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文檔簡介

1、HIV整合酶抑制劑三維定量構(gòu)效關(guān)系研究 羅宇明 2014年3月16日三維定量構(gòu)效關(guān)系(3D-QSAR)簡介由于實驗費用高昂且需求時間較長，計算機(jī)輔助藥物設(shè)計(CADD)已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于藥物研發(fā)過程中。在這些輔助設(shè)計工具中，三位定量構(gòu)效關(guān)系(3D-QSAR)以配基和受體的三維結(jié)構(gòu)特征為基礎(chǔ), 根據(jù)分子的內(nèi)能變化和分子間相互作用的能量變化來定量分析化合物三維結(jié)構(gòu)與生物活性間的關(guān)系。一般來說，3D-QSAR根據(jù)定位規(guī)則將分子在空間進(jìn)行疊合,計算每個化合物構(gòu)象的一系列分子場描述符，通過偏最小二乘法將這些描述符與化合物活性關(guān)聯(lián)，得到可預(yù)測未知化合物活性的模型，并反應(yīng)出各個位置的基團(tuán)對活性的影響。應(yīng)用最廣

2、泛的三維定量構(gòu)效關(guān)系方法是比較分子場方法(CoMFA)和比較分子相似性方法(CoMSIA)。它們之間的區(qū)別在于CoMFA在建立模型時只考慮靜電場(electrostatic)和立體場 (steric)，而CoMSIA考慮靜電場(electrostatic)，立體場 (steric)，疏水場(hydrophobic)，氫鍵供體場(H-bond donor)與氫鍵受體場 (H-bond acceptor).數(shù)學(xué)模型的建立根據(jù)Di Santo報道的化合物，建立的CoMFA與CoMSIA模型： 為了確保生成模型的準(zhǔn)確性與可預(yù)測性，需要至少保證交叉驗證回歸系數(shù)q2 0.5，線性偏差系數(shù)r2 0.9。生成的CoMFA模型q2=0.847，r2=0.976；CoMSIA模型q2=0.847，r2=0.980，表明生成的模型具有統(tǒng)計學(xué)

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