常用工具軟件和生物信息學(xué)資源課件

1、NCBI美國國家生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information)，NCBI管理著包括GenBank在內(nèi)的一批數(shù)據(jù)庫,如UniGene、dbSNP、COG、LoccusLink、OMIM和MMDB等。它提供Entrez數(shù)據(jù)庫檢索工具、BLAST數(shù)據(jù)庫序列搜索等服務(wù)。GenBank :核酸數(shù)據(jù)庫PubMed: 文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫BLAST ：“局部相似性基本查詢工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 縮寫，Blast是NCBI研制的一個生物基因數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)的查詢工具，功能強(qiáng)大，檢索速度快，流行于世界上幾乎所

2、有的生物信息中心。功能名稱功能Blastn用核酸序列 搜索 核酸序列數(shù)據(jù)庫Blastp用蛋白質(zhì)序列 搜索 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫Blastx用核酸序列 (翻譯成蛋白質(zhì)) 搜索 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫TBlastn用蛋白質(zhì)序列 (翻譯成核酸) 搜索 核酸序列數(shù)據(jù)庫Tblastx用核酸翻譯的蛋白質(zhì)序列搜索核酸翻譯的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫分子生物學(xué)常用綜合軟件 GCG : GCG包含130多個與分析有關(guān)的程序。有6種重要生物數(shù)據(jù)庫隨程序包一起提供，并由GCG公司負(fù)責(zé)每兩個月更新一次。對DNA和蛋白質(zhì)分析而言,GCG軟件包是功能最強(qiáng)大，使用最廣泛的計算機(jī)程序之一。一般以網(wǎng)絡(luò)版服務(wù)器提供服務(wù)。主要功能：a) 限制性酶切圖

3、譜 b) 多序列對比 c) DNA到蛋白質(zhì)的翻譯 d) 蛋白質(zhì)分析 e) 數(shù)據(jù)庫搜尋 f) PCR引物設(shè)計 Vector NTI : 功能與GCG相似，單機(jī)版提供服務(wù)。它以美觀的界面，友好的操作方法在分子生物學(xué)界享有盛譽(yù)。Fast A格式name tttttacgVector-NTI 7.1的使用學(xué)習(xí)內(nèi)容提綱1.從GenBank下載目的基因序列2.Vector NTI 8.0數(shù)據(jù)輸入3. ORF的分析4. 基因酶譜分析5.引物設(shè)計6.同源性分析1.從GenBank下載目的基因序列2. Vector NTI 8.0數(shù)據(jù)輸入打開軟件新建子目錄數(shù) 據(jù) 輸 入3. ORF分析-線形化在圖形處，右鍵單擊提取 RRSV-S6-ORF 序列(1) Ctrl + C(2) 打開TXT文擋(3) Ctrl + V(4) 保存4. ORF 酶譜分析OK, OK5.引物設(shè)計一:手工設(shè)計P-設(shè)計5.引物設(shè)計二:自動設(shè)計(1)選中所有序列(2) AnalyzeFind PCR Primers(3) 檢測引物(4)克隆引物酶切位點和保護(hù)堿基需要手工加上去！（）測序引物