X-tile-軟件的操作流程

1、Xtile軟件的操作流程由于最近在做某基因表達與預后相關性的分析，對如何選擇最佳cutoff值很疑惑。搜了丁香園的各大帖子，發(fā)現對 x-tile如何使用并沒有人分享 過。經過對照軟件中的操作說明，終于搞明白是怎么回事了，現分享給大 家！首先，將你excel表格中的“某基因的表達值” “生存期” “刪失情況” 等等其他一些數據復制到文本文檔中。注意：“刪失情況”要寫成“censored” , “uncensored” , or “unknown” 形式。然后打開軟件（軟件下載見附件），如圖點擊“"open"打開剛建的“ txt”文本，接著就可以進行設置了。如下圖X-tile

2、SetupClick ihc "Load" button to seleci he auriEni culujiin u ihr caiNcr, inurkcr, elcCur&UcUXilc pbis 1 raidt g1 Num 皿 ihc i r I的 ill dphy on the J之三三三三HH三三= 三 iB三 imjBBBjB=Survivat TinwMark or 1Marker 2:p Limitsih riu'll'國. a.Li2s oi tht cnJ jmn neltcud on the k/L "NA&quo

3、t; ii displaod if the ccJI擴大來看！（下圖）將“刪失情況” 即圖中的DOD-censor放入"censor”中，然后將“inter type" 改為"DeadOfDiese;將“生存期”即圖中的 “Followup-months”放入 “Survival Time'J 將 “inter type”改為你所用的時間度量，如“天”或“年”；將“表達量”即圖中的“HER2放入“Markerl"，Mark2如果沒有可以不填 剩余的也可以不填。N- 1r "恬,hDOD_CensurFol q ampP53 HER2 E

4、R ER Quartiles HERS luarDles PwkwBu0. Nc dejositive 1. Me dPositive 2' Nod_Postive 3 Ncde_Positive 4; Ncd«_N«gativa 5: NodoFoUive S: NcdePsitive 7: Ncde.PositiveA Nod4_Po»fav4 9： Nod«.Pg 蝸 w10 Node.PositiveM Ncd«,Posrtiva 12 Mccfe_Po$ilive 13 NcdePosrtive 14 NtodePosrtiv

5、e 15l Mode_Posiliva 16 Ncde_Poi!tive 17 Node.Posrtive 1 R kLnrl 口mtirfiLr白Survival Time:Followup_mWMMarker 1:LoadHER2Marker 2Load然后點左上角的Murit»r 1Kfip>lan Mh6ido"，選擇"Kaplan-Meier" -MSrkerl ”.即可。接著會出現下如圖所示結果。鼠標左鍵點擊“2Pop X-tile Plot'所指的矩形圖，軟件會自動找到最佳的cutoff值，得到兩條線（兩組：高表達低表 達）。鼠標左鍵點擊“ 3Pop X-tile Plot'所指的三角形，軟件會自動找到最 佳的cutoff值，得到三條線（三組：高表達中度表達低表達）。條形圖下