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分子標記輔助選擇在水稻抗病育種研究進展官華忠摘要:隨著水稻高密度分子遺傳圖譜的構建和重要農(nóng)藝性狀的基因或QTL的定位,分子標記輔助選擇逐漸用于質(zhì)量和數(shù)量性狀的遺傳改良。本文綜述了分子標記輔助選擇在水稻抗稻瘟病、抗白葉枯病和抗細菌性條斑病的育種應用的研究進展,存在的問題和展望。關鍵詞:分子標記輔助選擇,水稻育種,稻瘟病,白葉枯病,細菌性條斑病水稻是全球重要的糧食作物之一,全世界有25億以上的人口主食大米,其中中國是世界上最大的水稻生產(chǎn)和消費國,60%人口以稻米為主要食糧.自從實現(xiàn)雜交水稻三系配套以來,我國雜交水稻年種植面積1533.33萬hm2左右,約占水稻總面積的50%,而產(chǎn)量則占水稻總產(chǎn)的近60%[1],為我國糧食生產(chǎn)做出了巨大貢獻。然而,水稻病害的危害一直嚴重地影響著水稻生產(chǎn)。水稻病害種類很多,全世界有近百種,我國正式記載的達70余種,其中具有經(jīng)濟重要性的有20余種[2]。稻瘟病、白葉枯病發(fā)生面積大,流行性強,危害嚴重,兩者均為水稻“三大病害”之一;同時由于近年來隨著感病雜交水稻的大面積推廣,細菌性條斑病發(fā)生日趨廣泛和嚴重,也已成為我國南方稻區(qū)最重要的水稻病害之一。因此,篩選出具有持久抗瘟能力的種質(zhì)資源做供體親本,采用相宜的雜交配組方式,從而培育具有持久抗瘟能力的不育(保持)系和恢復系,并推廣和種植抗病品種,是防治水稻稻瘟病病害的最經(jīng)濟有效的措施。目前國內(nèi)多數(shù)育種單位還基本上是靠傳統(tǒng)的方法進行抗病育種,依賴于抗性鑒定和植株表型的選擇,常常受到?jīng)]有合適的致病菌株和病菌發(fā)病條件的限制,鑒定結果不準確,育種效率低[3]。此外,用傳統(tǒng)方法構建基因累加系(即基因聚合)是很困難的,難于選育出聚合多個抗病基因的持久抗病品種。利用生物技術培育持久抗病性品種是現(xiàn)代開辟的新途徑。例如分子標記輔助選擇(Makerassistedselection,MAS),這種技術是通過分析與抗病基因緊密連鎖的分子標記的基因型來對目標基因進行選擇。它克服了傳統(tǒng)選擇方法的缺陷,具無與倫比的優(yōu)越性[4],從而大大提高選擇的可靠性,使育種進程加快,育種效率得到提高。更重要的是,通過分子標記輔助選擇能夠快速地將多個抗病基因聚合,培育出持久抗性品種.因此,該技術是加速水稻改良和提高改良水平的重要措施之一。本文就分子標記輔助技術在水稻抗病育種的進展及存在問題進行綜述。1.標記輔助選擇的原理標記輔助選擇(marker—assistedselection,MAS)是指借助分子標記對目標性狀的基因型進行選擇。在作物遺傳育種中,主要是應用分子標記輔助選擇進行前景選擇和背景選擇。1.1前景選擇對目標基因的選擇稱為前景選擇(Foregroundseletion)[5]。這是標記輔助選擇的主要方面.前景選擇的可靠性主要取決于標記與目標基因間連鎖的緊密程度,同時利用兩側相鄰的兩個標記對目標基因進行跟蹤選擇,比只用一個標記對目標基因進行選擇,正確率要高很多.因而尋找與開發(fā)與目標基因緊密連鎖的分子標記是進行前景選擇的關鍵[6]。當今,水稻全基因組的測序完成及大量SSR標記的開發(fā)和定位,使得SSR成為分子標記輔助選擇的首選標記,并為分子標記應用于前景選擇提供了廣闊的發(fā)展空間,給育種工作帶來了極大的方便。1.2背景選擇對基因組中除了目標基因之外的其它部分(即遺傳背景)的選擇,稱為背景選擇(backgroundselection)[5]。與前景選擇不同的是,背景選擇的對象幾乎包括了整個基因組。Young等[7]發(fā)展了一種基于分子圖譜的圖示基因型的分析方法,利用該方法可進行全基因組選擇,即在基因組各染色體上選取多個標記,檢測后代各標記的基因型。