精選基因組學(xué)考試資料-整理版

1、基因組學(xué)考試資料-整理版第一章一、基因組1、基因組genome：生物所具有的攜帶遺傳信息的遺傳物質(zhì)的總和,是指生物細(xì)胞中所有的DNA，包括所有的基因和基因間區(qū)域。2、基因組學(xué)：指以分子生物學(xué)技術(shù)、計(jì)算機(jī)技術(shù)和信息網(wǎng)絡(luò)技術(shù)為研究手段，以生物體內(nèi)全部基因?yàn)檠芯繉?duì)象，在全基因背景下和整體水平上探索生命活動(dòng)的內(nèi)在規(guī)律及其內(nèi)外環(huán)境影響機(jī)制的科學(xué)?；蚪M學(xué)包括3個(gè)不同的亞領(lǐng)域結(jié)構(gòu)基因組學(xué)(structural genomics) ：以全基因組測(cè)序?yàn)槟繕?biāo) 功能基因組學(xué)(functional genomics)：以基因功能鑒定為目標(biāo)比擬基因組學(xué)(comparative genomics)二、基因組序列復(fù)雜性1

2、、C值是指一個(gè)單倍體基因組中DNA的總量，以基因組的堿基對(duì)來(lái)表示。每個(gè)細(xì)胞中以皮克(pg，10-12g)水平表示。C 值悖理矛盾C-value paradox)：在結(jié)構(gòu)、功能很相似的同一類生物中，甚至在親緣關(guān)系十分接近的物種之間，它們的C值可以相差數(shù)10倍乃至上百倍。C值反映了總體趨勢(shì)上，隨著生物結(jié)構(gòu)和功能的復(fù)雜性的增加，各分類單元中最小基因組的大小隨分類地位的提高而遞增。2、序列復(fù)雜性單一順序：基因組中單拷貝的DNA序列重復(fù)順序：基因組中多拷貝的基因序列真核生物基因組DNA組分為非均一性，可分為3種類型：快速?gòu)?fù)性組分、居間復(fù)性組分、緩慢復(fù)興組分三、基因與基因家族1、基因家族：是真核基因組的共

3、同特征，他們來(lái)自一個(gè)共同的祖先，因基因加倍和趨異，產(chǎn)生了許多在DNA序列上根本一致而略有不同的成員。包括編碼RNA的基因和編碼蛋白質(zhì)的基因2、隔裂基因split gene：指基因內(nèi)部被一個(gè)或更多不翻譯的編碼順序即內(nèi)含子所隔裂。3、異常結(jié)構(gòu)基因分類重疊基因：編碼序列彼此重疊的基因，含有不同蛋白質(zhì)的編碼序列。 基因內(nèi)基因:一個(gè)基因的內(nèi)含子中包含其他基因。 反義基因: 與基因編碼序列互補(bǔ)的的負(fù)鏈編碼基因，參與基因的表達(dá)調(diào)控，可以干擾靶基因mRNA轉(zhuǎn)錄與翻譯。4、假基因：來(lái)源于功能基因但已失去活性或者改變?cè)瓉?lái)活性功能的DNA序列.四、基因組特征比擬真核生物基因組的特征 ：復(fù)雜性較高的生物基因組結(jié)構(gòu)松弛

4、，在整個(gè)基因組范圍內(nèi)分布大量重復(fù)順序小基因組重復(fù)序列較少，大基因組重復(fù)序列急劇擴(kuò)增；含有大量數(shù)目不等的線性DNA分子，并且，每個(gè)長(zhǎng)鏈DNA都與蛋白質(zhì)組成染色體結(jié)構(gòu)； 含有細(xì)胞器基因組所有真核生物都具有環(huán)狀的線粒體DNA，植物細(xì)胞還含有環(huán)狀的葉綠體DNA。原核生物基因組的特征 :原核生物基因數(shù)目比真核生物少，大小在5 Mb以下; 原核生物基因組結(jié)構(gòu)更緊湊;極少重復(fù)序列;重復(fù)基因的數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于真核生物；不存在內(nèi)含子，根本都是編碼序列，無(wú)斷裂基因。第二章一、為何要繪制遺傳圖與物理圖？1)基因組太大,必需分散測(cè)序,然后將分散的順序按原來(lái)位置組裝,需要圖譜進(jìn)行指導(dǎo)。2)基因組存在大量重復(fù)順序,會(huì)干擾排序

