藥物靶點項目常見FAQ

藥物靶點項目常見FAQ1我想做一個藥物的靶點篩選，你們能做嘛？您這邊藥物是什么類型的呢？如果是小分子化合物的話，是可以的，可以用我們公司的人類蛋白芯片去篩選直接靶點。也可以用pull-down+MS的手段去釣靶點，但是這兩種實驗都是要在小分子化合物上生物素的。您這邊小分子有生物素修飾嘛？2小分子有推薦的標記方案嗎？我們可能更推薦可以改善水溶性的方案，因為大部分的小分子水溶性都不太好，而我們后面芯片實驗的體系是水溶性的，所以這個方案上更推薦改善水溶性的方案。3你們標記后小分子的純度有多少？有質(zhì)控證明嘛？我們標記后的小分子純度在95%左右，我們提供核磁圖和氫譜圖。4我提供的化合物中有很多羥基，怎么保證能得到的是你們提供的方案中的這個化合物呢？是這樣的，您這個化合物中羥基雖然多，但是我們標記的這個羥基的位置和其他的是不同的，是相對較小的，所以我們會控制條件使得標記發(fā)生在這個位點上，但是可能也會有兩個羥基各種條件完全相同的，那也是有可能標記在另一個上的，但是最后我們會過柱子，保證得到的是一種化合物，標記在一個位點上的化合物的，純度在95%左右。5如何保證化合物手性結(jié)構(gòu)不被破壞？我們會在低溫和近中性條件下進行實驗，實驗條件參照手性氨基酸的合成，能夠保證手性分子的手性不發(fā)生消旋化。6這個蛋白可以做SPR嘛？判斷一個蛋白是否可以做SPR，先看蛋白的純度，純度在85%以上，其次是看一下buffer部分是否有tris及海藻糖等物質(zhì)。如果沒有，且純度ok就可以，如果有tris，可以置換，置換會損耗蛋白，如需置換蛋白，希望客戶多提供一些。另外還要查詢一下這個蛋白相應的SPR的文章看一下是否可以做。7這個3個常數(shù)的單位又代表什么意思？親和力=解離平衡常數(shù)(KD)=穩(wěn)態(tài)與平衡常數(shù)親和力：描述配體和分析物分子之間的結(jié)合強度，濃度單位M，數(shù)值越小結(jié)合越強。Kd(s-1)是解離速率常數(shù)；Ka(M-1s-1)是結(jié)合速率常數(shù)；KD=kd/ka描述分析物與配體之間結(jié)合的速率ka和解離的速率kd。動力學常數(shù)是親和力之外，表征分子結(jié)合/復合物穩(wěn)定性的重要信息。相同的親和力有可能具有完全不同的動力學特征。8偶聯(lián)量、富集、偶聯(lián)這大約是個什么樣的流程，作用是什么？理論偶聯(lián)量：根據(jù)小分子的分子量與蛋白的分子量進行公式計算，來預估其偶聯(lián)量。配體偶聯(lián)水平?jīng)Q定了芯片表面與分析物間的結(jié)合容量。富集：計算小分子與蛋白(或其他)理論偶聯(lián)量之后進行的預實驗，根據(jù)預實驗的濃度以及偶聯(lián)值(與理論偶聯(lián)值相比)，來探索上樣的濃度梯度范圍。預富集的目的：在化學偶聯(lián)過程，通過靜電作用吸附并提高芯片表面附近的配體濃度，從而提高偶聯(lián)的效率和減少配體消耗。富集和偶聯(lián)是一個意思。9芯片再生和不再生的目的是什么？將與配體結(jié)合的殘留的分析物分子從芯片表面徹底除去，必須保持芯片上配體分子的活性，有效的再生對獲得高質(zhì)量的分析數(shù)據(jù)至關(guān)重要！蛋白與蛋白結(jié)合實驗時需要芯片再生。10SPR可以提供哪些信息？兩者之間有無結(jié)合兩種分子的結(jié)合強度--親和力11做pull-down也需要進行標記嗎？是的，因為pull-down的原理上也是需要一個抓手的，把小分子固定在珠子上。所以也是需要生物素標記的。(以下圖為示意圖，實際操作以實驗為準)12蛋白互做可以用pulldown驗證嘛？如果做蛋白互做驗證的話一個是做SPR(需要購買兩種純化蛋白成本可能較高)驗證