在標記輔助選擇中,可以同時進行前景選擇和背景選擇。首先進行前景選擇,以保證不丟失目標基因,然后通過圖示基因型,監(jiān)測中選單株的整個基因型組成,選擇具有最佳基因組合的單株,以加快育種進度。例如對番茄基因組進行的計算機模擬研究顯示,如果每一回交世代產(chǎn)生30個植株,那么用分子標記對整個基因組進行選擇,只需3代即能完全恢復成輪回親本的基因型,而采用傳統(tǒng)回交方法則需要6代以上。2。標記輔助選擇在抗病育種中的應用分子標記輔助選擇與傳統(tǒng)回交育種技術相結合有利于控制優(yōu)良性狀的基因及多個基因的聚合,特別是有利于聚合多個抗病基因從而提高品種的抗性和抗譜。目前在水稻中對質(zhì)量性狀的MAS技術已日趨成熟,并取得了很大的成就,而對數(shù)量性狀的MAS進展較為緩慢.2.1抗稻瘟病MAS目前的研究認為有40個以上主基因控制水稻的抗瘟性[8],這些基因已分別從l00多個品種或品系中鑒別出來,其中利用分子定位的已超過27個[9]。如Yu等[10]用感病秈稻Co39為遺傳背景導入5173和Tetep的抗稻瘟病基因,采用短日高溫處理快速加代法獲得B6F4重組自交系群體(RILs),定位了Pi-2(t)和Pi-4(t)。隨后,Mew等[11]進一步精細定位了這兩個基因.劉士平等[12]將Pi-1定位在RFLP標記RZ536和SSR標記RM144之間,圖距分別為9。7和6.8cM。吳金紅等[13]進一步將Pi-2定位于分子標記RG64和AP22之間,圖距分別縮小到0。9和1.2cM。Wang[14]用Co39為感病材料導入持久抗瘟性品種Moroberekan的抗稻瘟病基因構建重組自交系,于F7代用127個RFLP標記檢測抗病池和感病池,定位了Pi—5(t)和Pi-7(t)基因。Naqiv等[15]發(fā)現(xiàn)Pk157位于第十二染色體并與單拷貝克隆RG341緊密連鎖,同時還發(fā)現(xiàn)Pi10位于第五染色體上,與RAPD標記PF6、PH8、RFLP標記RG182、RZ70緊密連鎖。Zheng等[16]也發(fā)現(xiàn)了位于第十二染色體上的抗稻瘟病基因與RG81、RG8659、RZ397緊密連鎖。Pan等[17]用SSR標記將Pi—15定位于第9號染色體.除了對抗稻瘟病主基因定位外,近年在稻瘟病抗性QTL的分子標記定位方面也取得較大的進展。目前已國內(nèi)學者已采用多種方法定位了80個以上與稻瘟病數(shù)量性狀抗性相關的QTL[18-22]。這些抗性基因/QTL的分子標記定位是稻瘟病抗性的分子標記輔助育種和抗性基因或QTL的克隆的重要前提.如在分子標記定位的基礎上,人們采用圖位克隆的方法成功克隆了水稻抗稻瘟病基因Pi-ta[23],Pi—b[24],Pi—9[25]和Pi—Kh[26]。雖然有較多的稻瘟病抗性/QTL的分子標記定位已完成,但已成功應用于育種的稻瘟病抗性基因只有少數(shù)幾個主效基因,如Pi-1,Pi-2,Pi-9,Pi-d,Pi-z5和Pi-ta等。李仕貴等[27]應用與稻瘟病抗性基因Pi-d(t)緊密連鎖的微衛(wèi)星標記RM262對含有該抗病基因的品種地谷與感病品種江南香糯和8987的F2群體進行MAS選擇,結果發(fā)現(xiàn)應用該標記選擇純合和雜合帶型抗性植株的準確率可達98%以上。Hittalmanni等[28]在以一個抗稻瘟病基因Pi-z5兩側連鎖標記的輔助選擇中,發(fā)現(xiàn)純合抗?。?植株選擇的準確率達100%。Liu等[29]通過分子標記輔助技術將廣譜抗稻瘟病基因Pi—1導入到珍汕97B中,并獲得帶有該基因的17個株系。陳志偉等[30]成功地將Pi-2從供體材料5173導入到迄今廣泛使用的雄性不育保持系珍汕97B中,獲得了一批攜有Pi—2的珍汕97B近等基因系。