5、,因此要高密度基因組圖。3)遺傳圖和物理圖各有優(yōu)缺點(diǎn),必須相互整合校正。二、基因組測(cè)序方法、原理及特點(diǎn)：1. 克隆重疊群法clone contig method，作圖法測(cè)序：先構(gòu)建遺傳圖，再利用幾套高度覆蓋的大片段基因組文庫(kù)BAC、PAC等獲得精細(xì)的物理圖，選擇適宜的BAC或PAC克隆測(cè)序，利用計(jì)算機(jī)拼裝。BAC內(nèi)的空洞根本上都可以利用設(shè)計(jì)引物等手段填補(bǔ)，形成一條完整的BAC序列。然后由相互關(guān)聯(lián)、局部重疊的BAC克隆連成一個(gè)大的重疊群Contig。優(yōu)點(diǎn)：通過(guò)這種方法得到的基因組數(shù)據(jù)是最為準(zhǔn)確和精細(xì)的數(shù)據(jù)，也是基因組測(cè)序的最終目標(biāo)。缺點(diǎn)：該方法的技術(shù)難度較高，尤其大片段基因組文庫(kù)BAC和精細(xì)物理

6、圖構(gòu)建是技術(shù)性極強(qiáng)的工作；此外，費(fèi)用相對(duì)于鳥(niǎo)槍法要稍高一些，完成整個(gè)基因組測(cè)序周期也要長(zhǎng)些。2. 全基因組鳥(niǎo)槍法whole-genome shotgun method：是隨機(jī)先將整個(gè)基因組打碎成小片段進(jìn)行測(cè)序，最終利用計(jì)算機(jī)根據(jù)序列之間的重疊關(guān)系進(jìn)行排序和組裝，并確定它們?cè)诨蚪M中的正確位置。優(yōu)點(diǎn)：速度快，簡(jiǎn)單易行，本錢(qián)較低，可以在較短的時(shí)間內(nèi)通過(guò)集中機(jī)器和人力的方法獲得大量的基因片斷。缺點(diǎn)：最終排序結(jié)果的拼接組裝比擬困難，尤其在局部重復(fù)序列較高的地方難度較大。此外有許多序列片段難以定位在確切的染色體上，成為游離片斷；同時(shí)又會(huì)有許多地方由于沒(méi)有足夠的覆蓋率而形成空缺。這些缺陷最終導(dǎo)致整個(gè)基因圖

7、會(huì)留下大量的空洞，也影響其準(zhǔn)確度。三、遺傳圖與物理圖遺傳作圖Genetic mapping：采用遺傳學(xué)分析方法將基因或其它DNA序列標(biāo)定在染色體上構(gòu)建連鎖圖。此方法包括雜交實(shí)驗(yàn)，家系分析。遺傳圖距單位為厘摩(cM), 每單位厘摩定義為1%交換率。相對(duì)位置 物理作圖Physical mapping：采用分子生物學(xué)技術(shù)直接將DNA分子標(biāo)記、基因或克隆標(biāo)定在基因組實(shí)際位置。物理圖的距離依作圖方法而異，如輻射雜種作圖的計(jì)算單位為厘鐳(cR), 限制性片段作圖與克隆作圖的圖距為DNA的分子長(zhǎng)度，即堿基對(duì)(bp, kb)。絕對(duì)位置基因是首先被使用的標(biāo)記：基因十分有限，大量的基因間隔區(qū)DNA標(biāo)記必須有等位型

8、才是有用的四、遺傳圖標(biāo)記及特點(diǎn)：1.限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性restriction fragment length polymorphisms, RFLP同一物種的亞種、品系或個(gè)體間基因組DNA 受到同一種限制性內(nèi)切酶作用而形成不同的酶切圖譜的現(xiàn)象，第一代分子標(biāo)記。特點(diǎn)：1) 處于染色體上的位置相對(duì)固定; 2) 同一親本及其子代相同位點(diǎn)上的多態(tài)性片段特征不變; 3) 同一凝膠電泳可顯示等位區(qū)段不同多態(tài)性片段, 表現(xiàn)為共顯性(可鑒定純合子和雜合子); 4) 需要用Southern雜交檢測(cè)顯示。2. 簡(jiǎn)單序列長(zhǎng)度多態(tài)性simple sequence length polymorphisms, SSLP

