【畢業(yè)學位論文】(Word原稿)中國小麥條銹菌鑒別寄主尤皮Ⅱ號、阿夫抗條銹病基因定位及分子標記作物抗病遺傳學碩士論文_第1頁
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密級: 論文編號: 中國農(nóng)業(yè)科學院 碩士論文 中國小麥條銹菌鑒別寄主尤皮 號、阿夫 抗條銹病基因定位及分子標記 i 摘 要 小麥條銹病是一種世界性病害,中國是世界上最大的小麥條銹病流 行區(qū),條銹菌又是一個相對獨立的流行區(qū)系。 由于小麥條銹菌尚未發(fā)現(xiàn)有性階段,利用寄主的抗病基因也就成為鑒定小種致病基因的唯一途徑。因此, 明確中國小麥條銹菌鑒別寄主的抗條銹基因及其遺傳特點, 是監(jiān)測小麥條銹菌生理小種動向,進行生理?;芯康幕A,并將 我國小種鑒定和品種抗病性分析提高到基因分析水平,將基因分析工作納入國際軌道,為抗病育種和基因布局提供依據(jù)。 尤皮號、夫是重要的中國小麥條銹菌鑒別寄主, 明確其抗條銹基因,并標記、定位,具有重要的理論與實際意義。 本研究采用常規(guī)雜交分析方法,明確了以中國 小麥條銹菌鑒別寄主尤皮號為抗性供體,以至今尚未發(fā)現(xiàn)有抗條銹基因的 背景轉(zhuǎn)育而成的抗條銹 近等基因系 號 對 中國條銹菌系 1的抗性由 1對 顯性基因 控制。通過 用位于2B、 4B 染色體上的 物,對近等基因系 號及其輪回親本 的基因組 增和電泳分析,結(jié)果顯示, 在 99 對 物中有2 對引物 近等基因系和輪回親本間穩(wěn)定擴增出了有多態(tài)性的 段,在近等基因系中擴增出的特異片段同時也出現(xiàn)在抗性供體親本尤皮號中。遺傳連鎖性檢驗表明, 微衛(wèi)星 標記 目的基因連鎖,在抗、感親本中擴增出多態(tài)性條帶為 證明 該基因為 所獲 標記 目的基因不連鎖。用 59株 單株,有 1株發(fā)生交換, 據(jù) ( 1998)微衛(wèi)星圖譜,確定抗條銹基因皮號是具有特別鑒別能力的中國小麥條銹菌鑒別寄主,建議將此基因按國際編號命名為 照基因供體 含抗條銹基因 用 6A、 3B、 6B 染色體上 116 對 物,對其近等基因系。結(jié)果表明,有 10對引物在近等基因系和輪回親本間有多態(tài)性。 為進一步標記和定位該基因奠定了基礎。 采用常規(guī)雜交分析方法,對銘賢 169與阿 夫雜交的 、 果表明,阿夫?qū)?2系的抗性至少由 1 對顯性抗條銹基因控制;通過單體分析將阿夫抗 2對顯性基因定位在 3位性分析表明該基因不同于目前的已知基因。 關鍵詞: 小麥條銹菌,鑒別寄主,抗性基因,單體分析,微衛(wèi)星標記 錄 第一章 緒 論 . 1 1 小麥條銹病抗性遺傳研究歷史 . 2 2 小麥條銹病抗性遺傳研究現(xiàn)狀 . 2 麥抗條銹病基因的遺傳分析與定位 . 2 麥條銹病抗病基因的分子標記 . 4 3 植物抗病基因分子標記方法及應用 . 5 記 . 5 記 . 6 記 . 7 記 . 7 記 . 8 記 . 8 記 . 9 . 9 D . 9 4 小麥條銹菌鑒別寄主抗性遺傳研究現(xiàn)狀及意義 . 10 第二章 研究目的、意義和研究內(nèi)容 . 15 1 研究目的和意義 . 15 2 研究內(nèi)容 . 16 *6/ 6 與輪回親本 態(tài)性分析 . 16 3 技術路線 . 17 第三章 中國小麥條銹菌鑒別寄主阿夫抗條銹基因染色 體定位 . 18 1 材料與方法 . 18 試小麥品種(系)及雜交組合配制 . 18 試小麥條銹菌生理小種(菌系)及菌種繁殖與保存 . 18 期抗病性鑒定 . 19 體分析原理 . 19 2 結(jié)果與分析 . 20 夫抗 2系的基因遺傳特點研究 . 