臨床基因檢測試驗室建設(shè)要求0001

1、臨檢實驗室建立標準與要求一、高通量測序NGS實驗室簡介1.1 NGS實驗室又叫高通量測序檢測實驗室。NGS是下一代測序技術(shù)(Next Generation Sequencing )即高通量測序技術(shù)的簡稱。高通量測序技術(shù)是 對傳統(tǒng)Sanger測序稱為一代測序技術(shù)革命性的改變，可同時對幾 十萬到幾百萬條核酸分子進展序列測定，同時高通量測序使得對一個物 種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進展細致全貌的分析成為可能，也稱為深度測序 (Deep sequencing )。1.2 由于NGS技術(shù)對所檢測的核酸模板進展大量擴增，容易出現(xiàn)實驗室污染 導(dǎo)致檢測結(jié)果準確性下降；另外 NGS技術(shù)要求高、影響因素多，實驗 過程處理不

2、當(dāng)易導(dǎo)致檢測結(jié)果準確性下降或檢測失敗。因此臨床基因擴增檢驗實驗室技術(shù)驗收和規(guī)化管理是 NGS技術(shù)本身需要，也是在臨床 上順利應(yīng)用該技術(shù)前提。二、NGS實驗室臨床應(yīng)用的根本條件2.1 必須擁有符合臨檢中心相關(guān)規(guī)定的標準 NGS實驗室。2.2 檢測設(shè)備必須符合標準NGS實驗室設(shè)置要求：高通量測序儀及配套效勞 器；高通量測序檢測試劑盒；通用電腦；自動分析軟件，實驗室樣本信 息管理系統(tǒng)等。2.3 檢測人員必須通過專門的技能培訓(xùn)，并獲得省級以上衛(wèi)生計生行政部門 頒發(fā)的臨床基因擴增檢驗技術(shù)上崗證書。NGS實驗室必須建立嚴格的實驗室管理制度、建立標準化操作程序SOP、建立系列質(zhì)量管理文件等，確保實驗室日常運

3、行符合國家衛(wèi)生部的要求，確保檢測結(jié)果準確、 確保實驗室衛(wèi)生平安，確保實驗室長期穩(wěn)定運行。2.4 NGS臨床應(yīng)用必須在無菌無塵環(huán)境下進展操作。三、NGS實驗室建立根本要求3.1 主體構(gòu)造主體為彩鋼板、鋁合金型材。室所有陰角、陽角均采用鋁合金50圓角鋁,從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問題。構(gòu)造結(jié)實，線條簡明，美觀大 方，密封性好。3.2 標準的各區(qū)分隔和氣壓調(diào)節(jié)將檢測過程分成試劑準備、樣本制備、PCR擴增和高通量測序四個獨立的實 驗區(qū)。整個區(qū)域有一個整體緩沖走廊。每個獨立實驗區(qū)設(shè)置有緩沖區(qū)，同時 各區(qū)通過氣壓調(diào)節(jié)，使整個檢測實驗過程中試劑和標本免受氣溶膠的污染并 降低擴增產(chǎn)物對人員和環(huán)境的污染

4、?？煞_緩沖區(qū)和PCR擴增區(qū)的排風(fēng)扇往外排氣，在實驗區(qū)的外墻上和各扇 門上都安裝有風(fēng)量可調(diào)的回風(fēng)口，空氣通過回風(fēng)口向室換氣。3.3 消毒在每個實驗區(qū)和緩沖區(qū)頂部以及傳送窗部安裝有紫外燈，供消毒用。在各區(qū) 還設(shè)置移動紫外線燈，對實驗桌進展局部消毒3.4 機械連鎖不銹鋼傳遞窗 試劑和標本通過機械連鎖不銹鋼不建議使用電子連鎖萬式傳遞窗傳遞， 保證試劑和標本在傳遞過程中不受污染人物分流。3.5 地面地面建議使用PVC卷材地面或自流坪地面，整體性好。便于進展清掃，耐 腐蝕。沒有條件的也可采用水磨石地面，或大塊的瓷磚至少800MM X 800MM 接縫需要小于2MMo3.6 照明燈具要選用凈化燈具，能到達

