美國醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫課件

1、2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室1醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫MEDLINE2012.122022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室2一、數(shù)據(jù)庫概況（一）編制單位：美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(NLM) 。（二）收錄學(xué)科內(nèi)容：主要收錄生物醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生保健以及生命科學(xué)相關(guān)文獻(xiàn)。包括行為科學(xué)、健康專業(yè)所需要的化學(xué)、生物工藝學(xué)、基礎(chǔ)研究；臨床、護(hù)理、公共衛(wèi)生、衛(wèi)生政策發(fā)展或相關(guān)教育活動(dòng)的內(nèi)容。2000年起增加了生物、環(huán)境科學(xué)、海洋生物、植物和動(dòng)物學(xué)、生物物理學(xué)和生物化學(xué)等生命科學(xué)方面的研究內(nèi)容。2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室3（三）文獻(xiàn)來源：70多個(gè)國家和地區(qū)；近5600種生物醫(yī)學(xué)期刊美國衛(wèi)

2、生研究院文獻(xiàn)選擇技術(shù)評估委員會(huì)Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)評估挑選NLM和各專業(yè)協(xié)會(huì)的數(shù)據(jù)協(xié)作采集專家推薦。近年數(shù)據(jù)涉及39種語種，回溯至1946年的數(shù)據(jù)涉及60種語種。45%為美國本土出版文獻(xiàn)，91%為英文文獻(xiàn)，83%的文獻(xiàn)有文摘。(根據(jù)2012年數(shù)據(jù)庫help文檔）一、數(shù)據(jù)庫概況2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室4二、 MEDLINE的檢索平臺(tái)廣域網(wǎng)免費(fèi)平臺(tái)：NCBI-PubMed（含非MEDLINE數(shù)據(jù)）2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室5校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺(tái)（IP控制）：Ovid SPW

3、eb of KnowledgeEBSCOOCLC First Search二、 MEDLINE的檢索平臺(tái)2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室6校園網(wǎng)內(nèi)可用平臺(tái)的Medline2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室7PubMed數(shù)據(jù)庫檢索2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室8（一）開發(fā)機(jī)構(gòu)：NCBI（美國國立生物技術(shù)信息中心） NCBI的任務(wù):利用計(jì)算機(jī)信息處理技術(shù)，建立分子生物學(xué)、生物化學(xué)、遺傳學(xué)知識(shí)的自動(dòng)存儲(chǔ)和分析系統(tǒng)，并開展相關(guān)先進(jìn)方法的研究。促進(jìn)生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用。 促進(jìn)全世界范圍內(nèi)生物技術(shù)信息收集的合作。一、 PubMed簡介2

4、022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室9NCBI網(wǎng)站2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室10NCBI提供的數(shù)據(jù)庫檢索大分子生物學(xué)數(shù)據(jù)獲取GenBank, EMBL等數(shù)據(jù)庫的核酸序列；獲取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白質(zhì)序列，從核酸序列翻譯到蛋白質(zhì)的序列；獲取基因和染色體圖譜；蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)及大分子模式（MMDB）等其他生物信息數(shù)據(jù)庫檢索。PubMed等文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室11廣域網(wǎng)免費(fèi)提供題錄和文摘提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費(fèi)獲?。?提供檢索詞智能轉(zhuǎn)換匹配界面簡潔，操作簡便(須IE7.0以上版本)（二） PubMed

5、的特點(diǎn)2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室12MEDLINE Indexed1966 to prensent的MEDLINE已標(biāo)引數(shù)據(jù)，有MeSH字段和摘要，每條記錄標(biāo)有：PubMed-indexed for MEDLINE OldMEDLINE1946-1965年間的MEDLINE數(shù)據(jù)，無MeSH字段和摘要，每條記錄標(biāo)有：PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966 （三） PubMed收錄數(shù)據(jù)2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室13MEDLINE Inprocess最新的MEDLINE處理中數(shù)據(jù)，未標(biāo)引，無MeSH字段。每條記錄標(biāo)有：PubMed-in p