在稻瘟病抗性基因聚合方面,劉士平等[31]研究發(fā)現(xiàn)多個抗性基因聚合后,并不簡單地表現(xiàn)為單個抗病基因的抗譜之間的簡單累加,而是抗性基因之間表現(xiàn)為極顯著的基因互作,使其能夠抵抗單個抗病基因不能抵抗的生理小種,使得基因聚合后抗譜拓寬、抗性增強。何月秋等[32]利用分子標記輔助選擇方法培育出BL13(Pi—1、Pi-3),BL23(Pi-2、Pi-3)和BL123(Pi—1、Pi-2、Pi—3)的近等基因累加系。Hittalmanni等[33]用MAS對水稻稻瘟病抗性基因Pi-1、Pi-z5和Pi-ta進行累積,含有Pi-z5的2個或3個抗性基因的聚合比單獨存在時抗性增強,能感染單個基因的兼性生理小種不能侵染抗性基因累加的品系,說明非等位基因有互補作用。陳學偉等[34]通過對地谷,BILl,Pi-4號等三個分別含抗病基因Pi—d(t)、Pi-b、Pi-ta的稻瘟病抗性材料與G46B聚合雜交,并利用抗病基因連鎖的分子標記對雜交后代進行輔助選擇,在聚合雜交的F2代及BlCl代群體中共獲得了l5株含Pid、Pi-b、Pi-ta等三個抗稻瘟病基因的材料,該研究結果表明利用分子標記可快速、有效地實現(xiàn)多個抗病基因的聚合,大大提高水稻抗病育種的效率。對于稻瘟病抗性QTL位點雖已有不少定位的報道,但未見將其應用于育種的上的報道。2.2抗白葉枯病的MAS目前已鑒定和定位的白葉枯病抗性基因達30個.如章琦等[35]從我國普通野生稻中鑒定出一個新的白葉枯病抗性基因Xa—23(t),研究結果表明Xa-23(t)是迄今已知基因中抗譜最廣,抗性導入效應很強的一個完全顯性的全生育期抗性基因,并初步將該基因定位于水稻第11染色體SSR標記OSR06和RM224附近,圖距分別為5.3cM和27.7cM。此后,潘海軍等[36]用Xa-23的近等基因系CBB23及其感病輪回親本JG30構建了包含2562個單株的F2作圖群體。通過分析571個感病單株,找到2個新的與Xa23基因連鎖的SSR標記RM187和RM206,它們與Xa23之間的遺傳圖距分別為7.1cM和1。9cM.通過篩選1200個RAPD引物,獲得2個與Xa23基因連鎖的RAPD標記RpdH5和RpdS1184,與Xa23之間的遺傳圖距分別為7.0cM和7.6cM;王春連等[37]將Xa23定位于兩個EST標記C189和CP02662之間,圖距分別為0.8和1.3cM。高東迎等[38]利用RAPD標記對從體細胞突變體HX—3中鑒定出的抗水稻白葉枯病新基因Xa-25(t)進行了研究,在306個隨機引物中,兩個引物S1269和S1327在親本和抗感池之間表現(xiàn)多態(tài)性。用這兩個引物對龍?zhí)馗和HX—3的F2群體的114個單株進行連鎖分析,表明S1269和S1327與Xa—25(t)的連鎖距離分別為5.3和23.7cM,且位于Xa25(t)的兩側;Ronald[39]把來自于野生稻Oryzalongistaminata中的廣譜抗白葉枯病基因Xa21定位在第11染色體上,該基因與3個分子標記(RG103、RAPD248和RAPD818緊密連鎖,它們與Xa21之間的距離僅為1.2cM。此外,利用分子標記還定位了30個以上與白葉枯抗性相關的抗性QTL[40-42],這些抗白葉枯病基因(QTL)的定位大大促進了抗白葉枯病的分子標記輔助育種和抗白葉枯病基因克隆工作的展開。如在基因定位的基礎上,Song等[43]采用染色體登陸戰(zhàn)略克隆了Xa-21,Yoshimura等[44]采用典型的定位克隆戰(zhàn)略克隆了Xa-1,已克隆的抗白葉枯病基因還有Xa5和Xa26。目前,成功應用于育種的抗白葉枯病基因只有Xa-4,Xa-5,Xa-13,Xa—21和Xa-23.應用較多的是廣譜抗性基因Xa—21,我國多項研究先后以IRBB21為供體親本,通過MAS將廣譜抗白葉枯病基因Xa21導入明恢63,6078,R8006和9311等恢復系中,結果表明恢復系及相應雜交種對白葉枯病抗性顯著增強[45—47]。