20 夫?qū)?2系的抗條銹主效基因的染色體定位 . 20 夫與供試品種中抗 2系基因的異同比較 . 22 3 結(jié)論與討論 . 22 第四章 尤皮號抗條銹基因分子標記的建立及基因定 位 . 25 1 材料與方法 . 25 號抗條銹基因遺傳分析 . 25 號抗條銹基因的 記定位 . 25 衛(wèi)星擴增 . 27 增產(chǎn)物的檢測 . 28 記對近等基因系 號不同株系進行分子檢測 . 30 2 結(jié)果與分析 . 30 麥抗條銹近等基因系 號的抗性基因分析 . 30 麥葉片基因組 取與檢測 . 30 號抗條銹基因的標記、定位及檢測 . 31 記檢測近等基因系 號的不同株系 . 36 2 5 因與 因的異同比較 . 37 3討論 . 37 因連鎖的分子標記建立 . 37 號中 已知基因的異同比較 . 37 等基因系目的基因的分子檢測 . 38 術操作中值得注意的問題 . 38 第五章 、 1 基因組 提取 . 41 2、 2、微衛(wèi)星擴增 . 41 2、 3 擴增產(chǎn)物的檢測 . 41 3 結(jié)果與分析 . 41 ,生產(chǎn)中常常受到各種病害的威脅,其中小麥條銹病是小麥生產(chǎn)上的一種重要病害。我國是世界上重要的小麥產(chǎn)區(qū),也是最大的小麥條銹病流行區(qū)。小麥條銹病是由小麥條銹菌( 起的一種氣傳葉部病害,在全世界各小麥種植區(qū)均有不同程度的發(fā)生,在高緯度或高海拔的地區(qū)危害尤為嚴重。小麥條銹病流行時可使小麥減產(chǎn) 20%大流行年份產(chǎn)量損失可高達 50% 50 年代至今,我國曾發(fā)生 16次 條銹病中度流行, 8次較大規(guī)模流行,其中 1950年、 1964年、 1990年、 2002 年四次大流行發(fā)生面積最大,危害也最嚴重,給我國小麥生產(chǎn)造成嚴重損失。隨著小麥條銹菌毒性譜更寬的生理小種條中 30 和條中 31 號的出現(xiàn)及其頻率增加,導致 1996 年四川、陜南和隴南等地小麥條銹病的 大流行。尤其是近年來小麥條銹菌條中 32、 31 的毒力頻率直線上升,新小種的發(fā)展已經(jīng)波及我國近 1300多萬公頃小麥。 小麥品種抗銹性“喪失”問題,不僅是我國小麥生產(chǎn)上的一個突出問題,同時也是世界上許多產(chǎn)麥國家尚未解決的一個難題。據(jù)報道, 1971至 1975年,全世界有 26 個國家發(fā)現(xiàn)有小麥品種“喪失”抗銹性的情況。因此小麥品種抗銹性的“喪失”問題是銹病研究和抗病育種工作面臨的長期課題,決定了該病防治的長期性和復雜性。 長期的系統(tǒng)研究表明,大面積推廣種植抗病基因相對單一的品種,造成抗病品種對病菌毒性小種的定向選擇,導 致小麥條銹菌毒性更寬的新小種出現(xiàn)和發(fā)展,是造成小麥品種抗病性“喪失”的主要原因。近年來,國內(nèi)外學者就如何利用小麥 品種抗銹性問題開展了廣泛的討論,提出了許多有重要價值的理論和方法。主要有合理利用垂直抗性品種,如培育多系品種、聚合品種,實行品種輪換,品種組合以及對抗源品種進行合理布局,利用水平抗性品種和綜合利用垂直和水平兩類抗性等。其中多系品種、聚合品種、品種組合及抗源品種的合理布局是在空間上實行抗病基因的多樣化 ,減小病菌的定向選擇壓力,增強穩(wěn)定化選擇,防止毒性小種的優(yōu)勢化和傳播蔓延,控制病菌群體的發(fā)展,從而得 以延緩或減輕病害的流行。而將具有不同抗病基因類型的品種輪換使用,則從時間上切斷病菌的定向選擇,控制病菌毒性新小種的發(fā)展。至于利用水平抗性品種和綜合利用垂直和水平兩類抗性的目的主要是同時發(fā)揮主效基因和微效基因兩類基因的作用。生產(chǎn)實踐證明,利用水平抗性品種和綜合利用垂直和水平兩類抗性是農(nóng)田防銹中較為理想的方法,也是今后育種的一個重要方向。