一個clonelist；第三步搜索啟動子，其中可以用啟動子數(shù)據(jù)庫和

11、啟動子預(yù)測軟件，當然如果啟動子數(shù)據(jù)庫中有最好，但很失望給出的數(shù)據(jù)庫均不能查到！只好用啟動子預(yù)測軟件，使用了幾個在線預(yù)測工具后覺得下面這個速度賊快，推薦 HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/我把該基因的dna序列submit之后返回了很多個PolII識別位點，到底哪個是呢？我個人理解啟動子應(yīng)該是翻譯起始位點附近，所以在這個dna序列中定位翻譯起始位點即可找到最近的Highlylikelyprediction，那么怎么定位呢？利用blast2這個利器，只要把

12、dna和mrna序列粘貼進去提交就ok，正好在翻譯起始位點上游幾百bp有個識別位點，ok!啟動子序列就是翻譯起始位點上游大概1kb長度的序列了！直接用ensemble數(shù)據(jù)庫的話，可以直接知道基因外顯子和起始位點的位置，然后直接可以查到之前的序列，再選3k-4k的長度預(yù)測就比較方便了。啟動子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點數(shù)據(jù)庫及預(yù)測工具轉(zhuǎn)載CL弐忖戶心血衣赴滬bLilPROMOTERFINDINGANDANALYSISPROGRAMSONTHEINTERNET忽然感覺很GUILTY的，BLOG里竟然不放一點點和研究有關(guān)的重要工具。換了電腦之后才發(fā)現(xiàn)，很多有用的鏈接都沒有COPY下來，于是，從頭開始做吧。這是

13、Andrew給我的他的PAPER里的有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的數(shù)據(jù)庫，還有其他網(wǎng)友整理的，都很有用，這個星期有空再核下幾個重要基因的SNP。也IB-Ts匚ncmwoi皿|尺電喘昭nloivTuriitkw1中3丨。片詳crii?沖廠FSNP-ftf.：3bl尸F(xiàn)uncdon尸nrtarhili：1$申已自合!jcaJF-SHPli11p_iTsnap.rmirpien.u.iiiUinfl-srrcirmnhisrainanaf-nnbnimededlufHtSin5.rRM!Dai-i.awSrcnSMFy&nprijnE-_a五admjFTiaifltJlegsiteMunipieanahso

14、snrmuiauwr吟uhHumaiLiSfUt-ng冋幵毀Murliplg-rnaryspsnrmuiuonr哄山sn如1匚購tXrSJMPHi俯驗創(chuàng)代匸創(chuàng)創(chuàng)跑seof的1*2101*1ssearfcEedSNFsPeMAPreitaaL3co)njatiE歸妣e加asift-朗涉?zhèn)洮F(xiàn)ls-snp.SmFs3l.splicira.TFBS.?11甌氐16.tJCK-Mt5.-15-Pfliwfcslsrv*苗理:Ghjpw*叭龍也smiartayisuaiajtiFhuintMos/xjw?SHF土mut：-9iri&.riSHP(PwlpPhtTFAE-諒1記詁空riSbf冏F1旳如rti

15、ieHaiLflCnnclalnpofpSNfsCFPJyPIIFas.sp11cknfw仙心站減ErsieDiizstcin.TFC1G：_卑Jc凹？轉(zhuǎn)PnOmvtKrr.Fplicarim皿址番磚占卜J戶吊rjisi?Cd.365,0?33NFT9：an站近E曲fsjalz=3BonofSPIFsowenapFrzg呂nn百IMl補巾合fpraleHn為.slicingQ.K：lrKPSUlkiD.modiHcaflionis：anHF之舲寸雖衛(wèi)門肓宜ihi訓(xùn)rmnn鼻nn=amiadcpnori.irilerai-liDfi；5ite&post血日|1旦丸onsnodrfiiiliDrr

16、s.Him-orar.cMBilBfngWCil_3-SHP)TFB3.consertiiMn.srfjc&s-rtpCuGstand.KhyBUQ氐17-lfraN-JnsenennlcMouy.er$lur&HTajrn6retKlmasMrrtahflrtWanE.ngc.Einica_6dU-hMffa&l-iHpiy&SdiipSitSdu.NwfhUp-iVrTiuEhQryi-LirVmuIdbuldovnlaadCaulhiO-rhhfiloioifiro.c1tiiT.enouuunNPemrrziRMATLrrRmLRHqarets.ininwr-Jin礙盡umEM&=in

17、sL尸mmnirrrs豈w尸simbijtrarpredideelpqB.ltsrg&is敕目n凰JaroErtHGaniT.nuriRiiMGlBsPrnmcign口1:1口匚nfpnimnlR,TFBSfeSI-JFs(671輕rg日CUiSSENF3JSNPEsprnm-1DnljizoN口IQcn3EgE&cittDGidENFLii：B3con5tsernptes.EQFBWG：3MF直甜nonftceESNPsiniJrecineelFBS(TrariSfaeF-tftrpgcrsioiicBi-wjocai1宓兒mumrsij：-iSfJIKtiltlla41CIKMTrmb-i

18、KSNs：桿3沖hsj屯醐.lut址范咽軌ik說nm訶滋占I葉酣(Inti?l3wE能即kto.po-c1ora1trEpLH25IInrprDmnt)grL*ri3iinhimlirrlliKiIdillutTMA-550KSNF-hnpUnaciplipgirnarnl-cLiki口iuJ：lg+宙墓媒陽gj癢期Wni汨吐伽do-Anrlc-alirrqp_Uwaneme.hMit.iewENPaLPranwIenTRANSPLORER(TRANScriptionexPLORER)Dnanalyze(TFmapping)DragonPromoterFinder1.2(TSSfinderan