6、rocess。Publisher-Supplied出版商提供的電子文獻(xiàn)題錄，每條記錄標(biāo)有: PubMed-as supplied by publisher，分為兩類： MEDLINE 收錄，逐步轉(zhuǎn)為In Process, Indexed狀態(tài)。 Not MEDLINE：PubMed 收錄，MEDLINE不收錄，一直標(biāo)注PubMed-as supplied by publisher或PubMed（三） PubMed收錄數(shù)據(jù)PubMed記錄狀態(tài)子集PubMed記錄狀態(tài)子集2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室16二、PubMed的檢索功能基本檢索輸入框檢索限制高級檢索檢索指南檢索工具：特定文

7、獻(xiàn)檢索臨床查詢專題查詢其他資源：規(guī)范詞數(shù)據(jù)庫期刊數(shù)據(jù)庫臨床試驗(yàn)等個(gè)人空間2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室17檢索欄可輸入一個(gè)或多個(gè)檢索詞（系統(tǒng)默認(rèn)空格為AND檢索）如：aloe psoriasis（蘆薈治療銀屑病的文獻(xiàn)）三、PubMed 基本檢索規(guī)則多個(gè)檢索詞輸入2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室18檢索欄可輸入布爾邏輯運(yùn)算式：（運(yùn)算符須大寫）如：asthma AND (therapy OR treatment)字段限定符： ，空格按詞組匹配如：aloe AND psoriasisti如：Stem cell transplantationti三、PubMed 基本檢索

8、規(guī)則2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室19邏輯運(yùn)算式輸入：aloe AND psoriasisti銀屑病出現(xiàn)在篇名中2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室20字段限定 stem cell transplantationti2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室21著者檢索：姓全稱在前，名首字母在后，au。如: smith abau “paulsen e”au三、PubMed 基本檢索規(guī)則邏輯運(yùn)算式輸入：Paulsen E撰寫的蘆薈治療銀屑病的文章2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室22刊名檢索：全稱或MEDLINE認(rèn)可的標(biāo)準(zhǔn)縮寫, so如：Journal

9、of investigative dermatologyso J invest dermatolso三、PubMed 基本檢索規(guī)則輸入刊名檢索發(fā)表在該刊上的文獻(xiàn)（限定出處字段SO）2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室23PubMed記錄字段說明文摘第一著者單位地址出版商提供文獻(xiàn)識(shí)別號著者群版權(quán)說明參考評論文獻(xiàn)合著者文獻(xiàn)參考評論定稿版校樣版輸入日期輸入完成日期電子出版日期2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室24電子出版日期文獻(xiàn)出版日期數(shù)據(jù)加入PubMed日期文獻(xiàn)勘誤參考文獻(xiàn)勘誤全部著者姓名全部調(diào)研者姓名作為文章主題的著者全稱文獻(xiàn)相關(guān)注釋基金編號基因符號期編號資助調(diào)研者資助調(diào)研

10、單位國際標(biāo)準(zhǔn)期刊號美國立醫(yī)學(xué)圖書館識(shí)別號期刊全稱2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室25最后修訂日期規(guī)范詞表詞規(guī)范詞確立日期系統(tǒng)組織的文摘版權(quán)擁有者題錄提供機(jī)構(gòu)的識(shí)別號病史相關(guān)與原始記錄其他關(guān)鍵詞提供其他關(guān)鍵詞的機(jī)構(gòu)數(shù)據(jù)提供者機(jī)構(gòu)文章總頁數(shù)出版商提供數(shù)據(jù)時(shí)間期刊出版國數(shù)據(jù)庫文獻(xiàn)編號2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室26作為主題詞的個(gè)人姓名出版狀態(tài)文獻(xiàn)類型出版模式（紙張或電子） 參考文獻(xiàn)數(shù)已撤回的文獻(xiàn)酶或化學(xué)物質(zhì)代碼正在撤消中的文章初版文獻(xiàn)修訂和再版的文章子專題文檔太空署提供的數(shù)據(jù)二次文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫以及文章討論的分子序列訪問號原文來源引用了病例的文獻(xiàn)內(nèi)部處理代碼標(biāo)準(zhǔn)期刊縮寫文獻(xiàn)

