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文檔簡介
一、名詞:轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座元件中的一種,具有完整轉(zhuǎn)座元件的功能特征并能攜帶內(nèi)外源基因組片段(單基因或多基因)。在基因組內(nèi)移動或在生命體之間傳播并可表達出新的表型。p53因編碼一種分子質(zhì)量為53kDa的蛋白質(zhì)而得名,是一種抗癌基因。其表達產(chǎn)物為基因調(diào)節(jié)蛋白(P53蛋白),當DNA受到損傷時表達產(chǎn)物急劇增加,可抑制細胞周期進一步運轉(zhuǎn)。一旦p53基因發(fā)生突變,P53蛋白失活,細胞分裂失去節(jié)制,發(fā)生癌變,人類癌癥中約有一半是由于該基因發(fā)生突變失活。miRNAMicroRNAs(miRNAs)是在真核生物中發(fā)現(xiàn)的一類內(nèi)源性的具有調(diào)控功能的非編碼RNA,其大小長約20~25個核苷酸。成熟的miRNAs是由較長的初級轉(zhuǎn)錄物經(jīng)過一系列核酸酶的剪切加工而產(chǎn)生的,隨后組裝進RNA誘導的沉默復合體,通過堿基互補配對的方式識別靶mRNA,并根據(jù)互補程度的不同指導沉默復合體降解靶mRNA或者阻遏靶mRNA的翻譯。CpG島海灘基因組中長度為300~3000bp的富含CpG二核苷酸的一些區(qū)域,主要存在于基因的5′區(qū)域。啟動子區(qū)中CpG島的未甲基化狀態(tài)是基因轉(zhuǎn)錄所必需的,而CpG序列中的C的甲基化可導致基因轉(zhuǎn)錄被抑制。系統(tǒng)生物學以整體性研究為特征的一種大科學,是在細胞、組織、器官和生物體整體水平研究結(jié)構(gòu)和功能各異的各種分子及其相互作用,并通過計算生物學來定量描述和預測生物功能、表型和行為。基因組基因組,Genome,一般的定義是單倍體細胞中的全套染色體為一個基因組,或是單倍體細胞中的全部基因為一個基因組??墒腔蚪M測序的結(jié)果發(fā)現(xiàn)基因編碼序列只占整個基因組序列的很小一部分。因此,基因組應該指單倍體細胞中包括編碼序列和非編碼序列在內(nèi)的全部DNA分子。RealtimePCR(實時定量PCR)實時定量PCR技術(shù),是指在PCR反應體系中加入熒光基團,利用熒光信號積累實時監(jiān)測整個PCR進程,使每一個循環(huán)變得“可見”,最后通過Ct值和標準曲線對樣品中的DNA(orcDNA)的起始濃度進行定量的方法。ThresholdCycle(Ct)PCR擴增過程中,擴增產(chǎn)物熒光信號超過基線值(進入指數(shù)增長期)時的循環(huán)數(shù)。同尾酶即能切割產(chǎn)生相同末端的限制性內(nèi)切酶,一般是指能產(chǎn)生相同粘性末端的限制酶。同尾酶之間的識別序列可以相同也可以不同,但基因工程中識別序列不同的同尾酶的應用性最大。DDRPRNA聚合酶(RNApol)也稱轉(zhuǎn)錄酶(transcriptase),全稱依賴DNA的RNA聚合酶(DDRP)。調(diào)節(jié)基因調(diào)節(jié)基因是參與其他基因表達調(diào)控的RNA或蛋白質(zhì)的編碼基因。調(diào)節(jié)基因編碼的調(diào)節(jié)物質(zhì)通過與DNA上的特定位點結(jié)合控制轉(zhuǎn)錄是調(diào)控的關鍵。組成型表達速率不受環(huán)境變化或代謝狀態(tài)影響的基因表達方式稱組成型表達。遺傳密碼擺動性tRNA上的反密碼子與mRNA上的密碼子配對時,密碼子的第一位、第二位堿基配對是嚴格的,第三位堿基可以有一定變動,并不嚴格遵循配對原則,這種現(xiàn)象稱為密碼的擺動性。