spm中文教程匯總

1、一、SPM的安裝與啟動(dòng)先安裝matlab，然后將SPM復(fù)制到matlab下的一個(gè)文件夾（SPM2需要或以上版本）。啟動(dòng)matlab ,首先set path，然后在matlab命令窗口中輸入SPM即可啟動(dòng)，然后選擇fMRI，也可以直接輸入SPM fMRI、SPM數(shù)據(jù)處理概要先將所得數(shù)據(jù)進(jìn)行 空間預(yù)處理（對(duì)齊，平滑，標(biāo)準(zhǔn)化等），然后進(jìn)行 模型估計(jì)（將刺激的時(shí)間、間隔 與血流動(dòng)力函數(shù)進(jìn)行卷積，所得結(jié)果與全腦象素信號(hào)進(jìn)行相關(guān)分析），最后察看結(jié)果。、SPM8數(shù)據(jù)處理的一般步驟 為方便后續(xù)的數(shù)據(jù)處理，如果數(shù)據(jù)分散處理后整合，建議所有處理數(shù)據(jù)路徑保持一致，要統(tǒng)一路徑。 處理前首先要采用數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換軟件將 dic

2、om數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成SPM解析格式，然后進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理，預(yù)處理 結(jié)束后到matlab安裝目錄中備份spm*ps文件，其中包含了空間校正和標(biāo)準(zhǔn)化的信息，然后進(jìn)行建 模分析運(yùn)行命令：spm fmri，打開(kāi)spm8的操作界面我們稱左上側(cè)的窗口為按鈕窗口 （button window），左下側(cè)的窗口為輸入窗口（input window），右側(cè)大窗 口為樹形結(jié)構(gòu)窗口或圖形窗口 （Tree Buildi ng Window or the graphics win dow）。在spm8和spm5中，每一步處理都采用了直觀的 樹形結(jié)構(gòu)”的面板，如果一個(gè)分支項(xiàng)左面有“ +”，你可以雙擊顯示子分支項(xiàng)，如果一個(gè)分支項(xiàng)右面

3、有“<”號(hào)，你必須為之指定選項(xiàng)（否則不能運(yùn)行該tree），分支項(xiàng)的選項(xiàng)在其右側(cè)面板指定，而幫助信息則在下面的面板中顯示。如果我們處理數(shù)據(jù)沒(méi)有特殊需求，我們只關(guān)心帶有<-X”項(xiàng)目并完成輸入即可，其余均可采用默認(rèn)設(shè)置。另外注意在TreeBuilding Window的頂部菜單，新增了一個(gè)菜單項(xiàng)“TASKS在使用批處理分析時(shí)非常重要。以下內(nèi)容，還可以參考匯總中“靜息態(tài)fMRI的數(shù)據(jù)預(yù)處理流程”這部分的講述。1、轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)dicom格式轉(zhuǎn)換為img文件，將以層為單位的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成以全腦為單位的數(shù)據(jù)。轉(zhuǎn)換時(shí)格式請(qǐng)選擇NIfTI，可用SPM輸入面板中的DiCOM Import模塊轉(zhuǎn)換，也可以采用專

4、門的轉(zhuǎn)換軟件，如MRIcovert 2、Slice timingn，n 即一個(gè) volume校正1個(gè)volume中層與層之間獲取 保集）時(shí)間的差異，即糾正slice （下譯為掃描層）之間采集時(shí)間 的差異。這對(duì)事件相關(guān)設(shè)計(jì)的實(shí)驗(yàn)尤為重要， 使一個(gè)TR中的各層獲得時(shí)間一致（如都在一個(gè)TR的開(kāi) 始），相當(dāng)于AFNI中tshift所做的工作。校正后的新文件名為：a+原文件名 原理概述：Sliceorder （掃描層序數(shù)）用于指明掃描層被采集時(shí)的順序，其總數(shù)為（volume為一個(gè)TR時(shí)間內(nèi)的掃描量）里面所包含的掃描層的總數(shù)。每個(gè) Sliceorder （掃描層系數(shù)） 同時(shí)指明了每個(gè)掃描層在圖像文件中的存

