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5個國際著名的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫?答:Gengank數(shù)據(jù)庫,PIR數(shù)據(jù)庫,swiss-prot數(shù)據(jù)庫,TrEBML數(shù)據(jù)庫,UniDrot數(shù)據(jù)庫,MIPS數(shù)據(jù)庫,JIPID數(shù)據(jù)庫。簡述Silicon cloning ?基于表達序列標簽(expressed sequence tags,ESTs)的電子克?。╥n silicocloning)策略,是近年來發(fā)展起來的一門快速克隆基因的新技術(shù),其技術(shù)核心是利用生物信息學技術(shù)組裝延伸ESTs序列,獲得基因的部分乃至全長cDNA序列進一步利用RT-PCR的方法進行克隆分析、驗證。簡述ExPASy數(shù)據(jù)庫?瑞士生物信息學研究所(Swiss Institute of Bioinformatics, SIB)創(chuàng)建了蛋白質(zhì)分析專家系統(tǒng)(Expert protein analysis system, ExPASy )。涵蓋了上述所有的數(shù)據(jù)庫。ExPasy 是個數(shù)據(jù)庫的集合,主要專注的領(lǐng)域是蛋白質(zhì)分子和蛋白質(zhì)組學.Swiss-Prot 知識庫是一個經(jīng)過人工驗證的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫.致力于提供高質(zhì)量的注釋,最少的冗余,以及和其他數(shù)據(jù)庫的高度集成.TrEMBL是對Swiss-Prot 的補充,EMBL中沒集成進Swiss-Prot 數(shù)據(jù)庫的所有序列都經(jīng)過計算機進行注釋并集成TrEMBL.Swiss-Prot 和TrEMBL由SIB(瑞士生物信息學研究所)和EBI(歐洲分子生物學研究所)共同維護.目前,Swiss-Prot,TrEMBL和PIR數(shù)據(jù)庫已經(jīng)聯(lián)合起來組成了Universal Protein Knowledgebase(UniProt)聯(lián)盟molecular clock?分子鐘 (英文:Molecular clock) 1962年,祖卡坎德爾(Zuckerkandl)和鮑林(Pauling)在對比了來源于不同生物系統(tǒng)的同一血紅蛋白分子的氨基酸排列順序之后,發(fā)現(xiàn)其中的氨基酸隨著時間的推移而以幾乎一定的比例相互量換著,即氨基酸在單位時間以同樣的速度進行置換。后來,許多學者對若干代表性蛋白質(zhì)的分析,以及近年來又通過直接對比基因的堿基排列順序,證實了分子進化速度的恒定性大致成立,并由中立說在理論上奠定了基礎(chǔ),這便是“分子鐘”名稱的由來。分子生物學數(shù)據(jù)庫有哪些類型?各有何特點?基因組數(shù)據(jù)庫:基因組測序核酸序列數(shù)據(jù)庫:核酸序列測定一次數(shù)據(jù)庫:蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫:蛋白質(zhì)序列測定。生物大分子(蛋白質(zhì))三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫:X-衍射和核磁共振特點:數(shù)量少,容量大,更新快二次數(shù)據(jù)庫:上述四類數(shù)據(jù)庫和文獻資料為基礎(chǔ)構(gòu)建特點:數(shù)量多,容量小,更新慢什么是junk DNA?答:基因組中不表達的因而功能不明的DNA。但已有證據(jù)表明這些無用DNA是有其各種不同功能的。簡述PCR引物設(shè)計的基本原則。你知道哪種PCR設(shè)計軟件?原則:首先引物與模板的序列要緊密互補,其次引物與引物之間避免形成穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu),再次引物不能再模板的非等位點引發(fā)DNA聚合反應(即錯配)。引物設(shè)計軟件: Oligo 6 (引物評價)* Primer Premier (自動搜索)* Vector NTI Suit Dnasis Omiga Dnastar Primer3 (在線服務)NCBI網(wǎng)站中包括哪些數(shù)據(jù)庫?請寫出5個。BIOproject數(shù)據(jù)庫BIOsample數(shù)據(jù)庫EST數(shù)據(jù)庫Gene數(shù)據(jù)庫Genome數(shù)據(jù)庫Dbgap數(shù)據(jù)庫簡述生物信息學的主要內(nèi)容?生物信息學(Bioinformatics)是在生命科學的研究中,以計算機為工具對生物信息進行儲存、檢索和分析的科學。它是當今生命科學和自然科學的重大前沿領(lǐng)域之一,同時也將是21世紀自然科學的核心領(lǐng)域之一。其研究重點主要體現(xiàn)在基因組學(Genomics)和蛋白質(zhì)組學(Proteomics)兩方面,具體說就是從核酸和蛋白質(zhì)序列出發(fā),分析序列中表達的結(jié)構(gòu)功能的生物信息。構(gòu)建系統(tǒng)進化樹的算法有哪些?(答案在書上)簡述similarity和homology的區(qū)別?1、序列similarity和序列homology有何區(qū)別和聯(lián)系?(1)相似性(similarity):是一種數(shù)量關(guān)系,比如部分相同或相似的百分比或其它一些合適的度量。比如說,A序列和B序列的相似性是80,或者4/5。2)同源性(homology):這是質(zhì)的判斷,指從一些數(shù)據(jù)中推斷出的兩個基因或蛋白質(zhì)序列是否具有共同的祖先。序列相似性比較:將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫進行比較,用于確定該序列的生物屬性常用的程序包有BLAST、FASTA等。序列同源性分析:r將待研究序列加入到一組與之同源,但來自不同物種的序列中進行多序列同時比較,以確定該序列與其它序列間的同源性大小。簡述CpG
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