9、第二代分子標(biāo)記 SSR技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)是：1在基因組中隨機(jī)分布，檢測(cè)的多態(tài)性頻率高；2PCR特異引物，重復(fù)性好3共顯性，操作相對(duì)簡(jiǎn)單。問(wèn)題是：1SSR需要測(cè)序和設(shè)計(jì)引物，因而需要大量的人力、物力和時(shí)間；2另外其種屬特異性強(qiáng)，開(kāi)發(fā)所需的費(fèi)用高昂，因此一些實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行了合作，共同開(kāi)發(fā)微衛(wèi)星引物。 SSR標(biāo)記的關(guān)鍵是引物的設(shè)計(jì)3. 單核苷酸多態(tài)性single nucleotide polymorphisms, SNP是指同一物種不同個(gè)體基因組DNA的等位序列上單個(gè)核苷酸存在差異的現(xiàn)象。其中最少一種在群體中的頻率不小于1；根據(jù)SNP在基因中的位置，SNP可分為：基因編碼區(qū)SNP、基因周邊SNP、基因間SNP。

10、SNP特點(diǎn)：1)SNP由核苷酸代換產(chǎn)生2)人類基因組平均600bp含一個(gè)SNP 3)人類基因組SNP總量大于500萬(wàn)占人類DNA序列差異的10% - 50%4)基因組中一些緊密連鎖的SNP可組成單倍型(Haplotype).單倍型中不同的SNP位點(diǎn)之間不發(fā)生重組與交換.五、遺傳作圖理論根底：采用一組分子標(biāo)記構(gòu)建遺傳圖的方法 主要依賴于連鎖分析。根本方法：兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)法和三點(diǎn)測(cè)驗(yàn)法六、不同模式生物連鎖分析有性雜交實(shí)驗(yàn)、質(zhì)譜分析、DNA轉(zhuǎn)移七、 Lod值是基因連鎖可能性的對(duì)數(shù)，用于初步判斷所研究的2個(gè)基因是否位于同一染色體上。八、細(xì)菌的遺傳作圖：局部二倍體作圖法轉(zhuǎn)化 transformation ：供

11、體細(xì)胞釋放的一段DNA通常小于50kb，經(jīng)受體細(xì)胞攝取后整合到基因組中，可借助抗性培養(yǎng)基篩選重組克隆。轉(zhuǎn)導(dǎo)transduction)：通過(guò)噬菌體將小片段DNA從供體細(xì)胞轉(zhuǎn)移到受體細(xì)胞。接合 (conjugation)：兩個(gè)細(xì)菌形成物理接觸，DNA從供體轉(zhuǎn)移到受體。轉(zhuǎn)移DNA可以是一段也可以是整個(gè)染色體，可達(dá)1Mb.第三章一、為什么需要物理作圖？1、遺傳圖譜分辨率有限：由于人類及其大多數(shù)高等真核生物來(lái)說(shuō)，不可能獲得巨大數(shù)量的后代，因此可用于研究的減數(shù)分裂體就少很多，連鎖分析就受限制，導(dǎo)致標(biāo)記密度的減小，從而影響遺傳作圖；2、遺傳圖覆蓋面低：由于染色體交換區(qū)域的不平衡，有些區(qū)段很少發(fā)生交換，難以獲