5、儲(chǔ)位置。因此掃描層系數(shù)表明了掃描層被采集時(shí)的時(shí)間順 序。我們可以用SPM的Display功能來(lái)查看這個(gè)順序。移動(dòng)鼠標(biāo)的十字準(zhǔn)線到 Z坐標(biāo)為1的位置時(shí)， 我們看到的就是一個(gè)volume里面第一個(gè)slice（掃描層）上的象元（voxel）。核磁儀采集數(shù)據(jù)的時(shí)間 精度為一個(gè)TR,因此我們通常默認(rèn)一個(gè)TR內(nèi)采集到的數(shù)據(jù)（一個(gè)volume）采自完全相同的時(shí)間。但 事實(shí)并非如此，一個(gè)TR內(nèi)我們需要采集很多掃描層（例如 20層）的數(shù)據(jù)以覆蓋較大的腦區(qū)（通常是 全腦）。這些掃描層是一個(gè)接一個(gè)按照上面所說(shuō)的sliceorder （掃描層序數(shù)）的順序來(lái)采集的，因此各個(gè)掃描層之間的采集時(shí)間是有差異的。Slice t

6、imi ng這一步所要做的就是通過(guò)一定的算法糾正這一時(shí) 間差異。常規(guī)的糾正方法是在保持整段采集信號(hào)不變的條件下推前或者推后采集的起始時(shí)間。這可以通過(guò)簡(jiǎn)單的移動(dòng)采集信號(hào)的正弦相位來(lái)做到。一種常用的數(shù)學(xué)轉(zhuǎn)換方法：傅立葉轉(zhuǎn)換可以把任何復(fù)雜 信號(hào)轉(zhuǎn)換為由不同頻率和相位的簡(jiǎn)單正弦曲線的線性組合。這樣，只要通過(guò)加入一個(gè)常數(shù)到每個(gè)頻率的相位中，就可以達(dá)到移動(dòng)數(shù)據(jù)起始和結(jié)束時(shí)間的目的。我們?cè)诎粹o窗口中的預(yù)處理面板中點(diǎn)擊“Slice Timimg將出現(xiàn)如下對(duì)話框：對(duì)上圖右側(cè)選項(xiàng)我們做如下設(shè)置Data，預(yù)備數(shù)個(gè)被試或者session的數(shù)據(jù)。以下所述參數(shù)設(shè)置將被應(yīng)用到所有所選數(shù)據(jù)。點(diǎn)擊data并在下面的面板中點(diǎn)擊“

7、newsession這樣在data下會(huì)出現(xiàn)“session的分支項(xiàng)，選中該項(xiàng)并點(diǎn)擊面板下 方的“selectfiles，”然后用spm文件選擇器選擇你要處理的數(shù)據(jù)，最后點(diǎn)擊Done”選擇數(shù)據(jù)時(shí)可以把靜息態(tài)、數(shù)值任務(wù)和物理大小任務(wù)分為三個(gè)session來(lái)選（datanew sessionsessior），也可以作為一個(gè)session來(lái)選，結(jié)果是一樣的。Number of Slices，我們輸入每禎圖像的層數(shù)，女口“32”即掃描層總數(shù)。TR,我們輸入重復(fù)時(shí)間，一般為2秒，我們輸入“2”TA，是每禎圖像獲取第一層開(kāi)始到獲取最后一層圖像的時(shí)間間隔，單位為秒。一般可以用以下公式計(jì)算：TA= TR-（TR

8、掃描層數(shù)）。這里可以不必計(jì)算出結(jié)果，直接寫上帶入了數(shù)字的公式就可以了。比如， TR為3秒，掃描了 20層，則可以直接寫為：3-（3/20）。我們的數(shù)據(jù)則輸入“2/32 ”Slice order，輸入掃描順序。如前述此順序可通過(guò)SPM的Display功能查看。我們輸入“1:2:31,2:2:32 指定層獲取順序的層次序參數(shù)是一個(gè)含 N個(gè)數(shù)的向量，這里N是每個(gè)volume所含的層數(shù)。每一個(gè)數(shù) 表示該層在圖像（volume）中的位置。向量?jī)?nèi)的數(shù)字排列順序是這些層的獲取時(shí)間順序。如行向量1 35 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20

