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.精選范本PCR引物設(shè)計(jì)流程詳解本文目的:復(fù)制出IL-4基因片段查找基因序列進(jìn)入NCBI主頁,下拉選框選擇Nucleotide,在搜索欄輸入要查找的目的基因,即IL-4,點(diǎn)擊搜索2、在搜索結(jié)果選擇靈長(zhǎng)類(Homosapiens)在靈長(zhǎng)類IL-4基因中選擇需要的mRNA序列查看基因的相關(guān)信息外顯子區(qū)域CDs區(qū)域點(diǎn)擊FASTA格式,并將序列保存到文檔使用primerpremier5.0設(shè)計(jì)引物建立新文件,將所得的序列復(fù)制進(jìn)輸入框內(nèi)點(diǎn)擊搜索按鈕,搜索引物設(shè)置引物設(shè)計(jì)參數(shù)(因?yàn)樵谥安檎一蛐蛄械臅r(shí)候獲知,外顯子區(qū)域分別為:1-200、201-248、249-425、426-618,又知在引物設(shè)計(jì)時(shí)引物位置最好跨越一個(gè)內(nèi)含子,PCR產(chǎn)物長(zhǎng)度通常為100-150bp,故設(shè)定上游引物位置為201-248,下游引物位置為249-425,產(chǎn)物長(zhǎng)度為100-150bp)4、確認(rèn)條件后,顯示搜索結(jié)果雙擊選中得分最高的引物查看引物情況(上圖為上游引物情況,下圖為下游引物情況)將設(shè)計(jì)的上下游引物復(fù)制出來,保存到文檔中使用oligo6.0對(duì)設(shè)計(jì)的引物進(jìn)行評(píng)價(jià)建立新文件,將從cnki上獲得的cDNA復(fù)制進(jìn)輸入框,并點(diǎn)擊accept接收接收后顯示出該序列的相關(guān)信息點(diǎn)擊edit按鈕錄入用primer設(shè)計(jì)的上游引物,每一次輸入新數(shù)據(jù)后都需要點(diǎn)擊accept按鈕接收同理,錄入下游引物分析上下游引物二聚體形成情況分析上下游引物發(fā)卡形成情況分析上下游引物GC%檢測(cè)上下游引物與PCR模板其它位置錯(cuò)配情況分析PCR整體情況引物特異性檢驗(yàn)(primerblast)進(jìn)入NCBI主頁,并選擇blast選擇primerblast在輸入框內(nèi)輸入模板序列和上下游引物,并設(shè)定對(duì)比數(shù)據(jù)庫,點(diǎn)擊getprimer進(jìn)行對(duì)比查看blast結(jié)果Blast結(jié)果顯示,盡管IL-4與其它
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