12、得高密度連鎖圖；3、遺傳圖分子標(biāo)記的排列有時(shí)會(huì)出現(xiàn)過(guò)失：遺傳作圖依賴子代的重組及別離比，由于環(huán)境及取樣誤差，有時(shí)結(jié)果會(huì)出現(xiàn)差異，相同的標(biāo)記在連鎖圖上位置不一樣。二、物理作圖方法及原理限制性作圖、基于克隆的基因組作圖、熒光原位雜交FISH、序列標(biāo)簽位點(diǎn)STS)1、限制性作圖：將限制性酶切位點(diǎn)標(biāo)定在DNA分子的相對(duì)位置。方法及原理：通過(guò)比擬不同限制性內(nèi)切酶切割所產(chǎn)生DNA片段大?。菏紫扔靡环N酶處理樣品后，電泳確定DNA片段的大??；然后用第二種酶處理，獲得第二組片段。最后用兩種酶混合處理，獲得第三組片段。收集上述資料進(jìn)行比照組裝：兩種酶切位點(diǎn)交替出現(xiàn)的區(qū)段用加減法確定其的相對(duì)位置。連續(xù)出現(xiàn)2個(gè)或多個(gè)

13、相同酶切位點(diǎn)的區(qū)段，采用局部酶解法。切點(diǎn)過(guò)多時(shí)可以采用末端同位素標(biāo)記結(jié)合局部酶解進(jìn)行繪圖。限制性作圖更適合于小分子。當(dāng)需要對(duì)大于50kb的基因組進(jìn)行限制性作圖時(shí)，通過(guò)選擇靶DNA分子中的稀有酶切位點(diǎn)酶可以克服限制性酶切作圖的局限性。大分子DNA別離采用特殊電泳：脈沖凝膠電泳PFGE、正交交變電場(chǎng)凝膠電泳OFAGE2、基于克隆的基因組作圖：根據(jù)克隆的DNA片段之間的重疊序列構(gòu)建重疊群(Contig), 繪制物理連鎖圖。常用大分子DNA克隆載體：酵母人工染色體YAC、噬菌體P1載體、細(xì)菌人工染色體BAC、P1人工染色體PAC、F黏粒。方法及原理：1、基因克隆2、構(gòu)建重疊群染色體步移法、指紋法3、熒

14、光原位雜交FISH：指在染色體上進(jìn)行DNA雜交，以便識(shí)別熒光標(biāo)記探針在染色體上位置的方法。4、序列標(biāo)簽位點(diǎn)作圖STS：通過(guò)PCR或分子雜交將小段DNA序列定位在基因組的DNA區(qū)段中。三、脈沖電泳PFGE的根本原理:將一個(gè)方向不斷變換的電場(chǎng)，取代簡(jiǎn)單的單一電場(chǎng)單向電場(chǎng))，使電泳中受阻的DNA分子在電場(chǎng)改變時(shí)扭轉(zhuǎn)遷移方向，較小的分子比擬大的分子重新排列的快，以此到達(dá)別離的目的。分辨率到達(dá)10Mb。四、重疊群：可以通過(guò)末端的重疊序列相互連接形成連續(xù)的DNA長(zhǎng)片段的一組克隆稱為重疊群(contig)五、指紋法：1、分類：限制性帶型Restriction patterns指紋：用不同限制性酶消化后，經(jīng)凝

15、膠別離產(chǎn)生的條帶。重復(fù)順序DNA指紋Repetitive DNA fingerprints：將不同克隆的限制性片段電泳轉(zhuǎn)膜后，與基因組范圍分布的重復(fù)序列雜交形成的帶型。重復(fù)順序DNA PCR Repetitive DNA PCR或分散重復(fù)順序PCRinterspersed repeat element PCR, IRE-PCR指紋：用基因組范圍的重復(fù)序列的互補(bǔ)序列做引物，擴(kuò)增兩個(gè)重復(fù)序列之間的單一順序，得到的產(chǎn)物帶型。2、克隆指紋法的原理：如果2個(gè)克隆彼此重疊，它們一定含有相同的序列。3、基因組范圍內(nèi)查找重疊克隆的最好方法首推克隆指紋排序。4、指紋：指確定DNA樣品所具有的特定DNA片段組成，