9、 22 24f（Matlab 中可表示為1:2:25,2:2,25） 各 種掃描類型和輸入的層順序如下：ascending升序掃描（first slice=bottom，掃描序數(shù)從底部到頂部排列，即從1順序遞增到n）: 1:1:nslices； descending降序掃描（first slice=top，掃描序數(shù)從頂部到底部 排列，即從n順序遞減到1）: n slices:-1:1； in terleaved間隔掃描（掃描序數(shù)間隔遞增或遞減，一般 順序?yàn)?2,4,6,8,10.1,3,5,7,9.n （middle-top）:for k = 1:nslices,round（nslices-k

10、）/2 + （rem（nslices-k）,2） * （n slices - 1）/2） + 1,e nd; in terleaved （bottom -> up）: 1:2: nslices 2:2: nslices,如1:2:25,2:2,25; in terleaved （top -> dow n）: n slices:-2:1, n slices-1:-2:1Reference Slice,我們輸入“31。選擇參考掃描層（一般可使用默認(rèn)值），其它掃描層的起始時(shí)間都將以此層的起始時(shí)間為標(biāo)準(zhǔn)來(lái)移動(dòng)進(jìn)行校正。通常選擇n slice/2，如25層時(shí)選擇13層作為參考層。File n

11、ame Prefix,是指新生成的圖像前加何標(biāo)記，一般采用默認(rèn)設(shè)置。最后點(diǎn)擊面板上方的向右的綠色三角即開(kāi)始運(yùn)行。運(yùn)行完后將會(huì)生成一系列a*.img文件，這就是時(shí)間校準(zhǔn)后的數(shù)據(jù)。注意很多研究者容易將時(shí)間校準(zhǔn)和 空間校準(zhǔn)順序顛倒，一般的 觀點(diǎn)是如果圖像獲取 是隔層（in terleaved）進(jìn)行的，如 1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，則要先進(jìn)行 slice timi ng 再進(jìn)行 realig n， 如果圖像各層是連續(xù)（sequential）獲取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10，則要先進(jìn)行realign再 做 slice timing。（為什么） 3、Realign （相當(dāng)

12、于 AFNI 中的 registration）分兩步：1）coregister，將每個(gè)session的第一個(gè)scan與第一個(gè)session的第一個(gè)scan進(jìn)行比較，然后將每個(gè) session中的其他scan與本session中的第一個(gè)scan進(jìn)行比較，得到每個(gè)文件的轉(zhuǎn)換參數(shù)， 生成文件， 同時(shí)為每個(gè) session生成一個(gè)對(duì)齊參數(shù) （realignment parameters），文件名為 realignment_params_*txt2） reslice，用文件對(duì)重新切片，生成文件。并可依選擇生成一個(gè)平均象，名為。以上兩步具體解釋如下一一即使我們對(duì)被試的頭部做了很好的固定，在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中，被試

13、也會(huì)不由自主的有一些輕微的頭動(dòng)，這在fMRI實(shí)驗(yàn)中尤為明顯。這一步就是把一個(gè)實(shí)驗(yàn)序列中的每一幀圖像都 和這個(gè)序列的第一楨圖像按照一定的算法做對(duì)齊，以矯正頭動(dòng)。做完這一步，能給出該序列中被試的頭動(dòng)情況，以作為是否放棄該數(shù)據(jù)的依據(jù)，如果頭動(dòng)超過(guò)1個(gè)voxel （功能圖像掃描矩陣一般是64*64， 則體素的大小為（FOV/64） *（ FOV/64）* （層厚+層間距），則要考慮放棄該時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)。該程序 利用最小二乘法（least squares approach原理和含6個(gè)參數(shù)（剛體模型）的空間變換，對(duì)從一個(gè)被試獲取 的時(shí)間序列進(jìn)行校正。用戶可指定某個(gè)volume作為隨后volumes的參考?？梢?/p>

