SNP、單倍型與連鎖不平衡分析課件_第1頁
SNP、單倍型與連鎖不平衡分析課件_第2頁
SNP、單倍型與連鎖不平衡分析課件_第3頁
SNP、單倍型與連鎖不平衡分析課件_第4頁
SNP、單倍型與連鎖不平衡分析課件_第5頁
已閱讀5頁，還剩18頁未讀， 繼續(xù)免費閱讀

下載本文檔

版權說明：本文檔由用戶提供并上傳，收益歸屬內容提供方，若內容存在侵權，請進行舉報或認領

文檔簡介

1、SNP、單倍型與連鎖不平衡分析SNP、單倍型與連鎖不平衡分析SNP指染色體DNA序列中的某個位點由于單核苷酸的變化而引起的多態(tài)性，在群體中的頻率1%SNP指染色體DNA序列中的某個位點由于單核苷酸的變化而引起SNP的基本類型轉換與顛換轉換：顛換=2：1SNP的基本類型轉換與顛換SNPs分析：基于實驗的方法SNPs分析：基于實驗的方法利用數據庫中的大量序列信息，采用生物信息學軟件NCBI dbSNP /snp/Ensembl /index.htmlSNPs分析：基于實驗的方法利用數據庫中的大量序列信息，采用生物信息學軟件SNPs分析：單倍型單倍型標簽SNP標簽SNP單倍型推斷Phase（貝葉斯算

2、法）：根據自然人群中的理論值預測單倍型的類型/software.html#fastphase Haploview（最大似然算法），采用Expectation-Maximization(EM)算法進行樣本單體型頻率的最大似然估計單倍型推斷Phase（貝葉斯算法）：根據自然人群中的理論值預連鎖不平衡連鎖不平衡連鎖不平衡連鎖不平衡LD的定義式：D=fAB- fA*fBLD的定義式：D=fAB- fA*fBLD產生的原因LD是由突變或重組形成的。在染色體某一SNP附近有新的突變產生時，則LD出現(xiàn)重組的發(fā)生：兩位點間LD程度低。理論上，LD強度與2個SNP間的距離有關距離越小：發(fā)生重組機會越小 LD強距

3、離越大：發(fā)生重組機會越大 LD 弱實際上，也有距離很近不存在LD，而距離相當遠（超過100kb）存在LDLD產生的原因LD是由突變或重組形成的。在染色體某一SNP附LD的度量LD的度量一般不直接使用LD定義式，而對D進行歸一化后，用LD系數D和r2進行檢驗取值范圍：0（無LD）1(完全LD)LD的度量LD的度量一般不直接使用LD定義式，而對D進行歸一D的意義D的意義D值的95%可信區(qū)間（95%CI）D值的95%可信區(qū)間（95%CI）R2的意義R2的意義D=0,r2=0D=0,r2=0D=1,r2=1D=1,r2=1D=1,r2=0.33D=1,r2=0.33影響LD的因素影響LD的因素影響LD的因素影響LD的因素LD分析Haploview A Compilation of Some Available Software for Linkage Disequilibrium Analysis.uk/software/LD-software.shtmlLD分析Haploview Haplotyp

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明，都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等，如果需要附件，請聯(lián)系上傳者。文件的所有權益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙，網頁內容里面會有圖紙預覽，若沒有圖紙預覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經權益所有人同意不得將文件中的內容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 人人文庫網僅提供信息存儲空間，僅對用戶上傳內容的表現(xiàn)方式做保護處理，對用戶上傳分享的文檔內容本身不做任何修改或編輯，并不能對任何下載內容負責。
  • 6. 下載文件中如有侵權或不適當內容，請與我們聯(lián)系，我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

最新文檔

評論

0/150

提交評論