網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件

PubMed數(shù)據(jù)庫檢索PubMed數(shù)據(jù)庫檢索一、PubMed數(shù)據(jù)庫簡介PubMed是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)下屬的國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)開發(fā)的、基于WWW的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)。PubMed的網(wǎng)址：/pubmed特點(diǎn)：收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備，可少部分獲取原文。P75一、PubMed數(shù)據(jù)庫簡介PubMed是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館二、通過PubMed可檢索

到如下的信息

MEDLINEPreMedline出版商提供的書目信息NCBI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄二、通過PubMed可檢索

到如下的信息MEDLINEMEDLINE

MEDLINE：是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館MEDLARS系統(tǒng)中最大的生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫，收錄1966年以來70多個(gè)國家近4300種生物醫(yī)學(xué)期刊的書目信息和著者文摘，每周更新。每條記錄均帶有[PubMed--IndexedforMEDLINE]標(biāo)志。MEDLINEMEDLINE：是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館MEDLPreMedline：收集未正式給予MeSH詞、出版類型等深度標(biāo)引信息的一個(gè)臨時(shí)庫。NLM每天把最新記錄加入到PreMedline庫中，每條記錄均帶有[PubMed--inProcess]標(biāo)志。工作人員在一周內(nèi)將這些記錄標(biāo)引，然后轉(zhuǎn)入MEDLINE，同時(shí)從PreMedline中刪去。PreMedlinePreMedline：收集未正式給予MeSH詞、出版類型等深Pre-MedlineMedlineNewDataCollectPubMedProcessPubMedPre-MedlineMedlineNewDataColl出版商提供的書目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分沒有被MEDLINE收錄，PubMed仍保存，在記錄中做[PubMed--assuppliedbypublisher]的標(biāo)記。出版商提供的書目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分圖1以下是幾條PubMed的記錄，標(biāo)記不同，其出自的分庫也不同圖1以下是幾條PubMed的記錄，標(biāo)記不同，其出自的分庫也不NCBI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄：PubMed建立了與NCBI其他數(shù)據(jù)庫之間聯(lián)系。它們是雙向網(wǎng)絡(luò)互連的關(guān)系（見下頁圖）。其它庫NCBI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄：PubMed建立了與NCBI其NCBI中通過Entrez可互查的數(shù)據(jù)庫NCBI中通過Entrez可互查的數(shù)據(jù)庫三、PubMed頁面的結(jié)構(gòu)

登錄PubMed主頁/entrez/query.fcgi

/PubMed/三、PubMed頁面的結(jié)構(gòu)登錄PubMed主頁網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件PubMed頁面的結(jié)構(gòu)

檢索提問區(qū)相關(guān)數(shù)據(jù)庫鏈接、

檢索提問框

、輔助檢索工具檢索提示區(qū)對各項(xiàng)檢索功能的簡單描述輔助功能區(qū)Entrez簡介、PubMed服務(wù)、特有檢索、相關(guān)資源PubMed頁面的結(jié)構(gòu)檢索提問區(qū)相關(guān)數(shù)據(jù)庫鏈接、檢索提問NCBI數(shù)據(jù)庫Nucleotide：DNA序列數(shù)據(jù)庫Protein：蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫Genome：基因組序列數(shù)據(jù)庫Structure：分子結(jié)構(gòu)模型數(shù)據(jù)庫Popset：種群、種系發(fā)生或突變序列數(shù)據(jù)庫Taxonomy：微生物類別數(shù)據(jù)庫OMIM：人類孟德爾遺傳學(xué)在線數(shù)據(jù)庫。NCBI數(shù)據(jù)庫Nucleotide：DNA序列數(shù)據(jù)庫PubMed輔助檢索工具Limits（限制功能）Preview/Index（預(yù)覽/索引）History（檢索史）Clipboard（剪貼板或文件夾）Details（明細(xì)欄）PubMed輔助檢索工具Limits（限制功能）JournalBrowser-雜志瀏覽器MeSHBrowser-主題詞瀏覽器CitationMatcher-在表格輸入刊物的引文信息來定位特定文章。ClinicalQueries-與臨床相關(guān)的療法，診斷，病因，預(yù)后Cubby-提供檢索策略存儲(chǔ)空間OrderDocuments-購買原文Grateful