14、是第1個(gè)volume，也可選擇比較有代表性的volume（更明智的選擇），例如選擇磁場(chǎng)相對(duì)穩(wěn)定的第 4個(gè)volume。校正信息（頭 動(dòng)信息）將在結(jié)果窗口 （Graphics Window）顯示。每個(gè) Session的校正信息將存儲(chǔ)為 rp*.txt，其中*為 Sessi on數(shù)據(jù)集名稱。另外，頭動(dòng)校正信息將以plot圖形顯示。如下圖：Tran slation表示被試頭部在X，丫，Z三個(gè)方向的平移，分別用藍(lán)，綠，紅三種顏色表示。Rotation表示被試頭部在實(shí)驗(yàn)過(guò)程當(dāng)中繞X（L-R） Y（A-P） Z（S-I三條軸的轉(zhuǎn)動(dòng)角度。橫坐標(biāo)代表這個(gè)序列所采集的所有圖像，縱坐標(biāo)表示的 是偏移量和偏轉(zhuǎn)角度，

15、分別以毫米和度為單位。采用SPM 8,頭動(dòng)信息和空間標(biāo)準(zhǔn)化的圖形文件將以spm_ “data ” .的形式保存于matlab的工作目錄下，如我們是2009年4月30日處理的數(shù)據(jù)，則將以 文件存于 matlab的work目錄下。translation我們?cè)陬A(yù)處理面板校準(zhǔn)選項(xiàng)中選擇“ Realign （Est & Res）出現(xiàn)如下對(duì)話框，我們按下面設(shè)置進(jìn)行:剤；Ban JO Iny E -«anjle匚舊帖D kModulo Liat|Help orr Realign Etlmare £：Resllce上I Dara-1Esiimancn OptionsQuabR0.9

16、Separati on4Sinoothiny (FVvHMi5Nm 11 Passes.r id UllmanInterpol ation. E-Spl ntVWeppingNO'WidpWeightingResiles <：ip：iDnsReel <edirn3ges.an knagsInterpol alien.C-Spl rieWsppingCurront Modula: Roaikjnz E *Hn融0 & RotlicoCuMeril llem 0曲49EdirValuoAdd new seagiona for thia wit帕 m In he care

17、gi strati on step, the seslooE ereflrt refill gned to each other. % ahgning the first scan from each session to the firm scan or the first session E的 111$ images wthin each sos： ion are dianed tx) the r rstImage of iria seeslon Tno 田陽(yáng)moiw estimatjon is Derformed Ills 嗣 because ids aEsumed zl選中“data”

18、選擇“New Session”然后選中data下出現(xiàn)的 “Session選項(xiàng)。點(diǎn)擊 “Specify Files用”spm 文件選擇器選擇剛做完時(shí)間校準(zhǔn)的圖像（a*img）。其余選項(xiàng)采用默認(rèn)設(shè)置，點(diǎn)擊上方綠色的三角開(kāi) 始運(yùn)行。Realign這一步也有分開(kāi)進(jìn)行的，具體描述如下Realign: Estimate （重排參數(shù)的估計(jì)）此步驟采用最小方差原理和六參數(shù)剛體空間變換來(lái)重排從同一個(gè)被試上采集到的圖像數(shù)據(jù)。使用者所 選取的第一幅圖像文件將被作為其它圖像重排的參考標(biāo)準(zhǔn)。也就是說(shuō)，你想要用哪一幅圖像作為參考標(biāo)準(zhǔn)，就先選哪一幅圖像的文件。參考圖像文件不一定非用采集到的第一幅圖像，使用最有代表性”的一幅

