第十二講美國(guó)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)

2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室1醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)

MEDLINE2012.122023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室2一、數(shù)據(jù)庫(kù)概況（一）編制單位：美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館(NLM)。（二）收錄學(xué)科內(nèi)容：主要收錄生物醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生保健以及生命科學(xué)相關(guān)文獻(xiàn)。包括行為科學(xué)、健康專業(yè)所需要的化學(xué)、生物工藝學(xué)、基礎(chǔ)研究；臨床、護(hù)理、公共衛(wèi)生、衛(wèi)生政策發(fā)展或相關(guān)教育活動(dòng)的內(nèi)容。2000年起增加了生物、環(huán)境科學(xué)、海洋生物、植物和動(dòng)物學(xué)、生物物理學(xué)和生物化學(xué)等生命科學(xué)方面的研究?jī)?nèi)容。2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室3（三）文獻(xiàn)來(lái)源：70多個(gè)國(guó)家和地區(qū)；近5600種生物醫(yī)學(xué)期刊美國(guó)衛(wèi)生研究院文獻(xiàn)選擇技術(shù)評(píng)估委員會(huì)LiteratureSelectionTechnicalReviewCommittee(LSTRC)評(píng)估挑選NLM和各專業(yè)協(xié)會(huì)的數(shù)據(jù)協(xié)作采集專家推薦。近年數(shù)據(jù)涉及39種語(yǔ)種，回溯至1946年的數(shù)據(jù)涉及60種語(yǔ)種。45%為美國(guó)本土出版文獻(xiàn)，91%為英文文獻(xiàn)，83%的文獻(xiàn)有文摘。(根據(jù)2012年數(shù)據(jù)庫(kù)help文檔）一、數(shù)據(jù)庫(kù)概況2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室4二、MEDLINE的檢索平臺(tái)廣域網(wǎng)免費(fèi)平臺(tái)：NCBI-PubMed（含非MEDLINE數(shù)據(jù)）2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室5校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺(tái)（IP控制）：OvidSPWebofKnowledgeEBSCOOCLCFirstSearch二、MEDLINE的檢索平臺(tái)2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室6校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺(tái)的Medline2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室7PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)檢索2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室8（一）開(kāi)發(fā)機(jī)構(gòu)：NCBI（美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心）

NCBI的任務(wù):利用計(jì)算機(jī)信息處理技術(shù)，建立分子生物學(xué)、生物化學(xué)、遺傳學(xué)知識(shí)的自動(dòng)存儲(chǔ)和分析系統(tǒng)，并開(kāi)展相關(guān)先進(jìn)方法的研究。促進(jìn)生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件的使用。促進(jìn)全世界范圍內(nèi)生物技術(shù)信息收集的合作。一、PubMed簡(jiǎn)介2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室9NCBI網(wǎng)站2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室10NCBI提供的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索大分子生物學(xué)數(shù)據(jù)獲取GenBank,EMBL等數(shù)據(jù)庫(kù)的核酸序列；獲取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白質(zhì)序列，從核酸序列翻譯到蛋白質(zhì)的序列；獲取基因和染色體圖譜；蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)及大分子模式（MMDB）等其他生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)檢索。PubMed等文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室11廣域網(wǎng)免費(fèi)提供題錄和文摘提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費(fèi)獲?。┨峁z索詞智能轉(zhuǎn)換匹配界面簡(jiǎn)潔，操作簡(jiǎn)便(須IE7.0以上版本)（二）PubMed的特點(diǎn)2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室12MEDLINEIndexed 1966toprensent的MEDLINE已標(biāo)引數(shù)據(jù)，有MeSH字段和摘要，每條記錄標(biāo)有：[PubMed-indexedforMEDLINE]

OldMEDLINE 1946-1965年間的MEDLINE數(shù)據(jù)，無(wú)MeSH字段和摘要，每條記錄標(biāo)有：[PubMed-OLDMEDLINEforPre1966]

（三）PubMed收錄數(shù)據(jù)2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室13MEDLINEInprocess

最新的MEDLINE處理中數(shù)據(jù)，未標(biāo)引，無(wú)MeSH字段。每條記錄標(biāo)有：[PubMed-inprocess]。Publisher-Supplied

