曙光集群用戶使用手冊

-.z.登錄和文件傳輸?shù)卿浄绞綖閟sh，與telnet功能類似，推薦的登錄工具為putty或者SecureShell〔.oklinu*./html/download/ser/20070917/35112.html，綠色版無需安裝〕在地址欄輸入本集群的登錄地址(node1對應的局域網(wǎng)IP)，點擊“翻開〞，就會出現(xiàn)登錄窗口，輸入用戶名、密碼即可。文件傳輸為sftp，與傳統(tǒng)ftp類似，但其協(xié)議更平安可靠，推薦工具為filezilla?！玻G色版無需安裝〕輸入登錄地址，輸入用戶名和密碼，端口填22〔本軟件支持ftp，端口為21〕，點擊快速連接，即可使用，操作方法與常用ftp工具類似。圖形窗口支持Linu*推薦使用vnc。vnc可以將用戶的操作狀態(tài)保持在效勞器端，即使斷開連接也不會影響到正在進展的操作、計算等。登錄到linu*效勞器中，在命令行運行vncserver。第一次運行時需要輸入VNC登陸用的密碼：根據(jù)提示輸入新的vnc密碼。此密碼與用戶登錄密碼無關(guān)，將在登錄vnc時需要。此處提示的node1:2即為vnc成功翻開的端口。運行vncclient，輸入登錄效勞器地址和端口號，點確定，輸入前面設(shè)置的密碼，即進入了圖形窗口。注意：在第一次啟動了vncserver之后，vnc的連接一直可用，全部圖形窗口保持在Linu*效勞器上。因此，只在每次效勞器重新啟動后運行一次vncserver即可，由于用戶較多，請勿啟動多個。如果需要使用node2的圖形界面，可執(zhí)行ssh-*node2。作業(yè)提交Fluent圖形方式運行首先通過VNC登陸到圖形界面，如果沒有Terminal的話在桌面點擊左鍵選擇*term，輸入以下命令即可運行：此處myhosts為用戶指定的host文件，容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8個核心參與計算，分別為node1上的4個核心和node2上的4個核心。在圖形界面下導入cas和data文件，修改和設(shè)置邊界條件等并計算(和在windows下操作單機版Fluent一樣，略)：注：通過VNC使用圖形界面方式運行fluent時，無需保持PC機與效勞器的連接，只要vncserver沒有重新啟動，即可隨時連接到原有的窗口。命令行方式運行建立script1文件：script1容如下：〔注：其中fl5m1.cas為cas文件名，根據(jù)實際進展修改；solve/iterate25表示迭代25步，也可根據(jù)需要修改步數(shù)?！秤妹钚羞M展fluent計算：此處myhosts為用戶指定的host文件，容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8個核心參與計算，分別為node1上的4個核心和node2上的4個核心。作業(yè)調(diào)度方式運行注：PBS只持Fluent命令行運行方式的作業(yè)提交1．編譯腳本script1，容如下〔與上面腳本運行方式一樣〕：file/rcdsolve/iterate25/file/wcdfl5m1_final.datparallel/timer/usagee*ityes2．編輯pbs腳本fluent.pbs，容如下：*!/bin/bash*PBS-Njob1-8cpu*PBS-lnodes=1:ppn=8*PBS-joeINPUTFILE=script1OUTPUTFILE=script1.logcd$PBS_O_WORKDIR**pib.daplindicateusingibprotocalandtheudaplway.t8indicatesusing*8processors*NP=`cat$PBS_NODEFILE|wc-l`datefluent3d-t$NP-f=$PBS_NODEFILE-g-i$INPUT>&$OUTPUTdatee*it0提交作業(yè)：qsubfluent.pbs用qstat-a和pbsnodes-a以及top命令查看作業(yè)是否正常排隊運行。注：紅色字體局部需要根據(jù)實際情況改動，黑色字體為固定格式的容。獲取計算結(jié)果1．如果用圖形界面的方式運行fluent，可以在菜單中選擇選擇保存dat文件到當前工作目錄或其他*個目錄下，然后用ftp軟件將dat文件下載到終端pc機上，即可進展后處理。2．如果用命令行的方式運行fluent，dat文件自動保存到當前目錄，文件名由script1文件的容決定〔例如“file/wcdfl5m1_final.dat〞則表示dat文件為fl5m1_final.dat〕，用軟件將dat文件下載到終端pc機上，即可進展后處理。Ansys作業(yè)圖形方式運行通過vnc登錄以后，運行l(wèi)auncher121，即可進入ansys界面，選擇相關(guān)的模塊點擊run即可。命令行方式運行在命令行方式下，不能進展交互的圖形操作，所有的命令需要通過命令流來實現(xiàn)。假設(shè)寫好的命令流文件為input.inp，運行方式如下：單節(jié)點：ansys121-np16-iinput.inp>&output.log&多節(jié)點運行：ansys121-dis-machinesnode1:16:node2:16-iinput.inp>&output.log&作業(yè)調(diào)度方式運行編寫一個pbs腳本ansys.pbs如下所示：*!