19、圖像也許更好。本步驟的目的 主要是去除fMRI和PET數(shù)據(jù)中的運(yùn)動(dòng)偽影。圖像數(shù)據(jù)的頭文件 會(huì)被改寫以反映數(shù)據(jù)相對(duì)空間位置的變化。此過(guò)程的具體參數(shù)會(huì)在結(jié)果窗口中以平移（translation）和旋轉(zhuǎn)（rotation）曲線圖顯示。每個(gè)session的重排參數(shù)會(huì)被存儲(chǔ)到名為rp*.txt的文件中。這些參數(shù)可以在最后的一般線性模型統(tǒng)計(jì)估計(jì)中作為混淆因素考慮進(jìn)去。選擇一個(gè)被試需要進(jìn)行此步驟處理的所有sessions注：在coregistration這一步，首先是對(duì)所有的session進(jìn)行重排，其具體做法是把所選每個(gè)session的第一個(gè)scan與所選第一個(gè)session的第一個(gè)scan 對(duì)齊。然后再把

20、每個(gè)session里的其它scan與該session的第一個(gè)scan進(jìn)行對(duì)齊。使用此方式進(jìn)行重 排是因?yàn)楦鱾€(gè)session的數(shù)據(jù)之間可能會(huì)有較大差異。Session選擇session里所有的scan。Estimation Options這里包括各種注冊(cè)參數(shù)選擇項(xiàng)，若對(duì)某一個(gè)選項(xiàng)不確定，使用軟件默認(rèn)值即可。 Quality質(zhì)量與速度的權(quán)衡。選擇高質(zhì)量以最慢的速度給出最精確的結(jié)果，低質(zhì)量以較快的速度給出 較不精確的結(jié)果。此參數(shù)的設(shè)定實(shí)際影響到的是參與參數(shù)估計(jì)的象元（voxel）的數(shù)目。其依據(jù)是有些象元（voxel）其實(shí)對(duì)重排參數(shù)的估計(jì)貢獻(xiàn)不大，可以舍棄。Separation此參數(shù)以毫米為單位，表示

21、對(duì)參考圖像文件進(jìn)行重米樣時(shí)米樣點(diǎn)之間的間隔。米樣點(diǎn)之間間隔越小，結(jié)果越精確，運(yùn)算速度越慢。Smoothing （FWHM）高斯平滑的半高寬值。在估計(jì)重排參數(shù)之前一般先進(jìn)行高斯平滑。PET數(shù)據(jù)一般使用7mm。MRI數(shù)據(jù)一般使用5mm。 Num Passes Register to first:所有圖像文件對(duì)齊注冊(cè) 到第一幅圖像。 Register to mean:使用two pass處理將所有圖像文件對(duì)齊注冊(cè)到所有圖像文件的 平均圖像。PET數(shù)據(jù)一般注冊(cè)到平均圖像。因?yàn)?PET數(shù)據(jù)相比f(wàn)MRI數(shù)據(jù)噪音更大，文件更少，所以 時(shí)間的影響更小。MRI數(shù)據(jù)一般注冊(cè)到第一幅圖像。雖然使用two pass處

22、理可能更精確，但是其對(duì)效果的提高與其所損失的運(yùn)行時(shí)間相比得不償失。 Interpolation 在估計(jì)最佳變換時(shí)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行重采 樣的方法。高的 degree 提供更好的結(jié)果， 但是也更慢，因?yàn)闀?huì)采樣更多的相鄰象元 （voxel）52, 53, 54。 Wrapping 此參數(shù)指示一個(gè) volume 中數(shù)據(jù) wrap around in 的方向（此處具體理解有待大家補(bǔ)充）。 No wrapping：適用于PET數(shù)據(jù)或者已進(jìn)行過(guò)空間變換的數(shù)據(jù)。同時(shí)當(dāng)你不確定自己數(shù)據(jù)類型時(shí)，推薦使 用此選項(xiàng)。Wrap in 丫:適用于沒(méi)有重排（resilce）過(guò)的在丫方向上進(jìn)行相位編碼的MRI數(shù)據(jù)。Weightin

