標(biāo)準(zhǔn)解讀
《LY/T 3191-2020 林木DNA條形碼構(gòu)建技術(shù)規(guī)程》是由國家林業(yè)和草原局提出并歸口的一項(xiàng)標(biāo)準(zhǔn),旨在規(guī)范林木DNA條形碼的構(gòu)建過程。該標(biāo)準(zhǔn)詳細(xì)規(guī)定了從樣本采集到數(shù)據(jù)處理的一系列步驟和技術(shù)要求,適用于森林資源調(diào)查、林木種質(zhì)資源保護(hù)與利用等領(lǐng)域中的物種鑒定工作。
在樣本采集方面,標(biāo)準(zhǔn)強(qiáng)調(diào)了選取具有代表性的個(gè)體進(jìn)行采樣,并對(duì)不同類型的植物材料(如葉片、果實(shí)等)提出了具體的保存方法,以保證后續(xù)實(shí)驗(yàn)中DNA的質(zhì)量。對(duì)于DNA提取,則推薦使用高效且適合多種植物材料的方法,并對(duì)試劑的選擇、操作流程進(jìn)行了指導(dǎo),確保能夠獲得足夠純度和濃度的DNA用于分析。
PCR擴(kuò)增是構(gòu)建DNA條形碼的關(guān)鍵步驟之一。本標(biāo)準(zhǔn)列出了幾個(gè)常用的基因片段作為候選條形碼區(qū)域,并針對(duì)每個(gè)區(qū)域給出了相應(yīng)的引物序列;同時(shí),也提供了關(guān)于反應(yīng)體系優(yōu)化、退火溫度設(shè)置等方面的建議,以提高擴(kuò)增效率和特異性。
測序完成后,需要將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為可比對(duì)的標(biāo)準(zhǔn)格式?!禠Y/T 3191-2020》介紹了如何去除低質(zhì)量讀段、拼接contig等基礎(chǔ)生物信息學(xué)處理手段,并指出應(yīng)利用公共數(shù)據(jù)庫或自建參考庫來比對(duì)未知樣本的序列,從而實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確分類。此外,還特別提到了建立和完善本地化林木DNA條形碼數(shù)據(jù)庫的重要性,這對(duì)于促進(jìn)國內(nèi)相關(guān)研究領(lǐng)域的發(fā)展具有重要意義。
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....
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- 現(xiàn)行
- 正在執(zhí)行有效
- 2020-03-30 頒布
- 2020-10-01 實(shí)施
文檔簡介
ICS65020
B60.
中華人民共和國林業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)
LY/T3191—2020
林木DNA條形碼構(gòu)建技術(shù)規(guī)程
TechnicalregulationsofDNAbarcodesinwoodyspecies
2020-03-30發(fā)布2020-10-01實(shí)施
國家林業(yè)和草原局發(fā)布
LY/T3191—2020
前言
本標(biāo)準(zhǔn)按照給出的規(guī)則起草
GB/T1.1—2009。
本標(biāo)準(zhǔn)由國家林業(yè)和草原局提出
。
本標(biāo)準(zhǔn)由全國林木種子標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)歸口
(SAC/TC115)。
本標(biāo)準(zhǔn)起草單位中國林業(yè)科學(xué)研究院熱帶林業(yè)研究所湖南省林業(yè)科學(xué)院中國科學(xué)院華南植物
:、、
園中國科學(xué)院植物研究所江西農(nóng)業(yè)大學(xué)林學(xué)院
、、。
本標(biāo)準(zhǔn)主要起草人裴男才梁軍生陳步峰葛學(xué)軍米湘成劉娟
:、、、、、。
Ⅰ
LY/T3191—2020
林木DNA條形碼構(gòu)建技術(shù)規(guī)程
1范圍
本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了林木條形碼構(gòu)建中樣本采集策略核心條形碼片段選取標(biāo)準(zhǔn)提取
DNA、DNA、DNA
技術(shù)和保存序列測定和編輯方法系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系構(gòu)建等技術(shù)要求
、、。
本標(biāo)準(zhǔn)適用于林木條形碼的構(gòu)建
DNA。
2規(guī)范性引用文件
下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的凡是注日期的引用文件僅注日期的版本適用于本文
。,
件凡是不注日期的引用文件其最新版本包括所有的修改單適用于本文件
。,()。
本文件無規(guī)范性引用文件
。
3術(shù)語和定義
下列術(shù)語和定義適用于本文件
。
31
.
DNA條形碼DNAbarcodes
從線粒體葉綠體或核基因組區(qū)域中篩選的一段短的通用的序列以期對(duì)現(xiàn)存生物在物種水
、DNA,
平上進(jìn)行快速而準(zhǔn)確的識(shí)別和鑒定
。
32
.
引物primer
一小段單鏈或作為復(fù)制的起始點(diǎn)在核酸合成反應(yīng)時(shí)作為每個(gè)多核苷酸鏈進(jìn)
DNARNA,DNA,,
行延伸的出發(fā)點(diǎn)而起作用的多核苷酸鏈
。
33
.
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)polymerasechainreactionPCR
;
一種體外酶促合成特異片段的方法由高溫變性低溫退火及適溫延伸等幾步反應(yīng)組成一個(gè)
DNA,、
周期循環(huán)進(jìn)行使目的得以迅速擴(kuò)增具有特異性強(qiáng)靈敏度高操作簡便省時(shí)等特點(diǎn)
,,DNA,、、。
34
.
DNA序列DNAsequence
多核苷酸鏈中的核苷酸的排列順序可能的字母只有和分別代表組成的四種核
。A、C、GT,DNA
苷酸腺嘌呤胞嘧啶鳥嘌呤胸腺嘧啶無間隔地排列在一起例如序列
———、、、,,AAAGTCTGAC。
35
.
DNA測序DNAsequencingtechnology
對(duì)分子的核苷酸排列順序的測定也就是測定組成分子的的排列順序
DNA,DNAA、T、G、C。
36
.
系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系phylogeny
生物有機(jī)體隨著時(shí)間變
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