序列比對.doc_第1頁
序列比對.doc_第2頁
序列比對.doc_第3頁
序列比對.doc_第4頁
序列比對.doc_第5頁
免費預覽已結束，剩余3頁可下載查看

下載本文檔

版權說明：本文檔由用戶提供并上傳，收益歸屬內(nèi)容提供方，若內(nèi)容存在侵權，請進行舉報或認領

文檔簡介

以人類某基因引物為例，F(xiàn)orward Primer：GGCCACACACGGAGGCAGGGA；Reverse Primer：TTATACAGGGCGTACACTTTC （反向翻譯為：GAAAGTGTACGCCCTGTATAA）。簡述序列比對步驟：1. 進入“NCBI”網(wǎng)站，點擊“Blast”，進入界面：2. 點擊“nucleotide blast”，進入界面：3. 在“Enter query sequence”序列輸入框中輸入引物序列。注意下游引物需反向翻譯后輸入，可只輸入上游引物或下游引物，或都輸入，且上下游之間可用多個空格間隔。如：GGCCACACACGGAGGCAGGGA GAAAGTGTACGCCCTGTATAA注意：輸入序列后，在“Choose Search Set”的“Database”中選擇“human genomic+ transcript”。若查找的是鼠類，則選第二個；若為其他，則選第三個。可在“BLAST”旁邊勾選“Show result in a new window”。最后點擊“BLAST”進行比對。4. Blast后出現(xiàn)的界面往下拉，則出現(xiàn)：一般為排序的第一項為特異性最高的序列，即“Query coverage”值為100%。如圖中第一項為“NM 005191.3 Homo sapiens CD80 molecule（CD80），mRNA”，其中“NM 005191.3”為該序列在數(shù)據(jù)庫中的ID號。界面再往下拉可看到細節(jié)，如：圖中可看出上游在mRNA序列的起始點為399bp，下游的終結點為1262bp，因此上下游之間的片段大小為1262-399+1=864bp，即擴增片段為864bp。5. 點擊“NM 005191.3”序列號鏈接可出現(xiàn)CD80 mRNA序列圖，如：圖中文字部分為該序列的基本特征及來源的參考文獻、作者等信息。界面再往下拉：圖中顯示外顯子“exon”的位置及編碼序列“CDS”的位置。編碼序列的描述中附有翻譯的氨基酸序列，即“translation=”以后的部分。由步驟4的計算可看出引物擴增的片段即為編碼序列。界面再往下拉則可看到CD80 mRNA 的全部堿基序列，全長2757bp。6. 點擊“CDS”鏈接：界面往下拉即可看

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明，都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等，如果需要附件，請聯(lián)系上傳者。文件的所有權益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙，網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預覽，若沒有圖紙預覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 人人文庫網(wǎng)僅提供信息存儲空間，僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護處理，對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯，并不能對任何下載內(nèi)容負責。
  • 6. 下載文件中如有侵權或不適當內(nèi)容，請與我們聯(lián)系，我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評論

0/150

提交評論