除改良恢復系外,也有利用MAS把Xa21滲入光敏核不育系3418S的報道[48]。在白葉枯病抗性基因的聚合方面,徐建龍[49]等報道聚合了xa5和Xa3抗性基因的晚粳品系D601、D602和D603的抗性水平和抗擴展能力強于雙親,抗譜寬于含單基因Xa3的秀水11.Huang等[50]用分子標記在雜交F4代將4個抗白葉枯病基因(Xa-4,Xa—5,Xa-13,Xa—21)聚合于IRBB60中。Singh[51]將三個水稻白葉枯病抗性基因Xa—5、Xa—13和Xa—2l進行標記輔助聚合育種,獲得了聚合有2個和3個抗性基因的品系,該品系在自然條件下表現(xiàn)了較廣的抗譜,并把上述三個基因聚合到秈稻品種PR106中。羅彥長等[52]通過雜交、回交和自交將兩個抗病基因Xa21和Xa—23聚合到不育系中,獲得雙基因純合穩(wěn)定的新品系R106B(A),所育成的不育系及保持系對中國的7個病原型代表菌株均表現(xiàn)全生育期高度抗病,可能會大大延長其抗性壽命。另外,鄧其明等[53]采用復合雜交結合分子標記輔助選擇技術將Xa21、Xa23和Xa4聚合到雜交水稻優(yōu)良恢復系綿恢725中,并利用9個白葉枯病致病菌系對其原始親本和不同基因組合聚合后代進行了田間接種鑒定,研究結果表明Xa21、Xa23和Xa4的累加系植株對白葉枯病菌的抗性明顯強于基因型為單基因植株和雙基因累加系植株。除了上述5個白葉枯病抗性基因在MAS育種中獲得成功應用外,還有將外源基因與抗白葉枯病基因進行聚合的報道。何光明等[54]將抑制衰老有關的異戊烯基轉(zhuǎn)移酶(IPT)基因與Xa-23進行聚合,并轉(zhuǎn)到9311和E32中。在抗個白葉枯病微效多基因的利用方面也有少量的研究。如王興春等[55]以受微效多基因控制白葉枯病抗性的五豐占2號和主基因Xa—5控制的IRBB5為材料,應用分子標記輔助選擇、花藥培養(yǎng)和回交技術成功地聚合了白葉枯病抗性主基因和微效多基因。2.3抗細菌性條斑病的MAS自60年代以來抗細條病遺傳研究以來,國內(nèi)外不同學者采用不同的材料和菌株得出的結論不盡相同.如張紅生等[56]認為Duar和IR36對細菌性條斑病的抗性是由一對主效基因控制,但有人認為Dular[57]和IR36[58]對細菌性條斑病的抗性都是由兩對隱性基因控制的;徐建龍等[57]認為Hashikalmi對S-103的抗性由2對隱性基因所控制;90IRBBN44帶有1對隱性抗性基因,Hashikalmi和Dular的2對基因中至少有1對是等位的,但這2對基因與90IRBBN44的1對基因均不等位.但也有不少人認為細條病抗性屬數(shù)量性狀遺傳(唐定中等,1998).如唐定中等[59]認為Acc8518和Acc8558對細菌性條斑病的抗性與細胞質(zhì)無關,符合簡單加性模型,基因的效應為積加作用,具有較高的廣義和狹義遺傳力,屬于多基因控制的數(shù)量性狀。盡管在細條病抗性鑒定、抗源篩選以及抗性遺傳研究方面已取得一些進展,但對抗性基因的數(shù)目、染色體位置、效應等方面的研究僅有個別報道。如吳為人等[60]利用一個重組自交系群體和該群體構建了一張包含225個分子標記的連鎖圖,綜合采用t測驗、CIM和MCIM的分析結果,總共檢測出了11個控制細條病的抗性QTL,7個QTL在兩年中均被檢出,在所有11個QTL中,大多數(shù)抗病等位基因來源于抗病親本Acc8558,只有位于第3、4號染色體上的兩個QTL的抗病等位基因來自感病親本H359,各QTL大小效應大小相近,沒發(fā)現(xiàn)主效基因。對細條病抗性QTL的分子標記定位為細條病的抗性MAS和抗性QTL的克隆奠定了基礎.鄭景生等[61]用中抗和高抗細菌性條斑病(簡稱細條?。┑膬蓚€秈稻品種明恢86和佳輻占為親本構建了F2群體,應用SSR標記在水稻第2染色體的RM279~RM154之間檢測到1個與水稻細條病抗性有關的QTL,其可解釋遺傳表型變異的13.7%,其加性效應為0。