23、g提供一個(gè)加權(quán)圖像， 在估計(jì)重排參數(shù)時(shí)對(duì)參考圖像的每一個(gè)象元進(jìn)行加權(quán)。 加權(quán)系數(shù)與標(biāo)準(zhǔn)差成反比。 例如當(dāng)有大量額外的頭動(dòng) （如說(shuō)話或者特定區(qū)域內(nèi)的嚴(yán)重偽影） 時(shí)。（此處具體理解有待大家補(bǔ)充） 。Realign: Reslice （據(jù)已估計(jì)出的參數(shù)重排） 此功能重排以上步驟中已進(jìn)行參數(shù)估計(jì)和注冊(cè)的圖像文件， 使之與參考圖像文件達(dá)到象元級(jí)的匹配精 確。重排后的數(shù)據(jù)被命名為：r +原文件名。Images選擇要重排的數(shù)據(jù)文件Reslice Options 各種重排參數(shù)設(shè)定，若對(duì)某一個(gè)選項(xiàng)不確定，使用軟件默認(rèn)值即可。 Resliced images All Images （1.n） : 重排所有數(shù)據(jù)，包

24、括標(biāo)準(zhǔn)參考圖像（重排后還是保持原位置不變）。Images 2.n :重排除了標(biāo)準(zhǔn)參考圖像之外的所有數(shù)據(jù)。此選項(xiàng)用于當(dāng)你以MRI結(jié)構(gòu)像為標(biāo)準(zhǔn)重排PET圖像數(shù)據(jù)，而又不想在結(jié)果中再生成一個(gè)等同的 MRI標(biāo)準(zhǔn)結(jié)構(gòu)像時(shí)。All Images + Mean Image :重排圖像文件之外， 另生成一個(gè)重排后的 平均圖像文件。 Mean Image Only : 只生成重排后的平均圖像文件。 Interpolation 圖像文件重采樣和重寫入的方式。 Nearest Neighbour ：最快，但不推薦使用。 Bilinear Interpolation :可用于PET數(shù)據(jù)，但不是太適用于fMRI數(shù)據(jù)。F

25、ourier Interpolation :此選項(xiàng)僅適用于 純剛體變換，也就是說(shuō)象元大小必須是相同，并且等方性（正方體）的17, 14。Wrapping此參數(shù)指示一個(gè) volume中數(shù)據(jù)wrap around in的方向（此處具體理解有待大家補(bǔ)充）。No wrapping：適用于PET數(shù)據(jù)或者已進(jìn)行過(guò)空間變換的數(shù)據(jù)。同時(shí)當(dāng)你不確定自己數(shù)據(jù)類型時(shí)，推薦使用此選項(xiàng)。 Wrap in Y:適用于沒(méi)有重排（resilce）過(guò)的在Y方向上進(jìn)行相位編碼的 MRI數(shù)據(jù)。Masking因?yàn)閽呙柽^(guò)程中被試總會(huì)或多或少有頭動(dòng)，造成同一個(gè)時(shí)間系列數(shù)據(jù)里所采集到的圖像的邊界不會(huì)完全重 合。在有些圖像還有數(shù)據(jù)的地方（信

26、號(hào)值大于0），其它一些圖像已經(jīng)超出了圖像邊界（信號(hào)值為0）了。在這些信號(hào)為0的區(qū)域是無(wú)法采樣數(shù)據(jù)的，因此SPM只要檢測(cè)到某一幅圖像在某個(gè)區(qū)域已經(jīng)超 出了邊界（即信號(hào)為 0），就會(huì)將其它所有圖像的此區(qū)域信號(hào)值均設(shè)為0。此做法相當(dāng)于取了時(shí)間系列數(shù)據(jù)中所有圖像的交集。Realign: Estimate & Reslice 將上述參數(shù)估計(jì)與數(shù)據(jù)重排合到一起做。全部選項(xiàng)與參數(shù)原理均與和中對(duì)應(yīng)項(xiàng)相同。4、Normailze選用 realign 步驟中得到的平均象與模板進(jìn)行比較，獲得進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化的參數(shù)，參數(shù)文件命名為，然后 依據(jù)此參數(shù)文件對(duì)每個(gè) img 文件進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化， 生成文件。 具體操作如下： 在

