專業(yè)術(shù)語解析

1、-)M副背畏蜘密普及簡稀全稱中譯MiskldLcI-： Repair銷祀修垣員責(zé)帷I )NA奪子中出現(xiàn)的硼基 惜陽夏幾個(gè)情.褂撤失或插入dMWRdeficient MisMatch Rspair錯(cuò)配修盈蹈信配修元件突變 邙釵修發(fā)權(quán)制映陷MSMUoSatellite微衛(wèi)星短的串聯(lián)重復(fù)I.W怦列l(wèi)-6bp) 霧出現(xiàn)于非焜仙內(nèi)念千區(qū)域MSIMicroSateliile insfabiiity讖1星.不凝健性M混瞄于正常的序列長度, 多發(fā)生于于復(fù)機(jī)制缺失時(shí)MSSMicroSatRilite Stability微1薜毯定性相對于MS】而吉* MS 德定頓在.沒刈發(fā)生改變MSI-LLow-frequenc

2、y MSI不境定件MSI出琲的莉奉低MSI-HH Eg frequency MSI需成微衛(wèi)星不弟定性M陽出現(xiàn)的頻率高HNPCCHereditary Non-PolyposesCold 侑 g 由 1 Cancer貿(mào)傳心泌肉痛性家把:翊專疾病，飴直施慰UytKh綜合杵，由福闈怡復(fù)迎帖引起表1布文譙及字亦用語MMR,重要的DNA修復(fù)機(jī)制，能夠準(zhǔn)確地識別及修復(fù)在DNA復(fù)制或重組過程中產(chǎn) 生的堿基錯(cuò)配，小范圍的堿基缺失或插入，對維持基因組穩(wěn)定性，遺傳后代的精確性有 著重要的作用。dMMR，顧名思義，就是MMR修復(fù)機(jī)制出現(xiàn)故障。參與MMR修復(fù)基因發(fā)生了突 變，導(dǎo)致基因功能缺陷，MMR修復(fù)能力下降或缺失。

3、Lynch綜合癥是由于MMR修復(fù)缺陷引起。MS，微衛(wèi)星，又稱簡單重復(fù)序列(SSR)， 是一些短而重復(fù)的DNA序列，一般由1-6個(gè)核苷酸組成，串聯(lián)重復(fù)排列，常見類型為 雙堿基CA / GA或單堿基A/T等，存在于內(nèi)含子等非編碼區(qū)，多態(tài)性分布于整個(gè)基因 組，個(gè)體差異大。MSI，是指由于在DNA復(fù)制時(shí)插入或缺失突變引起的MS序列長度改變的現(xiàn)象，常 由錯(cuò)配修復(fù)(MMR)功能缺陷引起(圖1)。MSI現(xiàn)象于1993年被Jacobs等人在結(jié)直 腸癌中首次發(fā)現(xiàn)，與癌癥發(fā)生有關(guān)，可用于癌癥檢測。PGS( Preimplantation Genetic Screening)是胚胎植入前遺傳學(xué)篩查，用于在胚 胎植入

4、著床之前對早期胚胎進(jìn)行染色體數(shù)目和結(jié)構(gòu)異常的檢測，主要通過檢測胚胎的 23對染色體結(jié)構(gòu)、數(shù)目，通過比對來分析胚胎是否有遺傳物質(zhì)異常。PGD( preimplantation genetic diagnosis)即胚胎植入前遺傳學(xué)診斷，主要用于檢 查胚胎是否攜帶有遺傳缺陷的基因。無創(chuàng)產(chǎn)前檢測(Non-invasive Prenatal Testing, NIPT)主要是通過孕期母體的外周 血，對其中的游離DNA(含有胎兒來源的DNA)進(jìn)行測序，來判斷胎兒是否患有某些 遺傳病，如21-三體綜合征、18三體綜合征以及13-三體綜合征，以及一些性染色體三 體型及X單體型。CTCs就是循環(huán)腫瘤細(xì)胞(ci

