生物醫(yī)藥信息學(xué)課件

生物醫(yī)藥信息學(xué)

BiomedicalInformatics課程主要內(nèi)容緒論（文獻(xiàn)信息檢索基礎(chǔ)）中文醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索英文醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索引文數(shù)據(jù)庫檢索網(wǎng)絡(luò)信息檢索綜合檢索與利用學(xué)習(xí)要求掌握文獻(xiàn)信息檢索的基本原理掌握基本檢索技能熟悉常用的生物醫(yī)藥數(shù)據(jù)庫能夠按照要求進(jìn)行檢索，完成檢索報(bào)告，并對(duì)文獻(xiàn)進(jìn)行初步分析第一章緒論問題什么叫文獻(xiàn)檢索？為什么要進(jìn)行文獻(xiàn)檢索？如何進(jìn)行生物醫(yī)藥文獻(xiàn)檢索？第一節(jié)、基本概念知識(shí)信息文獻(xiàn)信息Information指物質(zhì)存在與運(yùn)動(dòng)的方式與狀態(tài)的表現(xiàn)形式或反映，是現(xiàn)實(shí)世界事物的反映它提供了客觀世界事物的消息、知識(shí)，是事物的普遍屬性一般指數(shù)據(jù)、消息中所包含的意義，它可以使信息中所描述的事件的不肯定性減少Allideas,facts,andimaginativeworksofthemindwhichhavebeencommunicated,recorded,publishedand/ordistributedformallyorinformallyinanyformat.a(1):knowledgeobtainedfrominvestigation,study,orinstruction