5、便于清洗、不積塵的特點。3.7 平面布局NGS實驗室應(yīng)根據(jù)自己的檢驗工程、所采用的檢測技術(shù)平臺和工作量來決定 分區(qū)的多少及各區(qū)域的空間大小，至少具體需要多少個區(qū)，同樣是“個體化 的，以“工作有序、互不干擾、防止污染、報告及時作為根本原那么。四、各工程實驗室建立標準產(chǎn)前篩查與產(chǎn)前診斷全基因組低拷貝測序技術(shù)1.實驗室平面圖測序區(qū)文庫擴增與檢測區(qū)空氣流向標本與文庫制備區(qū)空氣流向試劑準備區(qū)空氣流向?qū)Ｓ米呃瓤諝饬飨蚬ぷ髁飨騨2.技術(shù)流程圖測序區(qū)圖1:產(chǎn)前篩查與診斷實驗室平面圖標本與文庫制各區(qū)文庫擴城與檢涌區(qū)P9MAC*已升近#irirhA<Ukr amw»片聿屐展窗或圖2:產(chǎn)前篩查與診斷

6、技術(shù)流程圖3.技術(shù)參數(shù)分區(qū)壓力溫度相對濕度照明專用走廊0Pa20-25C40%60%主實驗室300LX,其余房間200- 300LX緩沖區(qū)+5Pa試劑準備室+15Pa標本與義庫制備區(qū)+10Pa文庫擴增與檢測區(qū)-5Pa測序區(qū)-10Pa4 .分區(qū)功能4.1 試劑準備室主要功能：在NGS過程中使用到的試劑的配制、分裝和保存。4.2 標本與文庫制備區(qū)主要功能：血液處理、血漿制備、 DNA提取、DNA片段化、DNA樣品的 純化、DNA濃度檢測、末端修復(fù)、接頭連接、構(gòu)建樣本的測序文庫。4.3 文庫擴增與檢測區(qū)主要功能：文庫構(gòu)建后的PCR擴增與純化、文庫濃度檢測、文庫的混合及 混合后的質(zhì)檢分析。4.4 測序

7、區(qū)主要功能：測序模板制備乳液 PCR與磁珠富集回收、上機測序、數(shù)據(jù)分析、報告審核及發(fā)放5 .儀器配置5.1 試劑準備室主要儀器設(shè)備：加樣器、冰箱、分析天平、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈和超凈工作臺等。5.2 標本與文庫制備區(qū)主要儀器設(shè)備：冷凍離心機、微量臺式離心機、掌上三管離心機、渦旋震蕩器、垂直混合儀、移液器、可移動紫外燈、生物平安柜、冰箱、托盤天平、 Qubit 2.0核酸定量儀、電腦可連接互聯(lián)網(wǎng)、條形碼打印機、普通打印機、 掃描槍、磁力架等。5.3 文庫擴增與檢測區(qū)主要儀器設(shè)備：PCR儀、QPCR儀、Qubit2.0核酸定量儀、可移動紫外燈、 超凈工作臺、冰箱、微量臺

8、式離心機、渦旋振蕩器、 UPS冰箱、移液器、 磁力架等。5.4 測序區(qū)主要儀器設(shè)備：高通量測序儀、PC電腦、打印機、UPS恒溫金屬浴、純水 儀、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、超凈工作臺、可移動紫 外燈、磁力架、PCR儀等。胚胎植入前遺傳學(xué)診斷全基因組低拷貝測序1.實驗室平面圖荔芹區(qū)空氣流向*響C?T空氣渲向TWC4制番區(qū)始常一夙文庫啜埔區(qū)空T浪向空氣瞪向沖下空氣流向拌mCx圖3: PGD實驗室平面圖2.技術(shù)流程圖電泳區(qū)圖4: PGD技術(shù)流程圖3.技術(shù)參數(shù)分區(qū)壓力溫度相對濕度照明專用走廊0Pa20-25C40%60%主實驗室300LX,其余房間200300LX緩沖區(qū)+5Pa試劑準備室

9、+15PaWGA制備室+10pa擴增一區(qū)-5pa標本檢測區(qū)-10Pa測序區(qū)-15Pa電泳區(qū)0Pa4 .分區(qū)功能4.1 試劑準備室主要功能：在NGS過程中使用到的試劑的配制、分裝和保存。4.2 WGA制備區(qū)主要功能：基因組DNA釋放、全基因組DNA擴增。4.3 電泳區(qū)主要功能：DNA電泳檢測及結(jié)果反響、DNA打斷等4.4 擴增一區(qū)主要功能：DNA片段的末端修復(fù)與純化、接頭連接與純化、文庫混合、缺 口平移。4.5 文庫檢測區(qū)主要功能：文庫濃度質(zhì)檢分析。4.6 測序區(qū)主要功能：測序模板制備乳液 PCR與磁珠富集回收、上機測序、數(shù)據(jù) 分析、報告審核及發(fā)放。5 .儀器配置5.1 試劑準備區(qū)主要儀器設(shè)備：

