生物信息學(xué)（上海海洋大學(xué)）智慧樹(shù)知到期末考試答案章節(jié)答案2024年上海海洋大學(xué)

生物信息學(xué)（上海海洋大學(xué)）智慧樹(shù)知到期末考試答案+章節(jié)答案2024年上海海洋大學(xué)CLUSTAL多序列比對(duì)算法是一種漸進(jìn)式的算法，它首先需要進(jìn)行兩兩之間序列比對(duì)來(lái)構(gòu)建距離矩陣。

答案:對(duì)在仿射空位罰分體系中，起始空位的罰分一般遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于延伸空位的罰分。

答案:對(duì)最大簡(jiǎn)約法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的前提假設(shè)是生物演化應(yīng)該遵循簡(jiǎn)約的原則。

答案:對(duì)在物種數(shù)目N（N>2）相同的情況下，可能的有根數(shù)的數(shù)目大于可能的無(wú)根樹(shù)的數(shù)目。

答案:對(duì)全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序是研究全基因組甲基化修飾的金標(biāo)準(zhǔn)。

答案:對(duì)進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序研究時(shí)首先就要進(jìn)行單細(xì)胞的分離，即從異質(zhì)性的細(xì)胞群體中分離出某種類型的細(xì)胞。

答案:對(duì)Rfam是DNA分子的數(shù)據(jù)庫(kù)

答案:錯(cuò)TMPRED是預(yù)測(cè)跨膜結(jié)構(gòu)域的軟件

答案:對(duì)MirBase可以用來(lái)預(yù)測(cè)miRNA的家族答案

答案:對(duì)序列相似的基因一定是同源基因

答案:錯(cuò)采用從totalRNA中去除rRNA的方式來(lái)獲取樣品后，剩余的RNA樣品中，同時(shí)包含了mRNA以及除rRNA外的非編碼RNA。

答案:對(duì)RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)包括：

答案:不配對(duì)結(jié)構(gòu)（loop）###配對(duì)結(jié)構(gòu)（stem）基因組DNA序列主要______________等部分組成。

答案:基因組的結(jié)構(gòu)性序列###重復(fù)序列或（逆）轉(zhuǎn)座元件###基因序列以下哪種方法能用于蛋白質(zhì)的特征描述（）

答案:通過(guò)指紋fingerprint描述不同結(jié)構(gòu)單元的組合###建立蛋白質(zhì)家族的輪廓profile###通過(guò)正則表達(dá)式描述單個(gè)模體motif基因結(jié)構(gòu)包括_____________等基本結(jié)構(gòu)（或元件）

答案:上游調(diào)控區(qū)###基因主體區(qū)（外顯子和內(nèi)含子）###下游調(diào)控區(qū)NCBI的核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)可以用哪些格式下載？（）

答案:GENBANK###FASTA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析時(shí)的主要目標(biāo)，是尋找不同時(shí)空條件下，基因表達(dá)在RNA水平上的，差異性與相關(guān)性。

答案:對(duì)蛋白質(zhì)空間三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法有哪些。

答案:同源建模法###折疊法###從頭預(yù)測(cè)法蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)實(shí)驗(yàn)測(cè)定的方法有哪些？

答案:光學(xué)顯微鏡###核磁共振技術(shù)###X光衍射技術(shù)我們對(duì)一些編碼蛋白質(zhì)的基因計(jì)算非同義替換的速率對(duì)同義替換的速率的比值w，結(jié)果如下，這些結(jié)果中，哪些基因是處在負(fù)選擇下？

答案:0.001###0.51兩次諾貝爾獎(jiǎng)獲得者Sanger對(duì)于生物信息學(xué)發(fā)展的重要貢獻(xiàn)是什么？

答案:發(fā)明DNA測(cè)序的方法###發(fā)明蛋白質(zhì)測(cè)序的方法轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以研究的內(nèi)容有____

答案:基因的可變剪切###新的轉(zhuǎn)錄本鑒定###基因的差異表達(dá)下列屬于非編碼基因的是______________________。

答案:mir-RNA###snoRNA###snRNA###rRNADNA的表達(dá)產(chǎn)物不包括什么？

答案:DNA查詢序列是蛋白質(zhì)

要搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)是蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)，應(yīng)該使用以下哪個(gè)BLAST程序（）

