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文檔簡介

1、Softberry網(wǎng)站部分使用功能介紹摘要Softberry是專業(yè)的在線比對尋找生物啟動子和啟動子模型的網(wǎng)站,其中有很多功能都是我們在以后的生物信息學(xué)研究中將要使用到的,所以我們有必要了解其使用方法,本文主要介紹了它的功能的兩個部分,啟動子序列比對功能和SELTAG 軟件的使用簡介。關(guān)鍵詞:啟動子預(yù)測 啟動子模型 SELTAG軟件ABSTRACKSoftberry is a professional online program which looking for biological promoter and the model of promoter , there are a lot o

2、f features usage on this website will be helped in our bioinformatics research , so it is necessary to know its using method, this paper mainly introduces its function of two parts, the promoter sequence alignment function and the usage of SELTAG software profile.Keywords: promoter prediction promot

3、er model SELTAG software 第一部分:Search for promoters/functional motifs尋找啟動子/功能性序列1. NsiteM 保守調(diào)控基序的識別將FASTA格式的序列輸入上面的對話框內(nèi),點(diǎn)擊顯示結(jié)果按鈕,輸出結(jié)果: 結(jié)果輸出后可以看到在已知序列庫有2774個基序,所查基序的期望值,統(tǒng)計學(xué)顯著水平,基序和已知序列同源性水平,基序與已知序列的差異水平等數(shù)據(jù)。2. NsiteH 在一對保守的同源序列中尋找功能基序在對話框內(nèi)分別輸入兩條要比較的序列,然后點(diǎn)擊下面的顯示結(jié)果按鈕,輸出結(jié)果: 在結(jié)果內(nèi)可以看到兩條序列比對的結(jié)果,期望值,統(tǒng)計學(xué)顯著水平,最

4、小保守水平,同源水平,變異水平的數(shù)據(jù)。3. POLYAH 識別3末端多聚核苷酸尾區(qū)域?qū)ASTA格式的序列輸入上面的對話框里,按輸出結(jié)果按鈕,可以得到以下數(shù)據(jù):輸出結(jié)果表明所查序列中有兩個ployA尾位點(diǎn)被預(yù)測到。4. BPROM 細(xì)菌啟動子的預(yù)測將細(xì)菌的所查序列粘貼到此處,點(diǎn)擊顯示結(jié)果按鈕,輸出結(jié)果:結(jié)果顯示,我們所查序列的名稱和總長度,以及預(yù)測出來的啟動子所在位置和其對應(yīng)的分值。5. PromH(G) 在真核生物中利用同源序列進(jìn)行啟動子預(yù)測 首先,將一段序列與另一段同源序列分別輸入以上兩個對話框內(nèi),然后點(diǎn)擊數(shù)據(jù)出結(jié)果按鈕:可得如下結(jié)果:PHa表示比對序列在局部搜索區(qū)域的同源性水平:PHs表

5、示比對序列在TSS系列軟件中的同源性水平;PHss表示比對序列直接在TSS軟件中的同源性水平;PHt表示TATA-BOX在比對序列中的同源性水平;PHr代表調(diào)控因子在局部搜索區(qū)域的同源性水平。下面的就是各項的比對結(jié)果與其分值。6. PromH(W) 在真核基因組使用同源序列預(yù)測啟動子(僅供學(xué)術(shù)使用)先將兩條要比對的序列輸入上邊的兩個對話框,點(diǎn)擊輸出結(jié)果按鈕可得:與PromH(G)不同,這里的輸出結(jié)果多出兩條:Initial / Final Thresholds for TATA+ promoters - 0.10 / 2.50TATA+啟動子的最初的/最終的閾值- 0.10/ 2.50Init

6、ial / Final Thresholds for TATA-/enhancers - 0.70 / 3.70TATA-/增強(qiáng)子的最初/最終閾值- 0.70/3.707. CgGFinder CpG尋找器,序列中GC區(qū)域的尋找將要尋找GC區(qū)域的序列輸入上面的對話框內(nèi),可得下圖:程序找到4個GC區(qū)域,分別排列在下方,它們的各項指標(biāo)都在下面顯示,起始位點(diǎn)和終止位點(diǎn)和長度等。8.ScanWM-p尋找植物調(diào)控序列的權(quán)重矩陣模型將要尋找模型的序列輸入此處,點(diǎn)擊顯示結(jié)果,可得:這樣,在相應(yīng)數(shù)據(jù)庫中找到的模型就會排布在下方,總共有5個模型被找到。第二部分:SELTAG軟件簡介 seltag是用于分析基因表

7、達(dá)數(shù)據(jù)的最完美的工具。它具有以下功能:1.它可以分析所有或選定的基因組或組織;2.在復(fù)雜選擇標(biāo)準(zhǔn)的基礎(chǔ)上,對組織特異性基因進(jìn)行選擇;3.對數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化表達(dá); 4.用來識別在一系列組織中表達(dá)相同(相關(guān))的基因; 5.選擇特定的基因,如與某些疾病有關(guān)的受體或分泌蛋白。seltag允許用戶:1 通過基因的表達(dá)水平或其他在不同的實驗中獲得的參數(shù)來選擇基因;2 通過基因在不同實驗中的表達(dá)水平來確定基因的排序 ;3 用先進(jìn)的繪圖工具將基因表達(dá)譜可視化;4 利用相似的表達(dá)譜尋找一個或多個基因 ;5 評估兩個或多個基因的表達(dá)譜之間的相關(guān)性;6 通過基因表達(dá)水平相似的基因表達(dá)譜與實驗相似的聚類基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行基因或組織 層次聚類和顯示結(jié)果相似的樹圖; 7 分析使用主成分分析法的相關(guān)基因表達(dá)譜的協(xié)方差矩陣和可視

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