beast系列軟件使用

1、個(gè)人初步總結(jié)第一步beauti軟件設(shè)置nexw文件的參數(shù)最宕文件的格式是.xml 第二步mn bems嗽件最后的格式有og帆tee第三步trsica軟件run設(shè)置第一步的參數(shù)的合理性第2MTreeAnnotatorun最后文件的格武是XX_MCC.tree 第五步FigTree playXXMCC4reer表現(xiàn)構(gòu)建的結(jié)閔個(gè)人詳細(xì)使用：BEAUti1、File- Import Data 打開NEXUS（beauti軟件的NEXUS文件與 PAUP軟件的有不同）文件打開后顯示為2、選擇Taxon Sets通過建立一套定義子集分類，這個(gè)窗口允許你建立分類單元內(nèi)的子集序列數(shù)據(jù)。這也允許你去記錄每個(gè)分類

2、tMRCA子集最近的共同祖先，設(shè)置分布在相應(yīng)分歧時(shí)間的分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中應(yīng)按單位相同規(guī)定你的DNA序列。這些分類單元可以代表不同的物種子集分析地理上孤立的多種群或者在一個(gè)物種。值得注意的是，建立一個(gè)分類3、選擇 substitution model這里主要是模型的選擇substitution model中主要為三個(gè)模型 HKY GTR TN9根據(jù)模型構(gòu)建來選擇Base frequencies 中 Estimated/Emirical/All equal 三種 估計(jì)，經(jīng)驗(yàn)，設(shè)備 可根據(jù)不同的獲得方式來選擇。Site Heterogeneity Model 中 None/Gamm

3、a/Invariant sites/Gamma+ Invariant sites,None（假定物種的進(jìn)化保持相同的速率）Gamma物種的進(jìn)化不是相同的速 率）Invariant sites（數(shù)據(jù)中的某些位點(diǎn)從未經(jīng)受任何進(jìn)化上的改變，其進(jìn)化速率是相同的）Partition into codon positions中 off/2 partitions:positions（1+2）,3/3partitions:positions1,2,3off ：分析不能轉(zhuǎn)錄成 RNA 的 DNA2 partitions:positions（1+2）,3:1,2段轉(zhuǎn)錄比較慢， 3 段轉(zhuǎn)錄比較快3 partitio

4、ns:positions1,2,3 ：3 段都有自己的轉(zhuǎn)錄翻譯速度有些（ name 下有兩個(gè)以上）這時(shí)需要選擇 Data Partitions 的 Unlink Subst Models”4、選擇 clock model很多選擇 the relaxed molecular clock models 數(shù)據(jù)來自一個(gè)潛在的指數(shù)函數(shù)或?qū)?shù)正態(tài)分布。 數(shù)據(jù)都是用到 the relaxed molecular clock models選擇合適的分子鐘模型來估計(jì)速率的變化。5、 tressTree priors :我們比較多的希望使用Yule模型，這是一個(gè)簡(jiǎn)單的模型通常是更適用于考慮序列不同的種類。6、Pr

5、iors在有數(shù)據(jù)的情況下，改變?cè)O(shè)置 trmc （）的 Priors ，其他的參數(shù)設(shè)置大概估計(jì)不 出現(xiàn)紅色即可。7、MCMCLength of chain ：取決于數(shù)據(jù)大小和質(zhì)量，系統(tǒng)默認(rèn)為10 ， 000， 000Echo state to screen every 和 log parameters every ：多少的馬爾科夫鏈的參數(shù)顯示在屏幕上和 記錄在日志文件中。前一個(gè)系統(tǒng)默認(rèn)為10， 000 這個(gè)數(shù)值不要低于 10,000 ，不然會(huì)有一大堆沒用的數(shù)據(jù)出現(xiàn)在屏幕上，拖累了速度8 輸出創(chuàng)建 XML 文件Running BEASTRun BEAST 加入文件為新建好的 XML 文件Run 完

6、以后出現(xiàn)兩個(gè)文件 XX.log.txt 和 XX.Tree Analyzing the results 使用 Tracer 軟件 打開 XX.log.txt 查看結(jié)果Select meanRate 去查看 95%HPD1*1 細(xì).TreeAnnotatorObtaining an estimate of thephyloge netic tree輸出 XX_MCC.treeBurnin 數(shù)據(jù)得到為前面 BEAUti 軟件中 a chain length/sampling(800,000/200)400 的 1%為 40Posterior probability limit將這個(gè)值設(shè)置為 0詮釋了所有的節(jié)