實驗二-核酸及蛋白質(zhì)序列的比對教學教材_第1頁
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1、實驗二- 核酸及蛋白質(zhì)序列的比對精品文檔實驗二 核酸及蛋白質(zhì)序列的比對姓名： 班級：序號： 指導老師：一、實驗內(nèi)容利用檢索出的蛋白質(zhì)和核酸序列進行序列比對并進行分子進化樹分析。二、實驗步驟鍵入上次實驗獲得的phyA 的核酸序列編號（ NM_100828），獲得核酸及蛋白質(zhì)序列。利用blastx 程序?qū)ふ遗c phyA 蛋白質(zhì)序列相似性的序列選擇下列序列：sorghum propinquum（高粱）； zea mays（玉米）；水稻；大豆；arabidopsis thaliana（擬南芥）； cyrtosiaseptentrionalis（血紅肉果蘭）點擊get select sequence按鈕

2、顯示序列為純文本格式文件分別命名為各自的文件名保存在本地電腦上備用。在數(shù)字基因網(wǎng) dnaman及 clustalx 軟件安裝并進行多序列比對及分子進化樹分析。利用 ebi 上提供多序列比對工具再作一次比對http:/www.ebi.ac.uk/clustalw/ 。選作核酸序列的比對5、打開 ncbi 主頁點擊 BLAST 學習網(wǎng)頁左側的BLAST FAQS 及 program guide三、作業(yè)1、繪制分子進化樹，并標明各個物種phyA 蛋白之間的序列相似性。收集于網(wǎng)絡，如有侵權請聯(lián)系管理員刪除精品文檔2、根據(jù)你所學生物分類的知識，試解釋該分子進化樹的合理性擬南芥：植物界種子植物門 被子植物門 雙子葉植物綱 十字花目 十字花科 鼠耳芥屬（擬南芥屬）大豆：植物界種子植物門被子植物亞門 雙子葉植物綱豆目 蝶形花科大豆屬血紅肉果蘭：植物界種子植物門被子植物亞門 百合綱百合目 蘭科 樹蘭亞科肉果蘭屬水稻：植物界種子植物門被子植物亞門單子葉植物綱禾本目 禾本科稻屬玉米：植物界種子植物門被子植物亞門單子葉植物綱禾本目 禾本科玉米屬高粱：植物界種子植物門被子植物亞門單子葉植物綱禾本目 禾本科高粱屬經(jīng)過對比可得下列同源性關系高粱玉米水稻擬南芥大 豆血紅肉果蘭與前面的同源樹對比基本相似，說明軟件分析結果與實際相符3、找出一條可能的保守序列（多條蛋白共同的氨基

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