答案:TBLASTN血紅蛋白參與血液中氧氣的運(yùn)輸，在一些生活中氧氣濃度較低的生物中，這些蛋白質(zhì)運(yùn)輸氧氣的能力比其他近緣物種更強(qiáng)，如果在這個(gè)物種的進(jìn)化過(guò)程中，外界環(huán)境的氧氣含量增加，這些蛋白質(zhì)運(yùn)輸氧氣的能力也隨之逐漸下降。那么這些基因受到了那種選擇作用？

答案:放松性選擇以下哪個(gè)成就不是被稱為“生物信息學(xué)之母”的Dayhoff所取得的？

答案:創(chuàng)建了第一個(gè)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)###第一個(gè)通過(guò)計(jì)算機(jī)程序構(gòu)建了進(jìn)化樹(shù)###構(gòu)建了第一個(gè)氨基酸替換模型以下哪些技能是稱為一名優(yōu)秀的生物信息學(xué)工作者所必備的：

答案:編程###生物信息學(xué)###統(tǒng)計(jì)學(xué)fasta序列文件保存的序列名字和其他注釋信息的那一行是以____________開(kāi)頭的

答案:>在進(jìn)行進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建時(shí)，一般來(lái)說(shuō)，以下哪種進(jìn)化方法計(jì)算量最大？

答案:最大似然法BUSCO軟件最主要是用于檢測(cè)基因組組裝質(zhì)量的_____________。

答案:完整性

答案:①基因所在的序列名②序列上基因所在位置的起點(diǎn)③基因的編碼方向④基因名fastq序列記錄的每條序列的信息由四行內(nèi)容組成，其中以@開(kāi)頭的那行內(nèi)容是_____。

答案:序列名哪種蛋白質(zhì)，三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法最準(zhǔn)確。

答案:同源建模法以下哪個(gè)進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建方法是基于概率模型？

答案:最大似然法分子鐘學(xué)說(shuō)的提出者是哪位？

答案:泡林通過(guò)InterProScan，我們可以得到很多蛋白質(zhì)相關(guān)信息，如果我們希望得到蛋白質(zhì)家族相關(guān)的信息，我們應(yīng)該關(guān)注下面哪個(gè)方面的信息？

答案:Familyfastq序列記錄的每條序列的信息由四行內(nèi)容組成，其中真正的序列行在第______行。

答案:2二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中，接頭引物中的index序列的作用為_(kāi)_

答案:區(qū)分不同的樣品的標(biāo)簽序列ab1序列文件由____①____產(chǎn)生，fastq序列文件由___②___產(chǎn)生

答案:①第一代測(cè)序儀

②第二代測(cè)序儀無(wú)法使用R語(yǔ)言來(lái)進(jìn)行聚類分析

答案:錯(cuò)可以用來(lái)對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行檢查的工具是：

答案:FastQC轉(zhuǎn)錄組注釋可以使用的方法有：

答案:根據(jù)已知的基因結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)（預(yù)測(cè)ORF）###同源查詢?nèi)粝Ｍㄟ^(guò)聚類分析，將究對(duì)象按照相似性用樹(shù)形圖進(jìn)行呈現(xiàn)，通常選用哪種聚類：

答案:層次聚類受到基因長(zhǎng)度不同和測(cè)序深度不同的影響，不能直接使用RNAseq結(jié)果中的原始的基因counts數(shù)目，來(lái)衡量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的基因表達(dá)量。

答案:對(duì)同一樣品內(nèi)，兩基因的FPKM的比值與TPM的比值相等。

答案:對(duì)常用的收錄高質(zhì)量參考基因組序列的數(shù)據(jù)庫(kù)包括：（）

答案:Ensembl###NCBI可以用來(lái)尋找樣品間的差異表達(dá)基因的工具有：

答案:edgrR關(guān)于R語(yǔ)言的描述，不正確的是：

答案:只能安裝在大型服務(wù)器上用于轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)的技術(shù)包括：

