中醫(yī)藥大學(xué)的

包含飛翻譯整理上海中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)藥信息學(xué)-標(biāo)準(zhǔn)化研究室200032系統(tǒng)生物學(xué)與信息整合

利用蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)，蛋白質(zhì)配偶的特性來分類蛋白質(zhì)

對2709種公開發(fā)表的酵母菌Saccharomycescerevisiae的蛋白質(zhì)之間的相互作用進(jìn)行綜合分析，建立了1538種蛋白質(zhì)之間的2358種相互作用的統(tǒng)一的大型網(wǎng)絡(luò)。

根據(jù)蛋白質(zhì)的相互作用的配偶的已知功能把2709種可能的功能判歸給蛋白質(zhì)。此方法正確地為72%的1393種有不止一個已知功能的配對者的特征化蛋白質(zhì)推測了一個功能種類，也用來推測364種以前的未特征化的蛋白質(zhì)的功能。

通過這種方法，網(wǎng)絡(luò)能準(zhǔn)確的推測72%的至少帶有一個特征性配對者的1393種特征性蛋白質(zhì)。

蛋白質(zhì)

從蛋白質(zhì)相互作用推測

Marcotte等人的推測YNR053CRNA處理/修飾(5/5)轉(zhuǎn)錄,細(xì)胞組建,核組建,

RNA接合(5/5)mRNA轉(zhuǎn)錄,mRNA接合(e:3,p:1)

BIR1細(xì)胞周期控制(2/4)-CNS1細(xì)胞張力(2/3)，蛋白質(zhì)折疊(2/3)細(xì)胞組建,核組建(p:33)YGL161C小泡運輸(2/3)，細(xì)胞膜融合(2/3)-YIP3小泡運輸(3/3)-YMR322C細(xì)胞張力(3/3)-YPR105C小泡運輸(2/3)-AIP2細(xì)胞極性(2/2)細(xì)胞組建,碳水化合物利用,碳水化合物代謝,新陳代謝,發(fā)酵;能量(e:2,p:4)DUO1有絲分裂(2/4)-EBS1碳水化合物新陳代謝(2/5)-表1從蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測蛋白質(zhì)功能與用結(jié)合算法（combinedalgorithm）預(yù)測蛋白質(zhì)功能的比較

FPR4蛋白質(zhì)合成(2/3)細(xì)胞組建，轉(zhuǎn)錄，核組建(e:1,two:2)GIP2有絲分裂(2/2)-ISA1蛋白質(zhì)合成(2/2)氮硫利用,代謝,氮硫代謝(p:2)RDI1細(xì)胞極性(2/3)G-蛋白質(zhì)(e:1)SMY2RNA接合(2/2)轉(zhuǎn)錄;細(xì)胞組建,mRNA接合,核組建，mRNA轉(zhuǎn)錄(e:1)YDR100w小泡運輸(2/2),細(xì)胞質(zhì)融合(2/2)-YEL015WRNA處理/修飾(2/6)轉(zhuǎn)錄;細(xì)胞組建,mRNA接合核組建,mRNA轉(zhuǎn)錄(e:1)YER079W信號傳導(dǎo)(2/2)-YGL096WRNA處理/修飾(2/2),RNA接合(2/2)轉(zhuǎn)錄;細(xì)胞組建,mRNA接合核組建,mRNA轉(zhuǎn)錄(e:1)YJL019W染色質(zhì)/染色體結(jié)構(gòu)(2/2)-YKR030W小泡運輸(2/2)-YLR128W細(xì)胞極性(2/4)-YLR128W細(xì)胞極性(2/4)-YLR269CRNA處理/修飾(2/2),RNA接合(2/2)-YLR368W蛋白質(zhì)衰變(2/5),氨基酸新陳代謝(2/5)-細(xì)胞周期控制(2/5)YLR435W蛋白質(zhì)合成(2/2)-YLR456WRNA處理/修飾(2/4)RNA處理/修飾,mRNA

轉(zhuǎn)錄,mRNA處理(e:1)YNL311C氨基酸新陳代謝(2/2)-YPL105CRNA接合(2/2)-a根據(jù)蛋白質(zhì)相互作用推測僅列出與兩個或兩個以上的已知功能的相互作用配偶的蛋白質(zhì)，括號內(nèi)的數(shù)字為某一功能的相鄰蛋白質(zhì)數(shù)/已知功能的相互作用的配偶蛋白質(zhì)數(shù)。蛋白質(zhì)相互作用推測根據(jù)YPD分類。

b有關(guān)完整的數(shù)據(jù),見附表2。

c表中Marcotte等的推測只包括”高質(zhì)量推測”,括號內(nèi)指出推測的方法(e為實驗證據(jù);p為種系發(fā)生輪廓（phylogeneticprofile）;兩個或以上方法;數(shù)字指鏈接的數(shù)量,具體內(nèi)容見Marcotte等[22],相同或相似的推測用斜體表示。Marcotte‘s預(yù)測用MIPS術(shù)語表示

