腫瘤研究的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)資源

腫瘤研究的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)資源第1頁(yè)/共95頁(yè)一篇論文的題目第2頁(yè)/共95頁(yè)Zhu

F,

Zykova

TA,

Kang

BS,

Wang

Z,Ebeling

MC,

Abe

Y,

Ma

WY,

Bode

AM,Dong

Z.Bidirectional

signals

transduced

by

TOPK-ERK

interaction

increase

tumorigenesis

ofHCT116

colorectal

cancer

cells.Gastroenterology.

2007;

133(1):219-31.主要內(nèi)容第3頁(yè)/共95頁(yè)NCBI的相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)資源腫瘤學(xué)和血液學(xué)的細(xì)胞遺傳學(xué)

ExPASy的數(shù)據(jù)庫(kù)資源和工具NCBI的相關(guān)資源第4頁(yè)/共95頁(yè)National

Center

for

BiotechnologyInformation第5頁(yè)/共95頁(yè)第6頁(yè)/共95頁(yè)Genes

and

disease第7頁(yè)/共95頁(yè)單基因遺傳病的站點(diǎn)·介紹多個(gè)系統(tǒng)的遺傳病，可下載PDF文件?！D示遺傳病相關(guān)基因在染色體的定位·與相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)相互鏈接Genes

and

disease頁(yè)頁(yè)面面第8頁(yè)/共95頁(yè)染色體的圖譜第9頁(yè)/共95頁(yè)SKY—Spectral

Karyotyping第10頁(yè)/共95頁(yè)·多色標(biāo)記的探針與染色體雜交M-FISH—Multiplex

Fluorescence

In

SituHybridizationCGH—Comparative

Genomic

Hybridization·腫瘤和對(duì)照細(xì)胞的基因組DNA標(biāo)記不同顏色熒光探

針等量混合后分別與腫瘤和對(duì)照細(xì)胞的染色體雜交。SKY的原理第11頁(yè)/共95頁(yè)第12頁(yè)/共95頁(yè)CGH的原理第13頁(yè)/共95頁(yè)CGH比較工具第14頁(yè)/共95頁(yè)·

輸入染色體片段和得失，如：7[gain]或3p[loss].比較工具第15頁(yè)/共95頁(yè)比較結(jié)果第16頁(yè)/共95頁(yè)CGH圖示第17頁(yè)/共95頁(yè)大規(guī)模分析基因表達(dá)的方法第18頁(yè)/共95頁(yè)·對(duì)某一組mRNA中基因表達(dá)定量檢測(cè)·一群mRNA中的每一個(gè)mRNA的同一位置取9-10bp的

一段序列，（從統(tǒng)計(jì)學(xué)上說(shuō)這樣的序列可以代表95%的人類基因），每一種9-10bp的序列的拷貝數(shù)則代表基因表達(dá)的拷貝數(shù)，也就可以說(shuō)明基因表達(dá)活性的高低。方法RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA，同時(shí)用生物素標(biāo)記cDNA末端

隨后用一種限制性內(nèi)切酶（NlaIII(CATG)）切割cDNA分離酶切位點(diǎn)3‘端的序列另一種酶再切割cDNA片段，去除帶生物素的3’端

用PCR擴(kuò)增每一個(gè)標(biāo)簽片段，將30-50個(gè)不同的標(biāo)簽片段連成一個(gè)單一的DNA分子最后克隆并測(cè)序這些分子

酶切位點(diǎn)3"端的序列出現(xiàn)的拷貝數(shù)就代表了基因表達(dá)活性的高低第19頁(yè)/共95頁(yè)流程圖選擇細(xì)胞第20頁(yè)/共95頁(yè)磁珠分離RNA并合成cDNA錨定內(nèi)切酶（NlaIII）酶切NlaIII3’端序列為標(biāo)簽，再用BsmF1酶切后釋放標(biāo)簽將標(biāo)簽相互連接并連入質(zhì)粒載體測(cè)序并計(jì)算標(biāo)簽的拷貝數(shù)計(jì)算機(jī)分析查詢方式第21頁(yè)/共95頁(yè)·...by

tag·...by

sequence·...by

library·...by

gene

name輸入序列先查詢序列中的Tag根據(jù)Tag來(lái)查詢?cè)赟AGE文庫(kù)中出現(xiàn)的頻率第22頁(yè)/共95頁(yè)輸入GenBank號(hào)或序列進(jìn)行查詢第23頁(yè)/共95頁(yè)查詢結(jié)果第24頁(yè)/共95頁(yè)查詢結(jié)果第25頁(yè)/共95頁(yè)Cancer