(2):intelligence,news(3):facts,data

b:theattributeinherentinandcommunicatedbyoneoftwoormorealternativesequencesorarrangementsofsomething(asnucleotidesinDNAorbinarydigitsinacomputerprogram)thatproducespecificeffectsc(1):asignalorcharacter(asinacommunicationsystemorcomputer)representingdata(2):something(asamessage,experimentaldata,orapicture)whichjustifieschangeinaconstruct(asaplanortheory)thatrepresentsphysicalormentalexperienceoranotherconstructd:aquantitativemeasureofthecontentofinformation;specifically:anumericalquantitythatmeasurestheuncertaintyintheoutcomeofanexperimenttobeperformed信息的基本屬性客觀存在性可知性可傳遞性文獻(xiàn)Literature用一定方式記錄在特定載體上，并能起到存儲(chǔ)和傳播信息和知識(shí)作用的一切載體文獻(xiàn)是記錄有知識(shí)的一切載體內(nèi)容（新/舊；理論/實(shí)踐；概括/具體…）符號(hào)（文字/圖像/視頻…）載體（簡/帛/紙/膠片/磁盤/光盤…）形態(tài)（書/期刊/電子書…）檢索Retrieval利用一定工具或系統(tǒng)，按照特定要求，從存儲(chǔ)的信息集合（數(shù)據(jù)庫）中找出所需信息的過程。廣義的檢索還包括將信息組織成數(shù)據(jù)庫的過程。第二節(jié)、信息資源的類型一、按照載體類型分類印刷型printed縮微型microfilm視聽型audio-video數(shù)字型digital載體紙張膠卷音像磁盤、光盤等用途最傳統(tǒng)圖書館過期文獻(xiàn)歷史、現(xiàn)場(chǎng)資料等越來越廣優(yōu)點(diǎn)便于閱讀節(jié)省空間聲像并茂存儲(chǔ)量大查找便捷缺點(diǎn)占空間需閱讀機(jī)需借助機(jī)器閱讀二、按照出版形態(tài)分類圖書期刊（70%）特種文獻(xiàn)網(wǎng)頁特征掌握某一學(xué)科的基本資料連續(xù)出版周期短非書刊非正式形式教科書參考書專著字典百科全書叢書等雜志Journal學(xué)報(bào)Acta通報(bào)Bulletin綜述Review文摘Abstract索引Index,等①會(huì)議文獻(xiàn)；②科技報(bào)告；③政府出版物；④專利文獻(xiàn)；⑤技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)；⑥產(chǎn)品資料；⑦學(xué)位論文；⑧技術(shù)檔案等國際標(biāo)準(zhǔn)書號(hào)InternationalStandardBookNumber,ISBNISBN7-117-06925-2第一段：代表國家、地區(qū)、語種，如0，1－英，2－法，3－德，4－日，7－中第二段：出版者號(hào),由國家或地區(qū)ISBN中心分配；第三段：書名號(hào)，由出版者按出版順序所給第四段：校驗(yàn)位唯一性、專屬性期刊Periodicals有固定的名稱（刊名）、相對(duì)固定的版式、篇幅和內(nèi)容范圍，按一定的卷期號(hào)或年月順序號(hào)連續(xù)出版每期發(fā)表多個(gè)作者的多篇文章，內(nèi)容不重復(fù)、新穎信息量大，是最重要的信息源最早的期刊(1665)：PhilosophicalTransactionofRoyalSociety19世紀(jì)初葉：約100種19世紀(jì)初葉：約1000種1900年：約5000種1967年：26000種1970年：約50000種會(huì)議文獻(xiàn)(Proceedings)會(huì)議文獻(xiàn)一般是指在學(xué)術(shù)會(huì)議上宣讀的論文或書面發(fā)言。會(huì)議論文集分“會(huì)前”和“會(huì)后”兩大類會(huì)前：（預(yù)印本）ProgramandAbstracts(議程及發(fā)言摘要）會(huì)后：期刊增刊（專輯）(Specialissue)專題論文集（會(huì)議錄）連續(xù)出版物（或作為叢書之一）科技報(bào)告專利(Patent)專利文獻(xiàn)一般是指發(fā)明專利說明書。在實(shí)行專利制度的國家里，發(fā)明者為獲得專利權(quán)，向?qū)ｉT的專利機(jī)構(gòu)遞交的闡述發(fā)明內(nèi)容的法律文件，稱為專利說明書(Specification)科技報(bào)告(TechnicalReport)科技報(bào)告主要是在“二戰(zhàn)”期間迅速發(fā)展起來的一種獨(dú)立的科技文獻(xiàn)類型。著名的科技報(bào)告：AD報(bào)告：ArmedServiceTechnicalInformationAgencyDocumentPB報(bào)告：PublicationBoardNASA報(bào)告：NationalAeronautics&SpaceAdministrationDOE報(bào)告：DepartmentofEnergy學(xué)位論文(Dissertation)學(xué)位論文是指大學(xué)畢業(yè)生或研究生為取得學(xué)位而提出的研究論文它是經(jīng)過一定審查的原始研究成果三、文獻(xiàn)級(jí)別分類一次文獻(xiàn)primary二次文獻(xiàn)secondary三次文獻(xiàn)tertiary零次文獻(xiàn)zeroth來源作者根據(jù)自己的工作和研究成果寫成的文章對(duì)一次文獻(xiàn)進(jìn)行整理，并根據(jù)特征按規(guī)則編排利用二次文獻(xiàn)，就一定主題進(jìn)行選擇、概括和論述形成一次文獻(xiàn)之前的信息；特點(diǎn)原創(chuàng)性供檢索一次文獻(xiàn)用供了解進(jìn)展或預(yù)測(cè)之用未正式發(fā)表、非出版物形式期刊論文、研究報(bào)告、會(huì)議錄、專利說明書、學(xué)位論文等目錄、索引、文摘等綜述、評(píng)論、進(jìn)展；動(dòng)態(tài)、年鑒、專著等手稿、書信、筆記、記錄等二次文獻(xiàn)即檢索工具（第五節(jié)專門介紹）按照加工程度劃分：目錄（包括書名、分類、著者、主題目錄）題錄（包括文獻(xiàn)篇名、著者、刊名、年、卷、期、頁碼、語種等）索引：文獻(xiàn)外部特征+文獻(xiàn)內(nèi)部特征文摘：研究目的、研究方法、數(shù)據(jù)、結(jié)論等檢索工具的結(jié)構(gòu)正文部分：由文獻(xiàn)條目組成的，是一次文獻(xiàn)的題錄或文摘。索引部分：由檢索標(biāo)識(shí)組成，用以幫助檢索者檢索文獻(xiàn)條目，通常有著者索引、主題索引、關(guān)鍵詞索引等。說明部分：使用說明等附錄部分：收錄范圍、主題詞表、引用期刊等。文獻(xiàn)按照內(nèi)容和公開程度分類白色文獻(xiàn)：一切公開出版物（包括網(wǎng)絡(luò)信息資源）灰色文獻(xiàn)：半公開的文獻(xiàn)（如某些特種文獻(xiàn)、實(shí)驗(yàn)記錄等）黑色文獻(xiàn)：保密的文獻(xiàn)四、生物醫(yī)藥文獻(xiàn)的特點(diǎn)數(shù)量龐大，呈知識(shí)爆炸的現(xiàn)象全世界每年出版期刊約15萬種，圖書80萬種，其中生物醫(yī)藥類文獻(xiàn)在數(shù)量上和質(zhì)量上站各學(xué)科之首知識(shí)更新加快，半衰期短縮文獻(xiàn)資源網(wǎng)絡(luò)化，信息傳播速度加快，有取代傳統(tǒng)載體的趨勢(shì)英文材料占主導(dǎo)地位，約占70%文獻(xiàn)信息檢索在科研中的作用 據(jù)估計(jì),科研人員1/3左右的時(shí)間用于文獻(xiàn)檢索科研選題：啟迪思維、避免不必要重復(fù)研究方案制定：了解課題的發(fā)展歷史、現(xiàn)狀、動(dòng)向、別人成功的經(jīng)驗(yàn)、失敗的教訓(xùn)、最大限度地利用別人的成果，在此基礎(chǔ)上開展新的探索研究技術(shù)：查閱最新最有效的研究技術(shù)成果鑒定：判定成果的先進(jìn)性、科學(xué)性和實(shí)用性體現(xiàn)論文的創(chuàng)新性和科學(xué)性第三節(jié)圖書館文獻(xiàn)利用中國圖書館分類法(“中圖法”)是國家推薦統(tǒng)一使用的分類法，被許多檢索工具采用或改編，是我國當(dāng)代具有代表性的圖書分類法，是一個(gè)大型的綜合性的圖書分類法它是根據(jù)文獻(xiàn)各級(jí)類目之間的邏輯關(guān)系（如從屬關(guān)系、并列關(guān)系、相關(guān)關(guān)系、交叉關(guān)系等）編排而成的一個(gè)逐級(jí)展開的排列表由5大基本部類和22個(gè)基本大類、簡表、詳表、通用復(fù)分表組成標(biāo)記符號(hào)采用拉丁字母與阿拉伯?dāng)?shù)字相結(jié)合的混合號(hào)碼制，拉丁字母用來表示大類，其他各級(jí)類目則用阿拉伯?dāng)?shù)字表示國家圖書館原北京圖書館亞洲最大資料中心截止2003年底，館藏文獻(xiàn)已達(dá)2411萬冊(cè)(件)，居世界國家圖書館第五位，并以每年60-70萬冊(cè)（件）的速度增長。