19、dpromoterregionanalysis)FunSiteP2.1HCtata(TATAsignalprediction)McPromoterVer.3MatInspector(SearchforTFbindingsites)ModelGeneratorandModelInspectorNNPP2.1(TSSfinder)PromoterInspector(Strandnon-specificpromoterregionfinder)Promoter2.0(TSSfinder)PromoterScanII(Promoterregionprediction)RGSiteScanSignalS

20、can(SearchforEukaryoticTranscriptionalElements)TESS(SearchforTranscriptionElements)TFSEARCH(PredictsTFbindingsitesbasedonTRANSFACdata)TRANSFAC(TFdatabaseandanumberofassociatedprograms)TSSGandTSSWPROMOTER2.0 HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/通常確定

21、啟動子的算法可以分成兩種，一種根據(jù)啟動子區(qū)各種轉(zhuǎn)錄信號，如TATA盒、CCAAT盒，結(jié)合對這些保守信號及信號間保守的空間排列順序的識別進行預(yù)測。如PROMOTER2.0,用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法確定TATA盒、CCAAT盒、加帽位點(capsite)和GC盒(GCbox)的位置和距離，識別含TATA盒的啟動子。PROMOTERSCAN HYPERLINK /molbio/proscan/ /molbio/proscan/根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位在基因組中分布的不平衡性，將轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位分布密度與TATA盒的權(quán)重矩陣(weightmatrix)結(jié)合起來，從基因組DNA中識別出啟動子區(qū)3。但上述程序預(yù)測的假陽

22、性率較高PROMOTER210每23kb出現(xiàn)一個假陽性;PRO2MOTERSCAN平均每19kb出現(xiàn)一個假陽性。PromoterInspector HYPERLINK http:/www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.ht http:/www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.html另一種方法根據(jù)啟動子區(qū)序列的特征進行預(yù)測。Promo2terInspector從一組訓(xùn)練序列中提取出啟動子區(qū)的環(huán)境特征，并將外顯子、內(nèi)含子和3

23、端非翻譯區(qū)的特征與啟動子區(qū)加以區(qū)分，從而在基因組中確定啟動子位置FirstEF HYPERLINK /tools/FirstEF/ /tools/FirstEF/近來還有一些程序?qū)⑸鲜龇椒ㄅcCpG島(CpGislands)信息相結(jié)合。CpG島是一段200bp或更長的DNA序列,核苷酸G+C的含量較高，并且CpG雙核苷酸的出現(xiàn)頻率占G+C含量的50%以上。許多脊椎動物的啟動子區(qū)都與CpG島的位置重合。FirstEF(http:/rulailcshllorg/tools/FirstEF/)搜索通過5UTR定位技術(shù)構(gòu)建的第一外顯子數(shù)據(jù)庫，識別第一剪切點(firstsplicingdonorsite)

24、,結(jié)合CpG島信息，確定啟動子區(qū)。這種方法使預(yù)測的敏感性和特異性都明顯提高。該程序預(yù)測含CpG島的啟動子的敏感性和特異性都高于90%，預(yù)測不含CpG島的啟動子的精確性相對略低。TRRD數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/收錄了真核基因調(diào)控區(qū)結(jié)構(gòu)和基因表達方式的信息，每個條目對應(yīng)一個基因。應(yīng)用權(quán)重矩陣數(shù)據(jù)庫搜索轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位的程序包括SIGNALSCAN HYPERLINK /molbio/signal/ /molbio/si

25、gnal/MatInspector HYPERLINK http:/www.genomatix.de/products/index.html http:/www.genomatix.de/products/index.html轉(zhuǎn)錄因子搜索程序(transcriptionalfactorsearch,TF2SEARCH) HYPERLINK http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html等等。盡管基于PWM的搜索比較敏感,但它最大的缺點就是假陽性率過高，在預(yù)測的結(jié)果中有

26、很多結(jié)合部位并不真正具有生物學(xué)功能。COMPEL數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/compel.bionet.nsc.ru/new/index.html http:/compel.bionet.nsc.ru/new/index.html經(jīng)實驗確定的復(fù)合元件不多COMPEL數(shù)據(jù)庫中收錄了近200條經(jīng)實驗確定的復(fù)合元件的信息。如果轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位的預(yù)測結(jié)果中包含復(fù)合元件，顯然比單個元件更有可能具有生物學(xué)功能。Co-Bind程序通過建立兩個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位的PWM及其復(fù)合作用的模型，可以預(yù)測序列中的復(fù)合元件。還有一些程序利用COMPEL數(shù)據(jù)庫中已知的復(fù)合元件去搜索基因組序列。Consensus

27、/pub/consensus/AlignACE HYPERLINK /cgi-bin/alignace.pl /cgi-bin/alignace.pl等是用來搜索高含量基序(overrepresentedmotiffinding)的一些算法，可以對一組基因簇中的基因調(diào)控區(qū)進行比較，以發(fā)現(xiàn)其中存在的高含量的基序，調(diào)控元件可能就存在于這些基序之中摘自tjogzts的BLOG，有些挺好的收錄 HYPERLINK /archive.html /archive.html1.NCBI上的FindingPromoter(NCBI推薦的)( HYPERLINK /Class/NAWBIS/Modules/DN

28、A/dna21b.htm /Class/NAWBIS/Modules/DNA/dna21b.htm)PromoterScanfromtheBioinformaticsandMolecularAnalysissectionofNIH.TFSearchfromtheComputationalBiologyResearchCenterofJapan.DRAGONGeneStartFinderfromtheDRAGONGenomeExplorersite.2.Promoter2.0PredictionServer( HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http:/www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/)Promoter2.0predictstranscriptionstartsitesofvertebratePolIIpromotersinDNAsequences.Ithasbeend