CRISPR-Cas9-基因編輯技術(shù)簡介

基因編輯技術(shù)CRISPR/Cas91可編輯ppt1987年，日本大阪大學（OsakaUniversity）在對一種細菌編碼的堿性磷酸酶基因進行研究時，發(fā)現(xiàn)在這個基因編碼區(qū)域的附近存在一小段不同尋常的DNA片段，但一直不清楚功能。后來的研究發(fā)現(xiàn)，這種重復序列廣泛存在于細菌和古細菌中。2002年才正式命名為成簇的規(guī)律間隔性短回文重復序列CRISPR(Clusteredregulatoryinterspacedshortpalindromicrepeats).2013年之后，研究者們在《science》和《nature》等國際著名雜志上發(fā)表多篇文章介紹CRISPR/Cas9系統(tǒng)，并且已成功在人類、小鼠、斑馬魚等物種上實現(xiàn)精準的基因修飾。1.CRISPR/Cas系統(tǒng)概述2可編輯ppt已測序的接近90%的古細菌和40%的細菌的基因組或是質(zhì)粒中至少存在CRISPR

基因座。根據(jù)Cas基因核心元件序列的不用，CRISPR/Cas免疫體統(tǒng)分為3中類型：Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型。Ⅰ型和Ⅲ型CRISPR/Cas免疫系統(tǒng)需要多個Cas蛋白形成復合體切割DNA雙鏈，而Ⅱ型CRISPR/Cas9免疫系統(tǒng)只需要一個Cas9蛋白來切割DNA雙鏈，目前Ⅱ型系統(tǒng)是被改造的最成功的人工核酸內(nèi)切酶。1.CRISPR/Cas系統(tǒng)概述1.1CRISPR的分布與分類：3可編輯pptCRISPR/Cas系統(tǒng)是很多細菌和大部分古細菌的天然免疫系統(tǒng)，通過對入侵的病毒和核酸進行特異性的識別，利用Cas蛋白進行切割，從而達到對自身的免疫。1.2CRISPR系統(tǒng)獲得：1.CRISPR/Cas系統(tǒng)概述4可編輯ppt2.CRISPR/Cas系統(tǒng)結(jié)構(gòu)2.1CRISPR/Cas主要由兩部分組成：5可編輯ppt2.2CRISPR結(jié)構(gòu)：CRISPR是一種特殊的DNA重復序列家族，廣泛分布于細菌和古細菌基因組中。CRISPR位點通常由短的高度保守的重復序列(repeats)組成，重復序列的長度通常為21--48bp，重復序列之間被26--72bp間隔序列(spacer)隔開。CIRSPR通過這些間隔序列(spacer)與靶基因進行識別。2.CRISPR/Cas系統(tǒng)結(jié)構(gòu)6可編輯ppt2.3Cas家族：Cas(CRISPRassociated)存在于CRISPR位點附近，是一種雙鏈DNA核酸酶，能在guideRNA引導下對靶位點進行切割。它與fokI酶功能類似，但是它并不需要形成二聚體才能發(fā)揮作用。2.CRISPR/Cas系統(tǒng)結(jié)構(gòu)7可編輯pptCRISPR基因座的表達（包括轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后的成熟加工）當該噬菌體再次入侵細菌時，CRISPR簇首先轉(zhuǎn)錄為長的crRNA前體，然后逐步加工成小的成熟的crRNA.CRISPR/Cas系統(tǒng)活性的發(fā)揮或外源遺傳物質(zhì)的干擾crRNA結(jié)合相關(guān)的Cas蛋白后，形成crRNA-Cas蛋白復合體，通過堿基互補配對精確地與目標DNA相結(jié)合，隨后Cas蛋白對目標DNA進行斷裂和降解。3.CRISPR/Cas9系統(tǒng)作用機制8可編輯ppt4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)TypeⅡ因其簡單性及可操作性，被改造成有力的基因工程工具--CRISPR/Cas9?，F(xiàn)在廣泛使用的CRISPR/Cas9系統(tǒng)來源于釀膿鏈球菌。TypeII系統(tǒng)具有以下特點：在CRISPR/Cas基因座上游會表達tracrRNA;tracrRNA會參與crRNA的加工，這個工程亦需要RNaseIII的參與；tracrRNA會與crRNA形成二聚體指導Cas對雙鏈DNA的切割。9可編輯pptCas9是一種核酸內(nèi)切酶,其具有：RuvC和HNH兩個內(nèi)切酶活性中心Jinek等發(fā)現(xiàn)Cas9在細菌和試管里對雙鏈DNA具有強烈的切割能力,但是這種切割能力需要的crRNA和tracrRNA介導。4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)10可編輯pptJinek等創(chuàng)造性的把crRNA和部分tracrRNA融合成一條嵌合的RNA鏈,使其同時具有crRNA和tracrRNA的特性,隨后的切割實驗表明,這條嵌合的RNA同樣可以引導Cas9切割目標DNA。現(xiàn)在普遍使用的都是crRNA和全長tracrRNA融合體,簡稱sgRNA(singleguideRNA)4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)11可編輯ppt4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)釀膿鏈球菌12可編輯ppt4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)13可編輯pptCRISPRDesignTool:/E-CRISPR:ZiFiT:/Cas9Design:http://cas9./index.jspCas-OFFinder:/cas-offinder/CCTop:http://crispr.cos.uni-heidelberg.de/4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)gRNA在線設(shè)計工具：14可編輯ppt4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)15可編輯ppt基因敲除或者敲入；基因修復；基因調(diào)控；文庫篩選。4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)CRISPR/Cas作用：16可編輯ppt5.CRISPR/Cas9脫靶效應2013年，研究者們發(fā)表多篇文章介紹CRISPR/Cas9系統(tǒng)，但CRISPR/Cas9目前仍存在一個很嚴重且無法避免的問題，即潛在的脫靶效應不可消除。CRISPR/Cas9與靶位點識別的特異性主要依賴于gRNA與靠近PAM處10-12bp堿基的配對，而其余遠離PAM處8-10bp堿基的錯配對靶位點的識別影響不大。Cas9蛋白不具特異性17可編輯ppt沈彬，20156.降低脫靶效應Cas9切口酶通過點突變的方法，使Cas9只有單鏈切割活性，類似于切口酶18可編輯pptYuHisanoetal.20146.降低脫靶效應添加同源臂(homologyarm,HR)19可編輯pptNicolasWyvekensetal.2015FoKI-dCas96.降低脫靶效應20可編輯pptFengZhangetal.20156.降低脫靶效應CRISPR/Cpf1系統(tǒng)Cpf1系統(tǒng)更簡單一些，它只需要一條RNA。Cpf1酶也比標準SpCas9要小，使得它更易于傳送至細胞和組織內(nèi)。Cpf1以一種不同于Cas9的方式切割DNA。Cas9切割留下“平端”（bluntends）。Cpf1復合物生成的兩條鏈切口是偏移的，在裸露端留下了短懸端（overhang）。這預計有助于精確插入。Cpf1切口遠離識別位點。Cpf1IsaSingleRNA-GuidedEndonucleaseofaClass2CRISPR