11、標(biāo)題翻譯標(biāo)題更新文獻(xiàn)文獻(xiàn)正在更新期刊卷號2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室27截詞檢索：treat*可檢出：treat, treated, treatment.強(qiáng)迫短語檢索：“ ”，不進(jìn)行自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配和擴(kuò)展檢索如：“acute low back pain” “ang 1”（血管緊張素1縮寫）檢出1085篇比較：ang 1 檢出9956篇，誤檢多，其中有：三、PubMed 基本檢索規(guī)則2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室282022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室29自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配檢索詞： 對常用醫(yī)學(xué)名詞自動(dòng)在規(guī)范詞索引（主題詞、副主題詞、物質(zhì)名稱）中轉(zhuǎn)換、并默認(rèn)在所有

12、記錄字段中匹配。如：liver cancer liver neoplasmsMeSH Terms OR (liverAll Fields AND neoplasmsAll Fields) OR liver neoplasmsAll Fields OR (liverAll Fields AND cancerAll Fields) OR liver cancerAll Fields三、PubMed 基本檢索規(guī)則2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室30結(jié)果顯示頁右側(cè)Details顯示系統(tǒng)自動(dòng)匹配轉(zhuǎn)換的檢索詞2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室31自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配檢索詞：如：hyper

13、tension therapyDetails:(hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fields) AND (therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuticsMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields)三、PubMed 基本檢索規(guī)則2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室32四、PubMed 檢索濾過( filter) ：PubMed結(jié)果顯示頁2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室33五、PubMed 高級檢索功能一個(gè)網(wǎng)頁中集多種功能于一體基本

14、檢索檢索細(xì)節(jié)檢索式編制檢索歷史其他檢索資源結(jié)果預(yù)覽檢索框中只能輸入檢索詞，不能輸入檢索式。多個(gè)字段檢索要分多次輸入。檢索歷史中顯示歷次檢索式、時(shí)間和檢出篇數(shù)?？山M配檢索式，如：#1 OR #2，#1 AND child點(diǎn)擊編號可對檢索式進(jìn)行刪除、保存等操作。在History中快速顯示檢索式與檢出篇數(shù)顯示轉(zhuǎn)換規(guī)范詞及運(yùn)算的詳細(xì)過程，可確定規(guī)范詞高級檢索界面檢索歷史2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室35六、PubMed其他資源1. Mesh Database（規(guī)范化醫(yī)學(xué)主題詞表）功能：確定規(guī)范化主題詞查看主題詞詞義注釋、樹狀結(jié)構(gòu)表選擇副主題詞、擴(kuò)展下位主題詞、指定主要主題詞進(jìn)入途徑：M

15、eSH Database鏈接：PubMed主頁，Advanced Search界面MeSH選項(xiàng)：基本檢索框前Search下拉菜單的2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室36進(jìn)入 MeSHMeSH 詞表字順界面主題詞主題詞定義MeSH詳細(xì)注釋界面副主題詞同義詞主題詞族系2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室39選鉤副主題詞確定副主題詞之間的關(guān)系添加檢索需求重要主題詞確認(rèn)不擴(kuò)展檢索確認(rèn)MeSH詞檢索課題：果蠅的神經(jīng)發(fā)育學(xué)研究關(guān)鍵詞：Drosophila neural development主題詞結(jié)合自由詞檢索：2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室402022/7/20復(fù)旦

16、大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室41主題詞結(jié)合自由詞檢索檢索結(jié)果2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室42自由詞檢索：Drosophila neural development genes2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室43尚未標(biāo)引主題詞的最新文獻(xiàn)補(bǔ)充2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室44點(diǎn)擊標(biāo)題顯示文摘增強(qiáng)格式文獻(xiàn)歸類功能PMC免費(fèi)全文鏈接七. 顯示結(jié)果2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室45文摘增強(qiáng)格式相關(guān)論文MeSH詞、物質(zhì)名、文獻(xiàn)類型等信息LinkOut外部資源鏈接全文鏈接，我校訂購的數(shù)據(jù)庫可鏈全文，需在校園網(wǎng)內(nèi)設(shè)免費(fèi)代理相關(guān)的網(wǎng)上免費(fèi)醫(yī)學(xué)指南信息全

