常用生物信息軟件概述

根據(jù)生命之美公司的轉(zhuǎn)錄組寶典提供的信息，目前以下轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可以使用以下免費軟件：BOWTIE內(nèi)容簡介：Bowtie是一個超快的，存儲高效的短序列片段比對程序。它能夠以每小時處理2500萬35bpreads的速度，將短的DNA序列片段（reads）比對到人類基因組上。Bowtie對參考基因組編纂Burrows-Wheeler索引來保證它具有小型的存儲印記（memoryfootprint）:典型的人類基因組需要2.2GB的存儲索引（如果是paired-end測序的話則需要2.9GB）網(wǎng)頁鏈接：/index.shtmlTOPHAT內(nèi)容簡介：TopHat是一個快速的將RNA-Seqreads進彳亍splicejunctionmapping的程序。它使用超快的高通量短read比對程序，將RNA-Seq的reads比對到哺乳動物大小基因組上，然后分析mapping結(jié)果來鑒別exons之間的splicejunctions.TopHat是馬里蘭大學(xué)生物信息和計算機生物中心，以及加利福尼亞大學(xué)伯克利分校數(shù)學(xué)系和分子細胞生物學(xué)系聯(lián)合開發(fā)的結(jié)果。網(wǎng)頁鏈接：/SPLICEMAP內(nèi)容簡介：SpliceMap是一個從頭開始發(fā)現(xiàn)和比對splicejunction的工具。它提供高敏感度并且支持任意長度RNA-seq序列片段read長度.SpliceMap將RNA-seqreads比對到參考基因組上用于發(fā)現(xiàn)splicingjunctions.它至少擁有與當(dāng)前技術(shù)條件下其它分析工具同等的靈敏度和特異性。網(wǎng)頁鏈接：/group/wonglab/SpliceMap/CUFFLINKS內(nèi)容簡介：Cufflinks組裝轉(zhuǎn)錄本，估計它們的豐度，并且檢測RNA-Seq樣品中的差異表達和調(diào)控。它接受比對的RNA-Seqreads并且組裝這些alignments到盡量少的轉(zhuǎn)錄本分組里。然后Cufflinks根據(jù)每個基因的reads支持數(shù)來估計這些轉(zhuǎn)錄本的相關(guān)豐度，其中將文庫制備的protocol的誤差也考慮在內(nèi)。Cufflinks是加利福尼亞大學(xué)伯克利分校數(shù)學(xué)和計算機生物實驗室，由LiorPachter領(lǐng)導(dǎo)的StevenSalzberg's團隊，和馬里蘭大學(xué)生物信息和計算機生物中心的StevenSalzberg小組，以及加州理工學(xué)院的BarbaraWold實驗室聯(lián)合作用的結(jié)果。網(wǎng)頁鏈接：/SOAP內(nèi)容簡介：SOAP,全稱短寡聚核甘酸分析包，已經(jīng)從一個單一的比對工具進化成為下一代測序數(shù)據(jù)提供數(shù)據(jù)分析的軟件包。當(dāng)前，它包含有一個新型比對程序(SOAPaligner/soap2),一個重-測序一致性序列建造程序(SOAPsnp),一個indel搜尋程序，一個結(jié)構(gòu)差異掃描程序(SOAPsv)和一個短序列片段reads從頭開始組裝程序(SOAPdenovo).并且現(xiàn)在補充加入了一個GPU-加速的比對程序(SOAP3/GPU)。SOAP3是一個基于GPU的軟件用于比對短序列片段到參考序列。它能夠找出所有容錯k個不匹配的比對結(jié)果，k的選擇范圍是從0到3。SOAPaligner/soap2是一個較快且高效比對程序用于將短核甘酸比對至參考序列上。SOAPaligner/soap2能夠與許多應(yīng)用兼容，包括單向和雙向重測序。SOAPsplice是設(shè)計成為使用RNA-Seq序列片段用于基因組范圍內(nèi)從頭開始檢測剪接junction位點和鑒定可變剪接事件。SOAPsnp是一個準(zhǔn)確的一致性序列建造程序，它是基于soap1和SOAPaligner/soap2的比對輸出結(jié)果。它計算出每一個一致性堿基的質(zhì)量得分值，便于后續(xù)流程中的SNPcalling。SOAPdenovo,一個短序列片段從頭開始組裝工具，是一個將短核甘酸組裝成為contig和scaffolds的工具包。SOAPindel是一個針對重測序技術(shù)用來尋找插入和刪除的程序。SOAPsv是一個用于檢測結(jié)構(gòu)差異的程序。網(wǎng)頁鏈接：/6.BLAT內(nèi)容簡介：Blat,全稱TheBLAST-LikeAlignmentTool,類BLAST比對工具，由W.JamesKent于2002年開發(fā)。當(dāng)時隨著人類基因組計劃的進展，把大量基因和ESTs快速定位到較大的基因組上成為一種迫切需要。Blast相對于這種比對有幾個缺陷：速度偏慢、結(jié)果難于處理、無法表示出包含intron的基因定位。于是Blat應(yīng)運而生。Blat的主要特點就是：速度快，共線性輸出結(jié)果簡單易讀，適合用于比較小的序列（如cDNA等）對大基因組的比對。Blast會把每一個比對作為一個輸出，而Blat把相關(guān)的呈共線性的比對結(jié)果連接成為更大的比對結(jié)果，從中也可以很容易的找到exons和introns。因此,在相近物種的同源性分析和EST分析中，blat得到了廣泛的應(yīng)用。詳情參考http://www.ab