常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式

生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)課件邢晉祎生命科學(xué)學(xué)院Copyright實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法及數(shù)據(jù)格式實(shí)驗(yàn)?zāi)康?.了解ncbi所提供的在線entrez檢索方法。2.了解EBI所提供的SRS檢索方法。3.熟悉查詢swiss-prot蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢。4.詳細(xì)了解三大核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)之一的GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)平面文件Flatfile。5.詳細(xì)了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的pdb文件。實(shí)驗(yàn)材料計(jì)算機(jī)，網(wǎng)絡(luò)。實(shí)驗(yàn)過程1.Entrez檢索方法NCBIAlldatabaseEntrezAlldatabase查詢某一關(guān)鍵詞（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）依次點(diǎn)擊各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)查看實(shí)驗(yàn)過程GenPept文件件下載載平面文文件獲獲得查詢某某一條條核酸酸序列列獲得平平面文文件保存或或者下下載用寫字字板（（記事事本））打開開實(shí)驗(yàn)過過程2.SRS檢檢索方方法。。EBISRS@EBIchoicedatabase查詢某某一關(guān)關(guān)鍵詞詞（eg.Helicase，，insulin，，topoisomerase，，gyrase，hemoglobin。。）實(shí)驗(yàn)過過程3.Swiss-prot查詢?cè)兎椒ǚ?。Swiss-protSRS@EBIchoicedatabase查詢?cè)兡衬骋灰魂P(guān)關(guān)鍵鍵詞詞（（eg.Helicase，，insulin，，topoisomerase，，gyrase，，hemoglobin。。））4.GenBankflatfile（（GBFF））內(nèi)內(nèi)容容。。是GenBank數(shù)數(shù)據(jù)據(jù)庫(kù)庫(kù)的的基基本本信信息息單單位位，，也也是是最最廣廣泛泛地地用用以以表表示示生生物物序序列列的的格格式式之之一一。。GenPept文文件件GBFF可可以以分分成成三三個(gè)個(gè)部部分分，，頭頭部部包包含含關(guān)關(guān)于于整整個(gè)個(gè)記記錄錄的的信信息息（（描描述述符符））。。第二二部部分分包包含含了了注注釋釋這這一一記記錄錄的的特特性性，，第三三部部分分是是核核苷苷酸酸序序列列自自身身。。所有有的的核核苷苷酸酸數(shù)數(shù)據(jù)據(jù)庫(kù)庫(kù)記記錄錄（（DDBJ/EMBL/GenBank））都都在在最最后后一一行行以以//結(jié)結(jié)尾尾。。實(shí)驗(yàn)驗(yàn)過過程程5.PDB文文件件的的獲獲得得進(jìn)入入PDB數(shù)數(shù)據(jù)據(jù)庫(kù)庫(kù)查詢?cè)兡衬车暗鞍装踪|(zhì)質(zhì)的的結(jié)結(jié)構(gòu)構(gòu)（（eg：：1d3y））下載結(jié)結(jié)構(gòu)到到本地地電腦腦用寫字字板（（記事事本））打開開源自自PDB結(jié)結(jié)構(gòu)構(gòu)記記錄錄的的內(nèi)內(nèi)容容PDB記記錄錄包包括括兩兩個(gè)個(gè)序序列列信信息息備備份份：：隱隱性性序序列列和和顯顯性性序序列列。。顯性性序序列列在在PDB文文件件中中以以關(guān)關(guān)鍵鍵詞詞SEQRES打打頭頭逐逐行行存存儲(chǔ)儲(chǔ)。。隱性序列蘊(yùn)蘊(yùn)涵在由PDB文件件中的ATOM記錄錄及相應(yīng)（（X，Y，，Z）位置置坐標(biāo)構(gòu)成成的化學(xué)立立體結(jié)構(gòu)中中。實(shí)踐中，許許多PDB文件瀏覽覽器，如Rasmol，僅用用隱性序列列重構(gòu)PDB記錄蛋蛋白質(zhì)的化化學(xué)圖象，，而忽略由由SEQRES引導(dǎo)導(dǎo)的顯性序序列信息。。文件頭部顯性