它的核心是以多抗病基因控制病菌多變,達到延長品種使用年限。其基礎是明確所用品種抗性特點及遺傳背景。 無論 采用 何種途徑,要實現(xiàn)小麥品種抗條銹病基因的多樣化, 均 需掌握有豐富的抗病基 因 和明確的抗源。 汪可寧( 1988)曾指出,必須加強控制銹病 的基礎研究,包括對重要抗源和生產(chǎn)品種進行基因定位分析研究,明確我國主要抗病基因類型,建立基因庫,并轉(zhuǎn)移到小麥生產(chǎn)品種中,促進基因合理布局,以不斷提高控制小麥條銹病流行和危害的能力。 只有了解抗源的基因背景和抗病基因的特點,才能對其充分與合理地利用。使用抗病基因性質(zhì)和特點不明確的抗源, 可能造成雖然品種的抗源 來源 不同 但 抗病基因 卻 相同的抗病基因單一化應用和不合理布局。因此廣泛收集抗源并對其抗病基因進行鑒別,了解不同抗病基因的遺傳和表達特點,建立抗病基因 資源 庫 ,中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 2 有助于合理、有效地利用抗病基因。同時研究開辟和創(chuàng)制新的抗源,不斷擴大與充實抗病基因庫,為抗病品種的培育提供豐富的抗源和廣泛的抗病基因選擇余地。 1 小麥條銹病抗性遺傳研究歷史 1898 年,澳大利亞的 現(xiàn)小麥抗葉銹性是可以遺傳的,揭開了小麥抗銹遺傳研究的序幕。英國的 1905)開始了小麥品種的抗條銹性遺傳研究,通過報道圓錐小麥“ 種對條銹病的抗性受控于一單隱性基因證明了植物的抗病性不僅是可以遺傳的,而且符合孟德爾遺傳規(guī)律。 1917 年,美國 次發(fā)現(xiàn)小麥稈銹菌有 生理?;F(xiàn)象,并建立了小麥稈銹菌標準鑒別系統(tǒng),使運用科學方法通過有性雜交進行遺傳分析成為可能。 1930 年, 道了小麥條銹菌的生理?;?,形成了明確的生理小種的概念。 1956)通過對亞麻 亞麻柵銹菌的研究,提出了基因?qū)蚣僬f,在基因水平上闡述了寄主與病原物之間的相互作用 關系。此后 在其他?;缘牟『χ幸沧C實了基因?qū)蜿P系的存在。這一理論對植物抗病性遺傳和病原物的毒性及其變異的研究工作具有深遠的指導意義。根據(jù)基因?qū)驅(qū)W說,許多學者豐富和發(fā)展了基因推 導分析方法。 進入二十世紀中期,小麥的抗銹性遺傳研究得到了進一步的發(fā)展。英國人 1962)對 7 個小麥品種從苗期到成株期都有效的基因進行了分析 鑒定,并提出了用 統(tǒng)來命名抗條銹基因。根據(jù)基因?qū)蚣僬f, 1966)提出了生物間遺傳學原理和不通過雜交推導寄主植物和病原物基因型的設想。 1971 年 進一步提出用高和低侵染型來描述寄 主和病原物的相互作用,只有當寄主中的低反應基因 lr(病原物中的低毒性基因 lp(作才呈現(xiàn)低侵染性( 其它互作 lp/hr,hp/ hp/表現(xiàn)高侵染型( 20 世紀 80 年代以來,分子遺傳學和現(xiàn)代生物技術的興起,使分子標記技術不斷發(fā)展。由于分子標記技術能在基因型水平上定位抗病基因以及對作物種質(zhì)資源進行深入評價和鑒定等,因而在植物抗病遺傳分析中占有越來越重要的地位。如 980)用 經(jīng)過近一個世紀的發(fā)展,植物抗病遺傳研究也從中觀向宏觀和微觀兩個方向不斷深入和發(fā)展?;蛲茖Х治龇椒ǖ陌l(fā)展和完善,使得人們能夠了解大 區(qū)域、多品種的抗病基因狀況;非整倍體分析、生化和分子 標記等技術的建立和發(fā)展,使人們能夠在細胞和分子水平上認識抗病基因;常規(guī)遺傳分析技術也不斷完善,人們能夠進行更為復雜的遺傳分析。各種手段互有短長,互為補充。人們可以根據(jù)試驗目的、試驗條件等選擇適合的方法。