Nucleosome構(gòu)成真核染色質(zhì)的一種重復珠狀結(jié)構(gòu),是由大約200bp的DNA區(qū)段和多個組蛋白組成的大分子復合體。其中大約146bp的DNA區(qū)段與八聚體(H2A、H2B、H3和H4各兩分子)的組蛋白組成核小體的核心顆粒,核心顆粒間通過一個組蛋白H1的連接區(qū)DNA彼此相連。chromatinremodeling染色質(zhì)重組裝:是指染色質(zhì)或核小體的結(jié)構(gòu)、成分變化,這些變化具有轉(zhuǎn)錄調(diào)控等作用。表觀遺傳表觀遺傳(Epigenetic),是指在基因組中除了DNA和RNA序列之外,還有其他調(diào)控基因信息的方法,這些方法并不會改變基因的序列,而是通過修飾基因、控制基因、蛋白質(zhì)的功能和特性等;更能通過細胞周期及增值周期去影響基因變化的現(xiàn)象。Kozaksequence存在于真核生物mRNA的一段序列,其在翻譯的起始中有重要作用。核糖體能夠識別mRNA上的這段序列,并把它作為翻譯起始位點。真核生物基因中起始密碼子上下游的最佳序列為,-3位為嘌呤堿基;+4位為G,起始密碼子AUG中的A處于+1位。A/GCCAUGG被稱為kozak序列或掃描序列。Splicingandeditingcaspasecaspase是一組存在于細胞質(zhì)中具有類似結(jié)構(gòu)的蛋白酶。它們的活性位點均包含半胱氨酸殘基,能夠特異性的切割靶蛋白天冬氨酸殘基后的肽鍵。caspase負責選擇性的切割某些蛋白質(zhì),從而造成細胞凋亡??梢榔浼せ罘绞胶驮诘蛲鲋凶饔貌煌瑒澐譃槠鹗济负托?。效應酶只能被起始caspase激活,然后切割細胞內(nèi)的蛋白質(zhì)底物。凋亡可以通過不同的因素介導而起始,但大多通過caspase級聯(lián)反應進行信號轉(zhuǎn)導,使凋亡最終得以實施。由此,caspase被稱為凋亡的核心。CdkCdk指的是周期蛋白依賴性蛋白激酶,是一組絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶,和周期蛋白cyclin協(xié)同作用,是細胞周期調(diào)控中的重要因子。CDK可以和cyclin結(jié)合形成異二聚體,其中CDK為催化亞基,cyclin為調(diào)節(jié)亞基,不同的cyclin-CDK復合物,實現(xiàn)對細胞周期不同時相的推進和轉(zhuǎn)化作用APC/Ccomplexubiquitin泛素(Ubiquitin)由76個氨基酸組成,是一種存在于大多數(shù)真核細胞中的小蛋白。它的主要功能是標記需要分解掉的蛋白質(zhì),使其被水解。Proteasome蛋白酶體(proteasomes)是一種巨型蛋白質(zhì)復合物,在真核生物中,蛋白酶體位于細胞核和細胞質(zhì)中。其主要作用是降解細胞不需要的或受到損傷的蛋白質(zhì)。蛋白酶體是細胞用來調(diào)控特定蛋白質(zhì)和除去錯誤折疊蛋白質(zhì)的主要機制。模式生物(modelorganism)模式生物是指受到廣泛研究,對其生物現(xiàn)象有深入了解的物種。根據(jù)從這些物種所得的科學研究結(jié)果,可以歸納出一些涵蓋許多生物的模型,并應用在各領域的研究。目前應用廣泛的模式生物包括噬菌體、大腸桿菌、線蟲、果蠅、斑馬魚等。條件基因打靶(conditionalgenetargeting)一種位點特異的基因重組技術(shù),將帶有可調(diào)控序列的外源基因替代受體細胞基因組中與該外源基因有同源序列的基因,從而可通過外界因素人工調(diào)節(jié)該目的基因的表達。癌基因原癌基因是未激活的細胞癌基因,它在人體正常細胞中存在,基因序列高度保守,被激活后,形成癌性的細胞轉(zhuǎn)化基因。原癌基因的作用通過產(chǎn)物蛋白來體現(xiàn):調(diào)控細胞生長和分化。抑癌基因抑癌基因是一類可抑制細胞生長并有潛在抑癌作用的基因,當它失活后,可能使癌基因充分發(fā)揮作用而導致癌的發(fā)生發(fā)展。