基本部類中圖法5個(gè)基本部類馬克思主義、列寧主義、毛澤東思想哲學(xué)綜合性圖書社會(huì)科學(xué)自然科學(xué)中圖法22個(gè)基本大類（一級(jí)類目）A、馬克思主義、列寧主義、毛澤東思想B、哲學(xué)C、社會(huì)科學(xué)總論D、政治、法律E、軍事F、經(jīng)濟(jì)G、文化科學(xué)、教育、體育H、語言I、文學(xué)基本大類中圖法22個(gè)基本大類（一級(jí)類目）J、藝術(shù)K、歷史、地理N、自然科學(xué)總論O、數(shù)學(xué)科學(xué)和化學(xué)P、天文學(xué)Q、生物科學(xué)R、醫(yī)藥、衛(wèi)生S、農(nóng)業(yè)科學(xué)基本大類中圖法22個(gè)基本大類（一級(jí)類目）T、工業(yè)技術(shù)U、交通運(yùn)輸V、航空、航天X、環(huán)境科學(xué)

Z、綜合性圖書基本大類R醫(yī)藥、衛(wèi)生R1預(yù)防醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生學(xué)R2中國醫(yī)學(xué)R3基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)R4臨床醫(yī)學(xué)R5內(nèi)科學(xué)R6外科學(xué)R65外科學(xué)各論R655胸部外科學(xué)R655.1胸壁R655.2胸膜R656腹部外科學(xué)R656.1急腹癥R656.2腹部疝R656.3腹壁R656.31腹壁炎癥R656.32腹壁損傷R71婦產(chǎn)科學(xué) R72兒科學(xué)R73腫瘤學(xué)R74神經(jīng)病與精神病學(xué)R75皮膚病學(xué)與性病學(xué) R76耳鼻咽喉科學(xué)R77眼科學(xué)