5、rculating tumor cells)的簡稱，這玩意就是從原發(fā)腫瘤 甚至是轉(zhuǎn)移形成的新腫瘤上掉落下來，并且進(jìn)入到患者的外周血循環(huán)系統(tǒng)中的惡性腫瘤 細(xì)胞！ ！臨床上可以用于腫瘤治療的預(yù)后監(jiān)測！ctDNA就是循環(huán)腫瘤DNA( Circulating tumor DNA)，顧名思義是原發(fā)腫瘤甚至是 轉(zhuǎn)移形成的新腫瘤上的細(xì)胞破裂掉落下來的DNA片段，也是進(jìn)入了外周血循環(huán)系統(tǒng)。 這玩意甚至比CTCs更具價(jià)值，因?yàn)樵谀[瘤形成早期血液中往往還沒有CTCs但是卻已 經(jīng)開始有ctDNA 了，這意味著可以通過檢測ctDNA而發(fā)現(xiàn)早期的腫瘤！這對于腫瘤 早篩、用藥和預(yù)后都是非常有意義的！當(dāng)然技術(shù)上也更難。這兒

6、有一篇對ctDNA的介 紹：cfDNA就跟上面的2種完全不同了，它其實(shí)就是cell free DNA，就是在血液中游離的 自身DNA而已，這些DNA多是從身體的細(xì)胞或者白血球破裂釋放出來的，這基本都 是無害的，不用多久會(huì)被自身清理掉。不過值得一提是，當(dāng)孕婦懷孕的時(shí)候，胎兒的 DNA也會(huì)同時(shí)釋放到母親的血液里頭去，這是當(dāng)前火熱的無創(chuàng)唐氏篩查的基礎(chǔ)！通過 抽取母親的外周血測序分析其中的游離DNA就可以判斷胎兒是否存在整個(gè)染色體或者 大片段DNA的變異。比起以前的方式是要安全得多，也跟準(zhǔn)?？茖W(xué)如果不能更快，更 準(zhǔn)，更方便還干啥搞科學(xué)呢，是吧！MID :蓮和在每個(gè)樣本中，額外加上MID標(biāo)簽，更準(zhǔn)確的糾

7、正擴(kuò)增測序錯(cuò)誤，降低假 陽性免疫組化（Ihc）:免疫組織化學(xué)（Immunohistochemistry）又稱免疫細(xì)胞化學(xué)。它是 組織化學(xué)的分支，它是用標(biāo)記的特異性抗體（或抗原）對組織內(nèi)抗原（或抗體）的分布 進(jìn)行組織和細(xì)胞原位檢測技術(shù)。PD-1 ( programmed cell death-1)，程序性死亡受體-1: PD-1(programmed cell death protein 1）程序性死亡受體1，是一種重要的免疫抑制分子。為CD28超家族成 員,其最初是從凋亡的小鼠T細(xì)胞雜交瘤2B4.11克隆出來。以PD-1為靶點(diǎn)的免疫調(diào)節(jié) 對抗腫瘤、抗感染、抗自身免疫性疾病及器官移植存活等均有重

8、要的意義。其配體PD-L1 也可作為靶點(diǎn)，相應(yīng)的抗體也可以起到相同的作用。PD-L1（ programmed cell death-Ligand 1）程序性死亡受體-配體 1: EGFR （英語:epidermal growth factor receptor,簡稱為 EGFR、ErbB-1 或 HER1） 是表皮生長因子受體（HER）家族成員之一，EGFR腎小球?yàn)V過率的縮寫，指單位時(shí)間 內(nèi)兩腎生成濾液的量稱為腎小球?yàn)V過率，由于腎小球?yàn)V過率在反映腎功能損害程度上具 有獨(dú)特而重要的意義，腎小球?yàn)V過率下降是診斷慢性腎臟病的一項(xiàng)重要指標(biāo)。TKI（酪氨酸激酶（Tyrosinekinase）酪氨酸激酶抑

9、制劑主要通過抑制細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)而抑 制腫瘤細(xì)胞的生長和增殖，促進(jìn)細(xì)胞凋亡目前臨床上最常用的針對BCR-ABL融合基 因的酪氨酸激酶小分子抑制劑（small moleculeTKI）,包括第一代藥物伊馬替尼，第 二代藥物達(dá)沙替尼（施達(dá)賽）和尼羅替尼。酪氨酸激酶抑制劑主要通過抑制BCR-ABL 融合蛋白，從而發(fā)揮抗白血病作用。TP53是人體內(nèi)重要的抑癌基因，不僅可以阻止腫瘤細(xì)胞分裂，誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡，還可以修復(fù)正常DNA的損傷ARMS（ （amplification refractory mutation system）生物技術(shù)一般指擴(kuò)增受阻突變系 統(tǒng)MSI-H（ microsatellite in

