分子標(biāo)記分析印度與.pptVIP

Diversity and genetic differentiation among populations of Indian and Kenyan tea ( Camellia sinensis (L.) O. Kuntze ) revealed by AFLP markers 利用 AFLP 分子標(biāo)記分析印度與 肯亞茶樹(shù)族群的歧異度與遺傳分化,書(shū)報(bào)研讀,作者：S. Paul , F. N. Wachira , W. Powell , R. Waugh 出處：Theor Appl Genet (1997) 94: 255263 指導(dǎo)老師：王裕文 老師 報(bào)告學(xué)生：蔡依真,茶樹(shù)遺傳種源的收集,印度,產(chǎn)生的疑問(wèn),那目前肯亞的茶樹(shù)族群也是從印度培育的茶樹(shù)源起的嗎？,重要茶樹(shù)栽培地區(qū),印度 肯亞,作者基本想法,1995年,1996年,茶樹(shù)分類,非洲,肯亞,印度,中國(guó),分類產(chǎn)生的問(wèn)題,以型態(tài)、農(nóng)藝性狀為分類標(biāo)準(zhǔn),利用分子標(biāo)記解決,利用生化及分子上的技術(shù)來(lái)分析這些遺傳上的歧異,利用AFLP分子標(biāo)記,除了利用AFLP來(lái)研究茶樹(shù)族群間與族群內(nèi)的遺傳變異外。我們?cè)俅卫肁FLP分子標(biāo)記 來(lái)確認(rèn)茶樹(shù)族群的分類,為什麼採(cǎi)用AFLP分析,RFLP,RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism,探針尋找,RAPD Random Amplified Polymorphic DNA,AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism,實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證AFLP,1997年數(shù)個(gè)歐洲分生實(shí)驗(yàn)室,參與比較的分子標(biāo)幟包括 RAPD、AFLP與SSR,AFLP的重現(xiàn)性最高,AFLP 每次分析可偵測(cè)到的基因座數(shù)目也較多,植物材料,1. Dhoedham 阿薩姆型 2. T-253 中國(guó)型 3. TV9 阿薩姆型 4. Sundaram 阿薩姆型 5. P-312 中國(guó)型 6. Samsingh 中國(guó)型 7. Kangra Asha (KVK-1) 中國(guó)型 8. Kangra Jwala (KVK-3) 阿薩姆 9. M-6 中國(guó)型 10. M-18 中國(guó)型 11. M-51 中國(guó)型 12. M-93 中國(guó)型 13. C-33 中國(guó)型 14. C-37 中國(guó)型 15. C-124 中國(guó)型,由印度茶葉試驗(yàn)所收集而來(lái),植物材料,由肯亞茶葉研究機(jī)構(gòu)收集來(lái),16. 382/1 阿薩姆 17. D99/10 阿薩姆 18. 301/2 高棉型 19. 301/3 高棉型 20. 6/8 阿薩姆 21. 7/9 中國(guó)型 22. 56/89 中國(guó)型 23. 4/28 中國(guó)型 24. 14/1 中國(guó)型 25. K/Purple 中國(guó)型 26. SFS 150 阿薩姆 27. 430/43 阿薩姆 28. BB7 阿薩姆 29. BB21 阿薩姆 30. BB35 阿薩姆 31. TN 14/3 中國(guó)型 32. 471/15 阿薩姆,實(shí)驗(yàn)步驟,萃取參試茶樹(shù)葉片之DNA,實(shí)驗(yàn)步驟,遺傳歧異度,阿薩姆與中國(guó)型都顯出族群內(nèi)含高度遺傳變異,Shannon基因型歧異度指數(shù) Ho = i1ni,遺傳歧異度,兩個(gè)族群都顯示出 有高度的族群內(nèi)變異,遺傳歧異度,Hpop = 1/nHo 此為n個(gè)族群間的平均歧異度 Hsp = 1n 此為考慮全部族群基因型頻度的歧異度 族群內(nèi)歧異度估值為Hpop / Hsp 族群間歧異度估值為(Hsp- Hpop) / Hsp,遺傳歧異度,比較印度與肯亞茶樹(shù)族群,遺傳歧異度,分為中國(guó)、阿薩姆和高棉型族群,遺傳歧異度,遺傳歧異度結(jié)論,單獨(dú)看各個(gè)族群：,計(jì)算出的肯亞茶樹(shù)族群內(nèi)的歧異度與對(duì)印度族群做的觀察非常相似,利用歧異度可以選擇出較正確的分群方法,比較族群間的歧異度：,印度族群內(nèi)比較：0.410.85,利用相似度表示,肯亞族群內(nèi)比較：0.350.96,印度與肯亞茶樹(shù)比較：0.350.87,親緣樹(shù)狀圖分群,阿薩姆型,中國(guó)型,高棉型,主成分多變量分析,Kangra Valley 地區(qū),Kangra Jwala,Kangra Asha,結(jié)論,在主成分