R78口腔科學(xué)R79外國民族醫(yī)學(xué)8特種醫(yī)學(xué)9藥學(xué)R9藥學(xué)R91藥物基礎(chǔ)科學(xué)R92藥典、藥方集（處方集）R93生藥學(xué)（天然藥物化學(xué)）R917藥物分析R94藥劑學(xué)R95藥事管理R96藥理學(xué)R97藥品R99毒物學(xué)（毒理學(xué)）復(fù)分號(hào)為了區(qū)別于一般圖書，對(duì)教材、工具書等，在其分類號(hào)后加復(fù)分號(hào)，如R245-61（針灸辭典），R711-43（婦科學(xué)教材）。對(duì)于臨床各科（R5-R8），有專門復(fù)分表：01預(yù)防、控制和衛(wèi)生 02病理學(xué)、病因?qū)W03微生物學(xué)、免疫學(xué) 04診斷學(xué)05治療學(xué) 06并發(fā)癥07預(yù)后 08診療器械、用具09康復(fù)例：R511.3-05天花治療學(xué)復(fù)分號(hào)舉例41教學(xué)計(jì)劃、教學(xué)大綱、課程42教學(xué)法、教學(xué)參考書43教材44習(xí)題、試題及解答45教學(xué)實(shí)驗(yàn)、實(shí)習(xí)49普及讀物5叢書、文集、連續(xù)出版物51叢書、文庫52全集、選集53論文集532會(huì)議錄533學(xué)位論文、畢業(yè)論文54年鑒、年刊55連續(xù)性出版物56政府出版物6參考工具書61名詞、術(shù)語、詞典、百科全書62手冊(cè)、名錄、指南、一覽表、年表63產(chǎn)品目錄、產(chǎn)品樣本、產(chǎn)品說明書64表解、圖解、圖冊(cè)、數(shù)據(jù)、公式、地圖65條例、規(guī)程、標(biāo)準(zhǔn)66統(tǒng)計(jì)資料67參考資料第四節(jié)文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)一、檢索語言又稱檢索標(biāo)識(shí)，是根據(jù)文獻(xiàn)檢索需要?jiǎng)?chuàng)造的一種人工語言。用于描述信息的內(nèi)部或外部特征的語言用于表達(dá)用戶信息提問的專門語言是人與信息系統(tǒng)對(duì)話的媒介。自然語言檢索標(biāo)識(shí)：如主題詞規(guī)范語言檢索標(biāo)識(shí)：如各種代碼