出版商提供的電子文獻(xiàn)題錄，每條記錄標(biāo)有: [PubMed-assuppliedbypublisher]，分為兩類：

MEDLINE收錄，逐步轉(zhuǎn)為InProcess,Indexed狀態(tài)。

NotMEDLINE：PubMed收錄，MEDLINE不收錄，一直標(biāo)注[PubMed-assuppliedbypublisher]或[PubMed]（三）PubMed收錄數(shù)據(jù)PubMed記錄狀態(tài)子集PubMed記錄狀態(tài)子集2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室16二、PubMed的檢索功能基本檢索輸入框檢索限制高級(jí)檢索檢索指南檢索工具：特定文獻(xiàn)檢索臨床查詢專題查詢其他資源：規(guī)范詞數(shù)據(jù)庫(kù)期刊數(shù)據(jù)庫(kù)臨床試驗(yàn)等個(gè)人空間2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室17檢索欄可輸入一個(gè)或多個(gè)檢索詞（系統(tǒng)默認(rèn)空格為AND檢索） 如：aloepsoriasis（蘆薈治療銀屑病的文獻(xiàn)）三、PubMed基本檢索規(guī)則多個(gè)檢索詞輸入2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室18檢索欄可輸入布爾邏輯運(yùn)算式：（運(yùn)算符須大寫(xiě)）如：asthmaAND(therapyORtreatment)字段限定符：[]，空格按詞組匹配 如：aloeANDpsoriasis[ti]

如：Stemcelltransplantation[ti]三、PubMed基本檢索規(guī)則2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室19邏輯運(yùn)算式輸入：aloeANDpsoriasis[ti]銀屑病出現(xiàn)在篇名中2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室20字段限定

stemcelltransplantation[ti]2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室21著者檢索：姓全稱在前，名首字母在后，[au]。 如:smithab[au]“paulsene”[au]三、PubMed基本檢索規(guī)則邏輯運(yùn)算式輸入：PaulsenE撰寫(xiě)的蘆薈治療銀屑病的文章2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室22刊名檢索：全稱或MEDLINE認(rèn)可的標(biāo)準(zhǔn)縮寫(xiě),[so]

如：Journalofinvestigativedermatology[so] Jinvestdermatol[so]三、PubMed基本檢索規(guī)則輸入刊名檢索發(fā)表在該刊上的文獻(xiàn)（限定出處字段SO）2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室23PubMed記錄字段說(shuō)明文摘第一著者單位地址出版商提供文獻(xiàn)識(shí)別號(hào)著者群版權(quán)說(shuō)明參考評(píng)論文獻(xiàn)合著者文獻(xiàn)參考評(píng)論定稿版校樣版輸入日期輸入完成日期電子出版日期2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室24電子出版日期文獻(xiàn)出版日期數(shù)據(jù)加入PubMed日期文獻(xiàn)勘誤參考文獻(xiàn)勘誤全部著者姓名全部調(diào)研者姓名作為文章主題的著者全稱文獻(xiàn)相關(guān)注釋基金編號(hào)基因符號(hào)期編號(hào)資助調(diào)研者資助調(diào)研單位國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)期刊號(hào)美國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館識(shí)別號(hào)期刊全稱2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室25最后修訂日期規(guī)范詞表詞規(guī)范詞確立日期系統(tǒng)組織的文摘版權(quán)擁有者題錄提供機(jī)構(gòu)的識(shí)別號(hào)病史相關(guān)與原始記錄其他關(guān)鍵詞提供其他關(guān)鍵詞的機(jī)構(gòu)數(shù)據(jù)提供者機(jī)構(gòu)文章總頁(yè)數(shù)出版商提供數(shù)據(jù)時(shí)間期刊出版國(guó)數(shù)據(jù)庫(kù)文獻(xiàn)編號(hào)2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室26作為主題詞的個(gè)人姓名出版狀態(tài)文獻(xiàn)類型出版模式（紙張或電子）參考文獻(xiàn)數(shù)已撤回的文獻(xiàn)酶或化學(xué)物質(zhì)代碼正在撤消中的文章初版文獻(xiàn)修訂和再版的文章子專題文檔太空署提供的數(shù)據(jù)二次文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)以及文章討論的分子序列訪問(wèn)號(hào)原文來(lái)源引用了病例的文獻(xiàn)內(nèi)部處理代碼標(biāo)準(zhǔn)期刊縮寫(xiě)文獻(xiàn)標(biāo)題翻譯標(biāo)題更新文獻(xiàn)文獻(xiàn)正在更新期刊卷號(hào)2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室27截詞檢索：treat*

可檢出：treat,treated,treatment...強(qiáng)迫短語(yǔ)檢索：“”，不進(jìn)行自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配和擴(kuò)展檢索 如：“acutelowbackpain” “ang1”（血管緊張素1縮寫(xiě)）檢出1085篇 比較：ang1檢出9956篇，誤檢多，其中有：

