標(biāo)準(zhǔn)解讀

《GB/T 43628-2023 空氣中病原微生物宏基因組測序鑒定方法》是一項國家標(biāo)準(zhǔn)，旨在為從空氣中采集樣本并利用宏基因組測序技術(shù)對其中存在的病原微生物進(jìn)行鑒定提供指導(dǎo)。該標(biāo)準(zhǔn)詳細(xì)規(guī)定了從采樣到數(shù)據(jù)分析的全過程，確保結(jié)果準(zhǔn)確可靠。

首先，在樣品采集方面，標(biāo)準(zhǔn)明確了不同環(huán)境條件下適宜采用的空氣采樣器類型及其操作參數(shù)，包括但不限于流量控制、采樣時間等關(guān)鍵因素，以保證所獲得樣本能夠真實反映目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的微生物組成情況。

其次，對于樣本處理，給出了具體的DNA提取流程以及質(zhì)量控制要求。這一步驟至關(guān)重要，因為高質(zhì)量的DNA是后續(xù)成功完成高通量測序的基礎(chǔ)。此外，還強(qiáng)調(diào)了在實驗過程中應(yīng)采取措施防止交叉污染的發(fā)生。

接著，關(guān)于文庫構(gòu)建與測序部分，標(biāo)準(zhǔn)提供了推薦使用的試劑盒和平臺，并對如何優(yōu)化建庫條件以提高數(shù)據(jù)產(chǎn)出效率進(jìn)行了說明。同時指出，在正式開展大規(guī)模測序前，宜先通過小規(guī)模試驗來驗證所選方案的有效性。

最后，在生物信息學(xué)分析階段，《GB/T 43628-2023》介紹了常用的數(shù)據(jù)預(yù)處理步驟（如去除接頭序列、過濾低質(zhì)量讀段）、比對數(shù)據(jù)庫選擇原則及基于參考基因組或de novo組裝兩種主要策略下的具體實施辦法。此外，還特別提到了結(jié)果解讀時需要注意的一些事項，比如統(tǒng)計顯著性檢驗、功能注釋準(zhǔn)確性等問題。

該標(biāo)準(zhǔn)適用于公共衛(wèi)生監(jiān)測、疾病預(yù)防控制等領(lǐng)域，有助于快速準(zhǔn)確地識別潛在威脅人類健康的空氣傳播病原體。


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....

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  • 現(xiàn)行
  • 正在執(zhí)行有效
  • 2023-12-28 頒布
  • 2024-07-01 實施
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GB/T 43628-2023空氣中病原微生物宏基因組測序鑒定方法_第1頁
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文檔簡介

ICS07080

CCSA.40

中華人民共和國國家標(biāo)準(zhǔn)

GB/T43628—2023

空氣中病原微生物宏基因組測序鑒定方法

Methodforidentificationofairbornepathogenicmicroorganismbasedon

metagenomicssequencing

2023-12-28發(fā)布2024-07-01實施

國家市場監(jiān)督管理總局發(fā)布

國家標(biāo)準(zhǔn)化管理委員會

GB/T43628—2023

目次

前言

…………………………Ⅲ

引言

…………………………Ⅳ

范圍

1………………………1

規(guī)范性引用文件

2…………………………1

術(shù)語和定義

3………………1

縮略語

4……………………2

原理

5………………………2

試劑

6………………………2

儀器設(shè)備

7…………………2

試驗步驟

8…………………3

質(zhì)量控制

9…………………4

空氣病原微生物鑒定

10……………………4

附錄資料性核酸提取方法

A()…………6

附錄資料性測序流程

B()………………7

附錄資料性參考基因組數(shù)據(jù)庫和病原微生物選取

C()………………8

附錄資料性鼠疫桿菌及病毒測序數(shù)據(jù)比對分析示例

D()SARS……10

參考文獻(xiàn)

……………………12

Ⅰ

GB/T43628—2023

前言

本文件按照標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第部分標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則的規(guī)定

GB/T1.1—2020《1:》

起草

。

請注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識別專利的責(zé)任

。。

本文件由全國生化檢測標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會提出并歸口

(SAC/TC387)。

本文件起草單位中國計量科學(xué)研究院深圳華大生命科學(xué)研究院中國測試技術(shù)研究院生物研究

:、、

所北京慧榮和科技有限公司南京市計量監(jiān)督檢測院

、、。

本文件主要起草人王晶裴娜李曼莉傅博強(qiáng)周李華李俊樺張永卓梁天柱鄭勁林葉德萍

:、、、、、、、、、、

朱蕊

。

Ⅲ

GB/T43628—2023

引言

日常環(huán)境公共場所醫(yī)療衛(wèi)生環(huán)境以及生物安全實驗室的空氣中病原微生物的檢測與健康安全

、、、

環(huán)境保護(hù)密切相關(guān)病原微生物可通過生物氣溶膠在空氣中傳播從而引起傳染病的流行空氣中病原

。。

微生物的準(zhǔn)確鑒別對于傳染病預(yù)防與控制以及環(huán)境的監(jiān)測與保護(hù)具有重要的意義由于空氣中病原

,。

微生物具有譜系多樣性物種復(fù)雜性較快的變異性等特點使得具有高通量快速準(zhǔn)確等特點的宏基

、、,、、

因組測序方法在空氣中病原微生物的鑒定中具有技術(shù)優(yōu)勢

。

針對空氣中病原微生物宏基因組測序鑒定方法標(biāo)準(zhǔn)化的需求本文件對空氣中重要病原微生物的

,

檢測及鑒定方法在空氣微生物氣溶膠采樣前處理方法文庫制備測序數(shù)據(jù)結(jié)果分析等關(guān)鍵環(huán)節(jié)進(jìn)

,、、、、

行了規(guī)定滿足空氣病原微生物宏基因組測序方法的規(guī)范使用以提升我國在病原微生物監(jiān)測上的

,,

能力

。

Ⅳ

GB/T43628—2023

空氣中病原微生物宏基因組測序鑒定方法

1范圍

本文件規(guī)定了空氣中病原微生物宏基因組測序鑒定方法的試驗條件試驗步驟質(zhì)量控制及鑒定

、、。

本文件適用于空氣中細(xì)菌真菌病毒等病原微生物的宏基因組測序鑒定及監(jiān)測

、、。

2規(guī)范性引用文件

下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款其中注日期的引用文

。,

件僅該日期對應(yīng)的版本適用于本文件不注日期的引用文件其最新版本包括所有的修改單適用于

,;,()

本文件

。

分析實驗室用水規(guī)格和試驗方法

GB/T6682

公共場所衛(wèi)生檢驗方法第部分空氣微生物

GB/T18204.33:

實驗室生物安全通用要求

GB19489

高通量基因測序技術(shù)規(guī)程

GB/T30989

顆粒生物氣溶膠采樣器技術(shù)條件

GB/T39990

核酸樣本質(zhì)量評價方法

GB/T40974

生物安全柜

GB41918

病原微生物實驗室生物安全標(biāo)識

WS589

3術(shù)語和定義

下列術(shù)語和定義適用于本文件

。

31

.

病原微生物pathogenicmicroorganism

侵入生物體引起感染甚至傳染病的微生物包括細(xì)菌真菌病毒等

,、、。

32

.

宏基因組metagenome

特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和包含了可培養(yǎng)的和不可培養(yǎng)的微生物

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