9576,來自抗病親本佳輻占。陳采紅等[62]定位了一個來源于Dular的抗性QTL位點,該位點位于11號染色體,與分子標記RM120和RM441連鎖.由于有關水稻細條病抗性基因定位的研究極少,在利用MAS技術在育種中的應用也只處于探索階段。陳志偉等[63]篩選了與3個效應較大的抗細條病QTL連鎖的SSR標記,并應用于把高抗細條病的品種Acc8558中的抗病基因?qū)氲礁吒屑殫l病的品種珍汕97B中的回交育種中。通過4次回交和1次自交,育成了5個遺傳背景基本上與珍汕97B相同,導入了來自Acc8558的不同抗病區(qū)段的株系。該研究證明了將標記輔助選擇技術應用于旨在改良單個數(shù)量性狀的回交育種的可行性。3。MAS存在的問題3.1在單個質(zhì)量性狀的改良上優(yōu)勢不強目前對于質(zhì)量性狀的MAS技術體系已日趨完善,并在育種上取得了很大的成就,培育和改良不少雜交稻親本和組合。但在育種實踐中,發(fā)現(xiàn)該技術在單個質(zhì)量性狀的改良上并不比傳統(tǒng)的選擇方法有明顯優(yōu)勢;主要是因為1)必須要有于目標基因緊密連鎖的分子標記,才能進行MAS;2)其程序相對繁瑣,對實驗的儀器和技術有較高的要求;3)育種成本較高對。3.2對數(shù)量性狀的改良還很少對多基因控制的重要農(nóng)藝性狀,由于QTL在遺傳上的復雜性、背景依賴性以及與環(huán)境的復雜互作,現(xiàn)有的QTL定位成果很難直接用于指導分子標記輔助選擇育種,因而對數(shù)量性狀的MAS進展較為緩慢。4.展望4。1增強在持久抗性上的應用水稻生產(chǎn)實踐中,由于抗性品種的單一化、主栽品種的遺傳同質(zhì)性、病原菌的復雜性和易變性等特點,常造成抗病品種在推廣種植3-5年后喪失抗性,引起病害暴發(fā)和流行防止水稻品種抗病性喪失。提高水稻品種抗性持久度的主要措施應是盡可能地防止病原菌產(chǎn)生新的致病小種或防止新的優(yōu)勢小種出現(xiàn)。在目前的技術條件下,避免病原菌產(chǎn)生新的致病小種或新的優(yōu)勢小種可以有兩種策略,一個是抗性基因聚合(genepyramiding),另一個是抗性基因混合(genemixing).而MAS技術已在抗性基因聚合的應用上表現(xiàn)出較強的優(yōu)勢.目前已有多個研究表明,MAS技術可以克服用傳統(tǒng)方法進行基因聚合表型鑒定的困難,快速地將多個抗病基因聚合,培育出持久抗性品種。同時利用雜交稻的抗性可以來自父本或母本中的任何一方,通過MAS技術可以較容易地把不同顯性抗稻瘟病基因分別導入雜交稻的兩親本中,再通過攜有不同抗性基因的兩親本配制雜交稻組合,配制出的雜交稻同樣可以聚合兩個或多個抗性基因。從育種技術來講,往雜交稻中分別聚合2個和4個顯性抗病基因與往常規(guī)稻中導入1個和聚合2個抗病基因是一樣的。因此,建議可將MAS技術應用于雜交稻親本的抗性改良上.4。2將MAS技術提高到分子設計育種的高度隨著分子遺傳學的不斷發(fā)展,分子標記技術和輔助選擇育種技術的不斷完善,將有利于更多的重要農(nóng)藝性狀QTL被精細定位和克隆,利用MAS技術將有效地改良水稻的產(chǎn)量、品質(zhì)和抗性,特別是有利于成簇分布的有利基因的聚合,使該技術成為分子設計育種時代有利工具。參考文獻袁隆平.我在雜交水稻方面所做的工作[J]。中國科技獎勵。2001,9(1):14-19。徐雍皋,徐敬友.農(nóng)業(yè)植物病理學[M].江蘇科學技術出版社。1995.危文亮,趙應忠.分子標記在作物育種中的應用[J].生物技術通報,2000,(2)12-16。李海渤。分子標記輔助選擇技術及其在作物育種上的應用(綜述)[J].河北職業(yè)技術師范學院學報,2002,16(4):68-72.HospitalF&CharcossetA.Marker—assistedintrogressionofquantitat(yī)ivetraitloci[J].Genetics,1997,147:1469—1485.