16、一個(gè)克隆的指紋表示了該克隆所具有的指定序列的特征，可以同其他克隆產(chǎn)生的同類指紋比擬。六、STS作圖法：根據(jù)STS序列設(shè)計(jì)引物，擴(kuò)增文庫(kù)當(dāng)中的克隆，能擴(kuò)出條帶的克隆都含有序列重疊的插入子。前提：某一克隆重疊群錨定到現(xiàn)有的STS標(biāo)記物理圖上，STS是單一序列，序列。序列標(biāo)記位點(diǎn)Sequence tagged site, STS :指一段短的DNA序列,通常長(zhǎng)度在100-500bp,易于識(shí)別, 在待研究的染色體或基因組中僅存有1個(gè)拷貝。因此當(dāng)2個(gè)片段含有同一STS順序時(shí)，可以確認(rèn)這兩個(gè)片段彼此重疊。合格的STS需要具備的兩個(gè)條件：1. 在染色體上的位置獨(dú)一無(wú)二；2. 序列，方便PCR檢測(cè)。尋找STS

17、的方法：1表達(dá)序列標(biāo)簽expressed sequence tag, ETS)：來(lái)源于cDNA克隆的小段序列。EST來(lái)自單拷貝的基因時(shí)可作為STS；2SSLP 具有多態(tài)性且通過(guò)連鎖分析進(jìn)行定位的SSLP很有價(jià)值，可以建立遺傳圖與物理圖之間的聯(lián)系；3隨機(jī)基因組順序?？赏ㄟ^(guò)對(duì)克隆的基因組DNA隨機(jī)測(cè)序獲得，或者從數(shù)據(jù)庫(kù)中尋找。七、熒光原位雜交：fluorescent in situ hybridization，F(xiàn)ISH指在染色體上進(jìn)行DNA雜交，以便識(shí)別熒光標(biāo)記探針在染色體上位置的方法。八、作圖試劑mapping reagent)：STS作圖過(guò)程中將的STS定位在染色體或基因組中的DNA區(qū)段，這些

18、STS標(biāo)記和作圖用的染色體區(qū)段以及DNA克隆。如何獲得作圖試劑？1放射雜交 2克隆文庫(kù)輻射雜種radiation hybrid)：含有其他生物染色體片段的嚙齒類動(dòng)物細(xì)胞。輻射雜種群radiation hybrid panel)：通過(guò)放射雜交產(chǎn)生的融合細(xì)胞群稱為輻射雜種群。輻射雜種群分為兩類：全基因組輻射雜種群?jiǎn)稳旧w輻射雜種群第四章一、DNA測(cè)序兩種方法過(guò)程及原理：雙脫氧鏈終止法更易于機(jī)械手操作，可以程序化控制；同時(shí)，化學(xué)降解法試劑的毒性影響健康1、雙脫氧鏈終止法the chain termination method，是通過(guò)合成與單鏈DNA互補(bǔ)的多核苷酸鏈來(lái)讀取待測(cè)DNA分子的順序。根本原理

19、: 通過(guò)合成與單鏈DNA互補(bǔ)的多核苷酸鏈，由于合成的互補(bǔ)鏈可在不同位置隨機(jī)終止反響，產(chǎn)生只差一個(gè)核苷酸的DNA分子，從而來(lái)讀取待測(cè)DNA分子的順序。目前普遍采用的測(cè)序酶為Sequenase, 來(lái)自T7噬菌體 2、化學(xué)降解法chemical degradation method，是將雙鏈DNA分子用化學(xué)試劑處理，產(chǎn)生切口，用同位素標(biāo)記進(jìn)行測(cè)序根本原理：在選定的核苷酸堿基中引入化學(xué)基團(tuán)，再用哌啶處理使DNA分子在被修飾的核苷酸位置降解，形成只差一個(gè)核苷酸的降解DNA群體。每個(gè)單鏈的同一方向都結(jié)合了放射性同位素標(biāo)記，顯示DNA位置。DMS硫酸二甲酯在中性pH環(huán)境，主要作用于G，被六氫吡啶作用而造成該