10、stability-high高度微衛(wèi)星不穩(wěn)定）dMMR 的另外一 代名 詞就是眾所周知的MSI-H，因?yàn)镸MR基因突變，DNA重復(fù)單元的插入或缺失而導(dǎo) 致MSI高度不穩(wěn)定及MMR蛋白缺失。病理學(xué)界發(fā)現(xiàn)MSI-H結(jié)腸癌具有相類似的臨 床病理特征，稱之為MSI-H樣病理特征TMB（3,3,5,5-Tetramethylbenzidine中文別名：3,3,5,5-四甲基聯(lián)苯胺）TMB 已在 逐步取代強(qiáng)致癌物聯(lián)苯胺和其他致癌性的聯(lián)苯胺衍生物，應(yīng)用于臨床化驗(yàn)、法醫(yī)檢驗(yàn)、 刑事偵破及環(huán)境監(jiān)測等領(lǐng)域；尤其是在臨床生化檢驗(yàn)方面，TMB作為過氧化酶的新底 物，在酶免疫分析法（EIA）和酶聯(lián)免疫吸附檢驗(yàn)法（ELI

11、SA）中獲得了廣泛的應(yīng)用基因檢測是指通過血液、體液或細(xì)胞對DNA變異進(jìn)行檢測的技術(shù)。代測序：又稱Sanger測序（多分子，單克?。v史：第一代DNA測序技術(shù)（又稱Sanger測序）在1975年，由Sanger等人開創(chuàng)， 并在1977年完成第一個(gè)基因組序列（噬菌體X174），全長5375個(gè)堿基。研究人員經(jīng) 過30年的實(shí)踐并對技術(shù)及測序策略的不斷改進(jìn):如使用了不同策略的作圖法、鳥槍法）, 2001年完成的首個(gè)人類基因組圖譜就是以改進(jìn)了的Sanger法為其測序基礎(chǔ)。原理：在4個(gè)DNA合成反應(yīng)體系（含dNTP）中分別加入一定比例帶有標(biāo)記的ddNTP （分為：ddATPddCTPddGTP和ddTTP）

12、，通過凝膠電泳和放射自顯影后可以根據(jù)電泳帶的位置確定待測分子的DNA序列。由于ddNTP的2和3都不含羥基，其在DNA的合成過程中不能形成磷酸二酯鍵，因此可以用來中斷DNA合成反應(yīng)。二代測序：NGS技術(shù)（多分子，多克隆）背景:Sanger測序雖讀長較長、準(zhǔn)確性高，但其測序成本高通量低等缺點(diǎn)，使得denovo 測序、轉(zhuǎn)錄組測序等應(yīng)用難以普及。經(jīng)過數(shù)據(jù)不斷的技術(shù)開發(fā)和改進(jìn)，以Roche公司 的454技術(shù)、illumina公司的Solexa，Hiseq技術(shù)，ABI公司的Solid技術(shù)為標(biāo)記的 第二代測序技術(shù)誕生，后起之秀ThermoFisher的IonTorrent技術(shù)近年來也殺入歷史 舞臺。蓮和醫(yī)

13、療二代測序產(chǎn)品采用的原理為Illumina原理：橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像主要步驟：DNA文庫制 超聲打斷加接頭Flowcell吸附流動(dòng)DNA片段橋式PCR擴(kuò)增與變性放大信號測序測序堿基轉(zhuǎn)化為光學(xué)信號優(yōu)勢劣勢Illumina的這種測序技術(shù)每次只添加一個(gè)dNTP的特點(diǎn)能夠很好的地解決同 聚物長度的準(zhǔn)確測量問題，它的主要測序錯(cuò)誤來源是堿基的替換。而讀長短（200bp-500bp）也讓其應(yīng)用有所局限。二代測序相比一代測序大幅降低了成本，保持了較高準(zhǔn)確性，并且大幅降低了測序時(shí)間, 將一個(gè)人類基因組從3年降為1周以內(nèi)，但在序列讀長方面比起第一代測序技術(shù)則要短很多，這也給三代測序提供了發(fā)展

