第二代測序技術(shù)

第二代測序技術(shù)中我們的機(jī)會(huì)什么是第二代測序技術(shù)?第一代測序技術(shù):Sanger法測序.以待測序列的單鏈DNA作為模板，加入一個(gè)引物和dNTP作為底物，并加入一定比例的2’，3’-ddNTP，在DNA聚合酶的作用過程中，正常dNTP的摻入使鏈延伸，若ddNTP的摻入則使鏈終止，這樣就可以得到一系列長度不同的以四種ddNTP結(jié)尾的DNA片段，經(jīng)電泳后可直接讀出堿基序列。第二代測序技術(shù):高通量的測序技術(shù).一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,使得對一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能.

第一代測序技術(shù)VS第二代測序技術(shù)2000+臺1臺1.2Mbases/day/instrument2,500Mbases/day/instrument測序流程一覽待測DNA文庫的構(gòu)建EmlusionPCR測序待測DNA文庫的構(gòu)建EmlusionPCR連接酶測序待測DNA文庫的構(gòu)建DNA與Flowcell結(jié)合BridgePCRdsDNA變性測序Roche454IlluminasolexaABISOLiD測序流程一覽待測DNA文庫的構(gòu)建EmlusionPCR測序待測DNA文庫的構(gòu)建EmlusionPCR連接酶測序待測DNA文庫的構(gòu)建DNA與Flowcell結(jié)合BridgePCRdsDNA變性測序Roche454IlluminasolexaABISOLiD待測文庫的構(gòu)建核酸抽提DNA片段化加入接頭純化連接產(chǎn)物PCR擴(kuò)增最終純化文庫質(zhì)量驗(yàn)證與定量我們的機(jī)會(huì)核酸抽提DNA片段化加入接頭純化連接產(chǎn)物PCR擴(kuò)增最終純化文庫質(zhì)量驗(yàn)證與定量MNgDNA抽提系列Covaris及耗材QIAGENCat.no.28704替代產(chǎn)品:MNcat.no.740609QIAGENcat.no.28104替代產(chǎn)品:MNcat.no.740609

Agilent2100DNA芯片DNA質(zhì)量控制:2100酶類的應(yīng)用Covaris儀器及耗材自動(dòng)聚焦聲學(xué)（AdaptiveFocusedAcoustics）技術(shù)通過等溫、非接觸的方式對樣品進(jìn)行聲學(xué)勻漿和聲學(xué)分解該技術(shù)整合了非線性、高強(qiáng)度、會(huì)聚性聲學(xué)沖擊波和高級計(jì)算機(jī)控制系統(tǒng)通過圓盤狀傳感器將聲波能量聚焦在樣品上，且能量強(qiáng)度可控，采用非接觸并等溫的方式進(jìn)行樣品的勻漿或混勻超聲破碎儀Covaris–AFAAFA產(chǎn)品優(yōu)勢等溫處理不會(huì)產(chǎn)生過熱現(xiàn)象而破壞樣本的生物活性能量可控制可精確的控制樣本處理過程，重復(fù)性高。自動(dòng)聚焦的能量無損失，直接作用于管內(nèi)樣品上儀器優(yōu)勢制冷風(fēng)扇降低噪音處理高通量樣本時(shí)，實(shí)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化作用于每個(gè)樣本的能量均一致10/5/202310應(yīng)用方向組織破碎，細(xì)胞裂解基因表達(dá)–DNA剪切，第二代測序蛋白組學(xué)–過程可控ADME/Tox（藥物代謝和毒理學(xué)）–可加速研發(fā)過程微生物分離從組織、細(xì)胞中分離微生物加速各種反應(yīng)過程酶促反應(yīng)–加速反應(yīng)過程……11AFA產(chǎn)品類型S-series單管處理樣本多個(gè)型號選配循環(huán)水浴，可處理對溫度敏感的生物樣品E-series自動(dòng)化處理批量處理適用孔板類型(1,24,48,96,384,etc.)L-series平行處理樣本適用1536孔板10/5/2023Covaris的耗材相關(guān)產(chǎn)品所需產(chǎn)品T4DNAligaseNEB#M0202L/M(高濃度5x)/S/T(高濃度5x)/VKlenow

具有5′→3′的DNA聚合酶活性NEB#M0212L/M/S/VPCR酶USB系列產(chǎn)品dNTPNEB的dNTP套裝及dNTP混合液NEBNext:E6000L/S,E6020L/S

NEBNext?DNASamplePrepReagentSet1/NEBNext?DNASamplePrepReagentSet2EPINextera?TechnologyforNext-GenerationSequencingLibraryPreparationNextera?DNASamplePrepKits(Roche454-Compatible)Nextera?DNASamplePrepKit(Illumina-Compatible)困難:一般客戶會(huì)按照廠家推薦購買DNA芯片貨號名稱描述5067-1504AgilentDNA1000Kit適用25to1000bp的DNA，包括25張chip和對應(yīng)試劑（每片Chip可用于12個(gè)DNA樣品的檢測）5067-1506AgilentDNA7500Kit適用100to7500bp的DNA，包括25張chip和對應(yīng)試劑（每片Chip可用于12個(gè)DNA樣品的檢測）5067-1508AgilentDNA12000Kit適用100to12000bp的DNA，包括25張chip和對應(yīng)試劑（每片Chip可用