27、預(yù)處理面板標(biāo)準(zhǔn)化選項(xiàng)中 選擇“Normalise: Estimate & Write,出現(xiàn)如下對(duì)話框：Module ListDataHelp on' Normalise: Estimate & WriteData<-xEstimation OptionsTemplate Image<-xTemplate Weighting Image0 filesSource Image Smoothing8Template Image Smoothing0Affine Regularisation.templateNonlinear Frequency Cutoff25N

28、onlinear Iterations16Nonlinear Regularisation1Writing OptionsPreserve.entrationsBounding box2x3 double 二Current Module: Normalise: Eclimate fc WriteCurrent Item;EdiW 血 e|List of subjects. Images of each subject should bm warped differently.1 or more options must be selected from:* SuibjectjJ我們做如下設(shè)置：

29、選中“data”“ rsbject ；在data下新出現(xiàn)的 “subject選項(xiàng)中作如下設(shè)置，“ source image選擇空間校準(zhǔn)步驟中生成的 mea n文件， “ image to write選擇所有剛進(jìn)行完校準(zhǔn)的文 件“ra*img,” “template image我們選擇“:其余采用默認(rèn)設(shè)置，點(diǎn)綠三角運(yùn)行。5、SmoothFWHM推薦為象素大小的兩至三倍。在預(yù)處理面板標(biāo)準(zhǔn)化選項(xiàng)中選擇 “smooth,”出現(xiàn)如下對(duì)話框:我們?cè)凇癷mage to smooth選項(xiàng)中選擇所有剛進(jìn)行完標(biāo)準(zhǔn)化的文件“wra*img,”然后點(diǎn)綠三角運(yùn)行即可。這里FWHM我們采用默認(rèn)設(shè)置“ 8 8 8 ”6 f

30、MRI models依據(jù)提示填入刺激出現(xiàn)的間隔與時(shí)間，并選擇實(shí)驗(yàn)涉及類型，然后進(jìn)行估計(jì)。估計(jì)結(jié)果生成等文件，保留在當(dāng)前工作目錄。即以前版本的“fMRI model,”pm5和spm8的分析選項(xiàng)有所變化，使用Specify 1st leveI做單個(gè)被試(single subject)分析；使用 Specify 2nd leveI做組分析(group analysis比如我們選擇“Specify 1st level出現(xiàn)如下對(duì)話框(見(jiàn)下一頁(yè))：我們選擇Directory指定一個(gè)文件夾存放結(jié)果數(shù)據(jù)，其余做如下設(shè)置：“Unitsfor design 選擇 “Scans” “Interscaninterv

31、al 輸入 “2, 選擇 “Dataand Design 后選擇 “New Subject/Session，再選擇新出現(xiàn)的“Subject/Session選擇“Sean并用文件選擇器選擇相應(yīng)任務(wù)的所有平滑后的功能圖像(swra*.img )然后點(diǎn)擊“down，選擇“Condition后選擇“New condition,'然后選 中新出現(xiàn)的“ Con diti on，”“ name選項(xiàng)輸入任務(wù)條件的名稱，“ on se輸入任務(wù)條件的啟動(dòng)向量，代表任 務(wù)刺激啟動(dòng)的掃描數(shù)，選中“Durations輸入任務(wù)組塊的持續(xù)時(shí)長(zhǎng)，如是事件相關(guān)設(shè)計(jì)請(qǐng)輸入“0”如還有其他任務(wù)，要再次選中“Conditio

32、n ”“ New condition ”“定義其on任務(wù)條件。設(shè)置完畢后點(diǎn)擊綠三角運(yùn)行。這樣將會(huì)在開(kāi)始選擇的目錄中生成文件。下面要估計(jì)我們剛建立的模型，在模型設(shè)置面板中點(diǎn)擊“ estimate，將打開(kāi)如下對(duì)話框：_ mIK 沖 .日畤10 崢Rwpk心Idli I fir:JIIE-U/jIkeip dp fMRi model specilicadKjn9Dir&Ltoiy-; Timing )3"2阿佝'5Unite for d»agr)7、<-XMlcr< Um? resotuih n16Microti me ousellDatH&

