基因芯片在胃癌及腫瘤球細(xì)胞差異表達(dá)基因篩選中的應(yīng)用探討

1、基因芯片在胃癌及腫瘤球細(xì)胞差異表達(dá)基因篩選中的應(yīng)用探討【摘要】目的：探討基因芯片在胃癌及腫瘤球細(xì)胞差異表達(dá)基因篩選中的應(yīng)用價值。方法：有血清培養(yǎng)液的條件下、無血清培養(yǎng)液的條件下，分別進(jìn)行人胃癌細(xì)胞HCG-27的培養(yǎng)，進(jìn)行總RNA的提取、純化、基因表達(dá)譜芯片雜交處理，采集芯片圖像，讀取和分析相關(guān)數(shù)據(jù)。結(jié)果：應(yīng)用DMEM培養(yǎng)基，在有血清培養(yǎng)液培養(yǎng)的過程中，可見胃癌細(xì)胞HCG-27均勻生長。應(yīng)用DMEM/F12培養(yǎng)基，在無血清培養(yǎng)液培養(yǎng)的過程中，可見致密狀態(tài)腫瘤球形成。在總RNA提取后，應(yīng)用基因芯片技術(shù)進(jìn)行試驗。經(jīng)過基因表達(dá)譜芯片雜交，采集芯片圖像以及讀取、校正和數(shù)據(jù)，對照胃癌細(xì)胞HCG-27和腫瘤

2、球細(xì)胞，存在差異表達(dá)基因 924條。結(jié)論：應(yīng)用基因芯片技術(shù)，進(jìn)行胃癌及腫瘤球細(xì)胞差異表達(dá)基因的篩選，明確胃癌與腫瘤球細(xì)胞的相關(guān)性，為胃癌的臨床診療工作提供有價值的參考?！娟P(guān)鍵詞】基因芯片；胃癌；腫瘤球細(xì)胞；基因表達(dá)胃癌的臨床治療過程中，疾病的分期、組織類型以及治療干預(yù)時間，在一定程度上影響著患者的預(yù)后。在胃癌發(fā)生早期，及時進(jìn)行根治性手術(shù)治療，可以獲得較為理想的治療效果，增加治愈疾病的可能性。病情發(fā)展至晚期，疾病的危險程度更高、治療難度更大，患者的預(yù)后往往較差1。胃癌的早期診治，應(yīng)用基因芯片技術(shù)，根據(jù)胃癌細(xì)胞的基因表達(dá)，分析腫瘤發(fā)生機(jī)制。受到細(xì)胞生長因子誘導(dǎo)的影響，富集腫瘤干細(xì)胞，進(jìn)而形成腫瘤球

3、。腫瘤干細(xì)胞具有自我更新的特點(diǎn)，同時還存在著多向分化潛能，對于腫瘤的發(fā)生、轉(zhuǎn)移產(chǎn)生著重要的影響，與疾病的復(fù)發(fā)有著密切的聯(lián)系。應(yīng)用基因芯片技術(shù)，針對胃癌細(xì)胞、腫瘤球細(xì)胞進(jìn)行檢查，從中篩選差異表達(dá)基因，能夠為疾病的診治提供有價值的參考，進(jìn)而尋找更為安全、有效的胃癌治療方法，探究新的治療途徑，對于提高胃癌的治療成功率和改善患者的預(yù)后有著積極的影響2。1材料與方法1.1.材料應(yīng)用胃癌細(xì)胞HCG-27（通派生物科技有限公司），標(biāo)準(zhǔn)級胎牛血清（愛必信生物科技有限公司），胰蛋白酶（山東谷碩生物科技有限公司），DMEM培養(yǎng)基（上海信裕生物技術(shù)有限公司），DMEM/F12培養(yǎng)基（維森特生物技術(shù)有限公司），EGF