如果要確定某一特定組織或細胞惡性腫瘤的抑癌基因,需滿足以下三個條件:①在癌的相應正常組織中必須有正常的表達;②在惡性腫瘤中。相應基因應有所改變,包括點突變,片斷缺失或表達缺陷;③導入該基因缺陷的惡性腫瘤細胞中將部分或全部抑制惡性表型?;蛲蛔兓蛲蛔兪侵富蚪M中核酸分子堿基排列順序的變異及其所引起的生物表型變化。復制酶復合體(Replicasecomplex,RC)由PA,PB1和PB23個亞基組成的聚合酶復合體是負責病毒基因組RNA復制以及病毒mRNA轉(zhuǎn)錄的關鍵組分,同時由于它的高度保守性、低突變率,成為抗流感病毒藥物設計的重要靶點。其中PB1是病毒RNA聚合酶的催化亞基,負責病毒RNA的復制以及轉(zhuǎn)錄;PB2是負責以一種稱為“Snatch”的方式奪取宿主mRNA的CAP帽子結(jié)構(gòu)用于病毒mRNA轉(zhuǎn)錄。而PA亞基不但參與病毒復制過程,而且還參與病毒RNA轉(zhuǎn)錄、內(nèi)切核酸酶活性、具有蛋白酶活性以及參與病毒粒子組裝等多種病毒活動過程。(病毒)多聚蛋白(polyprotein)(病毒)RNA依賴RNA聚合酶(RNA-dependentRNApolymerase,RdRp)NDM-1(NewDelhimetallo-β-lactamase1)免疫共沉淀用抗體將相應特定分子沉淀的同時,與該分子特異性結(jié)合的其他分子也會被帶著一起沉淀出來的技術(shù)。這種技術(shù)常用于驗證蛋白質(zhì)之間相互特異性結(jié)合。二、問答題:簡述DNA測序技術(shù)的發(fā)展歷程,以及不同測序技術(shù)的原理和特點。DNA測序技術(shù)發(fā)展至今已經(jīng)歷三代。第一代測序技術(shù):第一代DNA測序技術(shù)用的是1975年由桑格(Sanger)和考爾森(Coulson)開創(chuàng)的鏈終止法或者是1976-1977年由馬克西姆(Maxam)和吉爾伯特(Gilbert)發(fā)明的化學法(鏈降解)。原理:。特點:成本較高、低通量、測序耗時大。第二代測序技術(shù)即循環(huán)陣列合成測序法。原理:其核心思想是邊合成邊測序,即通過捕捉新合成的末端的標記來確定DNA的序列。一種流行的方法是在sanger等測序方法的基礎上,用不同的熒光或者化學熒光標記四種不同的dNTP,當DNA聚合酶合成互補鏈時,每添加一種dNTP就會釋放出不同的熒光,采用光學采集和處理技術(shù),獲得待測的DNA序列信息。特點:高通量、快速、低成本。第三代瞬時測序新技術(shù)。原理:基于納電子技術(shù)的DNA測序構(gòu)想,即利用核苷酸上不同堿基的電子結(jié)構(gòu)不同。DNA分子是帶電的大分子,在縱向電場的驅(qū)動下,將游動通過納米孔。在此期間,同時測量納米孔里橫向的隧穿電流,不同核苷酸的堿基電子結(jié)構(gòu)不同,由此導致的橫向電學特性也不同,據(jù)此可以判斷出正在通過的是哪一種核苷酸。特點:快速、高效、可靠。簡述腫瘤基因治療的基本策略。取決于腫瘤的類型,概括起來有下列五種:基因置換:用正常的外源基因置換產(chǎn)生疾病的基因,使致病基因得到永久的更正。此為最理想的基因療法?;蛐拚簡位蜻z傳病在多數(shù)情況下是由于基因內(nèi)部單個堿基發(fā)生突變所致,而其他核苷酸序列均正常,因此只要將突變的單個堿基予以更正就能達到基因治療的目的,而不必將整個基因進行置換?;蛐揎棧簩⒛康幕?qū)氩∽兗毎蚱渌毎康幕虻谋磉_產(chǎn)物可以補償病變基因的功能,而病變基因本身并未改變。由于已經(jīng)發(fā)展了許多有效的方法可以將目的基因?qū)胝婧思毎?,并獲得表達,因而是目前較為成熟的方法?;蛞种疲簩胪庠椿蛉ジ蓴_、抑制有害基因的表達。表觀遺傳學方法。簡述轉(zhuǎn)化醫(yī)學研究的流程。