答案:微陣列(microarray)技術(shù)###轉(zhuǎn)錄組測(cè)序水稻的“垃圾DNA”多位于編碼基因序列之內(nèi)。

答案:錯(cuò)在不同的物種間，造成基因組大小差異的主要原因來(lái)自于基因間隔區(qū)。

答案:對(duì)K-Mer長(zhǎng)度一般取原始測(cè)序讀長(zhǎng)序列的一半。

答案:錯(cuò)關(guān)于基因共線性分析意義的描述，下列哪一項(xiàng)不正確_____

答案:判斷基因是否受到正選擇基因組大小的差異主要來(lái)自______

答案:基因的數(shù)量BUSCO檢驗(yàn)用于檢測(cè)______

答案:基因組的保守性和完整性______年開(kāi)始，國(guó)際人類基因組計(jì)劃啟動(dòng)。

答案:1990下面哪個(gè)是進(jìn)行非編碼RNA預(yù)測(cè)的軟件_____

答案:Infernal處理或者計(jì)算后的序列一般保存為_(kāi)______格式

答案:Fasta與第一代測(cè)序技術(shù)比較，第二代測(cè)序技術(shù)的優(yōu)勢(shì)在于_______

答案:通量高###單堿基費(fèi)用低N50長(zhǎng)度比平均長(zhǎng)度更能反映一個(gè)序列組裝的實(shí)際質(zhì)量。

答案:對(duì)草魚(yú)的基因組遺傳圖譜一共有_____條染色體。

答案:24條SMART技術(shù)的核心是利用SMARTScribe逆轉(zhuǎn)錄酶具有自動(dòng)模板轉(zhuǎn)換的功能，在一個(gè)反應(yīng)內(nèi)就可以完成帶有接頭序列的第一鏈cDNA合成

答案:對(duì)10xGenomicsChromium單細(xì)胞建庫(kù)系統(tǒng)無(wú)需根據(jù)細(xì)胞表面標(biāo)志物對(duì)細(xì)胞進(jìn)行分離。

答案:對(duì)下列哪項(xiàng)不是illumina二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建的目的：

答案:給待測(cè)DNA模板添加帶熒光標(biāo)記的dNTP下面哪項(xiàng)全基因組甲基化研究方法在檢測(cè)前引入了堿基突變：

答案:重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化全基因組測(cè)序法下列哪項(xiàng)測(cè)序技術(shù)沒(méi)有用到熒光標(biāo)記的脫氧核糖核苷酸？

答案:第三代OxfordNanopore測(cè)序技術(shù)與第二代illumina比較，第三代Pacbio測(cè)序技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)是：

答案:測(cè)序讀長(zhǎng)較長(zhǎng)下面關(guān)于泛基因組的描述錯(cuò)誤的是：

答案:進(jìn)行泛基因組研究時(shí)需要對(duì)每個(gè)個(gè)體都精確測(cè)序SiRNA的作用方式為與靶基因嚴(yán)格互補(bǔ)配對(duì)，而miRNA在植物中通常允許1-2個(gè)堿基的錯(cuò)配。

答案:對(duì)第一代測(cè)序的發(fā)明者是：

答案:Sanger在進(jìn)行真核mRNA轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)時(shí)，我們是利用了mRNA哪項(xiàng)特征對(duì)其進(jìn)行捕獲：

答案:3’polyA尾根據(jù)我們對(duì)于基因的適應(yīng)性進(jìn)化評(píng)估方法，如果一個(gè)基因的dn/ds=1，該基因受到哪種選擇壓力？

答案:中性進(jìn)化不同基因的進(jìn)化速率是一樣的。

答案:對(duì)系統(tǒng)發(fā)育學(xué)，就是指研究物種之間計(jì)劃關(guān)系的一門(mén)學(xué)科。它是通過(guò)比較物種的特征的相似度來(lái)確定物種之間的親緣關(guān)系。

答案:對(duì)進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建包括以下哪些步驟？

答案:選擇合適的同源基因序列###序列比對(duì)###評(píng)估進(jìn)化樹(shù)###選擇合適的方法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)由于環(huán)境的變化，原本受到進(jìn)化壓力比較小的基因受到了更大的進(jìn)化壓力。我們稱這個(gè)基因受到了（）

答案:強(qiáng)化性選擇分子進(jìn)化的中性學(xué)說(shuō)認(rèn)為，在生物的演化過(guò)程中，主要的突變類型是（）

答案:中性突變關(guān)于物種樹(shù)，以下哪些論述是正確的？

答案:代表的是物種的進(jìn)化歷史###一般是通過(guò)綜合多個(gè)基因的數(shù)據(jù)的分析結(jié)果而產(chǎn)生的達(dá)爾文的物種起源有哪些重要的論述？

答案:物競(jìng)天擇，適者生存。###世界上所有的生命都起源于一個(gè)共同的祖先分子鐘假說(shuō)是由哪位科學(xué)家提出來(lái)的？

答案:泡林BLOSUM矩陣。后邊的數(shù)字越大，就說(shuō)明他的序列一致性更高，它們的親緣關(guān)系越近，這樣的得分矩陣適合應(yīng)用在親緣關(guān)系較近的蛋白質(zhì)序列分析中。