4、（上海博湖生物科技有限公司）以及bFGF（上海藍(lán)基生物科技有限公司）作為試驗材料。1.2方法在DMEM培養(yǎng)基中，加入10% 胎牛血清+青霉素（100U/ml）+鏈霉素（100g/m），有血清培養(yǎng)液的條件下進(jìn)行胃癌細(xì)胞HCG-27的培養(yǎng)。將DMEM培養(yǎng)基置于恒溫培養(yǎng)箱（37，5%CO2）。在培養(yǎng)期間，密切關(guān)注細(xì)胞生長情況，及時更換培養(yǎng)液。細(xì)胞傳代消化時，基于0.25%的胰蛋白酶。與此同時，在DMEM/F12培養(yǎng)基中，加入青霉素（100U/ml）+鏈霉素（100g/m）+EGF（20ng/ml）+bFGF（10ng/ml），無血清培養(yǎng)液的條件下進(jìn)行胃癌細(xì)胞HCG-27的培養(yǎng)。將DMEM/F12培養(yǎng)

5、基置于恒溫培養(yǎng)箱（37，5%CO2），在培養(yǎng)期間，密切關(guān)注腫瘤球形成情況。完成胃癌細(xì)胞培養(yǎng)和腫瘤球細(xì)胞培養(yǎng)后，進(jìn)行總RNA的提取。該過程中，應(yīng)用Trizol試劑提取RNA，并進(jìn)行純化、定量等操作，檢測RNA質(zhì)量（甲醛變性膠電泳）。在此基礎(chǔ)上，進(jìn)行基因表達(dá)譜芯片雜交（45），持續(xù)18h左右。針對基因芯片進(jìn)行洗滌、染色處理，經(jīng)掃描后，采集芯片圖像，讀取和校正數(shù)據(jù)。結(jié)合數(shù)據(jù)資料，對于胃癌及腫瘤球細(xì)胞差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選。2結(jié)果2.1腫瘤球培養(yǎng)結(jié)果分析腫瘤球培養(yǎng)結(jié)果，有血清培養(yǎng)液培養(yǎng)的過程中，可見胃癌細(xì)胞HCG-27均勻生長。無血清培養(yǎng)液培養(yǎng)的過程中，可見腫瘤球形成，呈致密狀態(tài)，腫瘤球形成時間為培養(yǎng)后

6、7d左右。2.2總RNA提取提取胃癌細(xì)胞HCG-27和腫瘤球細(xì)胞的總RNA。通過紫外分光光度計檢測、甲醛凝膠電泳后。根據(jù)A260/ A280值（1.794）、RNA電泳圖，確認(rèn)無蛋白質(zhì)污染、無降解等情況，RNA的完整度高，符合芯片實(shí)驗要求。2.3芯片圖像數(shù)據(jù)經(jīng)過基因表達(dá)譜芯片雜交后，根據(jù)各位點(diǎn)信號強(qiáng)度，對于基因表達(dá)水平進(jìn)行判斷。采集芯片圖像，對相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行定性、定量分析。參考差異顯著性標(biāo)準(zhǔn)（2倍差異），進(jìn)行胃癌細(xì)胞HCG-27和腫瘤球細(xì)胞的對照。其中差異表達(dá)基因 924條（表達(dá)上調(diào)319條、表達(dá)下調(diào)605條）3討論在胃癌的臨床診斷和治療中，將腫瘤干細(xì)胞理論應(yīng)用其中，分析疾病的發(fā)病機(jī)制。該過程中，胃癌的發(fā)生、進(jìn)展與腫瘤球細(xì)胞聯(lián)系起來。在細(xì)胞生長因子的作用下，腫瘤干細(xì)胞發(fā)生增殖、分化，逐漸富集，進(jìn)而形成腫瘤球3。腫瘤球細(xì)胞的特異基因表達(dá)，與胃癌的發(fā)病機(jī)制存在著一定的聯(lián)系4。應(yīng)用基因芯片技術(shù)，對于胃癌細(xì)胞、腫瘤球細(xì)胞的差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選和分析，判斷腫瘤球細(xì)胞是否參與到