轉(zhuǎn)化醫(yī)學(TranslationalMedicine),也稱轉(zhuǎn)化研究(TranslationalResearch,TR)。它是一門新興學科,涵蓋從基礎科學到臨床應用的方方面面,所以有人形象地將轉(zhuǎn)化醫(yī)學稱為“從實驗臺到病床(BenchtoBedside,B2B)”的科學。轉(zhuǎn)化斷層1從實驗室走向臨床,從基礎科研成果轉(zhuǎn)化為有潛力的臨床應用項目。轉(zhuǎn)化斷層2進行安全性和療效評估研究,從有潛力的臨床應用項目到實際臨床驗證工作。轉(zhuǎn)化斷層3臨床推廣和大規(guī)模使用階段,從實際臨床驗證工作到實際臨床應用最后根據(jù)臨床反饋繼續(xù)開展研究,從而提高人民群眾整體健康水平,再根據(jù)實際情況重新回歸各轉(zhuǎn)化階段。簡述基因表達調(diào)控的生物學意義。(一)適應環(huán)境、維持生長和增殖生物體賴以生存的外環(huán)境是在不斷變化的,為了生存,所有活細胞都必須對外環(huán)境變化作出適當反應,調(diào)節(jié)代謝,以適應環(huán)境變化。生物體適應環(huán)境、調(diào)節(jié)代謝的能力與蛋白質(zhì)分子的生物學功能有關。而蛋白質(zhì)的水平又受基因表達的調(diào)控。(二)維持個體發(fā)育與分化 多細胞生物調(diào)節(jié)基因的表達除為適應環(huán)境外,還有維持組織器官分化、個體發(fā)育的功能。 當某種基因缺陷或表達異常時,則會出現(xiàn)相應組織或器官的發(fā)育異常。簡述原核生物基因轉(zhuǎn)錄過程并舉例說明抗生素的原理。RNA合成主要包括四個步驟:RNA聚合酶結(jié)合于DNA上的特定位點;RNA聚合酶全酶與啟動子區(qū)閉合雙鏈DNA結(jié)合形成封閉性啟動子復合物(全酶、模板DNA),再解鏈為二元開放性啟動子復合物。起始;形成三元復合物(全酶、模板DNA、新生RNA),σ因子釋放,RNA合成開始。鏈的延長;形成轉(zhuǎn)錄復合物,RNA鏈隨著轉(zhuǎn)錄泡的移動而得以延長。(4)鏈的終止和釋放。不依賴ρ因子的轉(zhuǎn)錄終止,RNA轉(zhuǎn)錄后,形成特殊的結(jié)構(gòu),以終止轉(zhuǎn)錄;依賴ρ因子的轉(zhuǎn)錄終止,ρ因子解螺旋,使RNA脫落??股刈饔迷恚海?)抑制細胞壁的形成,如青霉素,主要是抑制細胞壁中肽聚糖的合成。多氧霉素(一種效果很好的殺真菌劑)主要作用是抑制真攻細胞壁中幾丁質(zhì)的合成。(2)影響細胞膜的功能,如多粘菌至少與細胞結(jié)合,作用于脂多糖、脂蛋白,因此對革蘭氏陰性菌有較強的殺菌作用,制霉菌素與真菌細胞膜中的類固醇結(jié)合,破壞細胞膜的結(jié)構(gòu)。(3)干擾蛋白質(zhì)的合成,通過抑制蛋白質(zhì)生物合成抑制微生物生長的抗生素較多,如卡那霉素、鏈霉素等。(4)阻礙核酸的合成,主要通過抑制DNA或RNA的合成,抑制微生物的生長,例如利福霉素、博萊霉素等。簡述蛋白質(zhì)合成的自體調(diào)控。有些蛋白質(zhì)還能直接控制自身mRNA的可翻譯性。如釋放因子RF2合成的自體調(diào)控,終止密碼子UGA能被RF2識別而實現(xiàn)翻譯的終止;在缺少RF2時,能通過移框作用連續(xù)翻譯后面315個氨基酸,產(chǎn)生完整的RF2蛋白分子。簡述組蛋白修飾種類、位點及其意義?如何確定某一蛋白質(zhì)具有轉(zhuǎn)錄活性?p53和Rb在細胞周期調(diào)控中的角色及其與腫瘤發(fā)生發(fā)展的關系。野生型P53蛋白在維持細胞正常生長、抑制惡性增殖中起著重要的作用。P53時刻監(jiān)控著細胞染色體DNA的完整性,一旦細胞染色體DNA遭到損害,P53蛋白與基因的DNA相應部位結(jié)合,起特殊轉(zhuǎn)錄因子作用,活化P21基因轉(zhuǎn)錄,使細胞停滯在G1期;抑制解鏈酶活性;并與復制因子A相互作用,參與DNA的復制與修復。