《靜息態(tài)ICA處理》課件

靜息態(tài)fMRI的ICA處理方法及流程20120709涂世鵬

1精選課件fMRI數(shù)據(jù)預(yù)處理用spm做預(yù)處理：slicetimingrealign(Est&Res)Normalise(Est&Wri)Smooth無需去協(xié)變量全腦均值ICA使用的是smooth之后的數(shù)據(jù)。2精選課件使用GIFT軟件做獨(dú)立成分分割軟件包如同SPM只需添加到matlab搜索路徑中保存然后在matlab中輸入：gift即可調(diào)用。其使用說明書和相關(guān)文檔：v1.3h_GIFTManual.pdfv1.3h_GIFT_Walk_Through.pfd3精選課件主界面4精選課件導(dǎo)入數(shù)據(jù)以及參數(shù)選擇setupICAAnalysis選擇輸出路徑注意：（每個(gè)被試的數(shù)據(jù)有一個(gè)文件夾，然后將所有文件夾放在同一個(gè)路徑下）就是選擇這個(gè)路徑。選擇好后Directoriesselected：15精選課件第一行：選擇輸入文件前綴（按個(gè)人習(xí)慣）第二行：選擇要處理的數(shù)據(jù)，點(diǎn)入：Isyourdatastoredinonefolder？選擇No（因?yàn)槟愕拿恳粋€(gè)被試都有一個(gè)文件夾）6精選課件被試數(shù)目選擇：（即所有被試數(shù)目總數(shù)）Session處選擇1，這里每個(gè)被試只有一個(gè)數(shù)據(jù)集（即我們說的一個(gè)run）點(diǎn)ok7精選課件左邊一欄為所有被試的數(shù)據(jù)輸入的入口，從第一個(gè)起逐一選擇每一個(gè)被試：點(diǎn)擊Subject…Session1，變藍(lán)下面點(diǎn)擊Subject1Session1選擇第一個(gè)被試的數(shù)據(jù)8精選課件在左欄找到第一個(gè)被試的文件夾點(diǎn)入，右邊即顯示了：[1:200]swrasub01_run1_*img,1這說明第一個(gè)被試有一個(gè)run，200個(gè)時(shí)間點(diǎn)，點(diǎn)擊一下右邊呈藍(lán)色，則FilesSelected：200表示選中了第一個(gè)被試的這200個(gè)時(shí)間的數(shù)據(jù)。其他被試操作相同直到所有被試的數(shù)據(jù)都選中好。9精選課件選則好數(shù)據(jù)后一般是要估計(jì)成分?jǐn)?shù)的。這里雖然給出了一個(gè)默認(rèn)的20個(gè)IC但是在上面一個(gè)選項(xiàng)中要選擇yes，來估計(jì)IC數(shù)目。10精選課件這就是估計(jì)出來的IC數(shù)目：平均數(shù)目為36，最小的為27，最大的為54；11精選課件NumberofIC，這里的選擇是不確定的，具體填多少要看最后分出來的效果，即，要與研究的問題相結(jié)合。一般來講；要求分出：DMN（默認(rèn)模式網(wǎng)絡(luò)）、感覺網(wǎng)絡(luò)、自參考網(wǎng)絡(luò)、視覺網(wǎng)絡(luò)、聽覺網(wǎng)絡(luò)、運(yùn)動(dòng)網(wǎng)絡(luò)…當(dāng)然還必須包括你要研究的ICs；當(dāng)然取的成分?jǐn)?shù)過多就會(huì)將這些網(wǎng)絡(luò)細(xì)分開。12精選課件一般IC可以從最小的選擇起，如這里選擇27，最后看分出的效果，不好再改變。其他的選項(xiàng)選擇默認(rèn)不變就可以了。點(diǎn)擊Done下一欄的所有選項(xiàng)也保持默認(rèn)不變直接點(diǎn)擊Done。最后在輸入路徑中會(huì)生成一個(gè)文件：componet_ica_parameter_info.mat13精選課件在主菜單欄中選擇：RunAnalysis，出現(xiàn)右邊的選框然后選擇剛才生成的.mat參數(shù)文件，如藍(lán)色點(diǎn)擊ok即可。14精選課件選擇All***即可。至此，已經(jīng)完成了，數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和輸出。耐心等待它的處理。15精選課件先選中Component變綠，然后選擇右下方的Display即可以看到我們前面選擇的27個(gè)成分的空間解剖分布及其對(duì)應(yīng)的時(shí)間序列：16精選課件按解剖細(xì)節(jié)區(qū)分各個(gè)成分……17精選課件ICA后處理選擇和確定好要研究的IC這里IC相當(dāng)于大腦之中的功能子網(wǎng)絡(luò)，當(dāng)然，作為更大尺度的網(wǎng)絡(luò)來看，各個(gè)功能子網(wǎng)絡(luò)之間也是相關(guān)的，根據(jù)這種相關(guān)程度可以構(gòu)建更大尺度的網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)一步進(jìn)行分析：第一步：對(duì)要考察的各個(gè)成分的時(shí)間序列進(jìn)行濾波0.01到0.8Hz；（如要做全腦尺度的網(wǎng)絡(luò)，選的IC比較多，簡(jiǎn)單的辦法是使用功率譜分析，排除非功能網(wǎng)絡(luò)IC）18精選課件網(wǎng)絡(luò)一般的構(gòu)建方法與常用的分析：1