Med-連接到NLM提供的其他服務(wù)。ClinicalAlerts-公布NIH資助重要臨床研究結(jié)果ClinicalTrials-對公眾提供臨床科研的當(dāng)前信息PubMedCentral-可免費(fèi)提供全文生命科學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)功能JournalBrowser-雜志瀏覽器服務(wù)功能四、PubMed的基本檢索功能詞語檢索及自動(dòng)詞語匹配作者姓名檢索雜志名稱檢索截詞檢索短語檢索邏輯運(yùn)算符檢索四、PubMed的基本檢索功能詞語檢索及自動(dòng)詞語匹配四、PubMed的基本檢索功能（一）詞語檢索及自動(dòng)詞語匹配在檢索框中鍵入一到多個(gè)檢索詞，按“GO”鍵，即顯示檢索結(jié)果。“clear”按鈕可以幫你清除查詢框中的內(nèi)容，然后開始一個(gè)新的查詢。四、PubMed的基本檢索功能（一）詞語檢索及自動(dòng)詞語匹配網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件四、PubMed的基本檢索功能（一）自動(dòng)詞語匹配PubMed能自動(dòng)利用它的“自動(dòng)詞語匹配”功能將重要的詞語結(jié)合在一起，并將不規(guī)范的詞語轉(zhuǎn)換成規(guī)范的用詞。如：輸入vitaminccommoncold，系統(tǒng)會(huì)將自動(dòng)轉(zhuǎn)換成(“ascorbicacid”[MeSHTerms]ORvitaminc[TextWord])AND(“commoncold”[MeSHTerms]ORcommoncold[TextWord])進(jìn)行檢索。這種處理能使檢索結(jié)果更精確和全面。四、PubMed的基本檢索功能（一）自動(dòng)詞語匹配網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件四、PubMed的基本檢索功能（二）作者姓名檢索在檢索框內(nèi)按照姓+名縮寫(不用標(biāo)點(diǎn))的格式鍵入作者姓名，如Smithja，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)在作者字段內(nèi)進(jìn)行檢索。如果想進(jìn)行更精確的檢索，可以用雙引號(hào)將作者名引起來，再加[au]，如“smithj”[au]四、PubMed的基本檢索功能（二）作者姓名檢索網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件四、PubMed的基本檢索功能（三）雜志名檢索在檢索框中鍵入雜志全名molecularbiologyofthecell也可以直接鍵入Medline的期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式，如：molboilcell，鍵入刊物的ISSN(國際標(biāo)準(zhǔn)出版物代碼）進(jìn)行檢索，如1059-1524。Celltransplantation[ta]四、PubMed的基本檢索功能（三）雜志名檢索網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件四、PubMed的基本檢索功能（四）截詞檢索可利用系統(tǒng)的截詞功能獲取更多的相關(guān)文獻(xiàn)，這與Medline光盤中截詞檢索的用法是相同的：截詞符“*”可代表多個(gè)字符，將*加在檢索詞后可以表示對所有以該詞開頭的詞進(jìn)行檢索；如：bacter*，可以檢出bacter,bacteria,bacterium,bacteriophage等詞。PubMed一次最多可以檢索出150個(gè)詞形變異詞。如staph*，可以產(chǎn)生150個(gè)起作用，可以采取加長詞根的方法進(jìn)行檢索。四、PubMed的基本檢索功能（四）截詞檢索四、PubMed的基本檢索功能（五）短語檢索PubMed首先將鍵入的檢索詞（詞組）視為合理的短語在短語索引中進(jìn)行查找。如：poisonivy，PubMed將其視為詞組進(jìn)行查找。當(dāng)PubMed沒有找到該詞組時(shí)，系統(tǒng)將自動(dòng)把兩個(gè)詞分開進(jìn)行檢索；如果不希望系統(tǒng)將兩詞分開，則需要用“”把檢索詞括起來，即強(qiáng)迫PubMed進(jìn)行詞組檢索。如“singlecell”。當(dāng)用雙引號(hào)括起詞語時(shí)，PubMed將不執(zhí)行自動(dòng)詞語匹配功能。四、PubMed的基本檢索功能（五）短語檢索四、PubMed的基本檢索功能（六）邏輯運(yùn)算符檢索在檢索框中輸入邏輯運(yùn)算符，注意要大寫，執(zhí)行順序從左向右，可用括號(hào)來改變此順序。如：lungcancerANDsmok*#1OR#2(#1OR#2)AND#3四、PubMed的基本檢索功能（六）邏輯運(yùn)算符檢索五、PubMed輔助檢索工具（一）1.Limits（限制功能）:對檢索詞的限定和修飾，包括字段、年齡、性別、研究對象、出版類型、語種、出版或輸入日期以及子字段等。五、PubMed輔助檢索工具（一）1.Limits（限AllField（字段選擇）：共有23個(gè)字段可供選擇PublicationTypes（出版物類型選擇）：有8種類型Languages（語種選擇）：提供常用的7種語種Ages（年齡組選擇）：共有12個(gè)年齡段Gender（性別選擇）：男性、女性HumanorAnimal（人或動(dòng)物實(shí)驗(yàn)選擇）Subsets（子集）：8個(gè)子集Dates（日期）limitedAllField（字段選擇）：共有23個(gè)字段可供選擇lim五、PubMed輔助檢索工具（二）2.Preview/Index：Preview是對檢索結(jié)果進(jìn)行預(yù)覽，顯示檢索結(jié)果的條數(shù)和最近三次檢索式，用戶可根據(jù)具體情況在檢索提問框中用邏輯運(yùn)算符組配新的檢索式。Index是對提交的檢索詞列出按字順排列的某一字段的索引詞表的位置和數(shù)量（括弧內(nèi)），可用流動(dòng)條來回進(jìn)行查看列表。選中的詞高亮顯示，然后選擇合適的邏輯運(yùn)算符進(jìn)行檢索。五、PubMed輔助檢索工具（二）2.Preview/Ipreview1檢索CommonColdANDVitaminCpreview1檢索CommonColdANDVi網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件3.History:

保留所有的檢索策略和結(jié)果，只有在執(zhí)行了一次檢索后，History才能有記錄。顯示檢索序號(hào)、檢索詞、檢索時(shí)間以及檢索結(jié)果數(shù)量?？稍跈z索序號(hào)之間添加邏輯運(yùn)算符進(jìn)行檢索，如#2AND#6單擊記錄條數(shù)超級(jí)鏈接可以重新顯示檢索結(jié)果。點(diǎn)擊ClearHistory按鍵可以清除History和Preiew/Index中的信息。最多存貯檢索式數(shù)為100個(gè)，檢索式的存貯時(shí)間為1小時(shí)。五、PubMed輔助檢索工具（三）3.History:五、PubMed輔助檢索工具（三）網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件五、PubMed輔助檢索工具（四）4.Clipboard：剪貼板或文件夾。用于用戶將檢索選中記錄的暫時(shí)保存，方便用戶集中打印、下載或索取原文。剪貼板中可存的最多記錄為500條，如果一小時(shí)內(nèi)無作何操作，記錄將自動(dòng)消失。

將文獻(xiàn)添加到Clipboard

在檢索結(jié)果界面點(diǎn)擊記錄左側(cè)的復(fù)選框，再點(diǎn)AddClip。被添加到Clipboard中的記錄，檢索記錄的數(shù)字將變成綠色。五、PubMed輔助檢索工具（四）4.Clipboard網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件五、PubMed輔助檢索工具（五）5.

Details：了解PubMed通過自動(dòng)詞語匹配功能、句法規(guī)則轉(zhuǎn)換出的實(shí)際檢索策略和調(diào)整、保存檢索策略。在檢索框下面，顯示出檢索結(jié)果的總數(shù)?？梢栽跈z索框中修改檢索策略，再點(diǎn)擊Search按鍵重新執(zhí)行檢索。點(diǎn)URL按鈕，檢索策略將顯示在URL框中，再用瀏覽器的書簽收藏功能保存該策略。五、PubMed輔助檢索工具（五）5.Details：了網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件六、特別檢索服務(wù)JournalBrowser：期刊瀏覽器MeSHBrowser：主題詞瀏覽器CitationMatcher：單篇/多篇引文匹配器

ClinicalQueries：臨床咨詢六、特別檢索服務(wù)JournalBrowser：期刊瀏覽器1.JournalBrowser：期刊瀏覽器

查找指定期刊上發(fā)表的文章?？煞謩e以期刊的全名或名稱某個(gè)詞、期刊名稱在MEDLINE的縮寫或ISSN號(hào)來檢索；若點(diǎn)擊超鏈journalswithlinkstofull-textwebsites，可獲取與PubMed鏈接提供全文的期刊名單。1.JournalBrowser：期刊瀏覽器網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件2.MeSHBrowser：主題詞瀏覽器