三、PubMed基本檢索規(guī)則2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室282023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室29自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配檢索詞：

對(duì)常用醫(yī)學(xué)名詞自動(dòng)在規(guī)范詞索引（主題詞、副主題詞、物質(zhì)名稱）中轉(zhuǎn)換、并默認(rèn)在所有記錄字段中匹配。

如：livercancer"liverneoplasms"[MeSHTerms]OR("liver"[AllFields]AND"neoplasms"[AllFields])OR"liverneoplasms"[AllFields]OR("liver"[AllFields]AND"cancer"[AllFields])OR"livercancer"[AllFields]三、PubMed基本檢索規(guī)則2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室30結(jié)果顯示頁(yè)右側(cè)Details顯示系統(tǒng)自動(dòng)匹配轉(zhuǎn)換的檢索詞2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室31自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配檢索詞：

如：hypertensiontherapy

Details: ("hypertension"[MeSHTerms]OR "hypertension"[AllFields])AND ("therapy"[Subheading]OR"therapy"[AllFields]OR"therapeutics"[MeSHTerms]OR"therapeutics"[AllFields])三、PubMed基本檢索規(guī)則2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室32四、PubMed檢索濾過(guò)(filter)：PubMed結(jié)果顯示頁(yè)2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室33五、PubMed高級(jí)檢索功能一個(gè)網(wǎng)頁(yè)中集多種功能于一體基本檢索檢索細(xì)節(jié)檢索式編制檢索歷史其他檢索資源結(jié)果預(yù)覽檢索框中只能輸入檢索詞，不能輸入檢索式。多個(gè)字段檢索要分多次輸入。檢索歷史中顯示歷次檢索式、時(shí)間和檢出篇數(shù)?？山M配檢索式，如：#1OR#2，#1ANDchild點(diǎn)擊編號(hào)可對(duì)檢索式進(jìn)行刪除、保存等操作。在History中快速顯示檢索式與檢出篇數(shù)顯示轉(zhuǎn)換規(guī)范詞及運(yùn)算的詳細(xì)過(guò)程，可確定規(guī)范詞高級(jí)檢索界面檢索歷史2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室35六、PubMed其他資源1.MeshDatabase（規(guī)范化醫(yī)學(xué)主題詞表）功能：確定規(guī)范化主題詞查看主題詞詞義注釋、樹(shù)狀結(jié)構(gòu)表選擇副主題詞、擴(kuò)展下位主題詞、指定主要主題詞進(jìn)入途徑：MeSHDatabase鏈接：PubMed主頁(yè)，AdvancedSearch界面MeSH選項(xiàng)：基本檢索框前Search下拉菜單的2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室36進(jìn)入MeSHMeSH詞表字順界面主題詞主題詞定義MeSH詳細(xì)注釋界面副主題詞同義詞主題詞族系2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室39選鉤副主題詞確定副主題詞之間的關(guān)系添加檢索需求重要主題詞確認(rèn)不擴(kuò)展檢索確認(rèn)MeSH詞檢索課題：果蠅的神經(jīng)發(fā)育學(xué)研究關(guān)鍵詞：Drosophilaneuraldevelopment主題詞結(jié)合自由詞檢索：2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室402023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室41主題詞結(jié)合自由詞檢索檢索結(jié)果2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室42自由詞檢索：

Drosophilaneuraldevelopmentgenes2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室43尚未標(biāo)引主題詞的最新文獻(xiàn)補(bǔ)充2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室44點(diǎn)擊標(biāo)題顯示文摘增強(qiáng)格式文獻(xiàn)歸類功能PMC免費(fèi)全文鏈接七.顯示結(jié)果2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室45文摘增強(qiáng)格式相關(guān)論文MeSH詞、物質(zhì)名、文獻(xiàn)類型等信息LinkOut外部資源鏈接全文鏈接，我校訂購(gòu)的數(shù)據(jù)庫(kù)可鏈全文，需在校園網(wǎng)內(nèi)設(shè)免費(fèi)代理相關(guān)的網(wǎng)上免費(fèi)醫(yī)學(xué)指南信息全文鏈接，部分需連外網(wǎng)2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室462023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室47八.輸出方式選擇（sendto）File：保存檢索結(jié)果為文本文件Clipboard剪貼板，多次檢索，可暫存每次檢索需下載的記錄，最后一起保存。最多允許存儲(chǔ)500條，保留8小時(shí)。Email:通過(guò)郵件發(fā)送Collections：將檢索結(jié)果存到MyNCBI中Order：全文傳遞服務(wù)，需帳號(hào)、收費(fèi)。2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室48選擇文件保存格式MEDLINE格式提供所有字段信息2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室49雖然沒(méi)有提示有全文，2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室50文摘里提示有更多資源鏈接2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室51最終獲取到全文2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室52訂閱最新結(jié)果點(diǎn)擊后點(diǎn)“XML”按鈕2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室53需IE7.0以上版本2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室54定期點(diǎn)擊鏈接，接收課題最新相關(guān)論文2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室55MeSH詞檢索例2：用MeSH檢索2003-09年期間關(guān)于霉酚酸酯在腎衰竭治療中療效觀察的文獻(xiàn)。課題分析：匹配物質(zhì)名稱：mycophenolatemofetil匹配主題詞：