答案:對(duì)常見(jiàn)的蛋白質(zhì)得分矩陣有

答案:PAM矩陣###BLOSUM矩陣進(jìn)行序列比對(duì)需要的兩個(gè)要素是

答案:得分矩陣###比對(duì)算法如果查詢序列是蛋白質(zhì)，數(shù)據(jù)庫(kù)是核酸序列，應(yīng)該用哪種BLAST程序？

答案:TBLASTN如果我們要研究親緣關(guān)系比較近的一些蛋白質(zhì)，我們就需要用PAM后面數(shù)字()的這種矩陣

答案:小空位罰分的方法中，哪種是更有生物學(xué)意義的罰分方法？

答案:仿射罰分以下哪些選項(xiàng)可以體現(xiàn)序列比對(duì)的重要意義？

答案:序列比對(duì)可以用來(lái)尋找和確定同源基因，以及幫助確定基因的功能###序列比對(duì)可以用來(lái)調(diào)查基因的基因的多態(tài)性情況###我們可以通過(guò)同源基因之間相似度的差異，來(lái)進(jìn)行推斷它們的親緣關(guān)系，構(gòu)建這些同源基因演化的歷史###我們可以通過(guò)多個(gè)序列的比對(duì)，來(lái)了解這樣一個(gè)同源基因家族，他們所具備的共同特征以下哪些結(jié)構(gòu)屬于RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)？

答案:環(huán)狀結(jié)構(gòu)(loop）###莖狀結(jié)構(gòu)（stem）以下哪種蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法是最準(zhǔn)確的？

答案:同源建模法PSIPRED是用于蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的軟件。

答案:對(duì)以下哪些方法可以用于三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)？

答案:引線法（穿線法）###同源建模法###從頭預(yù)測(cè)法以下哪種結(jié)構(gòu)單元不屬于蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)？

答案:莖（stem）結(jié)構(gòu)在同源建模法預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)過(guò)程中包括以下哪些步驟？

答案:目的蛋白質(zhì)跟蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)進(jìn)行同源序列比對(duì)###選取合適的模板###構(gòu)建三維結(jié)構(gòu)以下哪個(gè)蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)是ProtParam無(wú)法提供的？

答案:二級(jí)結(jié)構(gòu)從頭預(yù)測(cè)法是已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中計(jì)算量最小的一種。

答案:錯(cuò)在二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中，往往要求預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)的置信度要達(dá)到5以上，預(yù)測(cè)的結(jié)果才是比較可信的。

答案:對(duì)蛋白質(zhì)跨膜區(qū)主要是有親水性氨基酸組成的。

答案:錯(cuò)在線生物大分子數(shù)據(jù)庫(kù)，不可以通過(guò)以下哪種方式進(jìn)行數(shù)據(jù)查詢？

答案:電話查詢以下哪個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)不是NCBI的子數(shù)據(jù)庫(kù)？

答案:genecardPDB是一個(gè)基于功能域進(jìn)行分類的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。

答案:錯(cuò)以下哪些數(shù)據(jù)庫(kù)屬于一級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)？

答案:PDB###GenbankUniprotKB數(shù)據(jù)庫(kù)包括以下哪些數(shù)據(jù)庫(kù)（）

答案:TrEMBL###Swiss-Prot蛋白質(zhì)的profile描述的是具有多個(gè)motif的蛋白質(zhì)家族中，它們具有哪些Motif，以及這些motif的空間分布

答案:錯(cuò)KEGG包括以下幾類子數(shù)據(jù)庫(kù)（）

答案:chemicalinformation###genomicinformation###healthinfromation###systeminformationENSEMBL中的genetree，收集的是同源基因序列

答案:對(duì)蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)的實(shí)驗(yàn)測(cè)定方法包括()

答案:電子顯微鏡###X光衍射###核磁共振在對(duì)基因進(jìn)行查詢的時(shí)候，如果我們查詢的是“celldivision[GO]”，我們是通過(guò)一下哪種信息對(duì)基因進(jìn)行查詢？

答案:基因的功能中心法則論述的是遺傳信息的流動(dòng)法則，是指生物大分子的序列決定結(jié)構(gòu)，結(jié)構(gòu)決定功能。

答案:錯(cuò)以下哪些觀點(diǎn)不是達(dá)爾文的《物種起源》提出來(lái)的？

答案:上帝創(chuàng)造萬(wàn)物數(shù)據(jù)是經(jīng)過(guò)加工的信息