生物信息學課件 3、數(shù)據(jù)庫2

核酸、蛋白質(zhì)在線數(shù)據(jù)庫資源俞海

Biological

Databases一．核酸序列數(shù)據(jù)庫二．蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫三．結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫四．基因組數(shù)據(jù)庫二.蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫SWISS-PROT蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.htmlPIR蛋白質(zhì)序列信息資源庫/PROSITE蛋白特征序列字典/prosite/UniprotEuropeanBioinformaticsInstitute(EBI)SwissInstituteofBioinformatics(SIB)ProteinInformationResource(PIR)TheUniversalProteinResource/UniProt是將3個蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（即PIR、SWISS-PROT和TrEMBL）統(tǒng)一起來的一個蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)倉庫。其包含3個部分：UniprotUniProtKnowledgebase（UniProtKB），這是蛋白質(zhì)序列、功能、分類、交叉引用等信息存取中心；UniProtNon-redundantReference（UniRef）數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫將密切相關(guān)的蛋白質(zhì)序列組合到一條記錄中，以便提高搜索速度；UniProtArchive（UniParc），是一個資源庫，記錄所有蛋白質(zhì)序列的歷史。UniProtKB(UniProt

Knowledgebase)1.

UniProtKB/Swiss-Prot（原Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫）?有詳細注釋的序列，數(shù)據(jù)來源于實驗?與40個數(shù)據(jù)庫相互參照（cross-reference）2.

UniProtKB/TrEMBL（原TrEMBL數(shù)據(jù)庫）?提交到EMBL

核苷酸數(shù)據(jù)庫中所有CDS

的氨基酸序列?數(shù)據(jù)來源于自動翻譯（非實驗）Q2WCN3Search

for:

Q2WCN3PROSITE(Motif/Pattern

Recognition)PROSITE

is

a

database

of

protein

families

and

domains.收集了生物學上有顯著意義的蛋白質(zhì)功能位點和序列模式，據(jù)此可快速可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質(zhì)序列所屬蛋白質(zhì)家族。當某個蛋白質(zhì)與已知功能蛋白質(zhì)的整體序列相似性很低，但由于功能

的需要保留了與功能密切相關(guān)的序列模式，可通過PROSITE搜索找到

隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。序列模式：酶的催化位點、配體結(jié)合位點、與金屬離子結(jié)合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質(zhì)結(jié)合的區(qū)域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構(gòu)建的profile，能

更敏感地發(fā)現(xiàn)序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相

關(guān)檢索服務(wù)。一部宏大的motif字典PROSITEBiological

Databases一．核酸序列數(shù)據(jù)庫二．蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫三．結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫四．基因組數(shù)據(jù)庫三.結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)倉庫（Protein

Data

Bank）/SCOP蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫（Structuralclassificationofproteins）http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/PDBThePDBarchivecontainsinformationaboutexperimentally-determined

structures

ofproteins,nucleicacids,andcomplexassemblies.TheRCSBPDBalsoprovidesavarietyoftoolsandresources.Userscanperformsimpleandadvancedsearchesbasedonannotationsrelatingtosequence,structureandfunction.Thesemoleculesarevisualized,downloaded,andanalyzedbyuserswhorangefromstudentstospecializedscientists.PDB/Case

Studysearch

for:

3ggqBiological

Databases一．核酸序列數(shù)據(jù)庫二．蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫三．結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫四．基因組數(shù)據(jù)庫四、基因組數(shù)據(jù)庫基因本體數(shù)據(jù)庫（GeneOntology,GO）目的：建立基因及其產(chǎn)物知識的標準詞匯體系，涵蓋了基因的細胞組分、分子功能和生物學過程。收錄了國際上主要的動物、植物和微生物基因組數(shù)據(jù)庫。Other

DatabasesPubMedA

service

of

the

National

Library

of

Medicinethat

provides

access

to

over

more

than

20million

citations

for

biomedical

literaturefrom

MEDLINE,

life

science

journals,

andonline

books.

Citations

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PubMed

Central

andpublisher

websitesPubmed/pubmed/高級搜索連接詞AND,

OR,

NOT必須大寫。從左到右進

行布爾運算rice

AND

enzymerice

AND

enzyme

NOT

kinaseretrotransposon

OR

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resistance”disease

resistance

=

disease

AND

resistance“*”放在單詞后使檢索范圍擴大，但專一性降低Pubmed檢索規(guī)則與語法For

example:search

forHEV（hepatitisEvirus）WebofKnowledgehttp:///中國知網(wǎng)http:///上機操作訪問UniProt網(wǎng)站在Knowledgebase數(shù)據(jù)庫中搜索HPVL1（記錄數(shù)）在uniParc中搜索HPVL1在uniRef中搜索HPVL1在UniParc中搜索P03101訪問ProSite網(wǎng)站搜索zincfingerScanProsite:MSTQDERQINTEYAVSLLEQLKLFYEQQLFTDIVLIVEGTEFPCHKMVLATCSSYFRAMFMSGLSESKQTHVHLRNVDAATLQIIITYAYTGNLAMNDSTVEQLYETACFLQVEDVLQRCREYLIKKINAENCVRLLSFADLFSCEELKQSAKRMVEHKFTAVYHQDAFMQLSHDLLIDILSSDNLNVEKEETVREAAMLWLEYNTESRSQYLSSVLSQIRIDALSEVTQRAWFQGLPPNDKSVVVQGLYKSMPKFFKPRLGMTKEEMMIFIEASSENPCSLYSSVCYSPQAEKVYKLCSPPADLHKVGTVVTPDNDIYIAGGQVPLKNTKTNHSKTSKLQTAFRTVNCFYWFDAQQNTWFPKTPMLFVRIKPSLVCCEGYIYAIGGDSVGGELNRRTVERYDTEKDEWTMVSPLPCAWQWSAAVVVHDCIYVMTLNLMYCYFPRSDSWVEMAMRQTSRSFASAAAFGDKIFYIGGLHIATNSGIRLPSGTVDGSSVTVEIYDVNKNEWKMAANIPAKRYSDPCVRAVVISNSLCVFMRETHLNERAKYVTYQYDLELDRWSLRQHISERVLWDLGRDFRCTVGKLYPSCLEESPWKPPTYLFSTDGTEEFELDGEMVALPPV上機操作打開基因本體數(shù)據(jù)庫頁面搜索基因growfactor搜索術(shù)語MAPK訪問PubMed數(shù)據(jù)庫，搜索戊肝相關(guān)文獻訪問ISI數(shù)據(jù)庫，搜索戊肝相關(guān)文獻訪問cnki數(shù)據(jù)庫，搜索戊肝相關(guān)文獻Homework訪問UniProt網(wǎng)站，搜索你感興趣的一個蛋白質(zhì)，比較UniProtKB、