renalfailure,treatmenteffect（AND）匹配副主題詞：

drugtherapy,surgery,therapy,rehabilitation藥物名稱MeSH檢索2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室57疾病概念MeSH檢索療效觀察MeSH檢索MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)查全同義詞:

如：renal/kidneyinsufficiency; tonguecancer/tumor…查全子概念:

如：acutekidneyinjury; ATN; chronickidneyinsufficiency;查全子概念：自動(dòng)擴(kuò)展檢索下位詞勾選后不擴(kuò)展下位詞樹(shù)形結(jié)構(gòu)上位詞MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)查全同義詞2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室63MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)根據(jù)樹(shù)形結(jié)構(gòu)調(diào)整檢索詞縮?。翰粩U(kuò)展下位詞，或選用某個(gè)下位詞；擴(kuò)大：選用上位詞，或選用多個(gè)同位詞；了解同一概念的同義詞、近義詞，供自由詞檢索參考款目詞：規(guī)范詞所替代的不同表達(dá)形式的自由詞2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室64MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)提高文獻(xiàn)相關(guān)度標(biāo)有MeSH詞的都是文章的主題，篩去非主題的文章MajorTopicHeadings（加權(quán)，重點(diǎn)論述的主題）帶*的是文獻(xiàn)重點(diǎn)論述的主題2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室65MeSH檢索的缺陷人工標(biāo)引費(fèi)時(shí)，最新論文還未標(biāo)MeSH詞（InProcess），用MeSH會(huì)漏檢。Medline不收錄的文獻(xiàn)，Suppliedbypublisher的文獻(xiàn)，不標(biāo)MeSH詞。新詞、一些很專指的概念沒(méi)有對(duì)應(yīng)的規(guī)范詞。如：SARS（03年詞表中沒(méi)有），舌根癌查上述類型的文獻(xiàn)需結(jié)合自由詞檢索2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室66九、PubMed其他資源2.JournalinNCBIDatabase（期刊信息庫(kù)）通過(guò)輸入刊名全稱或縮寫(xiě)、ISSN號(hào)等瀏覽期刊出版社等詳細(xì)信息。提供期刊：在PMC中的免費(fèi)全文鏈接在Nucleotide，Protein，Pubmed等庫(kù)中的記錄鏈接。相關(guān)的其他期刊……輸入待檢期刊名期刊詳細(xì)信息全文等鏈接2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室68十、PMC(PubMedCentral)生命科學(xué)免費(fèi)期刊資源中心免費(fèi)提供900多種期刊的10多萬(wàn)篇全文其中部分文獻(xiàn)被PubMed涵蓋2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室69進(jìn)入PubMedCentral下拉主頁(yè)滾動(dòng)條至底2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室70PMC首頁(yè)進(jìn)入高級(jí)檢索2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室71查找腎衰竭的藥物療法2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室71全文鏈接

GoPubmed文獻(xiàn)分析2023/7/13復(fù)旦大學(xué)圖書(shū)館文獻(xiàn)檢索教研室73GoPubmed——文獻(xiàn)分析工具GoPubMed是德國(guó)Transinsight公司和德國(guó)德累斯頓大學(xué)合作開(kāi)發(fā)，對(duì)PubMed檢索結(jié)果進(jìn)行篩選、分析的工具。智能搜索、交互式篩選找出重要論文。為什么GoPubMed有如此大的功能？包括生物醫(yī)學(xué)所有概念及其語(yǔ)義關(guān)系GO基因詞庫(kù)MeSH主題詞表PRO蛋白質(zhì)詞庫(kù)WWW.Gopubmed的統(tǒng)計(jì)分析功能GoPubMed可以告訴我們4WWhatWhoWhereWhen自動(dòng)顯示備選主題詞鼠標(biāo)移動(dòng)至主題詞可顯示注解、同義詞等最近檢索歷史四個(gè)“W”查看發(fā)表文獻(xiàn)最多的作者案例分析

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