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1、打開ClustalX進行完全比對由于后面無法用aln格式轉化的meg格式打開，所以此改用fasta格式保存并命名為cob2選擇此項可打開比對過的文件選擇鄰接法（NJ法）構建系統(tǒng)發(fā)育樹設置Bootstrap值為100設置Gap處理為兩兩刪除設置模型為Kimura-2-Parameter此為原始的樹此為經(jīng)過Bootstrap計算的樹并選擇左邊圖標Place Root on Branch選擇NC 006081為外群此為樹根，即所有物種最近共同祖先外群樹上的數(shù)字代表自展支持率，支持率越高就代表屬于這一支的可能性越高，圖上屬于同一支的即代表在進化上相對較近。選擇最大簡約法（MP法）構建系統(tǒng)發(fā)育樹設置Bo

2、otstrap值為100此為原始的樹此為經(jīng)過Bootstrap計算的樹并選擇左邊圖標Place Root on Branch選擇NC 006081作為外群此為樹根外群樹上的數(shù)字代表自展支持率，支持率越高就代表屬于這一支的可能性越高，圖上屬于同一支的即代表在進化上相對較近。 對比NJ法和MP法做出來的樹，NJ法的自展支持率相對較高，且兩樹中個別序列的位置也不同。 以同樣的方法制作cox1序列的系統(tǒng)發(fā)育樹結果如下此為NJ法的原始樹此為NJ法經(jīng)過Bootstrap計算的樹并選擇左邊圖標Place Root on Branch選擇NC 006081作為外群此為樹根外群樹上的數(shù)字代表自展支持率，支持率越高就代表屬于這一支的可能性越高，圖上屬于同一支的即代表在進化上相對較近。此為MP法原始的樹此為MP法經(jīng)過Bootstrap計算的樹并選擇左邊圖標Place Root on Branch選擇外群此為樹根外群樹上的數(shù)字代表自展支持率，支持率越高就代表屬于這一支的可能性越高，圖上屬于同一支的即代表在進化上相對較近。 對比NJ

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