/bin/bash*PBS-joe*******************whatyoujustneedandcouldeditarebetweenthetwolines***********************PBS-Nmy_ansys_test*PBS-lnodes=1:ppn=16INPUTFILE=wing.inpOUTPUTFILE=wing.log***********************************************theend**********************************************cd$PBS_O_WORKDIRnp=1forNODEin`cat$PBS_NODEFILE`;dohost=$NODEif[!-z$lasthost];thenif[$host=$lasthost];thennp=`e*pr$np+1`elseif[-z$mList];thenmList=$lasthost:$npelsemList=$mList:$lasthost:$npfinp=1fifilasthost=$hostdoneif[-z$mList];thenmList=$lasthost:$npelsemList=$mList:$lasthost:$npfiansys121-dis-machines$mList-i$INPUTFILE-o$OUTPUTFILE寫完以后提交方式與fluent一樣，qsubansys.pbs即可。CF*作業(yè)圖形方式運行在圖形窗口中運行cf*5即可。命令行方式運行CF*支持PVM和MPI兩種方式的并行，通常MPI的性能更好一些，建議采用。同時還有Local和Distributed兩種運行模式，單機上建議采用Local模式，而跨節(jié)點時只能采用Distributed模式。cf*5solve命令可直接進入求解模式。cf*5solve-defBenchmark.def-par-dist'node1*8'在本機上用8個核心并行cf*5solve-defBenchmark.def-par-dist'node1*8,node2*8'采用2個節(jié)點各8個核心進展分布式并行計算作業(yè)調(diào)度方式運行[testnode34cf*bm]$catpbs_cf*.ib*!/bin/bash*PBS-NCF*_8cpu*PBS-lnodes=1:ppn=8INPUTFILE=Benchmark.defOUTPUTFILE=Benchmark.log************************************************************************Youdon'tneedtomodifythelinesbelow************************************************************************PeHostfile2MachineFile(){cat$1|whilereadline;do*echo$linehost=`echo$line`*addherecodetomapregularhostnamesintoATMhostnamesif[-z$mList];thenmList=$host"*1"elsemList=$mList,$host"*1"fiecho$mListdone}CF*_PBS_NODEFILE="/tmp/cf*_`whoami`_$PBS_JOBID"PeHostfile2MachineFile$PBS_NODEFILE|sed"s*bnode*node*g">$CF*_PBS_NODEFILENPROCS=`wc-l$PBS_NODEFILE`cd$PBS_O_WORKDIRcf*5solve-def$INPUTFILE-par-dist`tail-n1$CF*_PBS_NODEFILE`寫完腳本就可以按如下方式提交作業(yè)：[testnode34cf*bm]$qsubcf*.pbsABAQUS作業(yè)圖形方式運行在圖形窗口中運行abaquscae即可。命令行方式運行單節(jié)點運行：abaqus-jBeamloading.inpcpus=8跨節(jié)點運行：首先需要添加指定運行節(jié)點。在工作目錄進展以下操作：echo"mp_host_list=[[\‘node1\’,8],[\‘node2\’,8]]">abaqus_v6.env表示分別從node1、node2調(diào)用8個core來進展計算。設(shè)置好了環(huán)境變量以后，通過abaqus-jBeamloading.inpcpus=16int來運行。作業(yè)調(diào)度方式運行[testnode34cf*bm]$catpbs_cf*.ib*!/bin/bash*PBS-Nabaqus_job*PBS-lnodes=2:ppn=8*PBS-joe****changeyourinputfileandjobnamehere****INPUTFILE=studyQA_std.inpJOB=`echo$INPUTFILE|cut-d"."