Genome

Anatomy

Project(/)第26頁(yè)/共95頁(yè)由National

Cancer

Institute（NCI）管理目的是研究腫瘤細(xì)胞的分子改變CGAP主頁(yè)第27頁(yè)/共95頁(yè)Genes第28頁(yè)/共95頁(yè)每個(gè)基因————一個(gè)Gene

info頁(yè)面第29頁(yè)/共95頁(yè)·UniGene、LocusLink、OMIM、DTP

search、cDNALibraries、Cluster

Assemblies、和SNPs等數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接·細(xì)胞遺傳學(xué)定位和Mitelman斷裂點(diǎn)信息·蛋白相似性·人類和小鼠的同源組·IMAGE（Integrated

Molecular

Analysis

of

Genomesand

their

Expression）協(xié)議來(lái)源的序列鏈接·全長(zhǎng)MGC（Mammalian

Gene

Collection）克隆鏈接·Gene

Ontology功能分類Genes工具列表第30頁(yè)/共95頁(yè)·Gene

finder：按照特定標(biāo)準(zhǔn)查找單個(gè)或多個(gè)基因的工具·Gene

Ontology

Browser：通過(guò)分子功能、生物學(xué)過(guò)程和細(xì)胞組分對(duì)人和小鼠的基因分類·Nucleotide

BLAST：通過(guò)CGAP界面，查找給定核苷酸序列的代表基因·Lists

of

Candidate,Validated,and

Confirmed

SNPs：包含單核苷酸多態(tài)性的基因信息·CGAP

SNP

Index：通過(guò)基因名稱、符號(hào)和GenBank序列號(hào)查找代表SNPs·SNP

Gene

Viewer：將人類SNPs定位于參考序列和MGC序列，預(yù)測(cè)蛋白編碼的變化Gene

info第31頁(yè)/共95頁(yè)第32頁(yè)/共95頁(yè)Chromosomes第33頁(yè)/共95頁(yè)Mitelman

Database

of

ChromosomeAberrations

in

Cancer

（腫瘤染色體畸變數(shù)據(jù)庫(kù)）第34頁(yè)/共95頁(yè)·Recurrent

Chromosome

Aberrations

Searcher用來(lái)查找重復(fù)出現(xiàn)的染色體畸變SNP500

Cancer

Database·用于查找SNP的工具·可以通過(guò)基因名稱、SNP號(hào)、染色體和基因功能查詢查找腫瘤重復(fù)出現(xiàn)的染色體畸變第35頁(yè)/共95頁(yè)Tissues第36頁(yè)/共95頁(yè)來(lái)源于組織的基因表達(dá)信息·Library

Finder工具可以幫助查找組織特異性的文庫(kù)。·Gene

Library

Summarizer（GLS）：在特定的cDNA文庫(kù)中查找所有基因。·cDNAxProfiler：用于在兩個(gè)cDNA文庫(kù)之間比較基因表達(dá)?！ifferential

Gene

Expression

Displayer（DGED）：用于在兩個(gè)cDNA文庫(kù)之間比較基因表達(dá)的統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。·

SAGEmap

xProfiler：xProfiler程序比較一個(gè)cDNA在不同cDNA文庫(kù)中的表達(dá)情況。·SAGEmap

Virtual

Northern：以圖形形式顯示一個(gè)基因在不同cDNA文庫(kù)中出現(xiàn)的頻率，代表其表達(dá)豐度。第37頁(yè)/共95頁(yè)cDNA

xProfiler第38頁(yè)/共95頁(yè)SAGE第39頁(yè)/共95頁(yè)SAGE

Anatomic

Viewer第40頁(yè)/共95頁(yè)查詢結(jié)果第41頁(yè)/共95頁(yè)Tissue

only查詢結(jié)果第42頁(yè)/共95頁(yè)SAGE的數(shù)據(jù)第43頁(yè)/共95頁(yè)RNAi第44頁(yè)/共95頁(yè)第45頁(yè)/共95頁(yè)第46頁(yè)/共95頁(yè)第47頁(yè)/共95頁(yè)P(yáng)ATHWAYS第48頁(yè)/共95頁(yè)BioCarta公司信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑圖譜KEGG代謝途徑和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑圖譜

Pathway

Searcher第49頁(yè)/共95頁(yè)第50頁(yè)/共95頁(yè)第51頁(yè)/共95頁(yè)CGAP基因表達(dá)分析工具的匯總第52頁(yè)/共95頁(yè)Tools第53頁(yè)/共95頁(yè)腫瘤學(xué)和血液學(xué)的細(xì)胞遺傳學(xué)biogen.fr/services/chromcancer/第54頁(yè)/共95頁(yè)收集了各種在腫瘤中具有染色體異常的基因，包括其基因名稱、產(chǎn)物、在腫瘤中的異常情況，以及與各種數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接收集了白血病、實(shí)體瘤、癌前病變的細(xì)胞遺傳學(xué)數(shù)據(jù)以染色體來(lái)分類描述各種腫瘤中的染色體異常包括了許多高水平的綜述(Deep