近年來,國內(nèi)外利用各種方法測定了許多抗源和生產(chǎn)品種的小麥抗銹基因。其中包括常規(guī)雜交分析方法、非整倍體法、基因推導方法及基因連鎖標記分析方法等。 2 小麥條銹病抗性遺傳研究現(xiàn)狀 麥抗條銹病基因的遺傳分析與定位 目前國際上已正式命名了 30個小麥抗條銹病 主效基因位點的 33 個主效基因,即 國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 3 其中 復等位基因; 成株抗條銹基因,其它 25個為苗期至成株期的全生育期抗性基因。除 上暫定名基因共 50余個,分別定位于不同的染色體上(表 1 表 1已知小麥抗條銹基因 in r 基因 起 源 抗性類型 S: 苗期 A: 成株期 顯隱性 D: 顯性 R: 隱性 染色體 位置 代表品種 代表品種(系) D 2A/266 D 7B D 1B D 1B 6 D 1B D 6B D 6B 6 D 2 R 7 D 2 D 2A/2D D 1B/1R D 1 D 1 D 2 D 2 D 7D 3R D/R 5B D 6D D 1 D 4D D/R 6D D 1 D 1D D 1 D 2 D 4 D 16 D 35 近幾年來,又有一些新的基因被命名, 2003)等人用 結(jié)合部分連鎖作圖分析了由抗病品種 感病品種 雜交產(chǎn)生的 來源于 抗病基因定位于 2名為 且與 鎖,并存在于許多 成的小麥品系中。 源于歐洲鑒別寄主 , 2004)利用雜交 中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 4 體進行 一個基因與 的抗性基因相同被定位于 2名為 基因還存在于北美鑒別寄主 2003)分析了雜交 名為 上述是已命名的抗條銹病主效基因,另外還有一些未正式命名的主效基因,它們中有些還沒有被定位。這些基因包括: 能是多個基因的復合體)、 4B)、 6A)、 4B)、 4A)、 4A)、 1B)、 2B)等(見表 2)。 1986)推斷品種 對基因控制,而這三個品種抗性都是部分隱性的。此外, 961)、 985,)、 986,1988,1992)、 981,1993,1995)、 1988,1990 )、 988) 、 991,1992) 、 990,1993) 和992,1995)、 998)、何家泌、劉孝坤( 1988, 1990)、舒文華( 1990)、楊華安等( 1990)、沈克全等( 1991)、龐家智( 1993,1994)、王鳳樂( 1994)、薛秀莊( 1995)和徐世昌等( 2001)也涉及到多個未知主效基因的研究。 麥條銹病抗病基因的分子標記 基因定位包括將基因定位于某一特定的染色體上,以及測定基因在染色體上線性排列的順序和距離這兩個部分。傳統(tǒng)定位所用的標記主要是基于形態(tài)標記和同工酶標記,這兩種標記都是以基因表達的結(jié)果為基礎,是對基因的間接反映。 80 年代以來,隨著分子生物學技術的發(fā)展,出現(xiàn)了另一類 重要的遺傳標記 子標記。 子標記是以個體間遺傳物質(zhì)內(nèi)核苷酸序列變異為基礎的,能反映生物個體或群體間基因組中 段的某種差異性,這種差異性經(jīng)基因組切、 分子雜交后能被檢測到。在遺傳育種研究中每個與感興趣的性狀或目的基因連鎖的多態(tài)位點稱為一個分子標記。 子標記 具有以下優(yōu)點:直接以 形式出現(xiàn),沒有上位性效應,不受環(huán)境和其他因素的影響;基因組 變異十分豐富,分子標記的數(shù)量幾乎是無限的;表現(xiàn)為中性標記 , 不影響目標性狀的表達,與不良性狀無必然連鎖;有些分子標記(如 共顯性標記,對選擇隱性基因控制的農(nóng)藝性狀十分有利;通過對分子標記的深入研究還將最終達到分離、克隆并在 平上直接操縱有益基因的目的。 