方宣鈞,吳為人,唐紀良.作物DNA標記輔助育種[M]。科學出版社,2001.YoungND&SDTanksley.RFLPanalysisofthesizeofchromosomalsegmentsretainedaroundtheTm-2locusoftomatoduringbackcrossbreeding[J].TheorApplGenet,1989,77:353—359.李曉方,毛興學,邢丹英等.水稻稻瘟病抗性基因研究綜述(英文)[J]。分子植物育種,2003,1(5):725-730.ZhuM,WangL,andPanQH.Identificationandcharacterizationofanewblastresistancegenelocatedonricechromosome1throughlinkageanddifferentialanalyses[J]。Phytopathology,2004,94:515-519。YuZH,MackillDJ,BonmanJM,etal.TagginggenesforblastresistanceinricevialinkagetoRFLPmarkers[J].TheoreticalandAppliedGenetics,1991,81:471-476.MewTV,ParcoaS,HittalmaniS,etal.Finemappingofmajorgenesforblastresistanceinrice[J].RGN,1994,11,126-128。劉士平.利用分子標記輔助選擇改良珍汕97對稻瘟病的抗性.碩士學位論文.武漢,華中農(nóng)業(yè)大學,2002.吳金紅,蔣江松等。水稻稻瘟病抗性基因Pi—2(t)的精細定位[J].作物學報,2002,28(4):505—509.WangGL,MackillDJ,BommonJM,etal.RFLPmappingofthegenesconferringcompleteandpartialresistancetoblastinadurablyresistancecultivar[J].Genetics,1994,136:1421-1431.NaqvinI,BonmanjM,MackillDJ,etal.Identificat(yī)ionofRAPDmarkerslinkedtoamajorgeneforblastresistanceinrice[J],Molecularbreeding,1995,1,341-348.ZhengKL,QianHR,ZhuangJY。TaggingriceblastresistancegenesviaDNAMarker[J]。ACTAPhytopathologicaSINICA,1995,25(4),307—313.PanQH,HuZD,TanisakaT,etal.FineMappingoftheBlastResistanceGenePi15,LinkedtoPiionRiceChromosome9[J].ActaBotanicaSinica,2003,45(7):871-877。TabienE,LiZ,PatersonH,etal。MappingQTLsforfieldresistancetothericeblastpathogenandevaluatingtheirindividualandcombinedutilityinimprovedvarieties[J]。Theoreticalandappliedgenetics,2002,105,pp.313—324.SallaudC,LorieuxM,RoumenE,etal.Id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