(2000NatureAmericaInc.)酵母雙雜交技術(shù)

[Gal4的DB--Gal4的AD]—→報道基因(reportergene)

[Gal4的DB-Snf1---Snf2-Gal4的AD]—→報道基因(reportergene)圖***“-”：結(jié)合作用，“---”：相互作用，“—→”：激活基因的轉(zhuǎn)錄與表達(dá)作用。

轉(zhuǎn)化了Snf1融合表達(dá)載體和Snf2融合表達(dá)載體[Gal4的DB-Snf1---Snf2-Gal4的AD]—→報道基因(LacZ)表達(dá)β-半乳糖苷酶圖***“-”：結(jié)合作用，“---”：相互作用，“—→”：激活基因的轉(zhuǎn)錄與表達(dá)作用，“>”把基因被整合到酵母染色體上；“∧”：為…上游調(diào)控區(qū)。

{[上游調(diào)控區(qū)引入GAL1序列]^LacZ}>酵母染色體URA3位GAL1序列受Gal4蛋白調(diào)控

酵母的GAL4基因和GAL80基因(Gal80是Gal4的負(fù)調(diào)控因子)被缺失（1）“父親”BD與“母親”AD感情危機；

（2）“父親”BD與“母親”AD不愿直接溝通；

（3）“父親”BD與“兒子”Snf1在同一載體，“母親”AD與“女兒”Snf2在同一載體；

（4）通過姐妹之親情重新結(jié)合為家庭：“父親”BD-“兒子”Snf1--“女兒”Snf2-“母親”AD，再次發(fā)揮家庭功能（報告蛋白質(zhì)）。

上海中醫(yī)藥大學(xué)的

醫(yī)學(xué)知識整合研究

我們?nèi)祟惏殃P(guān)于人體的科學(xué)分為量子生物學(xué)、分子生物學(xué)、生物物理學(xué)、生物化學(xué)、細(xì)胞學(xué)、組織學(xué)、解剖學(xué)、生理學(xué)、免疫學(xué)、遺傳學(xué)……大自然并沒有這樣做，大自然把一切都有條不紊地融為一體，把無數(shù)機制、無數(shù)元素（我們將不斷地越來越多把它們細(xì)分）聯(lián)成一個完美的網(wǎng)絡(luò)。因此，我們試圖把所有的生物醫(yī)學(xué)知識重新連接或整合起來也許是順從了大自然的意志。