14、空間。第公司平臺測序方檢測大約優(yōu)點(diǎn)相對局限性X名稱法方法讀長代（堿基數(shù)）第ABI/3130桑格-熒光/600-高讀長準(zhǔn)確度一次通量低；樣品制備一生命xL-3毛細(xì)管光學(xué)1000性達(dá)標(biāo)率高，能很好成本高，使之難以代技術(shù)730 x電泳測處理重復(fù)序列和多做大量的平行測序公司L序法聚序列第貝克GeXP桑格-熒光/600-高讀長準(zhǔn)確度一次通量低；單個(gè)樣品一曼遺傳毛細(xì)管光學(xué)1000性達(dá)標(biāo)率高，能很好的制備成本相對較代分析電泳測處理重復(fù)序列和多高系統(tǒng)序法聚序列；易小型化第羅氏基因焦磷酸光學(xué)230-在第二代中最高讀樣品制備較難；難二/454組測測序法400長;比第一代的測序于處理重復(fù)和同種代序儀通量大堿基多聚區(qū)

15、域；試FLX劑沖洗帶來錯(cuò)誤累系統(tǒng)積，儀器昂貴第以魯HiSe可逆鏈熒光/2x15很高測序通量儀器昂貴；用于數(shù)二米那q200終止物光學(xué)0據(jù)刪節(jié)和分析的費(fèi)代0/miSeq和合成測序法用很高第ABI/5500連接測熒光/25-3很高測序通量在廣測序運(yùn)行時(shí)間長；二SOLixlSO序法光學(xué)5為接受的幾種第二讀長短，造成成本代DLiD代平臺中所要拼接高，數(shù)據(jù)分析困難系統(tǒng)出人類基因組的試和基因組拼接困劑成本最低難；儀器昂貴第赫利Helis單分子熒光/25-3高通量在第二代中讀長短，推高了測二克斯cope合成測光學(xué)0屬于單分子性質(zhì)的序成本，降低了基代序法測序技術(shù)因組拼接的質(zhì)量；儀器非常昂貴三代測序：單分子測序背

16、景 :測序技術(shù)經(jīng)過第一代、第二代的發(fā)展，讀長從一代測序的近1000bp，降到了二 代測序的幾百bp，通量和速度大幅提升，那么第三代測序的發(fā)展思路在于保持二代測 序的速度和通量優(yōu)勢同時(shí)，彌補(bǔ)其讀長較短的劣勢。三代測序與前兩代相比，最大的特 點(diǎn)就是單分子測序，測序過程無需進(jìn)行PCR擴(kuò)增。三代測序優(yōu)勢：第三代基因測序讀長較長，可以減少拼接成本，節(jié)省內(nèi)存和計(jì)算時(shí)間；作用原理上避免了 PCR擴(kuò)增引入錯(cuò)誤；拓展應(yīng)用：RNA的序列，甲基化的DNA序列等；三代測序缺陷：單讀長的錯(cuò)誤率偏高，需重復(fù)測序以糾錯(cuò)(增加測序成本);依賴DNA聚合酶的活性；成本較高(二代Illumina的測序成本是每100萬個(gè)堿基美元，

17、三代測序 成本是每100萬個(gè)堿基美元)。生信分析軟件不夠豐富、數(shù)據(jù)積累少。PCR聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction)稱 PCR。它可看作是生物體外的特殊 DNA復(fù)制，PCR的最大特點(diǎn)，是能將微量的DNA大幅增加。個(gè)人理解，PCR是整個(gè)測序/檢測過程中的一個(gè)環(huán)節(jié)，增加樣本檢測密度，更有效地檢 測樣本、提取信息。ddPCR ( droplet digital PCR)微滴式數(shù)字PCR ( ddPCR )在傳統(tǒng)的PCR擴(kuò)增前對樣品進(jìn)行微滴化處理，將含有核酸 分子的反應(yīng)體系分成成千上萬個(gè)納升級的微滴，其中每個(gè)微滴或不含待檢核酸靶分子， 或者含有一個(gè)至數(shù)個(gè)待檢核酸靶分子。

