細菌分類與命名

細菌的分類與命名1.目的要求掌握細菌學常用的分類單位；掌握細菌的命名及鑒定；了解細菌分類鑒定的標準及其分類方法。獸醫(yī)微生物學2.細菌的分類地位〔重點〕細菌的命名〔重點〕細菌分類鑒定的標準〔了解〕細菌的分類方法〔了解〕細菌的分類體系〔了解〕細菌的鑒定〔重點、難點〕主要內容獸醫(yī)微生物學3.生物界的分類歷經三界、四界、無界、六界等過程。一、細菌的分類地位生物界的三域學說細菌域古生菌域

真核生物界古生菌域包括產甲烷、極端耐鹽、高度嗜熱菌等，是生物進化早期產物。

獸醫(yī)微生物學4.分類單元及其等級界〔域〕Kingdom門Phylum——亞門綱Class——亞綱目Order——亞目科Family——亞科屬Genus種Species獸醫(yī)微生物學5.細菌的分類單元

屬種菌株具有共性的假設干種的組合，應與其他屬有明顯的差異。不同屬之間的16SrRNA序列有較大的差異。種是一群性質相似的菌株，與其他菌株群體有明顯差異。但凡16SrRNA序列同源性大于97%的兩株細菌即可確定為同一種。種是細菌分類的最根本單元。是不同來源的某一種細菌的純培養(yǎng)物。同一種細菌可以有許多菌株，其主要性狀應完全相同，其次要性狀可稍有差異。細菌分類上最重要是種和屬。獸醫(yī)微生物學6.二、細菌的命名

命名依據：國際細菌命名法那么：雙名法〔林奈〕構成：細菌的學名(scientificname)------拉丁文名由“屬名+種名〞構成，用拉丁文表示，屬名在前，第一個字母必須大寫，其余字母小寫；種名在后，包括第一個字母均小寫。在出版物中排成斜體。

而中文譯名與拉丁文名順序正好相反，即種名在前，屬名在后。如金黃色葡萄球菌：Staphylococcusaureus〔屬名〕〔種名〕葡萄球菌金黃色獸醫(yī)微生物學7.只確定屬名，未確定種名的某一株細菌，那么在屬名后加sp.〔正體字〕；如同屬未定種名的假設干菌株，那么用spp.〔species復數的簡寫〕代替sp.。如果是新種，那么在學名后加上“sp.Nov.〞，如Lawsoniaintracellularisgen.nov.,sp.nov.，譯為胞內勞森菌，新屬，新種。亞種用ssp.或subsp.〔正體字〕，如Pasteurllamultocidassp.septica，譯為多殺性巴氏桿菌敗血亞種。獸醫(yī)微生物學8.新名稱的發(fā)表根據細菌命名法規(guī)的規(guī)定，有效發(fā)表新的細菌名稱應在公開發(fā)行的刊物上進行。假設新名稱是在國際系統(tǒng)細菌學雜志〔IJSB〕以外的其他雜志上發(fā)表的，還必須經過新名稱的合格化發(fā)表，被認為合格后，在該雜志上定期公布，命名日期即從公布之日算起，否那么不算合格發(fā)表，也不能取得國際上的成認。發(fā)表新名稱時，應在新名稱之后加上所屬新分類等級的縮寫詞，如新目“ord.nov.〞、新屬“gen.nov.〞、新種“sp.nov.〞等。獸醫(yī)微生物學9.20世紀60年代以前，國際上不少細菌分類學家都曾對細菌進行過全面的分類，提出過一些在當代有影響的細菌分類系統(tǒng)。但70年代以后，對細菌進行全面分類的、影響最大的是?伯杰氏手冊?。所以該書目前已成為對細菌進行分類鑒定的主要參考書。三、細菌分類鑒定的標準獸醫(yī)微生物學10.DNA分子水平的鑒定主要限于專業(yè)實驗室。目前常用的細菌鑒定方法為表型特征鑒定法。鑒定工作分三個步驟：①獲得該微生物的純培養(yǎng)物②測定一系列必要的鑒定指標③查找權威性的鑒定手冊。獸醫(yī)微生物學11.1.表型特征分類法〔傳統(tǒng)分類法〕①形態(tài)學特征：形態(tài)、大小、排列、培養(yǎng)特征、特殊結構、染色特征等②生理生化特征：營養(yǎng)，氣體，對碳、氮源的利用能力，對生長因子的需要、對抗生素及抑菌劑的敏感性、代謝產物等。③血清學反響特征：種以下的分類需依靠血清學反響。獸醫(yī)微生物學12.２.分子生物學分類法〔種系發(fā)生關系分類法〕由于細菌的一切生物學特征都是由基因所控制，因此分析基因的相似性和同源性，可確定細菌之間的親緣關系，確定分類地位。①測定DNA堿基G+Cmol％②進行核酸分子雜交③16SrRNA堿基序列的相似性S〔沉降系數〕rRNA(核糖體RNA)G-鳥嘌呤C-胞嘧啶A-腺嘌呤T-胸腺嘧啶16SrRNA序列差異大于5%即可認為不屬于同一種，大于10%那么不屬于同一屬。獸醫(yī)微生物學13.細菌分類鑒定的特征和技術〔一〕形態(tài)學和生理生化特征〔二〕血清學試驗與噬菌體分型〔三〕氨基酸的順序和蛋白質的分析〔四〕核酸的堿基組成和分子雜交獸醫(yī)微生物學14.〔一〕形態(tài)學和生理生化特征1．形態(tài)學特征〔1〕細菌形態(tài)：形狀、大小、排列〔2〕培養(yǎng)特征：菌落特征〔3〕特殊結構：鞭毛、芽孢、莢膜、孢子〔4〕染色反響：革蘭、抗酸〔5〕內含物：異染顆粒、伴孢晶體〔6〕運動性：獸醫(yī)微生物學15.〔二〕血清學試驗與噬菌體分型1．血清學試驗細菌細胞與病毒等都含有蛋白質、脂白蛋、脂多糖等有抗原性的物質，由于不同微生物抗原物質結構不同，賦予它們不同的抗原特征。一種細菌的抗原除了可與它自身的抗體起特異性免疫反響外，假設它與其它種類的細菌有共同的抗原組分，它們的抗原抗體之間就會發(fā)生交叉反響。獸醫(yī)微生物學16.2.噬菌體分型在原核生物中已普遍發(fā)現有相應種類的噬菌體.噬菌體對宿主的感染和列解作用具有高度的特異性,即一種噬菌體往往只能感染或裂解某種細菌,甚至只裂解種內的某些菌株.所以,根據噬菌體的宿主范圍可將細菌分為不同的噬菌型和利用噬菌體裂解這樣的特異性進行細菌鑒定.這對于追溯傳染病來源、流行病調查以及病原菌的檢測鑒定有重要意義.獸醫(yī)微生物學17.〔三〕氨基酸的順序和蛋白質的分析蛋白質是基因的產物,蛋白質的氨基酸順序直接反映mRNA順序而與編碼基因密切相關。可以通過對某些同源蛋白質氨基酸順序的比較來分析不同生物系統(tǒng)發(fā)育關系,序列相似性越高,其親緣關系愈近?？梢愿鶕鞍踪|的氨基酸序列資料構建系統(tǒng)發(fā)育樹和進行分類。獸醫(yī)微生物學18.〔四〕核酸的堿基組成和分子雜交比較DNA和堿基組成和進行核酸分子雜交,是目前通過直接比較基因組進行生物分類最常用的兩種方法。1.DNA的堿基組成[(G+C)%]2.核酸的分子雜交DNA—DNA雜交、DNA—rDNA雜交、核酸探針3.16SrRNA寡核苷酸編目4.微生物全基因組序列測定獸醫(yī)微生物學19.四、細菌的分類方法