如果修復失敗,P53蛋白即啟動程序性死亡過程誘導細胞自殺,阻止有癌變傾向突變的細胞生成,從而防止細胞惡變。當P53基因發(fā)生突變后,由于空間構(gòu)象改變影響到轉(zhuǎn)錄活化功能及P53蛋白的磷酸化過程,這不僅失去野生型P53抑制腫瘤增殖的作用,而且突變本身又使該基因具備癌基因功能。突變的P53蛋白與野生型P53蛋白相結(jié)合,形成的這種寡聚蛋白不能結(jié)合DNA,使得一些癌變基因轉(zhuǎn)錄失控導致腫瘤發(fā)生。Rb作為具有抑癌作用的細胞周期調(diào)控因子,對細胞的周期調(diào)控與P53類似。當細胞染色體受損,則RB抑制促進E2F,使細胞停滯在G1期。而當Rb突變后,對E2F的抑制降低。此時E2F對細胞從G1期到S期的促進作用增強,使得細胞增殖加速,進而誘發(fā)癌變。簡述Cullin類泛素連接酶的組織模式和作用機制。apoptosis和necrosis有哪些異同?新基因功能的研究的主要策略以及相應的主要研究手段?;虼虬屑夹g(shù)的原理、主要策略以及主要流程。酵母雙雜交的原理、主要策略以及應用。酵母雙雜交技術(shù):許多真核生物的轉(zhuǎn)錄激活因子通常具有兩個可獨立存在的結(jié)構(gòu)域,即DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(BD)和轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(AD)。這兩個結(jié)構(gòu)域各具功能,互不影響。但一個完整的能激活特定基因表達的轉(zhuǎn)錄激活因子必須同時含有這兩個結(jié)構(gòu)域。不同來源的激活因子的BD區(qū)與AD結(jié)合在一起可特異地激活被BD結(jié)合的基因表達?;谶@個原理,人們將兩個待測蛋白分別與這兩個結(jié)構(gòu)域建成融合蛋白,并共表達于同一個酵母細胞內(nèi)。如果兩個待測蛋白間能發(fā)生相互作用就會使AD與BD形成完整的轉(zhuǎn)錄激活因子并激活相應的報告基因表達。通過對報告基因表型的測定可以很容易地知道待測蛋白分子間是否發(fā)生了相互作用。轉(zhuǎn)基因小鼠研制的原理、主要流程以及應用。簡述原癌基因的特點。病毒使細胞惡性轉(zhuǎn)化的途徑有哪些?基質(zhì)金屬蛋白酶在腫瘤侵潤和轉(zhuǎn)移過程中的作用?腫瘤的基因診斷和意義?基因診斷是指利用核酸分子雜交、PCR、限制酶酶譜分析等技術(shù)直接探查基因型的改變,腫瘤的基因診斷目前主要集中腫瘤轉(zhuǎn)移標志物、腫瘤抗藥基因、突變的癌基因、腫瘤相關的病毒基因這些方面。意義:可用于腫瘤易感基因的檢測,腫瘤的分類,腫瘤的早期診斷、預后診斷、預后監(jiān)測,并為腫瘤個體化和預見性治療提供依據(jù)。腫瘤的早期診斷和篩選腫瘤療效檢測腫瘤的預后判斷腫瘤微轉(zhuǎn)移檢測請結(jié)合2011年度諾貝爾生理學或醫(yī)學獎的研究工作,簡述TLR受體及其在抗感染天然免疫中的功能。簡述丙型肝炎病毒(HCV)的復制周期以及哪些過程(階段)可以作為抗病毒藥物研究靶標。簡述冠狀病毒(coronavirus)的復制周期以及病毒基因組轉(zhuǎn)錄的特點。復制周期: 1、冠狀病毒粒的刺突與細胞表面上受體結(jié)合。 2、冠狀病毒脫衣殼,將核酸注入細胞體內(nèi)。 3、正鏈RNA為模板,在ORF1a和ORF1b作用下形成病毒復制復合物,復制轉(zhuǎn)錄形成負鏈基因組RNA,又以負鏈RNA為模板,合成正鏈RNA。mRNAs編碼的病毒蛋白N、M、E和S。
S和新合成雙鏈RNA形成RNPs
。RNPs、N、M、E在粗面內(nèi)質(zhì)網(wǎng),高爾基體經(jīng)過一
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