-f1`cd${PBS_O_WORKDIR}source/public/software/Abaqus-6.9/abaqus.shcpus=$(wc-l$PBS_NODEFILE|awk'{print$1}')mp_host_list="["fornin$(sort-u$PBS_NODEFILE)domp_host_list="${mp_host_list}['$n',$(grep-c$n$PBS_NODEFILE)],"donemp_host_list=$(echo${mp_host_list}|sed-e"s/,$/]/")echo"mp_host_list=${mp_host_list}">abaqus_v6.envSTARTTIME=`date`****themaine*ecutemandabaqusjob=${JOB}cpus=${cpus}mp_mode=mpistandard_parallel=allinteractiveENDTIME=`date`echo"thejobstartat:${STARTTIME}"echo"thejobendat:${ENDTIME}"Web提交使用IE翻開:8080,并使用對應的用戶名和密碼登陸，點擊作業(yè)調(diào)度-作業(yè)提交集群名稱為唯一的選項Cluster_node。。。，隊列選擇必須是用戶對應的許可的隊列，工作路徑為輸入文件所在的目錄，通常為用戶home目錄下的含有模型文件的*一子目錄，如test用戶目錄下的fluent目錄中存放了fluent的輸入文件fluent.jou、fluent.dat、fluent.cas，則工作路徑為/cae01/home/test/fluent。選擇命令行提交方式，將前面寫好的pbs腳本放入輸入框中，點擊提交，即可將作業(yè)提交到對應的隊列。常用pbs命令qsub命令—提交作業(yè)命令格式：qsub[-adate_time][-cinterval][-Cdirective_prefi*][-epath][-I][-jjoin][-kkeep][-lresource_list][-mmail_options][-Muser_list][-Nname][-opath][-ppriority][-qdestination][-rc][-Spath_list][-uuser_list][-vvariable_list][-V][-Wadditional_attributes][-z][script]參數(shù)說明：因為所采用的選項一般放在pbs腳本中提交，所以具體見PBS腳本選項。例：*qsubaaa.pbs提交*作業(yè)，系統(tǒng)將產(chǎn)生一個作業(yè)號qstat命令—查詢作業(yè)命令格式：qatat[-f][-a][-i][-n][-s][-R][-Q][-q][-B][-u]參數(shù)說明：-fjobid列出指定作業(yè)的信息-a列出系統(tǒng)所有作業(yè)-i列出不在運行的作業(yè)-n列出分配給此作業(yè)的結(jié)點-s 列出隊列管理員與scheduler所提供的建議-R 列出磁盤預留信息-Q操作符是destinationid，指明請求的是隊列狀態(tài) -q列出隊列狀態(tài)，并以alternative形式顯示-auuserid列出指定用戶的所有作業(yè)-B列出PBSServer信息-r列出所有正在運行的作業(yè)-Qfqueue列出指定隊列的信息-u假設(shè)操作符為作業(yè)號，則列出其狀態(tài)。假設(shè)操作符為destinationid，則列出運行在其上的屬于user_list中用戶的作業(yè)狀態(tài)。例：*qstat-f211查詢作業(yè)號為211的作業(yè)的具體信息。qdel命令—刪除作業(yè)命令格式：qdel[-W間隔時間]作業(yè)號命令行參數(shù)：例：*qdel-W1521115秒后刪除作業(yè)號為211的作業(yè)setserverdefault_queue=batch"PBS腳本文件PBS腳本文件由腳本選項和運行腳本兩局部組成。(1)PBS作業(yè)腳本選項〔假設(shè)無-C選項，則每項前面加‘*PBS’〕-adate_time：date_time格式為：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]表示經(jīng)過date_time時間后作業(yè)才可以運行。-cinterval：定義作業(yè)的檢查點間隔，如果機器不支持檢查點，則忽略此選項。-Cdirective_prefi*：在腳本文件中以directive_prefi*開頭的行解釋為qsub的命令選項?！布僭O(shè)無此選項，則默認為’*PBS’〕-epath：將標準錯誤信息重定向到path-I：以交互方式運行-jjoin：將標準輸出信息與標準錯誤信息合并到一個文件join中去。-kkeep：定義在執(zhí)行結(jié)點上保存標準輸出和標準錯誤信息中的哪個文件。 keep為o表示保存前者，e表示后者，oe或eo表示二者都保存， n表示皆不保存。假設(shè)忽略此選項，二者都