20、位點(diǎn)上DNA鏈的斷裂。 甲酸具有脫嘌呤作用。DNA鏈在脫嘌呤位點(diǎn)(G和A)發(fā)生斷裂。 肼聯(lián)氨 NH2.NH2，在堿性條件下，作用于T胸腺嘧啶和C胞嘧啶，在具有六氫吡啶的條件下，導(dǎo)致在這個(gè)核苷酸位置上發(fā)生DNA鏈的斷裂。如果在反響體系中參加高濃度的鹽，同胸腺嘧啶的反響速率便會(huì)下降，主要作用于C胞嘧啶。二、雙脫氧鏈終止法技術(shù)路線與要求：制備單鏈模板 A.克隆于質(zhì)粒中DNA用酸或堿變性 B.M13克隆單鏈DNA將單鏈模板與一小段引物退火 C.噬粒克隆DNA D.PCR產(chǎn)生單鏈DNA參加DNA多聚酶 高酶活性、無(wú)3-5外切酶活性、無(wú)5-3外切酶活性 4種脫氧核苷酸分別參加少量4種雙脫氧核苷酸ddNTP

21、的3C原子連接的是氫原子，不是羥基 將4種反響產(chǎn)物分別在4條泳道電泳 根據(jù)4個(gè)堿基在4條泳道的終止位置讀出基因序列三、雙脫氧鏈終止法要求單鏈作為模板，如何制備單鏈模板？1. 將DNA克隆到質(zhì)粒載體中：堿變性或熱變性變?yōu)閱捂?，DNA變性后兩條單鏈可同時(shí)雙向測(cè)序但未純化的DNA污染干擾測(cè)序反響；2. 以M13載體克隆單鏈DNA：M13噬菌體基因組為單鏈DNA，可用于克隆單鏈DNA，可以作為模板進(jìn)行DNA測(cè)序； 無(wú)需變性，直接測(cè)序；但3kb時(shí)擴(kuò)增時(shí)容易發(fā)生喪失與重排，只能操作小片段DNA測(cè)序。3. 以噬菌粒phagemid克隆DNA：改造的質(zhì)粒載體，有2個(gè)復(fù)制起始點(diǎn)質(zhì)粒自身和 M13單鏈?zhǔn)删w，在大

22、腸桿菌細(xì)胞中產(chǎn)生單鏈?zhǔn)删?，該系統(tǒng)防止了M13系統(tǒng)的不穩(wěn)定性，可克隆片段 10kb DNA測(cè)序4. PCR產(chǎn)生單鏈DNA：根據(jù)測(cè)序DNA兩端序列合成2個(gè)引物，采用PCR法擴(kuò)增樣品DNA，然后將其中一個(gè)引物連接到很小的磁珠，利用吸磁的方法提純擴(kuò)增的單鏈DNA；四、基因組測(cè)序方法原理優(yōu)缺點(diǎn)：按照大分子DNA克隆繪制的物理圖分別在單個(gè)大分子DNA內(nèi)部進(jìn)行測(cè)序和序列組裝，然后將彼此相連的的大分子克隆按排列次序搭建支架，最后以分子標(biāo)記為向?qū)⒋罱ǖ闹Ъ芊謩e錨定到基因組整合圖上作圖測(cè)序； 優(yōu)點(diǎn)：缺點(diǎn)：將整個(gè)基因組DNA打斷成小片段后克隆到質(zhì)粒載體上，然后隨機(jī)挑選克隆對(duì)插入片段進(jìn)行測(cè)序，并以測(cè)序的序列構(gòu)建重

23、疊群，在此根底上搭建支架，以分子標(biāo)記為向?qū)⒋罱ǖ闹Ъ芊謩e錨定到基因組整合圖上全基因組隨機(jī)測(cè)序或鳥(niǎo)槍法測(cè)序。 優(yōu)點(diǎn)：測(cè)序速度快，并且無(wú)須提供相關(guān)的遺傳圖譜和物理圖譜。缺點(diǎn)：對(duì)于結(jié)構(gòu)復(fù)雜的大基因組而言，鳥(niǎo)槍法的序列組裝的起始階段工作量非常大；基因組中普遍存在的重復(fù)序列是十分棘手的問(wèn)題，在序列組裝時(shí)可能出現(xiàn)錯(cuò)誤連接，使某些片段從原位置跳到另一無(wú)關(guān)位置。五、間隙類型：測(cè)序后將DNA順序進(jìn)行組裝,會(huì)發(fā)現(xiàn)存在不連續(xù)的區(qū)段，它們產(chǎn)生于:1) 因覆蓋率的原因而留下的未能測(cè)序的順序,仍存在于克隆文庫(kù)中, 這類間隙稱為順序間隙。解決方法:通過(guò)相鄰順序作為探針篩選已有的基因組文庫(kù)2) 因克隆載體自身的限制或DNA