1、雙歧檢索條目法2、數值分類法獸醫(yī)微生物學20.?伯吉氏細菌鑒定手冊??伯吉氏系統(tǒng)細菌學手冊?國際公認的菌種保藏權威機構是：“美國典型培養(yǎng)物保藏中心(ATCC)〞“德國微生物及細胞保藏中心(DSM)〞我國獸醫(yī)微生物菌〔毒〕種由中國獸藥監(jiān)察所鑒定保存。五、細菌分類體系獸醫(yī)微生物學21.１.病料的采集無菌采集新鮮病料。２.直接涂片染色鏡檢〔形態(tài)學檢查〕-單染色法或復染色法對于一些具有特征形態(tài)的病原體如炭疽桿菌、豬丹毒桿菌、巴氏桿菌等可迅速做出診斷。３.別離純培養(yǎng)及觀察培養(yǎng)特性純培養(yǎng)細菌，再經染色鏡檢、生化試驗、動物試驗、免疫學診斷等進行鑒定。鑒定的前提是：只有別離后的純培養(yǎng)細菌才能進行鑒定。六、細菌的鑒定獸醫(yī)微生物學22.4.生化試驗：檢測細菌代謝產物5.動物試驗另外還可再采取病料涂片檢查和別離鑒定。6.血清學反響：用于細菌分型7.分子生物學技術核酸探針技術、ＰＣＲ技術等。8.自動化技術采用商品化和標準化的配套鑒定和抗菌藥物敏感試驗卡或條板，可快速準確地對臨床數百種常見別離菌進行自動分析鑒定和藥敏試驗。獸醫(yī)微生物學23.臨床樣品采集預處理增菌接種培養(yǎng)基，分離單個菌落各種鑒定試驗涂片染色快速診斷試驗生化試驗血清學實驗涂片染色藥敏試驗動物試驗初步診斷報告最終診斷報告細菌鑒定的一般程序獸醫(yī)微生物學24.病料采集原那么(一)適時采集(二)典型采樣典型采樣要求樣品具有代表性。1.動物活體采樣2.從動物尸體采樣

動物群體發(fā)病，至少采取5頭(只)動物的病料。每一種樣品應有足夠的數量,除確保本次實驗用量外,以備必要的復檢用。(三)合理采樣(四)無菌采樣

樣品采集全過程應無菌操作，尤其是供微生物學檢查和血清學實驗的樣品。采樣部位、采樣用具、盛放樣品的容器均需滅菌處理。(五)平安采樣在采樣過程中，采樣人員要注意平安，防止感染；同時防止病原擴散而造成環(huán)境污染。獸醫(yī)微生物學25.觀察細菌菌落的大小