Insight)和病例報(bào)告第55頁(yè)/共95頁(yè)22號(hào)染色體第56頁(yè)/共95頁(yè)t(9;22)(q34;q11)第57頁(yè)/共95頁(yè)第58頁(yè)/共95頁(yè)第59頁(yè)/共95頁(yè)t(2;8)(p12;q24)IGKChr

2Chr

22t(8;22)(q24;q11)IGLt(8;14)(q24;q32)MYCChr

8IGH第60頁(yè)/共95頁(yè)Chr

14Burkitt

LymphomaPromoterCoding

sequencesDeregulated

genePromoter

Coding

sequencesPromoterCoding

sequencesConsequences

of

Balanced

Chromosome

Rearrangements第61頁(yè)/共95頁(yè)IGH,

IGK,IGLMYCDeregulated

transcriptionETV6/NTRK346

Fusion

Genes

in

Benign

and

Malignant

Soft

Tissue

Tumors19921993199419951996199719981999EWSR1/ATF1FUS/DDIT3PAX3/FOXO1AEWSR1/ERGEWSR1/WT1

PAX7/FOXO1ASS18/SSX2EWSR1/NR4A3

HMGA2/LPPSS18/SSX1EWSR1/DDIT3

EWSR1/ETV4COL1A1/PDGFBEWSR1/FEVEWSR1/FLI120002001200220032004200520062007HMGA2/LHF

PSS18/SSX4TAF15/NR4A3TPM3/ALK

TPM4/ALKSS18L1/SSX1COL1A2/PLAG1EWSR1/ZNF278ASPSCR1/TFE3CLTC/ALKCARS/ALKHMGA2/CMKOR1ATIC/ALKFUS/CREB3LACTB/GLITGF/NR4A3FUS/CREB3L1CIC/DUX4

EWSR1/SP3COL6A3/CSF1FUS/ATF1HAS2/PLAG1

TCF12/NR4A3LPP/C12ORF92FUS/ERGRANBP2/ALKPAX3/NCOA1EWSR1/CREB1HMGA2/EBF

SEC31A/ALK第62頁(yè)/共95頁(yè)Soft

Tissue

Tumors

with

Specific

Gene

Fusions1992Ewing

tumor1993Alveolar

RMS,

Clear

cell

sarcoma

of

soft

tissue,

Myxoid

liposarcom1994Desmoplastic

small

round

cell

tumor,

Synovial

sarcoma1995Extraskeletal

myxoid

chondrosarcoma,

Lipoma1997Dermatofibrosarcoma

protuberans1998Infantile

fibrosarcoma2000AFH,

Lipoblastoma,

Inflammatory

myofibroblastic

tumor2001Alveolar

soft

part

sarcoma2003Low

grade

fibromyxoid

sarcoma,

Soft

tissue

chondroma2004Pericytoma2006Tenosynovial

giant

cell

tumor第63頁(yè)/共95頁(yè)Frequencies

of

fusion

genes

in

AML第64頁(yè)/共95頁(yè)t(8;21)(q22;q22)RUNX1/RUNX1T14.3%t(15:17)(q22;q21)PML/RARA4.1%der(11)(q23)MLL

rearrangement2.4%inv(16)(p13q22)CBFB/MYH112.3%t(9;22)(q34;q11)BCR/ABL10.7%inv(3)(q21q26)RPN1/EVI10.6%t(6;9)(p22;q34)DEK/NUP2140.3%t(1;22)(p13;q13)RBM15/MKL10.2%t(8;16)(p11;p13)MYST3/CREBBP0.1%t(7;11)(p15;p15)NUP98/HOXA

genes<0.1%Deep

Insight第65頁(yè)/共95頁(yè)ExPASy

(Expert

Protein

AnalysisSystem)/第66頁(yè)/共95頁(yè)綜合的蛋白質(zhì)分析工具網(wǎng)站大量、使用的蛋白質(zhì)分析工具鏈接第67頁(yè)/共95頁(yè)Databas第68頁(yè)/共95頁(yè)·····du第69頁(yè)/共95頁(yè)oes·SWISS-2DPAGE第70頁(yè)/共95頁(yè)查詢SWISS-2DPAGE的數(shù)據(jù)Human

lymphocyte第71頁(yè)/共95頁(yè)P(yáng)ROSITE第72頁(yè)/共95頁(yè)·Database

of

proteinfamilies

and

domainsEnzyme·Enzyme

nomenclatureCD40Lbase·

CD40

ligand

defects·CD40配體缺陷與X連鎖的IgM增多ExPASy

Proteomics

tools第73頁(yè)/共95頁(yè)·······第74頁(yè)/共95頁(yè)P(yáng)att第75頁(yè)/共95頁(yè)andse