24、順序特殊的組成等原因造成某些順序喪失或未能克隆, 這類間隙稱為物理間隙。解決方法:利用其它宿主菌與載體重新構(gòu)建文庫(kù)六、覆蓋面或深度：每個(gè)核苷酸在完成順序中平均出現(xiàn)的次數(shù)，或者說(shuō)完成順序的長(zhǎng)度與組裝順序長(zhǎng)度之比。在測(cè)序前，首先要考慮測(cè)序規(guī)模，P0=e- mm為覆蓋面，即單倍體基因組數(shù)；e為自然對(duì)數(shù)底數(shù)七、重要區(qū)域測(cè)序1、人們對(duì)感興趣的基因或與疾病相關(guān)的基因優(yōu)先測(cè)序。如：人類主要組織相容性復(fù)合區(qū)位于第6號(hào)染色體，與人類免疫系統(tǒng)有關(guān)，因而優(yōu)先測(cè)序。2.EST (Expressed sequence tag) 測(cè)序 EST是一種重要的基因組圖分子標(biāo)記,以EST為探針很容易從 cDNA文庫(kù)中篩選全基因,

25、又可從BAC克隆中找到其基因組的基因序列。3、瀏覽測(cè)序：粗略分析初步測(cè)序結(jié)果，從中尋找基因編碼順序的方法。八、名詞解釋1) BAC 末端序列(BAC-end sequenced) 一個(gè)BAC克隆插入片段兩端的已測(cè)序的序列,不包括內(nèi)部順序. 可用于確定BAC的排列方向以及重疊群(contig)在支架(scaffold)中的排列方向.2) 重疊群(contig) 一群相互重疊的克隆或DNA順序,可以是草圖順序或精確順序(finished), 包括連續(xù)的(內(nèi)部無(wú)間隙)或不連續(xù)的(內(nèi)部含間隙)DNA順序,未錨定到染色體上.3) 草圖順序(draft sequence) 人類基因組測(cè)序方案定義為經(jīng)Phr

26、ed Q20軟件認(rèn)可覆蓋測(cè)序克隆片段3-4倍的DNA順序. 含間隙或無(wú)間隙, 排列方向和位置未定.4) 精確順序(finished sequence) 順序過(guò)失率(錯(cuò)誤堿基數(shù))低于0.01%的DNA序列, 排列方向確定,內(nèi)部不含間隙, 一般測(cè)序覆蓋率在8-10個(gè)單倍體基因組 5) 支架(scaffold) 一組已錨定在染色體上的重疊群, 內(nèi)部含間隙或不含間隙. 九、幾種生物的測(cè)序方法： 大腸桿菌基因組測(cè)序圖位法; 流感嗜血桿菌基因組測(cè)序鳥(niǎo)槍法; 果蠅基因組測(cè)序鳥(niǎo)槍法; 人類基因組測(cè)序圖位法和鳥(niǎo)槍法; 水稻基因組測(cè)序 圖位法和鳥(niǎo)槍法。第五章一、內(nèi)含子出現(xiàn)的問(wèn)題：內(nèi)含子的出現(xiàn)給計(jì)算機(jī)判讀基因帶來(lái)不少問(wèn)題，對(duì)ORF掃描的根本程序的編寫(xiě)要考慮以下幾個(gè)問(wèn)題： 1密碼子偏好；編碼同一氨基酸的不同密碼子稱為同義密碼，其差異僅在密碼子的第3位堿基不同。特定種屬有特征性的密碼子偏愛(ài)，這些序列在編碼區(qū)常常出現(xiàn)，非編碼區(qū)只保持平均的堿基分布水平。2外顯子內(nèi)含子邊界；上游外顯子-內(nèi)含子邊界序列是判斷是否為編碼序列之一；但常有例外，導(dǎo)致判讀程序編寫(xiě)有一定困難。3上游調(diào)控序列。幾乎所有基因或操縱子上游都有調(diào)控序列，它們