RDP4軟件分析指南ppt課件.ppt

重組檢測軟件RDP4的應(yīng)用 匯報人 趙燁 1 Introduction RDP4 RecombinationDetectionProgramversion4 是一個檢測和分析重組信號的軟件 包括7種基本檢測程序 RDPmethod GENECONV Bootscanning MaxChi Cimaera 3SEQandSiScan 和4種附加檢測程序 LARD PHYLPRO distanceplotsandTOPAL 2 3 操作基本步驟 打開一個 meg格式的文件 左擊鼠標open按鈕 點擊頁面頂端options按鈕 進入General頁面選擇一系列參數(shù) 左擊主界面上的X over按鈕開始進行重組分析 分析完畢后出現(xiàn)四個界面 順時針方向依次為 SequencedisplayTherecombinationinformationdisplaySchematicsequencedisplayPlotdisplay 4 5 6 RDP4界面的主要組成部分 分析進度條 7 sequencedisplay 8 左擊序列中的部位可以顯示不同顏色代表的含義 鼠標懸空在某個核苷酸上會顯示出該核苷酸處于何序列的具體位置 右擊鼠標可以保存不同形式你想要的序列 9 Therecombinationinformationdisplay 10 現(xiàn)以下情況 該界面還會出現(xiàn)warning標示 紅色 1 在比對序列中只有一個可能為父母代毒株的序列 2 有可能 約30 或更大的可能 誤認為重組序列 即實際上父母代的序列中的某個才是真正的重組毒株 如果是這樣會在后面顯示出實際上可能為重組毒株的父母代毒株的名字 3 無法識別出一個或全部兩個突變位點 4 一個或兩個突變位點是錯位的 5 重組信號微弱 6 如果復(fù)合信號可能是一個分析錯誤的人工制品 11 confirmationtable 部分表明了用不同方法檢測出發(fā)生該重組事件的毒株數(shù)和關(guān)于目前檢測到的重組事件的符合程度Confirmationtable下面是一個總結(jié)性的柱狀圖 對于99 的用戶來說前三條柱狀圖代表的是有用的信息 柱狀圖下面的分數(shù)大于60 代表這該毒株幾乎確定為重組毒株 大于40 小于60 的分數(shù)代表軟件可能犯了錯誤 但也可能沒有 小于40 表示該毒株很可能不是重組毒株 12 13 主要親本與重組序列的同源性 主要親本與次要親本的同源性 ThePlotDisplay 14 15 16 TreeDisplay 17 18 點擊右上角的 cyclethroughtrees 按鈕即可以用該序列的不同部分進行做樹分析 包括 1 根據(jù)重組序列的不同部分分別作樹 2 只有已確認的重組區(qū)域做樹 即用minorparent部分 3 只用已確認的非重組區(qū)域做樹 即majorparent部分 4 忽略重組的所有區(qū)域做樹 19 你還可以選擇不同方法做樹 包括 neighbourjoining leastsquares maximumlikelihood andBayesiantrees Mark sequencename asalsohavingevidenceofthisevent 和 Mark sequencename asnothavingevidenceofthisevent 選項可以使你在樹上手動修改你認為RDP所犯的錯誤 Goto sequencename 選項可以指引你在schematicsequencedisplay板塊看到這個序列 Recheckplotwith sequencename asrecombinant minorparent majorparent 選項可以使你看到如果你替換了其中一個序列后 進化樹會有什么變化 20 RD