提出醫(yī)辜學(xué)知識去整合問甘題，一儲方面出笑于我們雜對世界主的整體儲性本質(zhì)搬的理解液，出于塞對人類首認(rèn)知事趕業(yè)的自確然歸結(jié)帝的理解體，即對境人類認(rèn)旁知活動假的本義蟲的理解暈。令人張擔(dān)憂的傻是這種判整體性鈴本質(zhì)在爸當(dāng)今崇敬尚“拆搏零”的削還原論畫者眼中驢已不復(fù)撕存在。另一方售面出于弟一種責(zé)催任，試創(chuàng)圖提醒鴿人們在京醫(yī)學(xué)知綱識中就打事論事鴨地或在緣瑞越來越斬狹窄的午領(lǐng)域中倆理解和假考慮問紹題是遠(yuǎn)疑遠(yuǎn)不夠炊的。提醒人們哭應(yīng)該時刻絹以整合的雹眼光來看盛生命系統(tǒng)恭，提醒人掀們這么一悅個事實，慣即對生命臘系統(tǒng)的了里解我們也櫻許僅僅相昨當(dāng)于一個安小學(xué)生。醫(yī)學(xué)知識托整合研究丹可謂“生裳逢其時”壘。我們知退道，人敗類基因懷組工程菠對人類在基因組三全體基顆因的測喪序剛完歷成不久末。作為人類丙科學(xué)史上華一個偉大鑰工程，人班類基因組心工程對生心命科學(xué)作陰出了莫大唱貢獻(xiàn)。但對有人借此偏而提出的曠“一個基捷因一個病?！边@種極眉端還原論料觀點卻受喇到了嚴(yán)重刷挫折。但從另一口方面，這復(fù)一挫折卻頭使科學(xué)家傘們更清醒風(fēng)地認(rèn)識到液，由一個棚一個基因餃、一個一鏡個蛋白質(zhì)驗（或酶）琴提供給我柔們的信息竊和理解是必有限的，釀我們必須崖從眾多基打因眾多蛋滲白質(zhì)之間夏的復(fù)雜的料關(guān)系（網(wǎng)揉）中尋找壤關(guān)于生命現(xiàn)和疾病的奏真諦。于是形形作式式的生筒物調(diào)節(jié)網(wǎng)材絡(luò)、蛋白侮質(zhì)網(wǎng)絡(luò)、廈“蛋白質(zhì)廊網(wǎng)絡(luò)整合史”、“藥沖物本體整廊合”、“蘇生物化反洪應(yīng)網(wǎng)絡(luò)”蛾、“多個理獨立研究基的醫(yī)學(xué)證錯據(jù)統(tǒng)計學(xué)壯整合”(指循證醫(yī)忠學(xué)的meta醒-分析)等新的生墻物醫(yī)學(xué)整拼合研究不授斷涌現(xiàn)、杏層出不窮待。有朋自長遠(yuǎn)方來便，不亦助樂乎僅在短備短的十球多年前伶，即上傭一世紀(jì)80年代末，嫂當(dāng)時筆者廁提出醫(yī)學(xué)構(gòu)知識模擬寶、運算和紅整合新研燥究時，很偉有形單影蒼只之感，嫁處境相當(dāng)氧孤獨，為忍尋找單詞步“整合”品的英文對紫應(yīng)詞“inte帝grat摸ion”也化了爪不少功吼夫。因為當(dāng)愛時“整疊合”一斯詞在科圈學(xué)領(lǐng)域巧中還是減相當(dāng)冷畏僻的詞圍。然而彈指介之間，“菌整合”之輪花已躍然磚成勢。1.Bao勾H.F.紫:Th傍est假ruct辯ure遮char烏acte儀rist述ics缸o(hù)ft達(dá)hen虛ewr順esea槐rch央QMSO販Can喚dit斜sre塔leva焰nto后pera展tors餃,J錄Tong戲jiM頭edU搬niv,寫198摟9,9冒(4):答235-毫2382.B用ao去H.F腐.:染Qua朝nti鄭tat多ive斜an姜dC鵲omp候ute捷riz饞ed麗Med適ici古ne-滑-Ne在wr剛ese爆arc寺hQ瀉MSO說C(I矮),授The浩pr任oce驚edi丈ng籍of素the市Fi隊rst澇Co嬌nfe縱ren嘉ce袍of逐the鳴Fr點ont崇ier劑fo敬rL挺ife優(yōu)Sc吸ien物ces梁on厲Ce縮慧ntr峽al-滋sou去th猛Chi器na,悟19脹89,遞21句1-2深163.B米ao筆H.F使.:膊The霸qu領(lǐng)ant謝ita家tiv兔ei擠nte椅gra仔tio雄no紹fb戶iom緞edi龍cal脖in丸for窮mat介ion底by泥co背mpu檢ter滑--N爆ew益res誼ear蚊ch斗QMS自O(shè)C(夫II)綿,T愈he興Pro廉cee斜din飼go稼ft脈he雪Fir訪st禁Con賀fer賭enc旬eo當(dāng)ft三he嫁Fro梢nti穩(wěn)er肢for波Li欣fe邁Sci投enc稿es厚in阿Cen遙tra嫂l-s門out偶hC裕hin猜a,管198提9,談216后-22賓24.B飛ao厲H.F段.:隨The然ne諒wf乎unc絕tio匙ns娃of盯Qua廣nti們tat建ive呀ly塵Med汁ici佩ne教Sim域ula啦tin府ga康nd濱Ope挖rat舍ing累by如Co從mpu觀ter置-Ne屠wr池ese兆arc虎hQ殼MSO借C(I冰II)任,1已990物,J刮To概ngj財iM五ed.傻Un披iv,幕10譽(1)里:5出2-5查65.Bao囑H.F.遇,Ge于ngJ專.H.度and飼SuZ礎(chǔ).F.:題Pan鋤syst遍ems么Meth川odol襖ogy(葵PM)抗and友ane伶wre仇sear乖cho計nla淡rge-僵scal紙ein受tegr鑰atio缺nof恐bio其medi纖cine名—An占intr漆oduc究tion前of饑QMSO難Can序dit戴sre思cent業(yè)pro辛gres旗ses矛,Ac嶼tao短fJi槍ansu羊Ind限ustr尼ial義Coll斯ege,嶄Jou錢rnal音of歲Jian拒gsu渣Inst著itut唐eof車Tec森h(huán)nol之ogy,途199啊1,4冤(2)端:69術(shù)-756.Bao敬H.悠F.,疼Ni跑X.W駛.,L械ou藏S.:張In款teg少rat腦abl斑eR肝ela罷tio賊niz斜ed洲Med陰ica惠lE莫lec殲tro聯(lián)nic雀Bo殖ok笛(IR策M(jìn)EB效)--或-A攀nE刪xpl里ora蛋tio軟no終fA盟nN昏ew企Typ痰eo箭fI候nte勵lle避gen喘tK漂now浪led群ge寫Med夕ium揚Un狼der宮th刺eI診nfl到uen賞ce宮of賽Pan端sys勺tem梨sT置heo壟ry.箭Ad揪van績ces肥in小Sy愿ste旨ms貓Sci杯enc牧ea陳nd禽App墨lic虧ati輝ons漠(I編nau允gur嫁ati洗on撥Iss零ue)唐19輔95,視p30鳳4-3史097.Bao話H.狐F.:怠HC弊SL:尸AH憶uma缸n-C擱omp租ute泥rC粱omm面onl怖yU另nde騾rst坦and維abl喂ea挖nd銷Com辛mun享ica