33、DesignFFacwrial designE 35 FunrUonsCaoriicsIHFFModel derivatisNo deivfrtive MotJel interactions (Voferra .eliit&raciiorsGlobal normal san orNone vIl崢El NudiAu. INHI iviudl t|#ui<li*LLjyfiiLm ionA IILerHL D'lrecloiy3-dSelect s drectD(v whers the SPM.mat tile coniflinirg he spsinad d址in “幣r

34、bt 麗I b&is'iifif.-i很簡(jiǎn)單，我們只須選擇剛生成的“文件點(diǎn)擊“down然后點(diǎn)擊綠三角運(yùn)行即可。 估計(jì)完成后，我們選擇 “results,將打開(kāi)如下對(duì)話框：上圖設(shè)計(jì)矩陣表明一個(gè)掃描序列中我們有三個(gè)任務(wù)條件，均為事件相關(guān)設(shè)計(jì)，選中“-contrasts，”點(diǎn)擊“defineiew contrast ”第一個(gè)任務(wù)“contrast定義為“ 1，第二個(gè)任務(wù)定義為“01”，第三個(gè)任務(wù)nn 定義為“0 0 1,'第一個(gè)任務(wù)減第三個(gè)任務(wù)定義為 “ 1 01”，第二個(gè)任務(wù)減第三個(gè)任務(wù)定義為 “0 11”第 二個(gè)任務(wù)減第一個(gè)任務(wù)定義為-1 1 ”，其余操作以及激活圖顯示和

35、以前版本都是一致的。值得我們注意的是，我們指定或輸入一系列的參數(shù)來(lái)進(jìn)行每一步的處理，完成后我們可以通過(guò)Save按鈕將每一步存為一個(gè)*.mat文件。以后我們可以通過(guò)Load按鈕重新加載并使用這些*.mat文件， 我們適當(dāng)修改后(例如改變所運(yùn)行的數(shù)據(jù)集)再選擇Run按鈕運(yùn)行。另外我們可以使用TASKS菜單項(xiàng)指定一系列的操作(預(yù)處理和/或分析)，在TASKS->Batch菜單項(xiàng)下， 你可以在一個(gè)大文件中指定數(shù)據(jù)處理所有步驟。批處理交互界面非常靈巧。它知道根據(jù)指定的步驟將產(chǎn)生什么文件。例如，在 Tasks->Batch菜單項(xiàng)下，選擇 New "Spatial"。在你的S

36、PM任務(wù)樹(Jobstree) 中選擇(highlight) -Spatial，并從選項(xiàng)面板中選擇 New "Realign"選項(xiàng)指定我們前述的realignment的 詳細(xì)步驟?，F(xiàn)在，當(dāng)我們向任務(wù)樹中添加標(biāo)準(zhǔn)化步驟時(shí)，我們將看見(jiàn)為標(biāo)準(zhǔn)化操作選擇r*文件的選項(xiàng)， 盡管事實(shí)上，我們還沒(méi)有真的生成r*文件。所以，批處理非常智能，可以預(yù)測(cè)我們的需要。如果我們 已經(jīng)生成了幾個(gè)批處理任務(wù)文件，我們可以使用TASKS->Util->Execute Batch Joi選項(xiàng)來(lái)運(yùn)行它們。該工具允許我們選擇一系列的 mat文件(不一定是batch jobs文件)來(lái)運(yùn)行。如果你懷念舊版本SPM操作 界面，在TASKS菜單下，選擇Sequential,這樣就不會(huì)出現(xiàn)樹(tree)，選項(xiàng)將會(huì)出現(xiàn)在SPM輸入窗口。7、Result選中剛才生成的文件，定義 constrast，看結(jié)果。在上面的“ fMRI models'部分有講述四、SPM的多種數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換方法使用SPM進(jìn)行數(shù)據(jù)處理前，必須先將其它檔案格式轉(zhuǎn)換成 SPM可以讀取的Analyze檔案格式，包含.img 檔和.hdr標(biāo)頭檔，相關(guān)的轉(zhuǎn)檔軟件有 XMedCon和MRIcro。1利用A