18、經(jīng)PCR擴(kuò)增后，逐個(gè)對每個(gè)微滴進(jìn)行檢測，有熒光信號的微滴判讀為1 ,沒有熒光信 號的微滴判讀為0，根據(jù)泊松分布原理及陽性微滴的個(gè)數(shù)與比例即可得出靶分子的起始 拷貝數(shù)或濃度。適合于拷貝數(shù)變異研究、復(fù)雜來源樣品中含量極低核酸分子的檢測、NGS數(shù)據(jù)驗(yàn)證、 NGS測序文庫的鑒定、miRNA等差異微小的基因表達(dá)研究。RT-PCR ( reverse transcription PCR)由一條RNA單鏈轉(zhuǎn)錄為互補(bǔ)DNA ( cDNA )稱作逆轉(zhuǎn)錄”，由依賴RNA的DNA 聚合酶(逆轉(zhuǎn)錄酶)來完成。隨后,DNA的另一條鏈通過脫氧核苷酸引物和依賴DNA 的DNA聚合酶完成，隨每個(gè)循環(huán)倍增，即通常的PCR。原先

19、的RNA模板被RNA酶H 降解，留下互補(bǔ)DNA。RT-PCR技術(shù)相關(guān)試劑：oligo :多聚體，相當(dāng)于mRNA引物AMV RT ：禽類成髓細(xì)胞瘤病毒逆轉(zhuǎn)錄酶MMLV RT ：莫洛尼鼠白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶dNTPs :脫氧核苷酸RNase : RNA水解酶PCR Buffer : RT-PCR緩沖液MgCl2 : 2價(jià)鎂離子QPCR 的英文全名是 Real-time Quantitative PCR Detecting System,即實(shí)時(shí)熒光定 量核酸擴(kuò)增檢測系統(tǒng)，也叫實(shí)時(shí)定量基因擴(kuò)增熒光檢測系統(tǒng)，簡稱QPCR。第一代產(chǎn)品：基因擴(kuò)增熱循環(huán)儀(DNA Thermal Cycler) +電泳儀+紫外

20、分析儀+定性試劑，構(gòu)成 PCR定性檢測。第二代產(chǎn)品：基因擴(kuò)增熱循環(huán)儀+熒光儀+終點(diǎn)定量試劑，構(gòu)成PCR-DNA終點(diǎn)法定量檢測(End-point quantitative PCR detection )，又分為終點(diǎn)酶免定量(End-point ELISA-PCR）和終點(diǎn)熒光定量（End-point Fluor-PCR）兩種。第三代產(chǎn)品：實(shí)時(shí)定量QPCR儀+實(shí)時(shí)熒光定量試劑，構(gòu)成QPCR-DNA/RNA實(shí)時(shí)熒光定量檢測。QPCR至少有以下特點(diǎn)：所用儀器少，只用一臺儀器。檢測時(shí)間短，只須45分鐘 1小時(shí)10分鐘（試劑各異），而定性PCR須3 4小時(shí)， 酶免終點(diǎn)定量須6 8小時(shí)，熒光終點(diǎn)定量須2 3小時(shí)。操作極其簡單：前處理后，樣本插入儀器一小時(shí)后到電腦上來出報(bào)告即可，無須開蓋， 移樣本（以前方法），避免污染。結(jié)果精確：定性PCR只能定性，很粗略，終點(diǎn)定量PCR由于只能在40個(gè)熱循環(huán)結(jié)束 后檢測熒光，被測熒光達(dá)到飽和導(dǎo)致定量不夠精確，屬于半定量狀態(tài)。而實(shí)時(shí)熒光QPCR 是在擴(kuò)增的每時(shí)每刻連續(xù)檢測各樣本的熒光值的變化，如圖一所示：圖一西安天隆TL988實(shí)際曲線1檢測動(dòng)態(tài)范圍：DNA copies/ml檢測精度：0.1RLU辨別率：5000和10,000個(gè)模板拷貝