幫助用戶查找MeSH詞進(jìn)行檢索，瀏覽器提供了每個(gè)主題詞的信息和層次結(jié)構(gòu)，此外，用戶可以直接選用副主題詞來限制主題詞的主要領(lǐng)域。如果輸入的詞在MeSH詞表中沒有，MeSH瀏覽器將顯示相關(guān)的MeSH詞。2.MeSHBrowser：主題詞瀏覽器幫網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件3.CitationMatcher

單篇/多篇引文匹配器

單篇引文匹配器可通過已知的刊名、日期、卷、期、論文首頁碼、作者名等任一項(xiàng)信息查找論文的題錄。經(jīng)常用于核對參考文獻(xiàn)的著錄細(xì)節(jié)。

多篇引文匹配器是給出版商用的，一般用戶不使用。3.CitationMatcher

單篇/多篇引文匹配器網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件4.ClinicalQueries臨床咨詢(一)為了幫助臨床醫(yī)生更有效地獲取PubMed數(shù)據(jù)庫中一般疾病的病因?qū)W、預(yù)后、診斷、預(yù)防以及治療等方面的信息，PubMed系統(tǒng)設(shè)置了Clinicalqueries功能項(xiàng)。該項(xiàng)具備特殊的過濾器裝置能將上述主題文獻(xiàn)集中提供檢索，這樣可以濾除部分不相關(guān)或相關(guān)性差的文獻(xiàn)。

4.ClinicalQueries臨床咨詢(一)4.ClinicalQueries臨床咨詢（二）

治療（therapy)研究范疇診斷(diagnosis)

(Category)病因(etiology)預(yù)后(prognosis)強(qiáng)調(diào)程度靈敏度Sensitivity(Emphasis)專指度Specificity4.ClinicalQueries臨床咨詢（二）網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫課件七、檢索結(jié)果的處理（一）顯示檢索結(jié)果(Display)：PubMed可用6種不同的格式顯示檢索結(jié)果，默認(rèn)Summary格式?？赏ㄟ^Display下拉菜單選擇其它顯示方式：Brief，Abstract，Citation，MEDLINEandASN.1等，可以根據(jù)需要進(jìn)行選擇。點(diǎn)擊Text鍵，系統(tǒng)顯示記錄的純文本形式。

點(diǎn)擊Show鍵，可選擇每頁顯示的記錄條數(shù)。

點(diǎn)擊SelectPage的數(shù)字，顯示相應(yīng)Web頁的記錄

點(diǎn)擊Sort鍵，可以分類顯示。七、檢索結(jié)果的處理（一）顯示檢索結(jié)果(Display)：DisplayDisplaytexttexttext1text1showshowpagepagesoresore各種顯示方式的主要內(nèi)容Summary——作者姓名、文章題目、出處、記錄狀態(tài)、語種、出版物類型、PMID。Brief——作者姓名、文章題目的前30個(gè)字母、PMIDAbstract——出處、記錄狀態(tài)、文章題目、作者姓名、作者單位、文摘、出版物類型、縮寫、注釋、PMID等。Citation——出處、記錄狀態(tài)、文章題目、作者姓名、作者單位、文摘、出版物類型、縮寫、注釋、MeSH、化學(xué)物質(zhì)名稱、SI數(shù)據(jù)庫索取號(hào)、基金號(hào)、PMID等。MEDLINE——所有記錄字段都是以兩個(gè)字目格式顯示，應(yīng)用該格式保存套錄記錄可以用文獻(xiàn)管理者軟件保存。各種顯示方式的主要內(nèi)容Summary——作者姓名、文章題目、七、檢索結(jié)果的處理（二）保存(Save)瀏覽器提供的保存功能可保存當(dāng)前屏幕上的結(jié)果；點(diǎn)擊senttofile，可以保存所有的檢索結(jié)果或選擇保存；系統(tǒng)允許以不同的顯示格式保存檢索結(jié)果；最多一次可以保存10000條?？梢员４鍯lipboard中的記錄，Clipboard中最多可有500條記錄。存盤時(shí)PubMed默認(rèn)文件名為“query.fcgi”。該文件名可以修改，文件格式也可在“.fcgi”和“.txt”中選擇。七、檢索結(jié)果的處理（二）保存(Save)save直接全部存在本地盤save直接全部存在本地盤save1save1save2save2七、檢索結(jié)果的處理（三）打印(Print)可以利用瀏覽器的打印鍵進(jìn)行屏幕上內(nèi)容的打印。如果