01-從0搭建R語言數(shù)據(jù)分析平臺

1、從0開始搭建R語言數(shù)據(jù)分析平臺本文從實用的角度，一步步搭建一個基于R語言的數(shù)據(jù)分析和可視化（作圖）平臺，完成相關(guān)的系統(tǒng)配置和軟件設(shè)置，達(dá)到“拿來即用”的目的。本文是“R語言基礎(chǔ)系列”的第一篇，該系列共分3篇，第二篇講R語言的基本操作，第三篇講R語言的基本圖形。這一系列的介紹完成之后，讀者已經(jīng)可以利于R語言進行基本的數(shù)據(jù)管理、分析和可視化工作。本文包括3個部分：1、下載和安裝R、RStudio；2、相關(guān)配置和設(shè)置；3、一些常見問題。完成后的樣子如下圖所示：1、下載和安裝R、RStudio這兩個軟件都是開源軟件，均可在網(wǎng)上自由下載，不需要付費注冊。R支持win7以后的系統(tǒng)，win XP已經(jīng)不再支持

2、。下載R的時候要選擇國內(nèi)的鏡像站點，這樣速度更快。第一次安裝選擇“base”選項。進入下載頁面，選擇最新版本（當(dāng)前為4.02）：Download R 4.0.2 for Windows。這個文件包含32bit和64bit兩個版本的組件，所以不管系統(tǒng)是32bit還是64bit都只下載這一個文件。等待文件R 4.02下載完成。該文件是一個可執(zhí)行文件(.exe)，在windows系統(tǒng)中雙擊即可運行。下載RStudio時，選擇 RStudio Desktop Free （桌面版免費版）。若是64位系統(tǒng)，則直接下載最新版本，當(dāng)前版本是1.3.1073.若是32位系統(tǒng)則點擊頁面下方的鏈接，下載老版本，版本

3、號為1.2.5042.下載完成后得到兩個可執(zhí)行文件：安裝R和RStudio：首先，運行R-4.0.2-win.exe. 選擇安裝語言，下一步，設(shè)置安裝目錄，選擇安裝組件。在“選擇組件”這一步要注意區(qū)分32-位和64-位windows系統(tǒng)。若是64-位系統(tǒng)則全選，若是32-位系統(tǒng)則取消64-bit Files。下一步，接受默認(rèn)設(shè)置即可。下一步，不要關(guān)聯(lián).Rdata文件，稍后用RStudio關(guān)聯(lián)。等待安裝完成。接下來安裝RStudio：雙擊運行安裝程序，下一步選擇安裝目錄，下一步安裝，等待安裝完成即可。2、相關(guān)配置和設(shè)置（1）設(shè)置環(huán)境變量：涉及系統(tǒng)對R的調(diào)用。右擊計算機-屬性-高級系統(tǒng)設(shè)置：再點擊

4、右下角的“環(huán)境變量”：然后編輯系統(tǒng)變量PATH的值，在原有值后面添加R啟動文件的位置，與原有值之間用英文分號“;”隔開，如：“;D:Program FilesRR-4.0.2binx64”.（2）RStudio界面的設(shè)置: Tools Global Options Appearance 中設(shè)置編輯器主題（Editor theme），找一個黑色背景，這樣在長時間編寫、閱讀代碼時眼睛受光線刺激較小。（3）R軟件庫的設(shè)置: Tools Global Options Packages 中設(shè)置一個中國的鏡像，這樣安裝軟件時速度較快。（4）設(shè)置面板：在RStudio工具欄中有一個田字格狀的按鈕，可以設(shè)置面

5、板的樣式，將R控制臺放在右側(cè)（Console on Right），這樣可以并排查看腳本編輯器代碼和已運行的R控制臺代碼。（5）安裝R中常用的包：agricolae（農(nóng)業(yè)田間試驗）、nlme（非線性混合模型）、xlsx（excel文件讀寫）、reshape 2（數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換）、ggplot2（高級作圖）、gplots（熱圖作圖）、lme4（線性混合模型）、emmeans（邊際效應(yīng)）、psych（相關(guān)分析）、multcompView（多重比較）。圖形化操作：在右下角的面板中，點擊Packages-Install，打開軟件包安裝管理器：輸入軟件包的名稱，點擊安裝（Install）即可自動安裝軟件包，并自

6、動安裝相關(guān)的依賴程序包。命令行模式：運行下面一段命令，一次性完成全部所需軟件包的安裝。update.packages()#安裝之前先升級原有的包，防止出現(xiàn)依賴問題install.packages(c(“agricolae”, “nlme”, “xlsx”, “reshape2”, “ggplot2”, “gplots”, “l(fā)me4”, “emmeans”, “psych”, “multcompView”).libPaths()#查看安裝位置（6）安裝并配置JAVA：某些軟件包使用JAVA，所以必須安裝JDK。在網(wǎng)上下載最新的JDK，安裝后要設(shè)置環(huán)境變量，象上述R環(huán)境變量設(shè)置過程一樣，在系統(tǒng)變

7、量中PATH變量值增加Java相關(guān)啟動程序的位置。如下圖所示：3、一些常見問題Rstudio與ATI顯卡有沖突。在雙顯卡的電腦中，若獨立顯卡是ATI的，為Rstudio配置成獨立顯卡則會出錯，提示加載庫異常，無法打開。為其配置為核心顯卡模式則沒有異常。R語言的升級比較復(fù)雜。一般地，要先卸載老版本R，卸載完成后再重新安裝新版本。卸載老版本R時會保留原來安裝的軟件包，位置在：安裝目錄RR-X.X.Xlibrary，對于這些軟件包有兩種處理方式。第一種，如果都是從網(wǎng)上下載的則可以直接刪除文件夾重新安裝，這樣可以保持軟件包也是最新的。第二種，如果有自己構(gòu)建的則直接拷貝到新版本所在文件夾里的library文件夾，在R中運行update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)。RStudio升級可以在Help-Check fo