17、文鏈接，部分需連外網(wǎng)2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室462022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室47八. 輸出方式選擇（send to）File：保存檢索結(jié)果為文本文件Clipboard 剪貼板，多次檢索，可暫存每次檢索需下載的記錄，最后一起保存。 最多允許存儲(chǔ)500條，保留8小時(shí)。Email: 通過郵件發(fā)送Collections：將檢索結(jié)果存到My NCBI中Order：全文傳遞服務(wù)，需帳號、收費(fèi)。2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室48選擇文件保存格式MEDLINE格式提供所有字段信息2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室49雖然沒有提示有全文，202

18、2/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室50文摘里提示有更多資源鏈接2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室51最終獲取到全文2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室52訂閱最新結(jié)果點(diǎn)擊后點(diǎn)“XML”按鈕2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室53需IE7.0以上版本2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室54定期點(diǎn)擊鏈接，接收課題最新相關(guān)論文2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室55MeSH詞檢索例2：用MeSH檢索2003-09年期間關(guān)于霉酚酸酯在腎衰竭治療中療效觀察的文獻(xiàn)。課題分析：匹配物質(zhì)名稱：mycophenolate mofetil匹配主題詞：ren

19、al failure, treatment effect（AND）匹配副主題詞：drug therapy, surgery, therapy,rehabilitation藥物名稱MeSH檢索2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室57疾病概念MeSH檢索療效觀察MeSH檢索MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)查全同義詞:如：renal/kidney insufficiency; tongue cancer/tumor查全子概念:如：acute kidney injury; ATN; chronic kidney insufficiency;查全子概念：自動(dòng)擴(kuò)展檢索下位詞勾選后不擴(kuò)展下位詞樹形結(jié)構(gòu)上位詞Me

20、SH檢索的優(yōu)點(diǎn)查全同義詞2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室63MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)根據(jù)樹形結(jié)構(gòu)調(diào)整檢索詞縮?。翰粩U(kuò)展下位詞，或選用某個(gè)下位詞；擴(kuò)大：選用上位詞，或選用多個(gè)同位詞；了解同一概念的同義詞、近義詞，供自由詞檢索參考款目詞：規(guī)范詞所替代的不同表達(dá)形式的自由詞2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室64MeSH檢索的優(yōu)點(diǎn)提高文獻(xiàn)相關(guān)度標(biāo)有MeSH詞的都是文章的主題，篩去非主題的文章Major Topic Headings（加權(quán)，重點(diǎn)論述的主題）帶*的是文獻(xiàn)重點(diǎn)論述的主題2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室65MeSH檢索的缺陷人工標(biāo)引費(fèi)時(shí)，最新論文還未標(biāo)MeSH

21、詞（ In Process），用MeSH會(huì)漏檢。Medline不收錄的文獻(xiàn)，Supplied by publisher的文獻(xiàn)，不標(biāo)MeSH詞。新詞、一些很專指的概念沒有對應(yīng)的規(guī)范詞。如：SARS（03年詞表中沒有），舌根癌查上述類型的文獻(xiàn)需結(jié)合自由詞檢索2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室66九、PubMed其他資源2. Journal in NCBI Database（期刊信息庫）通過輸入刊名全稱或縮寫、ISSN號等瀏覽期刊出版社等詳細(xì)信息。提供期刊：在PMC中的免費(fèi)全文鏈接在Nucleotide，Protein，Pubmed等庫中的記錄鏈接。相關(guān)的其他期刊輸入待檢期刊名期刊詳細(xì)信

22、息全文等鏈接2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室68十、PMC (PubMed Central)生命科學(xué)免費(fèi)期刊資源中心免費(fèi)提供900多種期刊的10多萬篇全文其中部分文獻(xiàn)被PubMed涵蓋2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室69進(jìn)入PubMed Central下拉主頁滾動(dòng)條至底2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室70PMC首頁進(jìn)入高級檢索2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室71查找腎衰竭的藥物療法2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室71全文鏈接 GoPubmed文獻(xiàn)分析2022/7/20復(fù)旦大學(xué)圖書館文獻(xiàn)檢索教研室73GoPubmed文獻(xiàn)分析工具GoPubMed是德國Transinsight公司和德國德累斯頓大學(xué)合作開發(fā)，對PubMed檢索結(jié)果進(jìn)行篩選、分析的工具。智能搜索、交互式篩選找出重要論文。為什么GoPubMed有如此大的功能？包括生物醫(yī)學(xué)所有