如何用MS建模

1、如何用 MS 建模陶小馬在第一原理計算中有個 POSCAR 文件，那里而有晶體結構得一些信息,主要包括基矢以及原 子得位子,那么一般來說簡單得 BCC、FCC、HCP 以及 Diamond 結構都比較簡單，可以直接 輸入就可以了，但就是一般涉及比較復雜得結構如 D01 9、D022 等結構則可以用 MS mod cl ins 來建模。在建立模型之前,我們要找到該化合物得結構方而得信息，這個主要可以通過 Pear S 0 n F 冊來找尋，也可以用 ICSD 軟件找.在有了結構方面得信息后，我們就可以利用 MS Modeling 來進行建模。首先打開 MS Mode ling 軟件：建立一個新得

2、文件名 examp 1 eH H esraBpleesraBple - - ISIS lodeilodei ineine血篡烈 u 越| HI -血 H 矢乳” 儘掙 A Q 如齟為 I 笛|於-8 酬陋 I E 因侮 I 回爭 H幻 /汁Pgjed:Pgjed:PiterPiter廠P Popop I I yaUeyaUeJescrJescr . . I I丁obob IdId GHGH敷土ayay S S空verver1 11 1 6*QEr556*QEr55tintinReadyReady點擊 File 出來一個菜單，點擊 New后出現(xiàn)以下畫面XOilOil J3J3o o-,n, X雙

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5、到以下界面：下邊就點擊 Bu i 1 dCr y st a 1 s Bu i I d Crystal出現(xiàn)以下界而魁FileFile EditEdit Vie*Vie* flodifloditvtvBuildBuild FoolsFools StatisticsStatistics ModulesModulesWindowWindow HelpHelp- -SpaceSpace GroupGroup | | LatticeLattice ParametersParameters OptionsOptions | |EnterEnter group:group: | | 1 1 PIPINameN

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9、emeni 中輸入原子符號， 右邊得 abc 就對應于上而我們找到得晶體結構信息中得 X, y,Zo 也即，在 Elcmcni 中輸入 Al 時，ab c 中輸入 0 00,點擊 Add,再在 Element 中輸入Fc,在 a, b. C 中輸入 0、50、50、5 點擊 Add,還就是 E1 e me n t 為 F c, a, b,cFTiFTi VKliMpXtfVKliMpXtf - - USUSMudtflAHKMudtflAHK - - LAiFtfXLAiFtfX d d J Jcrcr X X旳釦 g 削e e g g AoAo 移A1P.3.A1P.3. x%ax%aFii

10、Fii| |A AH HPropPropI I gmgmkVkibbkVkibbNoneNone$tylB$tylB佇 H H ) )B B朋IIIIRa&dyRa&dyMUNMUN : :現(xiàn)在就就是加原子了，點擊 Build,下拉梔中有 Add Atoms,列外界而上也有就就是一 個原子左上角有個+號得就就是。點由 Add Atoms,nr 以瞧見以下得界而SBBBSBBBBBBSBKBXSBBSBBBSBBBBBBSBKBXSBB N NA A& &Q QX XQSQShh； rtdwrtdw K K lrlr_ _ _冠帖0 憑 14a帀 7 -宜討 H

11、0C 2 &他：立応| I 也國 tn T 以/ H 石苛刁百二石口 g Q 4AT 浄 I 的喬 WE:E: H H SflSfl SjSj厲誓 * * b* 曠可|NameName：廠a:a: |O.OGO|O.OGOOxdatonOxdaton SWeSWe：1T T b:b: |O.OGO|O.OGOOccupancy:Occupancy:r 0c c； |O.OGO|O.OGOAddAddHJPHJP I I MJyMC ASTEP 一Calc u lation 出現(xiàn)以下對話框:下面就就是去瞧瞧，保存下來得晶體結構得一些信息得文件。在 MS 得文件夾中找到 exam p le

12、這個文件夾，點擊其中得 Docum e nts 文件夾，找到您所建立得晶體結構信息得文件名 得那個文件夾(如 AIFC3 CASTEP Energy)進入該文件夾.由于包含原子位子得那個文件 就是一個隱藏文件，您必須設置隱藏文件可以顯示(具體設置方法就是工具 J 文件夾選項 A 查瞧一顯示所有文件與文件夾這樣就可以瞧見一個 cell 文件(AIFC3、cellb 打開 就可以瞧見：%BLOCKLATT ICE CART% E NDBLOCK LAT TICE CART% BLOCK POSIT 1 ONS FRACA I0、 000000 000 0 0 0、OOOOOFe0、4 9 9 9 999 9 999999990、49999999999999 990、5 0001Fc0、25 0 000、2 5 0 000、 25001Fe250 0 0-0. 250000 、 75000%EN DBLOCK POSITIONS FRAC這就是前面幾行得信息，第二行到第四行就就是基矢坐標第八行到地十一行就就是 Al 與0、00 0 12、 8 94499 9 9 9 9 999992、89452、89449 9 99 9 99999 90 、 00002、894 52、89 4 52、8 9 450、000 0就是保存最小得原胞得基在對話框中得最下而有三個