10、冰箱、分析天平、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、 可移動紫外燈和超凈工作臺等。5.2 電泳區(qū)主要儀器設(shè)備：電泳儀、微波爐、凝膠成像儀、冰箱、掌式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈等。5.3 WGA制備區(qū)主要儀器設(shè)備：PCR儀、超凈工作臺、冰箱、掌式離心機、渦旋振蕩器、移 液器、可移動紫外燈等。5.4 擴增一區(qū)主要儀器設(shè)備：PCR儀、可移動紫外燈、超凈工作臺、冰箱、微量臺式離心 機、渦旋振蕩器、UPS移液器、磁力架等。5.5 文庫檢測區(qū)主要儀器設(shè)備：QPCR儀、QuHt2.0核酸定量儀、可移動紫外燈、超凈工作 臺、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、冰箱、移液器等。5.6 測序區(qū)主要儀器

11、設(shè)備：高通量測序儀、PC電腦、打印機、UPS恒溫金屬浴、純水 儀、冰箱、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、超凈工作臺、可移動紫 外燈、磁力架、PCR儀等。遺傳病診斷十月中瘤診斷與治療雜交捕獲測序技術(shù)+SANGER測序驗證1.實驗室平面圖電潦區(qū)n摩區(qū)。、在打新區(qū)試劑準街區(qū)空氣演時空氣理首空氣馥空氣覆面空氣相向空氣藐沖閭金田間，kL夏淮間神同*國意鹿1?薪杳,修國 （im-iA）空氣流向玄*mv區(qū) ttru-區(qū)圖5:月中瘤診斷實驗室平面圖2.技術(shù)流程圖白珅I 逢侯與;（讓,戲則pcDhnrHl毋心I芹國的;1Cmntui 當(dāng)F：F耳明I：事打哨41焉（丁皿明眷，Pssin; A 支瞬本號it捌*

12、害宣豌圖6:月中瘤診斷技術(shù)流程圖圖7: 一代測序?qū)嶒灹鞒虉D3.技術(shù)參數(shù)分區(qū)壓力溫度相對濕度照明干凈走廊0Pa20-25C40%60%主實驗室，300LX,其余房緩沖區(qū)+5Pa試劑準備室+15Pa問200300LX標本與文庫制備區(qū)+10PaDNA打斷區(qū)+10Pa雜父捕獲區(qū)擴"區(qū)-5Pa文庫擴增區(qū)擴增二區(qū)-10Pa文庫檢測區(qū)-10Pa測序區(qū)-15Pa電泳區(qū)0 Pa4 .分區(qū)功能4.1 試劑準備區(qū)主要功能：在NGS過程中使用到的試劑的配制、分裝和保存。4.2 標本與文庫制備區(qū)主要功能：樣本接收、樣本前處理、全基因組DNA提取以及各種樣本DNA或者RNA的提取、DNA片段化、DNA純化、DN

13、A濃度測定、DNA片段 的末端修復(fù)與純化、接頭連接與純化。4.3 DNA打斷區(qū)主要功能：DNA打斷片段化。4.4 電泳區(qū)主要功能：片段化DNA電泳檢測及結(jié)果反響。4.5 雜交捕獲區(qū)擴增一區(qū)主要功能：目的DNA片段的雜交捕獲與純化，Sange測序目的片段擴增與純化、Sanger序PCR前準備。4.6 文庫擴增區(qū)擴增二區(qū)主要功能：雜交捕獲后擴增與純化、文庫濃度質(zhì)檢分析、及 Sange測序的PCR擴增反響與純化。4.7 測序區(qū)主要功能：測序模板制備乳液PCR與磁珠富集回收、上機測序、及Sanger 測序。5 .儀器配置主要儀器設(shè)備：加樣器、冰箱、分析天平、微量臺式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈和超凈工作臺等。5.1 標本與文庫制備區(qū)主要儀器設(shè)備：微量臺式離心機、掌上三管離心機、恒溫金屬浴、移液器、可移動紫外燈、生物平安柜、冰箱、托盤天平、Qubit 2.0核酸定量儀、PCR儀、電腦可連接互聯(lián)網(wǎng)、條形碼打印機、普通打印機、掃描槍等。5.2 DNA打斷區(qū)主要儀器設(shè)備：Covaris S2200聲波打斷儀、冰箱、掌式離心機、渦旋振蕩器、移液器、可移動紫外燈等。5.3 電泳區(qū)主要儀器設(shè)備：電泳儀、微波爐、凝膠成像儀、冰箱、掌式離心機、渦旋振 蕩器、移液器、可移動紫外燈等。5.4 雜交捕獲區(qū)擴增一區(qū)主要儀器設(shè)備：