火炬松加倍松系種質(zhì)性狀ql定位分析

火炬松加倍松系種質(zhì)性狀ql定位分析

遺傳圖是指通過遺傳重組分析獲得的基因或獨(dú)特多態(tài)遺傳標(biāo)記的線性排列圖。在松樹育種中，不僅需要對(duì)生長(zhǎng)和材性等主要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳控制進(jìn)行深入的了解，也需要對(duì)一些形質(zhì)性狀的遺傳控制進(jìn)行了解?；鹁嫠珊图永毡人啥鄶?shù)形質(zhì)性狀為數(shù)量性狀，但是控制它們的基因和基因位點(diǎn)目前還不是非常清楚1材料和方法1.1優(yōu)良無性系發(fā)展林以火炬松1.5代種子園優(yōu)良單株T1為母本，加勒比松第一代種子園優(yōu)良無性系C1為父本進(jìn)行人工雜交。將雜交種子播種育苗，營(yíng)造試驗(yàn)林。作圖群體為火炬松（Pinustaeda）和加勒比松（Pinuscaribaea）的雜交F1.2方法1.2.1取出松針劑中的總dna從上述雜交F1.2.2sr索引245對(duì)試驗(yàn)用于擴(kuò)增反應(yīng)的SSR引物均來自Zhou等1.2.3基于lod3.0的異交群體編碼系統(tǒng)的基于互聯(lián)網(wǎng)的編碼系統(tǒng)使用作圖軟件JoinMap?3.0，所有標(biāo)記均按照J(rèn)oinMap?3.0關(guān)于異交群體的5類編碼系統(tǒng)統(tǒng)一編碼，建立獨(dú)立的數(shù)據(jù)文件，以LOD≥3,Kosambi作圖函數(shù)進(jìn)行連鎖分析1.2.4年春梢各枝體節(jié)角度測(cè)量造林第3年的年抽梢次數(shù)：林木一年中的抽梢次數(shù)。造林第3年的春梢分枝平均角度：測(cè)量3個(gè)春梢分枝的角度，取均值。造林第3年的平均針葉長(zhǎng)：在春梢中，距枝條基部20cm處隨機(jī)取5個(gè)針葉束，測(cè)量長(zhǎng)度，取均值。1.2.5qtl分析采用作圖軟件MapQTL?4.0進(jìn)行各性狀QTL定位1.2.6火炬松基因組的標(biāo)記和標(biāo)記圖譜中的SSR標(biāo)記與NCBI數(shù)據(jù)庫中（/genome/11027）火炬松基因組已有的標(biāo)記對(duì)比，確定其所在的染色體。2結(jié)果與分析2.1ssr引物篩選以群體中數(shù)量性狀極端表型各8個(gè)單株，對(duì)245對(duì)SSR引物進(jìn)行篩選。擴(kuò)增結(jié)果表明，有29對(duì)引物擴(kuò)增片段清晰，具有多態(tài)性，多態(tài)性比例為11.84%。2.2大重組率的分子用29對(duì)多態(tài)性引物對(duì)群體進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到母本35個(gè)多態(tài)性標(biāo)記，父本41個(gè)多態(tài)性標(biāo)記。采用JoinMap?3.0軟件構(gòu)建遺傳圖譜，在排除缺失數(shù)據(jù)的單株，最小LOD值為3.0，最大重組率(Recombinationvalue)為0.40，得到父本6個(gè)連鎖群，母本5個(gè)連鎖群，但有父本22個(gè)標(biāo)記及母本23個(gè)標(biāo)記沒有定位到任何連鎖群上。所構(gòu)建的火炬松母本遺傳圖譜共包含19個(gè)SSR標(biāo)記，總長(zhǎng)度293.9cM，標(biāo)記間距范圍為3.7～47.9cM，標(biāo)記平均間距15.5cM，最短的連鎖群僅有2個(gè)標(biāo)記（圖1）。加勒比松父本遺傳圖譜包含18個(gè)SSR標(biāo)記，總長(zhǎng)度245.5cM，標(biāo)記間距范圍為6.8～49.8cM，標(biāo)記平均間距13.6cM，最短的連鎖群僅構(gòu)建僅有2個(gè)標(biāo)記，遺傳距離為19.7cM（圖2）。2.3群體pt1和間作的檢驗(yàn)在Kruskal–Wallis檢驗(yàn)和區(qū)間作圖中，顯著水平都高于0.05的年抽梢次數(shù)QTL位點(diǎn)只有1個(gè)，分布在連鎖群體PT1中（表1）。在平均分枝角度與分子標(biāo)記的連鎖中，Kruskal–Wallis檢驗(yàn)和區(qū)間作圖中顯著水平都高于0.05的QTL位點(diǎn)也只有1個(gè)，位于連鎖群體PT4中（表2）。在分子標(biāo)記與平均針葉長(zhǎng)度QTL的連鎖中，檢測(cè)到Kruskal–Wallis檢驗(yàn)和區(qū)間作圖中顯著水平都高于0.05的QTL位點(diǎn)有2個(gè)，分布在連鎖群體PC3和PC6中。2.4火炬松基因組標(biāo)記結(jié)果利用單標(biāo)記做圖法和區(qū)間作圖法共檢測(cè)到4個(gè)與生長(zhǎng)形質(zhì)性狀相關(guān)的QTLs。其中，2個(gè)位于母本火炬松T1遺傳圖譜連鎖群上，2個(gè)位于父本加勒比松C1遺傳圖譜連鎖群上（表4）。圖譜中的SSR標(biāo)記與NCBI數(shù)據(jù)庫中（/genome/11027）火炬松基因組已有的標(biāo)記對(duì)比，確定其所在的染色體。年抽梢次數(shù)L：檢測(cè)到1個(gè)QTL，定位在母本的PT1連鎖群上，位于染色體LG4，標(biāo)記PtTX3116-2～PtTX3117之間，解釋表型變異的12.7%。平均分枝角度AVBRA：檢測(cè)到1個(gè)QTL，定位在母本的PT4連鎖群上，位于染色體LG4，標(biāo)記PtTX4147-3～PtTX3021之間，解釋表型變異的8.6%。平均針葉長(zhǎng)AVPNL：檢測(cè)到2個(gè)QTL，其中一個(gè)定位在父本PC3連鎖群上，標(biāo)記PtTX2034～PtTX3024之間，解釋表型的10.9%。另一個(gè)定位于父本PC6連鎖群上，標(biāo)記PtTX4092～PtTX3052之間，解釋表型的13.6%。3遺傳圖譜定位的標(biāo)記分子標(biāo)記檢測(cè)效率的差異，可能與標(biāo)記類型有關(guān)，也與分析軟件有關(guān)。在一些研究報(bào)道中，SSR標(biāo)記是比較適宜開展松樹QTL定位的標(biāo)記數(shù)量的多少、標(biāo)記在圖譜上定位的準(zhǔn)確性以及標(biāo)記在圖譜上分布的均勻程度等都會(huì)影響遺傳圖譜的應(yīng)用雖然本研究圖譜的遺傳標(biāo)記較少，但是依