檢索語言分類分類語言主題語言檢索語言描述文獻(xiàn)外表特征的語言題名（書名、篇名）著者姓名號(hào)碼（序列號(hào)、專利號(hào)）引文索引描述文獻(xiàn)內(nèi)容特征的語言關(guān)鍵詞標(biāo)題詞敘詞二、文獻(xiàn)信息數(shù)據(jù)庫的檢索途徑外部特征篇名途徑著者途徑序號(hào)途徑內(nèi)部特征關(guān)鍵詞途徑自由詞途徑主題詞途徑分類途徑引文途徑...著者途徑用文獻(xiàn)的著者、編者、譯者的姓名或機(jī)構(gòu)團(tuán)體名稱編制而成的索引按著者姓名字順編排姓在前，名在后Smith,L.XuQY分類途徑按照文獻(xiàn)的內(nèi)容在分類體系中的位置作為文獻(xiàn)信息檢索的途徑。它的檢索標(biāo)志是給定的分類號(hào)碼國外有：《國際十進(jìn)分類法》《杜威法，DDC》關(guān)鍵詞途徑是以題目、文摘和正文中出現(xiàn)的具有實(shí)質(zhì)意義的詞語作為檢索標(biāo)識(shí)，利用關(guān)鍵詞索引查找文獻(xiàn)的途徑如：程序性細(xì)胞死亡；細(xì)胞凋亡；細(xì)胞凋零主題詞途徑是以主題詞為檢索標(biāo)識(shí)，利用主題索引查找文獻(xiàn)的途徑主題詞：經(jīng)過主題詞表規(guī)范化的詞《醫(yī)學(xué)主題詞表》MeSH副主題詞：對(duì)主題詞進(jìn)行限定的規(guī)范化的詞主題詞-副主題詞組配在一起使用其他途徑引文檢索（Reference,Citation）機(jī)構(gòu)檢索（Affiliation）刊名檢索（Journal）默認(rèn)檢索（default）第五節(jié)文獻(xiàn)檢索工具與檢索步驟一、檢索工具的概念與作用定義：將所收錄的文獻(xiàn)按一定的規(guī)則編制而成的具有存貯、檢索和報(bào)道文獻(xiàn)線索功能的工具。功能：存貯功能檢索功能報(bào)道功能編制檢索工具的基本過程：原始文獻(xiàn)描述文獻(xiàn)款目（題錄、文摘）標(biāo)引檢索標(biāo)識(shí)（著者姓名、主題詞、關(guān)鍵詞、分類號(hào)等）排序檢索工具作用：（1）對(duì)所收錄文獻(xiàn)的各種特征給予必要的描述，以形成各種文獻(xiàn)款目;（2）對(duì)每條款目進(jìn)行標(biāo)引，形成檢索標(biāo)識(shí)，以作為排序與檢出的依據(jù);（3）將全部款目有序化組織成為一個(gè)有機(jī)整體，使之易于存?。ㄅ判颍?（4）編制與提供多種檢索手段，以便從各個(gè)角度查檢文獻(xiàn)（檢索）。特點(diǎn)收錄文獻(xiàn)的有限性報(bào)道文獻(xiàn)的時(shí)滯性文獻(xiàn)標(biāo)引深度的有限性二、檢索工具的種類1)按著錄形式分為：（1）題錄式（2）文摘式（3）全文式1）題錄型檢索工具這種類型的文獻(xiàn)款目只記錄或描述文獻(xiàn)的外部特征。通常有文獻(xiàn)名稱、著者姓名、來源出處等。題錄型檢索工具在名稱中常出現(xiàn)“目錄”（catalogue）、“索引”（index)等字樣。如：《中文科技資料目錄》、美國《醫(yī)學(xué)索引》文摘是在題錄的基礎(chǔ)上再加文獻(xiàn)的內(nèi)容摘要構(gòu)成的文獻(xiàn)款目。文摘型檢索工具在名稱中常有“文摘”、“abstract”、“digest”、“excerpta”等字樣。如《生物學(xué)文摘》、《化學(xué)文摘》、《中國生物醫(yī)學(xué)文摘數(shù)據(jù)庫》等2）文摘型檢索工具3）全文型檢索工具是指計(jì)算機(jī)檢索系統(tǒng)中全文數(shù)據(jù)庫。如《中國學(xué)術(shù)期刊全文數(shù)據(jù)庫》、萬方全文數(shù)據(jù)庫、重慶維普全文數(shù)據(jù)庫、ovid全文數(shù)據(jù)庫等按載體和出版形式分：（1）書本式（2）卡片式（3）機(jī)讀式按文獻(xiàn)收錄范圍分綜合性檢索工具：如《科學(xué)引文索引》、《全國報(bào)刊索引》等專業(yè)性檢索工具：《化學(xué)文摘》和《生物學(xué)文摘》等專題性檢索工具：如《中藥炮制研究文獻(xiàn)目錄》單一性檢索工具：只收錄某一特定類型的文獻(xiàn)，如《專利文獻(xiàn)通報(bào)》、《醫(yī)藥衛(wèi)生》三、文獻(xiàn)檢索基本方法與步驟原始文獻(xiàn)主題概念文獻(xiàn)特征標(biāo)識(shí)檢索課題主題概念檢索提問標(biāo)識(shí)檢索結(jié)果檢索工具文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)提問標(biāo)識(shí)標(biāo)識(shí)比較存貯過程檢索過程分析標(biāo)引存貯分析轉(zhuǎn)換檢索（1）常用法a順查法b倒查法c抽查法（2）追溯法（3）分段法1.查全率與查準(zhǔn)率的概念查全率是指系統(tǒng)在進(jìn)行某一檢索時(shí)，檢出的相關(guān)文獻(xiàn)量與系統(tǒng)文獻(xiàn)庫中相關(guān)文獻(xiàn)總量的比率，它反映該系統(tǒng)文獻(xiàn)庫中實(shí)有的相關(guān)文獻(xiàn)量在多大程度上被檢索出來。查全率R＝×100%漏檢率O＝×

100%四、文獻(xiàn)檢索效果評(píng)價(jià)查準(zhǔn)率是指系統(tǒng)在進(jìn)行某一檢索時(shí)，檢出的相關(guān)文獻(xiàn)量與檢出文獻(xiàn)總量的比率，它反映每次從該系統(tǒng)文獻(xiàn)庫中實(shí)際檢出的全部文獻(xiàn)中有多少是相關(guān)的。查準(zhǔn)率P＝×100%誤檢率N＝×100%如圖所示:P高則R底；R高則P底要取得較好的檢索效果應(yīng)兼顧二者一般：查全率為60～70％；查準(zhǔn)率為：40～50％RP0檢索效率的基本特性影響查全率的因素

(1)文獻(xiàn)庫收錄文獻(xiàn)不全；索引詞匯缺乏控制和專指性；詞表結(jié)構(gòu)不完整；詞間關(guān)系模糊或不正確；標(biāo)引不詳或標(biāo)引前后不一致；標(biāo)引人員遺漏了原文的重要概念或用詞不當(dāng)?shù)?。?）從情報(bào)檢索來看

檢索策略過于簡單；選詞和進(jìn)行邏輯組配不當(dāng)；檢索途徑和方法太少；檢索人員業(yè)務(wù)不熟練和缺乏耐心；檢索系統(tǒng)不