基因啟動(dòng)子序列的查找.PPT

1、12一、基因序列查找NCBI選擇“Gene”輸入基因的名字（eg.p53）-Search3基因序列查找選擇特定物種的p53基因eg.TP53(human)4基因序列查找獲得TP53基因的詳細(xì)信息：基因名稱、全稱、別名、類型等。下拉獲得更多詳細(xì)信息5基因序列查找基因組結(jié)構(gòu)：不同版本中，此基因在染色體中的位置、轉(zhuǎn)錄方向等。6基因序列查找基因組區(qū)域，轉(zhuǎn)錄，產(chǎn)出：p53基因在不同轉(zhuǎn)錄本中的信息點(diǎn)擊GenBank7GenBank :獲得基因詳細(xì)信息：位置、定義、登錄號(hào)、版本、特征、堿基序列等。8基因序列查找FASTA :獲得基因的全部序列（包括非轉(zhuǎn)錄區(qū)序列）。9啟動(dòng)子序列的查找1、在NCBI中查找所需的

2、基因（以p53為例）查找P53的基因序列；10啟動(dòng)子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53為例）選擇特定物種的P53基因，例如human.11啟動(dòng)子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53為例）獲得human p53基因的詳細(xì)信息12啟動(dòng)子序列的查找2、確定此基因在染色體上的位置和轉(zhuǎn)錄方向（正向/反向）；在染色體上的位置： Chromosome 17 - NC_000017.11轉(zhuǎn)錄方向：從右向左，反向轉(zhuǎn)錄，說(shuō)明啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)位于此段基因的右側(cè)。13啟動(dòng)子序列的查找3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長(zhǎng)度；獲得FASTA格式的序列信息，右側(cè)為此段基因的長(zhǎng)度：76684

3、02-7687550bp.啟動(dòng)子區(qū)位于基因5端2000bp，即7687550-7689550bp14啟動(dòng)子序列的查找3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長(zhǎng)度；查找第一外顯子的位置：在p53基因的詳細(xì)信息頁(yè)面中查找mRNA的詳細(xì)信息，確定其在基因序列中的位置。15啟動(dòng)子序列的查找3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長(zhǎng)度；進(jìn)入P53基因mRNA的詳細(xì)信息界面16啟動(dòng)子序列的查找3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長(zhǎng)度；進(jìn)入P53基因mRNA的詳細(xì)信息界面，找到exon（第一外顯子）的位置：1-174bp17啟動(dòng)子序列的查找3、確定啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長(zhǎng)度；進(jìn)入P53基因FASTA信息的界面，確定第一外顯子的長(zhǎng)度：第一外顯子位于基因5端1-174bp的位置，由于基因?yàn)閺挠蚁蜃蠓聪蜣D(zhuǎn)錄，第一外顯子位于啟動(dòng)子（ 7687550-7689550bp ）的左側(cè)174bp：7687376-7687550bp；第一外顯子+啟動(dòng)子： 7687376-7689550bp18啟動(dòng)子序列的查找4、下載啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的序列；數(shù)據(jù)保存為FASTA格式19啟動(dòng)子序列的查找4、下載啟動(dòng)子區(qū)與第一外顯子區(qū)的序列；數(shù)據(jù)保存為FASTA格式，用word打開(kāi)。20啟動(dòng)子序列