目前已開發(fā)了多種分子標記 。 依據(jù)多態(tài)性的檢測手段,分子標記可分為:限制性片段長度多態(tài)性 (隨機擴增多態(tài)性 擴增此段長度多態(tài)性 (簡單重復序列 (序列標志位點標記( 抗病基因類似物標記( 分子標記( 染色體原位雜交( 異顯示法 (D)等。在小麥 分子標記研究中,應用較多的是以上幾種分子標記技術,應用這些技術標記了許多小麥抗條銹病基因(表 1 中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 5 表 1麥抗條銹病基因的分子標記建立現(xiàn)狀 of in 因 染色體 位置 分子標記的名稱及種類 遺傳距離 ( 作者姓名 及時間 1蘭芬, 1999 1998 邵映田, 2001 51999 , 1999 共分離 1999 漸新, 1999 個( 7.7 .3 1999 2000 漸新, 1999 212000 P , 2000 r2 2000 與 組值分別為 P 2002 B 共分離 2002 與 2003 1496761 分離 鐘 鳴 , 2002 P, 2003 分離 , ,2002 X, ,2001 2 1997 3 植物抗病基因分子標記方法及應用 記 最早發(fā)展的分子標記,至今仍被廣泛應用。其基本原理是利用限制性內(nèi)切 酶酶切不同個體基因組 ,與同位素或非同位素標記的探針雜交,從而顯示與探針含同源順序的酶切片段在長度上的差異。 目前,小麥 7 個部分同源群的 傳圖譜基本構建完成,為定位和中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 6 標記小麥的目的基因提供了很大的方便。但由于小麥的遺傳基礎相對狹窄,小麥的 態(tài)性較低,在一定程度上限制了小麥 記在基因定位中的應用。 1995)用普通小麥與人工合成六倍體小麥雜種的單粒 傳 14株系進行 抗條銹病基因 999)等用 到了與 葉銹病基因 抗稈銹病基因 分離的 記 且檢測了上述基因在不同 王斌 ( 1995) 將其定位于水稻第 8染色體上,找到的 之連鎖緊密,遺傳距離為 用璉等 ( 1997) 人初步確定了與恢復基因 和 并且已經(jīng)將 化為 記。 賈繼增等( 1993)用 記 將來自擬斯卑爾脫山羊草的抗白粉病基因位在小麥 ,糾正了以前用單體分析的方法將該基因定位于染色體 4A 上的錯誤。他們還發(fā)現(xiàn)了與該基因緊密連鎖的生化 標記 其 子標記 。 然而 要的 較大,檢測方法較為繁瑣,周期長,多態(tài)檢出效率低,只能檢測內(nèi)切酶識別位點上的變異,能提供的信息有限。 記 術由 別 提出,是利用一個隨機序列的寡核苷酸作引物,通常為10 個核苷酸,以生物的基因組 模板進行 增反應,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳來檢測 常規(guī) 應相比, 以下特點: 1)物是 1 個 10隨機引物,常規(guī) 用 2 個 20右的特定設計引物; 2)應退火溫度較低,一般在 36 左右,一方面保證引物與模板的穩(wěn)定配對,同時允許適當?shù)腻e誤配對,提高多態(tài)檢出率。 記檢測靈敏、方便,多態(tài)性強,可以檢測出 記不能檢測的重復順序區(qū),可填補 譜的空缺,適用于種質(zhì)資源鑒定和分類、目標性狀基因的分子標記、遺傳圖譜的快速構建等研究。但是 記為顯性標記,不能有效鑒別雜合子;易受反應條件的影響,穩(wěn)定性較差。解決的辦法之一是以測序擴增區(qū)段( 記取代 對特異 帶進行克隆并測序,以測出序列的一端 10 20 以 物的 10 成出寡聚核苷酸引物,以此引物進行基因組常規(guī) 增分析。 ( 1997)用近等基因系材料對來自野生二粒小麥的抗條銹病基因 行定位研究,從 340 個引物中共篩選到 6 條多態(tài)性的 記 帶,其中 鎖。以該特異帶 探針和另一個 針( 行 析,把 位在染色體 1點順序為 組率分別為 用近等基因系材料篩選到了與抗條銹病基因 將其轉(zhuǎn)化為穩(wěn)定的 傳距離為 牛永春等( 1998)利用分離群體分組分析法在 380個隨機引物中篩選到與小麥品種 銹基因緊密連鎖的 紅彥( 1999)發(fā)現(xiàn)3 個與 序和引物設計轉(zhuǎn)化成了 現(xiàn) 1 個與小麥抗條銹基因 傳距離為 發(fā)現(xiàn) 2個標記 組率分別為 20%、 鐘鳴( 2000)對含有 行 了 現(xiàn) 記與 因具有連鎖性; 中 第一章 緒論 7 記( 經(jīng)克隆、測序和引物設計轉(zhuǎn)化為 et 1994) , et 1995) ; et 1996) 報道了與抗葉銹病基因 記 稱為微衛(wèi)星 由幾個核苷酸( 2 5個)為重復單位組成的長達幾十個核苷酸的重復序列如 (GA)n, (AC)n, (染色體上呈隨機分布,由于重復次數(shù)不同及重復程度的不完全而造成了每個座位的多態(tài)性。 同一物種的基因型在微衛(wèi)星側(cè)翼區(qū)域有保守的 以 利用保守序列設計一對特異引物,擴增這個位點的微衛(wèi)星序列,經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳即可 顯示不同基因型個體在這個 了用 還能以 以東方白松和火炬松為材料 , 直接以 探針調(diào)查了松屬基因組微衛(wèi)星 率 , 發(fā)現(xiàn)基因組中含量最豐富的核心序列是 (AC)n、(AG)n、 (n、 (n, 其 最小估計密度為每百萬堿基對有 16 個位點。 記的特點是多態(tài)性強,隨機均勻地分布于整個基因組,可通過 析引物序列公開發(fā)表,可以廣泛交流使用,另外該標記還具有穩(wěn)定性 好,多數(shù)顯示共顯性等優(yōu)點。 被廣泛用于 基因定位 、連鎖圖繪制及目標性狀基因的分子標記等研究。 其 缺點是必須針對每個染色體座位的 定并找到其兩端的單拷貝序列設計引物,無疑這需要投入大量的人力、物力 和財力。 近年來, 1997)用 一步用 ( 2002)找到一個與抗條銹基 因 記 與 遺傳距離為 馬漸新等( 1999)用 找到了與其緊密連鎖的 微衛(wèi)星標記把農(nóng)家種“和尚麥”中的抗條銹病基因 B 上。另外,王蘭芬等( 1999)直接選用 1B 染色體上的 2群體進行分析,確定1999)在對來自野生二粒小麥 選到了與 個 1個 胡英考等( 2001)運用 53抗白粉病基因相連鎖的 記 該基因定位于 5,標記與基因間的排列順序為抗白粉病基因 姚占軍( 2003)用 記定位了中國小麥條銹病鑒別寄主 的抗病基因 找到了與其緊密連鎖的 記 與 2 記 200 500 序列所界 定的位點 , 在基因組中只出現(xiàn)一次。任何單拷貝的多態(tài)性標記都可作為基因組的界標轉(zhuǎn)變?yōu)?它是 根據(jù)單拷貝的 段兩端的序列設計一對特異引物擴增基因組 而產(chǎn)生能夠界定基因組的特異位點 (1989)。最富多中國農(nóng)業(yè)科學院碩士學位論文 第一章 緒論 8 態(tài)性的 容易在不同組合的遺傳圖譜間進行標記轉(zhuǎn)移 。 在人類基因組作圖中已獲得了 21000個 們是將遺傳圖譜和物理圖譜整合的有力中介 (, 1996), 這在基因組作 圖上具有非常重要作用。 記 發(fā)明的

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